清代的巡抚、总督是地方最高长官，职掌一省或数省的军政事务，不过值得注意的是“地方”两字。也就是说，巡抚、总督在清代的性质始终是被定义为“地方官”的，这也是它和明代巡抚、总督最显著的区别之一。
自朱元璋废除中书省后，在地方设立了三司（承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司），分管行政、司法、军事。它们三个系统各自独立，难以形成与中央抗衡的力量，但同时地方的稳定是以牺牲行政效率为代价的。地方上因缺乏一个强有力的权威，遇事各个系统之间难以协调，容易造成互相推诿，拖延不决。这是废中书省后明代省制的一大缺陷。
为解决这一问题，经过长期的尝试和发展，逐渐形成了总督、巡抚制度。“巡抚”这一名称的出现，始于洪武二十四年（1391年）朱元璋派太子朱标巡抚陕西。但当时主要是派太子巡视陕西，与此后的巡抚并无任何关系。
真正意义上的巡抚是从永乐十九年（1421年）派遣尚书蹇义等二十六个朝廷大臣巡视天下，安抚军民开始的。这一时期中央不定期地派朝廷大员巡察地方，所派之人有尚书、侍郎、都御史、少卿等官，巡视完毕后即复命。
《明史·宣宗本纪》记载：“洪熙元年（1425年）八月，大理寺卿胡概、参政叶春巡抚南京、浙江。设巡抚自此始。“这里说的实际上是巡抚久驻地方的开始，不久各省便普遍设置。除了在全国十三个省设置外，在一些军事要冲或事务繁杂、易生事端的地带也有设置。
巡抚的职责主要是巡视地方、抚安军民、考察官吏、提督军务。早期时提督军务和赞理军务职责较重，中期以后巡抚职职权已经十分广泛，涉及到地方政治的方方面面。巡抚在沟通中央与地方、加强地方行政效能方面起到了积极作用，因此巡抚的制度化进程较快，制度化程度也较高。
总督的形成晚于巡抚，与巡抚制度存在一定联系。总督又有“总理”、“总制”等名目。总督的地位高于巡抚，事权更重，与巡抚普遍参与地方各项行政事务不同，总督职能的专指行较强，或专管某一方面事务，或具有浓厚的军事色彩。其辖区不限于省，根据所任职掌的需要，或专注于一两个战略要地，或跨越数省。
总督可分为专务总督和地方总督两类。专务总督出现于宣德年间，有总督税粮、总督漕运、总督河道等名目，以所辖事务为主，辅以提督军务。地方总督则军事色彩强烈，一般设于军事要冲、边地或发生动乱之处，以利于调动各方力量协同行动。
地方总督出现于正统六年（1441年），时西南麓川之役，朝廷以兵部尚书王骥总督军务，此为总督之始设。这时的地方总督尚属临时派遣，事毕还朝，还未成为定制。《明史·职官志》中记载有地方总督14处，均设于景泰之后。
嘉靖朝是总督设置制度化的重要时期，一些地方的总督在此期间变成常设差遣。如蓟辽、宣大、陕西三边、两广等。天启、崇祯时，国事艰难，遍地烽火，广设总督，总督的权力和管辖范围也越来越大，辖区有的达五省、七省之多，名称有经略、督师、总理等名目。
巡抚设置之初每年有回京议事的之例，中期以后渐渐停止。整体来说，巡抚的地方化程度要比总督要大得多，一是辖区较为固定，且与原有省级行政区基本吻合；其次巡抚已广泛参与各地方行政事务的管理。总督由于专门化色彩较浓，辖区和设置都缺乏稳定性，因而向地方官转化需要更长的过程。
明后期，虽然巡抚、总督已具有地方官的某些特征，但在制度上，他们仍然是中央官，是一种差遣。《明史·职官志》中就将督抚列入中央都察院系统内。在官员考察中，督抚参加的也是京察，而不是大计（地方官考核）。
另外，督抚虽然在地方驻守，但却只有中央官出差的关防，而没有地方官的印信。督抚的设置在相当程度上弥补了三司体制的不足，在地方分权的情况下，督抚相对集中的权力有利于提高行政效率和应变能力，同时作为一种差遣官，又便于中央的控制。直到清代，督抚才彻底完成了地方化。
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