零门槛入门肿瘤免疫治疗公共数据库，快速重复高分 SCI 文章
要说近些年来性价比最高的文章类型，非生信文章莫属。但随着公共数据库的普及，发表传统生信文章的难度也与日俱增。而肿瘤免疫治疗作为当前最热门的方向，其门槛相对来说是很高的。
真实世界中收集免疫治疗患者的临床信息，随访患者生存都存在诸多困难。但如果能挖掘免疫治疗公共数据库中的数据来发表自己的文章，不就很香了吗！敲黑板！这里推荐一下大名鼎鼎的 cBioPortal 数据库。网址：https://www.cbioportal.org该数据库内含大量肿瘤相关研究的数据集，截止目前已经整合了近 200 个肿瘤基因组研究的数据，包括肿瘤基因组图谱（TCGA）等大型的肿瘤研究项目，其中就包括我们心心念念的免疫治疗相关数据。而且该数据库还在持续更新中，大部分样品还有对应的临床特征及预后等信息。cBioPortal 能直接进行使用，而且通过该网站能在线生成文章级别的图表。借助 cBioPortal 内的这些数据集，今年已有多篇免疫治疗文章相继发表。在这里，我们以 2019 年发表在 Nature Genet 的 TMB 免疫治疗数据集为例，跟大家分享一下该数据库的使用方法。（PS：截止目前，该论文已被引用 503 次！我和我的小伙伴都惊呆了- -！）简而言之，作者采用 MSK-IMPACT 测定法对 1661 例不同类型癌症患者的 1661 对肿瘤组织进行了基因测序，对应的患者临床特征及生存数据也一并上传到数据库中。（几乎所有常见的肿瘤相关基因都包含在该测序 panel 中）首先，输入网址进入 cBioPortal 数据库的首页。找到 TMB 数据集，点击红框中最右侧的小圆圈按钮进入该数据集。该数据集共包括 1661 名接受免疫检查点抑制剂治疗癌症患者的基因组及相应临床数据，包括 350 例非小细胞肺癌患者、320 例黑色素瘤患者、215 例膀胱癌患者、151 例肾细胞癌患者、139 例头颈癌患者、126 例食管癌患者以及胶质瘤患者等。左侧红框可以选择肿瘤类型，中间红框可以选择具体亚型，右上红框可输入自己感兴趣的基因名称（不同基因间加空格）。以非小细胞肺癌中的肺腺癌为例，如下图所示我们共选定了该数据集的 271 例肺腺癌患者。这里以肺腺癌亚组分析 KEAP1 和 NFE2L2 基因突变在肺腺癌免疫治疗中的作用为例。从上到下依次点击红框内容，生存曲线图以及相关生存信息就出来了（是不是 so easy）。如果想单独分析这两个基因的话，可以点击「Altered group (69) 」按钮，然后点击「NFE2L2」或「KEAP1」按钮就可以了。对比这篇发表在 JTO 的文章截图，是不是感觉似曾相识 ～此外，点击「clinical」按钮还可以分析相关临床信息，包括 TMB 评分数据等。
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