大明王朝自明太祖朱元璋1368年建立为始；1644年李自成攻破北京，明思宗朱由检自缢殉国为终，凡历276载，共十六帝。
而明十三陵作为埋葬明朝帝王的陵寝，却只埋葬了其中的十三位帝王，那么另外三位皇帝呢？
第一： 明太祖朱元璋
明太祖朱元璋，乃是安徽濠州人士。1353年，在参加了濠州望族郭子兴领导的红巾军起义之后，不过三年时间，他便攻取了应天府即今天的南京。而南京城作为朱元璋的龙兴之地，他在听取了谋士朱升的建议，以南京为根据地“高筑墙，广积粮，缓称王”之后，经过十余载的攻伐，战胜了陈友谅、张士诚最终在南京称帝，建立大明王朝。
事实上当时的他，对于定都南京，也有另选他址的想法，因为南京偏居一隅，不便于统治北方地区。而且他还多次派遣太子朱标前往各地考察，包括西安、凤阳、开封等地都成为备选的都城，但是最终由于营建新都耗费巨大，朱标太子英年早逝等原因最后也都不了了之。于是南京城地位便得到了巩固。
洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝。最终朱元璋本人被归葬于南京城的紫金山附近，是为明孝陵。
第二：建文帝朱允炆
作为明朝的第二任皇帝，朱元璋在朱标太子去世后便将朱允炆当做了皇位的不二人选。更是为了能够让他安稳上位，将蓝玉、傅友德等人尽皆诛杀。但是笃信儒学的他，却听信齐泰、黄子澄的建议，进行削藩。其中又有操之过急之举，最终也被朱棣在靖难之役中打败。而南京城破之后，关于建文帝的下落也是说法众多。有言说其死于城破之时的大火之中，也有说在朱棣篡位成功后逃亡云南由沐英家族庇护。至于死后所葬何处，更是无从得知。
第三位：明代宗朱祁钰
明代宗朱祁钰本无承位的机会，但是就在1449年，瓦剌也先入侵。而年轻气盛的明英宗朱祁镇，在阉党王振的怂恿之下，欲效法明成祖朱棣故事，御驾亲征。尽管朝臣屡次劝谏，但是明英宗还是一意孤行，于是抽调京师二十余万大军进攻瓦剌。而作为妥协，其子朱见深被封为皇太子，其堂弟朱祁钰担任辅政。
而志大才疏，更兼之有王振擅权作威作福，粮草不继之下，明朝大军不日便在土木堡之战中损失殆尽，兵部尚书等66员大将战死，明英宗朱祁镇也被俘。
瓦剌也先大军也趁势直逼北京城，当时的朝堂之上可谓是乱做一团。以徐有贞、石亨等人为首更是支持南迁，而担任辅政的朱祁钰也是唯唯诺诺。此时一旦南迁，类似北宋的靖康之耻又会重现，而也就在国家危亡之时，时任兵部侍郎于谦站了出来，力主固守。而为了防止瓦剌以明英宗为人质，朱祁钰得以登上大宝。
明代宗朱祁钰，也由此开始了他的执政生涯。在权利欲之下，他不仅将朱见深的太子之位废黜，也将没有了利用价值的而被瓦刺放归的明英宗朱祁镇名义上尊为太上皇，实则是囚禁内宫。
但是“命里有时终须有，命里无时莫强求”，他的儿子朱见济被封为太子还没有1年被病笃而亡，自己不久也病情沉重。而徐有贞、石亨等人则趁机发动了夺门之变，被囚禁了数年的朱祁镇得以复位。
作为报复，朱祁钰被幽禁，不出一月便去世。而朱祁镇更是剥夺了他的帝号，还给了一个谥号叫”戾” ，不悔前过曰戾是也。而他最终也只得以亲王礼葬在了北京西山。
参考资料：《明史》，清，张廷玉撰
《明英宗实录》，《明太祖实录》
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