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肠道微生物也就是我们所说的肠道菌群，其数量超过人体自身细胞的10倍以上，对营养物质代谢、人体自身发育、免疫及疾病的产生等方面都起到极其重要的作用。很多研究结果都表明肠道微生物和多种疾病发病直接相关，比如癌症、心血管疾病、神经性疾病等。
肠道微生物与心血管疾病
近年来发现，心血管疾病的发生除了受传统危险因素影响外，肠道微生物也作为一种危险因素影响其发生。
1、Pathogenic gut flora in patients with chronic heart failure. 2016
通过对心力衰竭患者的肠道微生物进行检测，与正常人相比较，心力衰竭患者肠道内的革兰阴性菌以及念珠菌的含量较高，并且肠道内的渗透性也增加，从而促进了心力衰竭的进程。
2、Gut microbial metabolite TMAO enhances platelet hyperreactivity and thrombosis risk. 2016
对4000多名受试者进行前瞻性的为期3年的血栓事件（心肌梗死、脑卒中）随访，并统计了血液中TMAO含量与血栓发生风险的相关性， 结果发现血栓发生风险与TMAO呈剂量依赖的正相关关系。
肠道微生物与癌症
胃上皮细胞的持续再生是由长寿的干细胞驱动的，但调节其循环的机制尚不清楚，最近发现，胃病原菌幽门螺杆菌可以激活胃干细胞，增加上皮细胞的增殖，而Wnt信号对于组织的干细胞鉴定和上皮再生具有重要作用，AXIN2是重要的Wnt/3-catenin信号通路的调控因子,其表达局限于胃腺基底处，那里是干细胞的所在地，能够促进干细胞的增殖。但Axin2需要由靠近干细胞室的胃肌成纤维细胞产生的基质来源的R-spondin 3活化。幽门螺杆菌感染增加了间质R-spondin 3表达，从而导致细胞不断增殖，使胃癌的发生风险升高。
肠道微生物与类风湿性关节炎（RA）
1、An expansion of rare lineage intestinal microbes characterizes rheumatoid arthritis. 2016
采用16S rRNA测序对患者和健康人的肠道微生物进行测序，发现RA患者的肠道微生物丰度显著减少， 而且丰度减少的程度与病程长短以及病情严重性呈正相关，相对于对照组，患者肠道内的放线菌门和柯林斯氏菌含量增多，而占主导地位的拟杆菌门含量减少。
2、Suppression of inflammatory arthritis by human gut-derived Prevotella histicola in humanized mice. 2016
采用动物实验，从健康小鼠肠道中分离出一株共生菌Prevotella histicola（在肠道的自身免疫中发挥作用），对RA易感的HLA-DQ8小鼠先用Ⅱ 型胶原蛋白免疫， 后采用Prevotella histicola治疗，结果发现相对于未用Prevotella histicola治疗的小鼠，治疗的小鼠RA发病率显著降低。
肠道微生物与中枢神经系统疾病
1、Toxin profile of fecal Clostridium perfringens strains isolated from children with
autism spectrum disorders. 2018
肠道微生物还可能通过代谢产物影响精神心理疾病的发生，通过对 29 位自闭症谱系障碍儿童的粪便进行细菌分析，显示患病儿童中拥有 β2 毒素基因的产气荚膜梭菌菌株显著高于对照者，而 β2 毒素具有神经毒性，并且可能与肠道菌群失调导致的炎症状态产生协同效应。
2、Bidirectional brain-gut interactions and chronic pathological changes after traumatic brain injury in mice. 2017
在小鼠创伤模型中发现肠道细菌对病情及预后同样有巨大影响，并且与远期并发症和死亡率呈正相关，创伤后小鼠菌群失调或致病菌感染可加剧小胶质细胞/巨噬细胞的激活反应，进而加剧了皮层组织损伤和神经炎症。
肠道微生物与颅内肿瘤
Can intestinal microbiota be associated with non-intestinal cancers? 2017
在果蝇模型中证明肠道微生物改变与脑内恶性肿瘤有关，发生肿瘤的果蝇幼虫的芽胞杆菌科相对丰度显著降低，并推测肠道微生物的改变可能在癌症出现之前就已发生，可能作为癌前诊断标志物。
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