在线分析神器介绍：单细胞测序与免疫细胞特征

这两年免疫研究在肿瘤领域风生水起，任何研究只要机制或者功能上往免疫上蹭一蹭，都能获得不菲的科研回报，吸引眼球。

本文面向的是，所有研究非小细胞肺癌的同志。

本文所介绍的网络平台在线分析是来自于一篇去年发表在Nature Medicine的重磅文章，单细胞分析非小细胞肺癌中T细胞特性的研究。

这篇数据，纳入了14个NSCLC病人的12346个T细胞单细胞测序结果，但是展示在网络平台上的这个工具上的，有7183个细胞，以及相应的12598个基因表达结果。

也就是说，这个平台能分析特定基因在不同免疫T细胞中的表达。

众所周知，之前比较火热的TIMER分析（单击了解查看使用说明），是研究特定基因与不同种类的肿瘤浸润免疫细胞研究，包含B细胞、T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞等等。

https://cistrome.shinyapps.io/timer/

那么，如果你有幸在TIMER中发现你的基因与CD4 T细胞有很高相关性，那么也得无可奈何的停手，因为不能再深入分析了。CD4 T细胞的亚群种类非常之多。而今天介绍的数据库（Online data viewer）恰恰弥补了其中的空白。

http://lung.cancer-pku.cn/index.php

也就是说，今天的介绍的数据库结合TIMER分析，在非小细胞肺癌中，“食用”起来更加富有层次感，口感更加哦。

下面我们来看看，这个平台怎么使用。

输入指定基因，调整相应参数。

你可以选特定的CD4或者CD8亚群，也可以选可视化的具体表现：

还可以选择你是只想展示正常组织细胞还是外周血细胞还是肿瘤浸润细胞或者其他细胞类型

，以及病人的选取：

简单吧，然后就可以直接看图了。

第一张图是基因ERBB2在不同细胞亚群中的表达箱图：

第二张是基因在不同亚群分布中的每个单细胞表达量可视化。

第三张图是所有T亚型细胞的亚群分布，对应的是第二张图的背景 

最后一张则是所有单细胞信息说明

所有数据都可下载。

本次介绍的数据库操作简单，聚焦特定基因在非小细胞肺癌中的亚型分析。值得注意的是，由于这个数据库纳入的只有12598个基因，因此，并不是所有基因都能顺利查的到表达的。请有心理准备。

今天的介绍就到这里。赶紧试试吧。5分钟多两张小图。