被查单位名称是北京某某工程有限公司，2009年4月，由北京市地方税务局检查处指令北京市某某区地税局检查该公司建筑安装业务。这家公司成立于1999年04月，工商登记的经济性质系其他有限责任公司‚注册资金1500万元，法定代表人是王某某。经营范围是各类地基与基础工程施工、打桩机制造。
2009年4月26日，检查组向这家工程公司发送了《税务检查通知书》，首先要求该单位按照市局专项检查部署进行为期一个月的自查。自查阶段，该公司攥写的自查总结说明“经过自查没发现问题”。检查组经过对该单位发票购领情况和纳税申报情况进行详细分析后认为该单位存在涉税问题，随后向该单位发送了《调取帐薄资料通知书》。
经检查，该单位“应付工程款”2007年至2008年年末余额巨大，存在重大涉税问题，于是，区局检查组要求该单位提供两年度该全部建设施工合同。经检查，该公司分别于2007年9月1日与某某电气化局集团动车段工程西铁工程公司项目部签定“新建铁路某某动车段工程”合同，合同价款2000万元； 2007年9月18日，这家公司与某某电气化局集团某某动车段工程建筑公司项目部、某某电气化局集团某某动车段工程一公司项目部、某某建工集团有限公司某某动车段工程指挥部签定“北京动车段渣土桩及载体桩工程”合同，合同价款7800万元，两份工程（以下简称动车段工程）施工合同总价款9800万元，未按各月完工进度确认当期收入，造成税款的漏缴和滞纳。
1、动车段工程
经检查，该单位2007年9月间承接的动车段工程，合同总价款9800万元，未按各月完工进度确认当期收入。经检查，该单位于2008年12月结转动车段工程项目“工程结算收入”41600000元，未按各月完工进度确认当期收入。
根据原《中华人民共和国营业税暂行条例》第九条、原财税[2006]177号《关于建筑业营业税若干政策问题的通知》第二条第一款第一项的规定，确认2007年动车段工程收入2616600元，调整后的2007年营业收入为72816291.92元；确认2008年动车段工程收入59025400元（其中：该单位2008年12月已经确认收入41600000元，），实际调增当期营业收入17425400元，调整后的2008年营业收入为107768780.51元。
另外，该公司分别于2007年4月、7月、9月、12月取得“工程结算收入”2000000元、508148元、100000元、160000元，无代扣代缴完税证明，且又未按规定缴纳税款。
税务机关检查处理意见和依据如下：
第一、关于补缴营业税、城市维护建设税、教育费附加
对于动车段工程，根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第九条、财税[2006]177号《关于建筑业营业税若干政策问题的通知》第二条第一款第一项的规定，确认2007年动车段工程收入2616600元，调整后的2007年营业收入为72816291.92元；确认2008年动车段工程收入59025400元（其中：该单位2008年12月已经确认收入41600000元），实际调增当期营业收入17425400元，调整后的2008年营业收入为107768780.51元。
根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第三条、第四条、第五条、第九条的规定，该单位应补缴2007年营业税78498元（2616600*3%），应补缴2008年营业税522762元（17425400*3%）。
根据《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》第二条、第三条、第四条及京政发（1985）86号《北京市实施<中华人民共和国城市维护建设税暂行条例>的细则》第一条、第二条、第四条的规定，该单位应补缴2007年城市维护建设税5494.86（78498*7%）元，应补缴2008年城市维护建设税36593.34（522762*7%）元。
根据《征收教育费附加的暂行规定》第二条及京政发[1994]18号《北京市人民政府转发国务院关于教育费附加征收问题文件的通知》中关于“一、本市自1994年1月1日起，以纳税人实际交纳的增值税、营业税、消费税的税额为依据，征收教育费附加，附加率为3%，分别与增值税、营业税、消费税同时缴纳”的规定，该单位应补缴2007年教育费附加2354.94元（78498*3%），应补缴2008年教育费附加15682.86元（522762*3%）。
对于无代扣代缴完税证明的四笔收入，根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第二条、第三条、第四条、第五条、第九条、《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十一条、财税[2006]177号《关于建筑业营业税若干政策问题的通知》第四条的规定，该单位应补缴2007年营业税83044.44元（2768148*3%）。
根据《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》第二条、第三条、第四条及京政发（1985）86号《北京市实施<中华人民共和国城市维护建设税暂行条例>的细则》第一条、第二条、第四条的规定，该单位应补缴2007年城市维护建设税5813.11（83044.44*7%）元。
根据《征收教育费附加的暂行规定》第二条及京政发[1994]18号《北京市人民政府转发国务院关于教育费附加征收问题文件的通知》中关于“一、本市自1994年1月1日起，以纳税人实际交纳的增值税、营业税、消费税的税额为依据，征收教育费附加，附加率为3%，分别与增值税、营业税、消费税同时缴纳”的规定，该单位应补缴2007年教育费附加2491.33元（83044.44*3%）。
第二、关于补缴企业所得税
1、补缴2007年企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》第二条、第三条、第五条（一）项、第十条、第十三条、第十五条、《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》第五条、第七条第一款、第五十四条第一款的规定，调增2007年度企业所得税应纳税所得额2329194.27元[2616600-86347.80-（109709.05+91348.88）]，该单位应补缴2007年企业所得税：
应纳税所得额：2329194.27元 +108301.19元（申报企业所得税应纳税所得额）=2437495.46元
应补缴企业所得税：2437495.46元*33%-35739.39元（已纳数）=768634.11元。
2、补缴2008年企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》第一条、第二条、第三条、第四条、第五条、第六条、第八条、第二十二条、第二十五条、第二十八条第二款《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九条、 第二十七条、第七十六条的规定，调增2008年度企业所得税应纳税所得额3638195.61元（17425400-13212166.19-575038.20），该单位应补缴2008年企业所得税：
应纳税所得额：3638195.61元 +1597669.93元（申报企业所得税应纳税所得额）=5235865.54元
应补缴企业所得税：5235865.54元*15%-239650.49元（已纳数）=545729.34元。
第三、滞纳金
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条的规定，对该单位未按规定缴纳税款加收滞纳金，滞纳金总计376749.05元，具体情况如下：
1、该单位2007年未按各月完工进度确认当期收入应缴未缴营业税78498元，城市维护建设税5494.86元，滞纳时间自2007年12月11日至2009年4月16日，按营业税月征期计算滞纳天数，营业税滞纳金18330.76元，城市维护建设税滞纳金1283.15元；
2、该单位2008年未按各月完工进度确认当期收入应缴未缴营业税522762元，城市维护建设税36593.34元，滞纳时间按2008年营业税月征期计算滞纳金天数，营业税滞纳金74675.81元，城市维护建设税滞纳金5227.31元；
3、该单位未按2008年各月完工进度确认当期收入41600000元，未按规定的纳税时限缴纳的营业税1248000元，城市维护建设税滞纳金87360元；滞纳时间按2008年营业税月征期计算滞纳天数，营业税滞纳金124820.20元，城市维护建设税滞纳金8737.41元；
4、该单位2007年4月、7月、9月、12月取得“工程结算收入”2000000元、508148元、100000元、160000元，未按规定缴纳营业税83044.44元，城市维护建设税5813.11元，滞纳时间按2007年营业税月征期计算滞纳天数，营业税滞纳金20057.55元，城市维护建设税滞纳金1404.04元；
5、该单位应补缴2007年企业所得税768634.11元，滞纳时间自2008年6月2日至2009年4月16日，滞纳天数318天，滞纳金122212.82元。
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