消毒是用消毒药或其它方式杀灭病原的过程，在这个过程中，会遇到非常多的影响因素；而这些因素往往会导致消毒无效。
以下是消毒时必须注意的因素。
一是消毒时间。因为病原虽然个体小，但也有非常复杂的结构；消毒是破坏病原体内的主要成分，导致病原失去活性。但如果消毒时间短，病原的成分还没被破坏就脱离了消毒条件，那病原是不会被杀死的。比如高温消毒，蒸或煮需要30分钟左右，可以将病原杀死，蒸煮的温度只有100℃左右；而火焰消毒，温度高达几百度，但如果只是一扫而过，那也不一定杀灭病原，因为如果病原隐藏在物体内部，物体升高到足够的温度是需要时间的。
二是要注意浓度。比如火碱溶液，1%的浓度足以杀死大部分的病原；但如果浓度只有0.01%，那就很难说了。我们常用的高锰酸钾溶液消毒，是最容易出现浓度不足的现象，因为人们很少按比例配制。
三是要注意消毒药要与病原接触。如果地面有厚厚一层粪便，消毒药短时间无法渗透，那里面的病原是不会被杀死的，这是我们育肥舍带猪消毒最常见的现象。许多猪场在进场大门处，往往会设置紫外线灯消毒，但紫外线是无法穿透衣服的，如果衣服里有病原，那是没法杀死的；所以，紫外线灯消毒往往只是一种形式。
四是消毒是需要相关条件的。比如甲醛熏蒸消毒，需要15℃以上温度，湿度不低于75%，而且还需要足够的时间；如果在寒冷的冬季，而且空气非常干燥，那是没有效果的。
消毒需要注意的事项还有很多，这里只是介绍几种比较重要的内容；在生产上，还需要养猪人时刻注意，消除各种不利因素的影响。而如果只是不假思索地操作，往往是既浪费了药品，还会误导人们的思路，没有消毒好还以为消毒好了，那是会出大问题的。
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