什么是WES, WGS和Panel？

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在使用NGS测序技术进行遗传学筛查时，经常会遇到WGS，WES和Panel这三个词。是什么意思呢？

WGS和WES分别是全基因组测序，全外显子组测序的首字母缩写。Panel的字面意思是仪表的面板，用在NGS测序中会翻译成“基因包”。

WGS，WES和Panel有什么特点呢？打个比方来说，全部的基因组序列有3个Gb这么大。如果测序数据有10个Gb的话，可以覆盖全基因组3次左右，我们称为3X测序深度。而对于编码蛋白的外显子区域，只占基因组的1%，也就是30Mb大小。10个Gb的测序数据可以达到100X以上，更不用提只筛查一部分基因的Panel了，不需要10Gb数据，只要1个Gb就可以达到1000X左右了。

数据量越少价格越便宜当然是一方面，Panel的一个很大的优势是测序深度高。这有什么好处呢？

对于某个野生型是GG的位点来说，假如有一个杂合突变，基因型就变成了GT。在测序数据中会同时出现带有G和T的序列，它们的比例大概是一半对一半。在进行遗传学检测的时候，会使用测序数据来推测真实的基因型。通过和参考序列做比较，我们会认为该位点发生了杂合变异，为了防止被偶然的测序错误干扰，至少需要存在一定数量的变异序列，才能支持这个位置发生突变的结论。这就需要该位置有一定的测序深度，比如说至少20X。

由于测序和分析过程中的系统偏好性，带有G和T的序列可能不是一半对一半。与其他测序位置相比，也不会都是20X，而是呈现高高低低的样子。这与基因组GC含量，捕获时的探针特异性等因素有关。因此测序深度越高，存在这些问题的区域就越少，漏掉变异信息的可能性也就越小。

另外，高测序深度对发现镶嵌变异也是有利的。变异发生在受精卵阶段时，不管对多少个细胞进行测序，变异的序列总是各占一半。而变异发生在发育的中间阶段时

会出现镶嵌的情况，想要检测较低比例的镶嵌，就需要比较高的测序深度了，可能只有基因Panel能够比较好的完成这项任务。

我们来总结一下三种技术的特点。基因Panel可以得到较高的测序深度。另外它有比较高的定制灵活性，可以添加一些非编码区的致病区域；WES介于WGS和Panel之间，它可以使用相对能够接受的成本，获得较大的测序范围，并获得较高的测序深度；WGS测序范围最大，但如果用它来检测碱基变异信息，需要大约100Gb的数据，成本在目前来说比较难接受。

在遗传学检测领域，关于使用Panel，WES或WGS的争论一直存在。它们都有各自的优点。我们该如何选择呢？

一般来说，在检测目标比较明确时，应该首先选择Panel，以保证检测范围内的敏感性；而在检测目标不是很明确时，应该考虑WES或WGS，尽可能帮受检者寻找更多的致病因素。

WGS，WES和Panel今天就介绍到这里，我们下期再见！

视频制作：大水

配音：凡树

文字：大水

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