禹王庙原先规模较小。明正德、万历年间，进行了大规模的维修与扩建。正德九年，扩建了禹王宫，增建了钟、鼓二楼，气势宏伟壮观，“前后殿宇，焕然而增新，大门、垣墙，翼然而严整；钟、鼓二楼，巍然而雄峙，规模宏远，视昔不侔焉”（明正德十年《重修禹王庙碑记》）。
此时，涂山禹王宫按中、东、西三条轴线，正式形成前后“五进、十殿、九院”，有殿堂40多间。
第一进七间，中三间等高为山门。门两侧横书“空山垂四壁，古庙独千秋”巨字。
第二进为崇德院穿堂，又名拜厅，是游人休憩品茗之处。
第三进为禹王殿，内容塑大禹塑像，皋陶、伯益配祀左右。
第四进为启母殿。怀远十二景之一的“东峰银杏”，即植于启母殿前，传说为大禹手植，惜毁于雷火。今树内生树，为一大奇观。
第五进为玉皇楼，下层为玄武殿，中奉玄武大帝。其宏伟建筑一直保持到清康熙七年地震。晚清和民国年间，禹王宫虽经多次修缮，由于列强入侵，内容忧外患，楼阁殿宇倒塌过半，文人题诗、绘画、石刻、楹联等变遭毁坏。
禹王宫为省重点文件保护单位，也是我国现存于山峰顶端规模最大的道教宫观。新中国建立后，政府多次对禹王宫进行保护修缮。农历三月二十八的涂山禹王庙会，被列为省级非物质文件遗产保护名录。
为重现禹王宫当年建筑之辉煌，涂山风景区对其进行了大规模修建。新建的禹王宫，集华夏古建筑之精华，汉风唐韵，以大气磅礴的面貌展现在涂山之巅。
