作者：罗忍
点评：杨勇
剂量学参数的收集是剂量学研究最为烦人的一部分，工作量大而且容易出错。临床医生常见的方法就是在计划系统中应用软件自带的功能计算相应的参数，有些无法获得的数据则通过一些简单计算获得，而且只能一例一例患者收集，工作量比较大。DVHmetrics是德国University Medical Center Mainz的Daniel Wollschlaeger及Heiko Karle制作的R包[luorenbu1] ，它使得剂量学参数收集效率大大提高。该R包有命令界面及网页的界面。其功能包括：1.计算DVH参数；2.对DVH曲线作图；3. 剂量体积关系的质量保证约束条件；4.计算BED, EQD2, Isoeffective Dose。适用于计算以下放疗系统导出的DVH文件：VarianEclipse(Versions 8–13), CadPlan, Pinnacle3(version9), Oncentra MasterPlan(version4.3), Elekta Monaco, TomoTheray HiArt, RaySearch Labs RayStation。
本文以两个例子介绍该DVHmetrics包在Eclipse 10导出的DVH文件（软件说明书指出微分或积分均可）的剂量学参数收集方面的应用。软件的主要的剂量学参数如下图所示（来自R包文件说明）：
一、DVHmetrics需要在最新的3.3.2版的R语言上运行。
1. 在R语言的命令界面运行
1.1 下载并安装最新的R软件（链接在文末）
1.2 安装DVHmetrics的R包，在命令界面输入：install.packages('DVHmetrics')
2. 在以网页为基础的界面运行
2.1 下载并安装最新Rstudio（连接在文末）
2.2 调用R包：library(DVHmetrics, verbose=FALSE)
2.3 调出网页版手册（可有可无）：vignette('DVHmetrics')
2.4 运行界面：runGUI()
2.5 再点击刚弹出网页的上的标签“Open in Browser”就可以在电脑的默认浏览器打开（这一步使得DVH计算结果方便保存）
二、收集剂量学参数
(一) 首先在Eclipse中导出患者DVH参数文件。
在Eclipse的External BeanPlanning中的Mode View窗口，按右键，选择Show Dose Volume Histogram View；
2. 在下面窗口Dose Statistics中选择你需要DVH参数的器官，这时在Mode View窗口，会显示该器官的DVH图；
3. Mode View窗口，按右键，选择DVH Options，选择绝对剂量及绝对体积，Step size根据需要选择，这里我选择1cGy；
4. Mode View窗口，按右键，选择Export DVH in Tabular Format，然后命名文件、选择DVH文件输出的位置。
（二）利用R收集DVH参数
1. 首先应用简单的网页版计算DVH，这个方法最为傻瓜，但是能上传的DVH的大小是有限制的，所以该方法适用于文件较小的DVH计算。（临床医生常用）
例1[yy1] . 收集两位患者（sss及ttt）患者甲状腺的最大、最小、平均剂量及V10– 60（Vx甲状腺接受大于xGy的百分体积）剂量参数。（DVH文件来自Eclipse 10，精确到1cGy（使得文件大小明显缩小））
1.0 预处理，把Eclipse系统导出的DVH文件全部转换为txt格式。在DVH文件目录新建一个空白txt文件，输入ren *.* *.txt，改文件格式bat，然后双击这个新建的bat文件，即可将所有DVH文件转换为txt格式。
1.1 选择需要分析文件。在网页依次选择Upload DVH file，Eclipse，Browser即可直接选择你要分析的文件。然后点击Apply。
1.2 计算参数。点击右边Metrics，在Metric（s）框里面输入：DMAX, DMEAN, DMIN, V10%, V15%, V20%, V25%, V30%, V35%, V40%, V45%, V50%,V55%, V60%，就可以获得需要的剂量学参数。点击observed，metric，structure，patID可以分别根据你点击的项目排列结果。
1.3 保存结果。界面左侧的Sort output table by我选择Metric，就是输出结果根据剂量学参数分类。点击界面的Save as text file，下面可以选择小数点是使用逗号还是句号，列的分隔使用的符号。我选用小数点句号，分隔符号逗号。
2. 应用命令计算DVH，这个方法复杂一些，但是能计算大的DVH文件。这个方法物理师应该常会用到，因为他们经常收集同一患者多个结构的剂量参数。（当很多个结构同时导入一个DVH文件时候会得到很大的文件。导入R的时间也较长，之前试过一起读10个每个10M的文件，用了1分多钟）
例2. 收集患者的PTVnx的D50%_cGy, D95%_cGy, D98%_cGy, V65Gy（93%处方剂量）, V69.9Gy（100%处方剂量）, V74.79Gy（103%处方剂量）。
2.0 预处理，在DVH文件目录新建txt，输入ren*.* *.txt，改文件格式bat，然后双击这个新建的bat文件，可以将所有DVH文件转换为txt格式。并命名所有DVH文件为类似文件名dvhFile1、dvhFile2、dvhFile3等。
2.1 读取DVH参数，将目录c:/folder中的所有dvhFile类似名字DVH储存到res变量res<- readDVH('c:/folder/dvhFile*.txt', type='Eclipse')
注：文件名后面加*代表读取所有类似的文件。
print(res)
注：可以展现患者基本信息及DVH包括的结构
2.2 计算参数
getMetric(res, metric=c('D50%_cGy', 'D95%_cGy','D98%_cGy', 'V65Gy', 'V69.9Gy', ' V74.79Gy'), structure='PTVnx', splitBy='metric', sortBy='patID')
注：计算D50%_cGy, D95%_cGy,D98%_cGy, V65Gy, V69.9Gy, V74.79Gy，结构为PTVnx，结果按剂量学参数类别分开，以患者排列结果。
2.3 结果。直接在R界面上复制，黏贴到word，再转到excel，类似于例1。
三、应用技巧
1. 软件没有专门计算结构体积的参数，应用V0%_CC计算即可；
2. 一次也可计算多个结构，例如structure= c('Dose7000[cGy]', 'PTVnx','and7000','PTV1(60) ',' PTV2(54)')。
3. 使用手册里面有更多使用技巧
四、资源下载
1. DVHmetrics说明下载：
https://cran.r-project.org/web/packages/DVHmetrics/vignettes/DVHmetrics.pdf
2. 最新R语言软件下载
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
3. 最新Rstudio软件下载
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
五、转载请告知作者
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