在之前的推送中,经常能够看到SnapGene的影子,比如这样:
这样:
还有这样:
可见小编对于SnapGene是多么喜爱。小编对与这个软件的评价是:
不仅功能好,颜值还那么高~
对于初次接触SnapGene软件的小伙伴,推荐大家看一下“易科学”官方微信推送
工具 | 详解Snapgene---分子克隆之利器!用过都说好!(文末附资料包)
通过这篇文章,能够对SnapGene软件的功能和用法做一个初步了解。同时,也向大家推荐一下“易科学”,一个有爱的公共科研服务平台。
下面进入正文,介绍一下如何利用SnapGene设计SNP位点的RFLP检测方案:
RFLP是指DNA片段的限制性酶切片段多态性,SNP的RFLP检测流程如下:
选择合适的限制性内切酶,该酶能够特异性识别SNP位点的碱基种类,当SNP位点碱基变化时,能够使该酶失去原有的识别位点;
设计扩增引物,将包含SNP位点的一段DNA扩增下来,且保证其中只有一个该酶的识别位点;
使用限制性内切酶对产物进行酶切、电泳,通过产物带型来确定SNP的碱基种类。
因此,该方案的核心有两个:限制性内切酶的选择及扩增引物的设计。
/ 限制性内切酶的选择 /
由于SNP位点出现的随机性,很难一眼就看出该序列位于什么酶的识别位点,而使用SnapGene软件,就非常容易了。
举个例子,检测RS2267668 [A/G]多态性:
【1】将SNP位点分别设置为A和G,得到两条序列,将序列都放入SnapGene,开启左上角酶切位点按钮,建议最初选择所有的(All Commercial)
【2】 对比两者,发现当SNP位点碱基为G时,多出一个酶切位点:Hpy188I。这就意味着,可以使用该酶进行该SNP位点基因型的检测。
限制性内切酶选择结束,简单而高效~
替代方案:
使用WatCut,将序列粘贴进去,采用以下格式:
点击提交序列,在结果中就能看到适合检测该位置的酶:
/ 设计扩增引物 /
从序列的酶切位点分布看,这个酶有四个识别位点:
本着RFLP的引物设计原则,应该保证扩增产物中只有一个识别位点,因此可以在上述蓝色方框范围内进行引物设计,使产物长度为200~1000bp,且酶切位点左右序列长度差异>100 bp以保证电泳带型明显。
引物设计好之后,将F/R引物的扩增产物新建一个SnapGene文件,准备进行PCR电泳预测:
点击“Tool”标签栏中的“模拟DNA电泳”,弹出新的页面,其中:
点击电泳图中的MW,选择需要用到的Marker:
点击泳道1,选择使用F和R引物扩增该条带:
点击泳道2,选择使用Hpy188I酶切扩增条带:
最后调整一下胶浓度和电泳时间,就得到了完美的模拟电泳条带图,以他为目标,放手去做吧!
今天的技术内容就到这里,下课~
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