质子泵抑制剂
胃酸在本病的发病中起重要作用，抑酸治疗是本病的主要疗法，质子泵药物（PPI）是最佳选择。质子泵抑制剂相比传统的抑酸药，抑制胃酸分泌的作用强而持久，同时可以使胃蛋白酶的分泌减少。常用的质子泵抑酸药物有埃索美拉唑、兰索拉唑、奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等。质子泵抑制剂治疗8周，可以使96%的糜烂性食管炎患者治愈，也能很好的缓解胃食管反流病的症状，但有10%~15%的病人不能缓解。长期质子泵抑制剂治疗应根据症状控制情况，逐步减量直到采用最小有效剂量。质子泵抑制剂治疗一定要正规，食管外症状缓解较慢。对所有食管外综合征患者，经验性1天2次足量质子泵抑制剂治疗8~12周后，建议降阶梯维持治疗，维持治疗应选择最低质子泵抑制剂的剂量来满足充分的症状缓解。不良反应主要为恶心、胀气、腹泻、便秘、上腹痛等。皮疹、谷丙转氨酶（ALT）和胆红素升高也有发生，一般是轻微和短暂的，大多不影响治疗。
促动力药
胃食管反流是一种动力障碍性疾病，常存在食管、胃运动功能异常，质子泵抑制剂治疗无效时，可应用促动力药。对于伴随腹胀、嗳气等动力障碍症状的患者，效果明显优于抑酸剂。
联合治疗
抑酸剂治疗无效，且经食管测压证实有食管动力异常的患者，可试用促动力药联合抑酸剂治疗。
巴雷特食管的治疗
巴雷特食管是胃食管反流严重的并发症，食管下端有不正常的柱状上皮覆盖，有发生腺癌的可能。因其有恶变的可能，应进行内镜随访及活检，以早期发现异型增生及腺癌。当患者有低度异型增生时，可采用大剂量的质子泵抑酸药治疗。中重度异型增生或出现结节状增生时可行内镜下治疗甚至局部食管切除。
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