有机肥与微生物菌剂搭配需要考虑两方面的因素，具体如下：
一方面，有机质是微生物生存与繁殖的食物来源，当土壤中有充足的有机质时，微生物迅速的繁殖，在贫瘠土壤中，单纯补充微生物菌剂，有益微生物在土壤中难以大量繁殖，效果有限。
另一方面，有机质是有益微生物的粮食，同时也是有害微生物的粮食，单纯给土壤补充有机肥，虽然能够起到改良土壤理化性质的作用，但同样存在风险，在土传病虫害较严重的土壤中，有害微生物占据上风，施入田间的有机肥可能会成为有害微生物生长和繁殖的粮食来源。所以，在有机肥中添加适量的微生物菌肥，提高有机肥中有益微生物的群体数量，并令其占据主导地位是有必要的。土传病虫害越厉害的土壤，相应微生物菌肥添加量需要更高。
注意碳氮比（C/N）
当有机质碳氮比（C/N）为25时，微生物最易分解利用，同时，有机质分解也最为彻底。我们常用的农家肥或堆肥均很难能够满足这一碳氮比，施有机肥时，不妨将高碳氮比的有机肥原料搭配低碳氮比的有机肥原料一同腐熟发酵，这样更有利于有机肥的腐熟和微生物的繁殖。比如羊粪可以与玉米秸秆6:4混配。
除此之外，高碳氮比的有机肥原料腐熟发酵时，还可以选择添加适量的氮肥来进行调控，如玉米秸秆碳氮比（C/N）为41.3，每吨干秸秆中添加4公斤尿素即可将碳氮比（C/N）调整为25左右，或者添加12公斤复合肥（15-15-15）。
