1978年7月31号，两个对事件产生重要影响的人物来到arklay研究所，18岁的全才阿尔贝特.威斯克和16岁的天才威廉.帕肯从关闭的干部培训所转来担任主研究员。在除掉马库斯后，威廉.帕肯和威斯克即开始接管“t”病毒的研究。当时帕肯一直致力于研究令人闻风丧胆的“伊波拉”（ebora)病毒，反而对始祖病毒到显得兴趣不大。“伊波拉”病毒的厉害之处人所共知，被感染者10之内就会死亡，而且死亡率90%，但是缺点也很明显。主要表现为三点，其一，在生物体外仅能生存数日，紫外线可以轻易杀死它。其二，是它杀死它宿主的速度。这种病毒杀死它的宿主如此之快以至于没有时间来感染其他人。其三是这种病毒是怎样传播的。这种病毒必须和人进行物理的接触才能传染，这样它就很容易被隔离。但是，如果被感染体在死去的情况下仍有行动的能里，那么它就可以不需外力的借助来传染其他生物体。死去，又能主动攻击传染。作为rna病毒的始祖病毒因其容易突发变异，正有此类特性。因此，就必须开发始祖病毒的变异株。这就是“t病毒”。威廉.帕肯对两种病毒的结合非常感兴趣。那个11年前的女性实验体，一直沉睡在arklay研究所，而威廉.帕肯和威斯克就将在“它”的体内进行各种“t”病毒的实验。
1981年夏天，年仅10岁的天才少女阿莱西亚大学毕业。7月27日，她以主任研究员的身份被安布雷拉分配到南极研究所。对于以16岁即成为主任研究员身份的威廉.帕肯来说，他的自豪和骄傲已变得所剩无几，阿莱西亚逐渐成为人们谈论的话题，这种强大的落差几乎使他发疯。在过去的3年中，“t”病毒研制已经完成，它能使大部分人感染成为丧尸，但也有10%的人可以免疫。当所有人觉得很满足时，斯宾塞却告诉他们他想要的武器能毁灭所有的人，即使不计预算也要开发一种独立的生物武器，几乎每人知道斯宾塞的真实想法。威廉.帕肯考虑制造带病毒的有主动攻击意识的生物武器。但是阿莱西亚给威廉.帕肯刺激并没有消除，威廉.帕肯开始在实验体上疯狂的进行实验，这些实验体都是raccoon市的市民，不断有实验体死掉，又不断有新的实验体送来，只有那个女性实验体继续活着。
1983年2月17日，阿莱西亚的哥哥阿尔弗雷得在南极研究所的秘室中得知自己和妹妹的身世，开始憎恨父亲。
1983年3月，阿莱西亚的父亲亚力山大的南极秘密运输基地完工。
1983年3月3日，阿莱西亚将始祖病毒与蚁后基因相结合制造出“veronica-virus”病毒在阿尔弗雷得帮助下以自己的父亲为实验体植入体内。
1983年4月22日“veronica virus”人体实验宣告失败，亚历山大·艾修弗德化为危险的怪物-诺斯拉图，监禁于南极运输基地的地下单人牢房中。
为了掌握“veronica virus”的惊人潜力，艾蕾西雅·艾修弗德决定将“veronica virus”植入体内，并利用冷冻方式延缓病毒变异造成的智力退化。由此阿莱西亚进入长达十多年的沉睡。阿尔弗雷得回到rockfort岛出任rockfort军事训练所司令。不久他开始出现恋妹情结，并时时呈现人格分裂的状况。有关veronica的研究也终止。
1983年12月31日，从南极研究所传来感染事故致使阿莱西亚死亡的消息。随着阿莱西亚的死去，威廉.帕肯恢复了正常。这时，威斯克开始思考研究以外的问题。他对于斯宾塞的想法，并不比研究病毒容易多少。“t病毒”可以感染任何生物，还有植物，而研究所设在密林里，好象有着醉翁之意不在酒的意味。探究斯宾塞的真正目的，成了比研究病毒更为严重的事情。这就必须掌握足够的情报。从这时开始，威斯克想好了计划，并寻找机会，他要脱离安布雷拉。
5年时间过去了，这难得的5年，什么事也没发生，大家似乎都在等待着什么。1988年1月，michael warren当选raccoon市长，从此raccoon city市在他的领导下与安布雷拉建立的紧密的关系，城市居民半数为安布雷拉所雇佣——暴风雨来临前，总要有个表面上的平静和蕴蓄。威廉.帕肯已经结婚，妻子是在一起工作的安耐特.帕肯（annette birkin),还有个女儿雪利尔.帕肯（sherry birkin）1986年生。人生的领悟，使威廉.帕肯不在是5年前那个单纯的只知埋头苦干的小孩子，在他脑子里已有了其它的思想。他早已是病毒研究的绝对权威，在这个项目中有说一不二的权力，欲望跟着年龄一快成长。病毒研究已经进入成熟的阶段，按照斯宾塞的设想，带有攻击意识的战斗生物体“tyrant（暴君）”被创造出来了，它有一定的智能，能按事先编好的程序执行命令，有比人类更强大的战斗能力。可并不是所有的人都适合病毒的变异株，绝大多数人在和病毒融合是脑细胞就会迅速衰竭，不能保证有一定的智力。而能适应变异株的人却少之又少，据基因解析组实际模拟分析，一千万人中只有一个人能成为“tyrant”，问题的关键是，到底需要多少失败的实验体才能成就出一个“tyrant”呢，在这种情况下，几乎是不可能找出合适的人，研究被这个问题搁浅了。这个时候，同年刚刚成立的法国安布雷拉分公司正在进行“nemesis”计划，这是一种不同于威廉.帕肯的思路研制的生物兵器。但为了有所进展，威廉.帕肯勉强答应可以得到一些样本。“nemesis”的正体是操纵基因而人工创造出来的寄生体，它能通过寄生在生体的大脑里，强化智能。
所以，把“nemesis”与“t病毒”培养生物兵器合成，就能制造出有智能的战斗用生物兵器。但事实上，过程并不象想象的简单，被寄生的生体大都承受不了5分钟的智力支配就会死亡。到最后，还得借助那个在地狱里煎熬的女性实验体。浸入他的大脑的“nemesis”消失了，这是他们万万没想到的。威廉.帕肯认为在她体内一定有什么东西没发现，他要把它找出来。
1991年，威廉.帕肯向公司提出“g病毒”计划，，得到斯宾塞的同意。可以说，威廉.帕肯个人已经决定暂缓“t病毒”的研究，把主要精力转向“g病毒”，因为，“g病毒”是他自己找出来的并开发的，他是“g病毒”之父，“g病毒”一但研制成功，他可以要他想要的东西，而只要是更厉害的新病毒，斯宾塞就批准开发。“t病毒”的研究还在继续，“g病毒”才开始起步，但威廉.帕肯对它充满了信心。“g病毒”是在那个女性实验体内分离出来的，从一开始她被注射始祖病毒，以至后来在她体内进行实验的各种病毒都在不断的变化着，令人惊奇的是，这些病毒全部融合，宿主因此也一直活着，这么多年来的存留，在别人5分钟就承受不了的“nemesis”病毒，在她体内便轻易的吸收了。“g病毒”是好是坏，意见并不统一。“g病毒”的特性是能自发变异，基因的变异，宿主身体结构组织的变异，也就是宿主从里到外不需要外在条件就能改变原先的形态结构和细胞组织，至于会变成什么样，则是无法估计，这也是让人担心的一点。威斯克早已经不在关心病毒，这些早就超出了他的能力范围，他更想做一个象斯宾塞那样的背后首脑，并且掌控着一切，可是他连斯宾塞的想法都不知道。他意识到，在斯宾塞的手底下，永远不会知道事情的真相。这一年，他终于等到了机会，他争取到安布雷拉要派人在警局卧底的人选，进入raccoon市警局。
1992年，安布雷拉正式进驻raccoon市。在安布雷拉的经济援助之下，raccoon开始大幅重建和更新，发展迅速，安布雷拉遂成为raccoon的经济支柱。威廉.帕肯也在raccoon市的巨大底下研究所开发“g病毒”。
1993年开始，raccoon警察署长布来恩.艾隆斯（brian irons）陆续收受安布雷拉大量贿赂，帮助其掩盖不道德行为，城市开始时常出现人口失踪。失踪人口皆为安布雷拉所绑架并用于活体研究。
1995年7月31日，威斯克和威廉.帕肯再次来到伴随他们成长的arklay研究所。这里曾是病毒研究的最高级场所，有过大家汇聚一堂的工作在一起的热闹景象，也记载着无数病毒的成果，“t病毒”就是从这里被研制成功的。而现在，这里多多少少显的有些冷清。这个研究所给了他们很多的回忆，无论如何，他们对研究所是有点感情的，至少威斯克是这样的。斯宾塞已经很少出现在这里了，威斯克猜想斯宾塞好象预测到这里要发生什么事。新来一位研究主任，叫约翰（john）,从芝加哥的研究所来，是个老实正直的人，好象和安布雷拉的用人标准不太一样。他一来就不断想改善这里的残酷的研究方式，而且还向上级提出意见。威斯克怀疑他在泄露研究资料。那个“她”在吸收“nemesis”后，又开始撕其他女性的脸皮了。为不使机密泄露，威斯克和威廉.帕肯决定要销毁那个女性实验体——“她”已经没有在利用的价值了。经过3天的生命停止反映的确定后，她被运到森林里的一个小屋中，那里也存放着“她”母亲的棺材。
1996年，一度陷入危机，面临解散的特殊战术及救援特勤部队s.t.a.r.s（special tactics and rescue servico）在raccoon开始招募队员
，由威斯克领导。
1997年夏天，raccoon警察署搬迁至一所空艺术馆内，其间艾隆斯收受安布雷拉提供的大量艺术品。
至此，raccoon市实际上已成为安布雷拉制药公司的附庸，城市的大部分属于安布雷拉的研究设施，经济完全依靠安布雷拉，地下更有规模宏大的安布雷拉秘密研究设施和处理工厂。
1998年5月，1978年死于安布雷拉内部斗争的马库斯博士的尸体在水蛭女王和“t病毒”的影响下，在漫长的岁月里逐渐获得重生，1998年5月，以雌雄同体的水蛭人的身份恢复意识，随即开始利用体内的病毒和召唤水蛭的特殊能力实行他报复安布雷拉的计划。
19985月11日，在他的破坏下，arklay研究所，干部养成所，raccoon地下处理场，等地相继发生病毒泄露事故。不久，这些设施内的工作人员和实验生物相继被病毒感染，事态渐至无法控制。 arklay研究所主任约翰被感染死亡。
1998年5月14日raccoon市废弃物处理场处理系统完成。该系统使用特殊瓦斯、化学溶剂与焚化炉，将各研究设施中所产生的废弃物与b.o.w.实验体细胞进行分解销毁的废弃处理
1998年5月20日，arkray山区出现第一例生化怪物攻击人类事件
1998年5月21日安布雷拉企业的研究员于'娱乐科学’杂志上发表医学论文。该论文提及于拉昆市郊亚克雷山区中所发现，属于同一种的三类新型药草。由于尚未对其学名与正式名称进行命名，故依其标本颜色分别叫做'绿色药草’'红色药草’与'蓝色药草’。
1998年5月27日raccoon时报对于年轻女性被猛兽攻击致死之事件以头条加以报导。
1998年5月中旬raccoon市郊的arklay山区附近，连续发生离奇的杀人事件，不少民众在山区附近受到不知名生物的袭击，因而丧失性命。期间相继传出目击犬型怪物的事件。
1998年6月初，位于raccoon市公园内的秘密实验体销毁场因为研究所运来的尸体数急剧增长，而无法以正常方式处理尸体。6月16日大规模生化怪物出没于山区。
1998年6月30日，瑞贝卡.查姆博斯（rebecca chambers）以实地医护人员的身份加入s.t.a.r.s--bravo小组。
1998年7月9日警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队s.t.a.r.s进入山区。 至7月中旬，实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为raccoon地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止s.t.a.r.s bravo小组和州警介入。
1998年7月22日，合众国海军特种部队少尉比利.科恩（billy coen）因被指控在一年前非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由arklay山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在arklay山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明
1998年7月22日为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行b.o.w的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱s.t.a.r.s.部队进入灾害地区。
1998年7月23日，马库斯博士的复仇计划开始，20点，他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经arklay山区的列车，成千上万的水蛭落在列车的玻璃上，瞬时冲碎玻璃，车内惨不忍睹。
2小时后，为了解决arklay山区的连续杀人事件，raccoon市警局特殊部队s.t.a.r.s.的bravo小队，乘坐直升机出动前往arklay山区进行调查。但是出发后没多久，bravo小队乘坐的飞机遭受不明武器的袭击坠落，并和拉昆市警局总部失去了联络。bravo小队成员:爱得华.杜威(edward dewey)26岁，直生机机师。 恩里克.马里尼(enrico marini)41岁，s.t.a.r.s副队长，bravo小队队长。 福特斯.斯拜尔(forest speyer)29岁，负债队中的物品整备工作。肯尼恩.j.苏利文(kenneth.j.sulllvan)45岁，负责队中的侦察和防守工作。 理查德.艾肯(richard alken)23岁，负责无线电联络。在树林中，瑞贝卡.查姆博斯发现一辆被严重毁坏的宪兵车，车上宪兵死壮凄惨无比。比利已经逃走。恩里克命令就地搜索。在搜索中，瑞贝卡看到了那列被袭击的火车，决定进去调查。在列车里，瑞贝卡和比利相遇。介于情况不明并且十分危险,比利提出合作，瑞贝卡只得勉强答应。除了队长恩里克，其他人都已死亡。威斯克和威廉.帕肯在干部培训所指示delta team队员把列车开走并装毁它，列车一头撞向封闭的隧道。瑞贝卡和比利从列车里逃了出来，却发现这里是干部培训所。这时，马库斯通过监视器告诉威斯克和威廉.帕肯说要进行报复，威斯克和威廉.帕肯意识到安布雷拉将大势已去，脱离安布雷拉的时机已经成熟。两人商量着对策，威廉.帕肯说“t病毒”接近完成，剩下的就是“g病毒”的强化工作，而威斯克则要按原计划把s.t.a.r.s引到洋馆，于是两人离开了干部培训所。
瑞贝卡和比利在干部培训所里遇到重重困难，但在两人齐心协力下一一排除，其间比利还救过瑞贝卡，瑞贝卡发现比利并不象报告上所说的那样凶残，便问起比利是否真的杀了23个人。比利说那是在一次执行非洲内战的任务，他们在行进途中死伤惨重，由于情报的错误，到达目的地时，发现并没有敌人，付出了这么大的代价，为了有所交代，队长命令他向平民开枪，至于他有没有开枪，他却不愿说起。两人继续分头行动，瑞贝卡消灭掉一个暴君试作型，并和比利来到一个步满了水蛭的大房间。原来马库斯正在等着他们，马库斯说要把世界变得充满仇恨，两人经过默契的配合，最终彻底消灭了马库斯。在把干部培训所炸掉后，他们来到山崖边。在山涯下看到恩里克队长所说的汇合点，原来是个洋馆。瑞贝卡说不会在报告中提起比利，比利心理非常感激，两人在山涯上互相敬礼道别，瑞贝卡径向洋馆而去。bravo小队除瑞贝卡和恩里克队长外，爱得华.杜威确认死亡，其余3人也转移到洋馆。
7月24日s.t.a.r.s--bravo小队失去联络已达24小时，wesker以支援bravo小队为由，率领alpha小队进入arklay山区计划通过alpha小队的实战收集各种b.o.w数据。 alpha小队成员：阿尔贝特.威斯克（albert wesker）38岁，s.t.a.r.s直接领导者，队长。巴瑞.博顿（barry burton） 38岁，武器专家。约瑟夫.佛特斯（joseph frost）负责对中的整备工作。克里斯.雷德菲尔德（chris redfield）25岁，原美国空军所属的王牌飞行员。吉尔.瓦伦蒂安（jill valentine），炸弹专家。布拉德.威克斯（brad vickersvalentine），35岁，负责队中的技术保障，兼直生机机师。
当alpha小队降落到地面展开调查之际，突然遭到两个感染病毒的实验用狗的攻击，约瑟夫.佛特斯不幸殉职，幸存队员进入arkray研究所躲避，发现这是一个到处充满变异生物体的场所。之后，威斯克射杀了了解真相的bravo小队队长恩里克，并以巴瑞的妻女为要挟听令于他。克里斯在研究所内找到深受中重伤bravo小队成员理查德.艾肯，理查德为救克里斯被大蛇吃掉，克里斯中毒，被瑞贝卡所救。吉尔来到森林的小屋中，遇上了女性实验体，正巧巴瑞也在一口棺材旁，巴瑞鬼鬼祟祟的举动引起吉尔的怀疑，巴瑞要吉尔相信他，吉尔犹豫不决，这时女性实验体苏醒向他们攻击，吉尔最终还是相信了巴瑞，两人共同对付女性实验体，当那口棺材被打开后，女性实验体悲鸣着跳入山崖，结束了她凄凄又惨惨的一生。吉尔和巴瑞经过深入调查，来到实验室，看见威斯克正在操作电脑，巴瑞突然用枪指着吉尔，威斯克告诉吉尔巴瑞的妻女都在他的手上，巴瑞只能听他的。吉尔这才知道威斯克是安布雷拉的人，威斯克拿起枪要解决掉吉尔，关键时刻还是巴瑞的正义感救了吉尔。威斯克马上操作电脑，一个巨大容器内的液体满满退去，一点一点的显出一个3米高的人型怪物。这是“tyrant（暴君）”完成体。皮肤灰白，肌肉强健，身型巨大，有锋利的巨爪，最显著的特征是它的心脏在外边。一切都在威斯克的预想中进行，他已经服用了威廉.帕肯给他的药物，只要让“tyrant”杀掉他，就可以给安布雷拉以死亡的假象，而他活过来时，就可以效忠安布雷拉的敌对公司h.c.f了。当tyrant从容器里出来时，威斯克所要做的就是被杀，没有比这更容易的了，成功前竟是这么的轻而易举，使他几乎兴奋着面对“死亡”。“tyrant”一爪子捅进了威斯克的体内，威斯克觉得真的很痛，不过没关系，他只要在地上睡一会就好了。而s.t.a.r.s成功毁灭“tyrant”，甚至炸毁研究所，却是威斯克万万没有想到的，这两样都是他献给新主人的礼物。因此他恨透了克里斯等人。“tyrant”干掉了威斯克，转而向巴瑞，巴瑞躲闪不及，被打晕，剩下吉尔了，她全力以赴与“tyrant”战斗，“tyrant”被打倒。临走时，发现一份“g病毒”记录。事不遗迟，吉尔等人迅速撤离研究所。“tyrant”二次来袭，吉尔用火箭筒将其打碎。于其他人乘坐布拉德.威克斯的飞机逃离。s.t.a.r.s部队幸存人员名单：克里斯.雷德菲尔德，吉尔.瓦伦蒂安，巴瑞.博顿，瑞贝卡.查姆博斯，布拉德.威克斯。死亡名单：爱得华.杜威，恩里克.马里尼， 福特斯.斯拜尔,肯尼恩.j.苏利文,理查德.艾肯,约瑟夫.佛特斯.
1998年9月29日以优异成绩毕业的警官里昂（leon scott kennedy)来到raccoon市，迎接他的是无数的丧尸；此时克里斯的妹妹克莱尔(elza walker)，也为了寻找哥哥的下落而来到raccoon市。里昂与克莱尔在怪物蔓延的城市里相遇，并共同努力找寻逃离这座死亡之城的方法，在警察署,克莱尔从哥哥克里斯的日记中得知他为了不使自己担心，瞒着她已经只身前往欧洲调查安布雷拉。在警局二楼看见一个小女孩被丧尸追赶。两人决定分头行动，由克莱尔寻找小女孩。在一个停车厂里，里昂遇见了艾达，里昂以为艾达是一个被困普通女子，便和她一起逃离，但他发现艾达有时擅自行动，并要她一定要跟着自己走。又走了一会，里昂看见一个金发女子，金发女子一见转身就跑，里昂和艾达追了上去，不料金发女子却开抢向他们射击，里昂为救艾达受了伤。艾达只好一个人追，在一间阴森森的小屋里，金发女子趁艾达不注意，把她的枪打掉，金发女子告诉艾达，她是威廉.帕肯的妻子安耐特.帕肯，她向艾达讲述了威廉成为怪物的经过，她要救回自己的丈夫，为了不使别人妨碍，安耐特要杀艾达灭口。两人在打斗中，艾达将安耐特推下了楼梯。
克莱尔一路打死了各种的变异生物，发现在一条走廊的尽头的一个秘室，警局局长艾隆斯正躲在里面。令人意想不到的是，在艾恩斯的艺术品收藏室里克莱尔找到了那个小女孩，威廉.帕肯和妻子安耐特.帕肯的女儿——雪利尔，她的母亲告诉她来警察局比较安全。雪利尔告诉克莱尔有一种比丧尸大得多的怪物正朝这里来。她并不知道，大怪物正是自己父亲。“g”基于生物的本能，为了寻找最好的遗传体，也就是威廉 柏金的亲生女儿雪利尔，因而不断袭击接近雪利尔的人。克莱尔回到局长办公室，发现已经空无一人了。克莱尔在椅子上找到了局长的日记。原来由于他与安布雷拉的交易破裂而气急败坏，他想让镇上所有的人都变成丧尸来满足他杀人的欲望。为此，他在丧尸进攻警察局之前破坏了通讯系统，分散了武器，使警员的救援行动被极大地延误。之后，他又封锁了可能逃出 raccoon市的每个出口。在9月26日，他烧死了几名幸存者，并杀死了秘书安迪。以上的种种都表明艾恩斯已经疯了！在地下垃圾厂，雪利尔听见父亲的声音，却并没有找到他。地下室里，一个怪物将一生物塞进了局长的口里！克莱尔冲了进去，想除掉那个怪物，却被局长用枪指住。但是，刚才被塞到口里的那个生物迅速成长起来，穿破了艾恩斯的胸膛。克莱尔与雪利尔爬进通向下水道的路时，那个巨大的怪物也就是威廉.帕肯从她们头顶上的走廊经过，雪利尔失足落入了下水道的二层。在那里，威廉.帕肯终于找到雪利尔。在她昏迷时给雪利尔染上了“g病毒”，于是离去。
克莱尔在寻找雪利尔途中，巧遇雪利尔的母亲安耐特，当她得知克莱尔在一直帮助雪利尔的时候，向克莱尔讲述了灾难的经过，这时，从远处传来了雪利尔的一声尖叫，两人急忙分头寻找，在隧道里，克莱尔找到昏迷的雪利尔。克莱尔一路保护着雪利尔，达到一个车厢内，雪利尔感到不舒服，克莱尔感到事情不妙。就在这时，那只人形怪物——威廉出现了，经过艰苦的打斗，怪物被成功地击倒了。
艾达和里昂早先也与威廉战斗过，艾达受伤，里昂将她安置好，一个人先打探出路。返回时艾达已经不见了。里昂继续前进，不巧又碰见了安耐特，安耐特以为里昂是安布雷拉的间谍，还告诉里昂那个叫艾达的女子以找男朋友为借口，其实她也是间谍！里昂不相信。安耐特为报仇，要杀里昂，突然屋子上方的一阵震动将几个大铁管子震了下来，安耐特被砸昏了。里昂从她身上找到了使全镇人疯狂的“g病毒”。里昂乘坐那里的高速列车准备离开这里，但这时艾达出现，并要里昂交出“g病毒”，原来她果真是间谍！里昂不肯，两人这样僵持着。最后，艾达屈服了，放下了手里的枪。就在他们准备利用地下研究所逃生列车离开raccoon地区的时候，安布雷拉空投下来的一个tyrant（暴君·改t-002型）出现在里昂面前，为了掩护里昂，艾达被tyrant杀死，翻身掉下铁桥，研究所自毁装置也因tyrant对艾达的致命一击而启动。里昂消灭了tyrant，伤心已级，拿出那支“g病毒”，将它抛向了空中。不久，“g病毒”被幸存者汗克找到，并成功收回。
过了一段时间，安耐特又在别处遇见克莱尔。她想使用研制成功的疫苗将自己的丈夫变回人类。但是，由于威廉已经失去了人性，安耐特被威廉变异的手指杀死。克莱尔从安耐特的手里拿到了疫苗合成方法，于是决定为雪利尔配一支。在撤离途中，大怪物——威廉不依不饶，一定要干掉与靠近雪利尔的人，他从g1变到g3形态，最终还是被克莱尔轰倒。火车已经开来，里昂示意克莱尔上车。在车上，克莱尔已想好了去找哥哥。
s.t.a.r.s成员布拉德.威克斯被暴君·改(t-002型)所杀
另一边，吉尔正被追踪者（tyrant - 203 型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡罗斯（carlos oliveira）
队长，幸存人员还有米克鲁（michael victor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队队长。过去曾任kgb（俄国某调查局，类似美国的 fbi ）组织的领导人。列哥拉（nicholai ginovaef）35岁，u.b.c.s士兵 ，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队d小队b分队的佣兵。列哥拉行踪不明。三人刚将电车开走，追踪者鬼使神差般出现在电车里，米克鲁拿出炸弹与其同归于尽。电车在钟楼外停下来，追踪者复又出现，吉尔和卡罗斯与追踪者展开殊死搏斗，怪物因受伤过度倒在火海中，而吉尔也负了重伤。卡罗斯上附近大医院取药，凑巧列哥拉也在里面。而且列哥拉的身份在此暴露，实际上他是个监视员。卡罗斯回去医好吉尔，为调查列哥拉，他先行离开。吉尔刚出门和追踪者又是一番激战，追踪者又被打倒。在安布雷拉驻当地的作战室，吉尔与列哥拉相遇，列哥拉说他只是为雇主收集生物兵器的战斗数据。1998年10月1日，美国政府为了杜绝所有的后患，将对拉昆市以核弹进行灭菌作战。卡罗斯找到吉尔告诉她军方将在明天炸毁这个城市。在废品处理厂，吉尔又一次打倒了追踪者。在控制室里，吉尔又干掉了列哥拉。在控制室的地面打开了一条逃生通道，追踪者从通风口里又拦住吉尔，而且变成了个爬行动物，吉尔利用离子炮将它完全轰碎。外边，巴瑞开着直生飞机在等着他们，吉尔和卡罗斯上了飞机，一枚导弹从身旁掠过，接着背后是拉昆城被炸后的一片火海。
进入raccoon的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五具tyrant之后匆忙撤退，并于10月初投放核弹毁灭整个raccoon地区，10万人在此役中死亡。史称raccoon地区生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至'h.c.f’的前任s.t.a.r.s.队长威斯卡的救助下复活，威斯卡从威廉身上得到“g病毒”，艾达在暗中给予李昂和克蕾儿协助之后，与威斯卡一起逃出拉昆市。
1998年10月上旬在欧洲传来了有人见到艾达的消息，但随后目击证人去向不明。
1998年10月9日席那岛刑务所的年轻囚犯计画集体越狱。
1998年10月10日席那岛刑务所发生囚犯企图夺枪集体越狱事件，席那岛司令官宾赛德下令将逃犯全数射杀。
1998年10月11日宾赛德命令席那岛刑务所所长，将囚犯全数射杀事件以'集体自杀’的方式，向umbrella高层呈报。
1998年10月中旬美国中央情报局cia和里昂取得连系，以雪利尔与里昂的性命作要胁，迫使李昂接受了情报局所交付的秘密任务。目前李昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。
1998年11月初接受好友李昂的委托，亚克潜入安布雷拉席那岛刑务所进行调查。
1998年11月22日宾赛德将“t病毒”散播到席那岛的街道上，并且伪装成发生意外事故。
1998年11月23日席那岛全岛已经笼罩在“t病毒”所引起的生化灾害之下。
1998年11月24日亚克企图从席那岛逃离时，搭乘的直升机被安布雷拉职员击落，因为强烈冲击而丧失记忆。在寻找恢复记忆的线索与逃生方法时，遇到席那岛上的生化灾害幸存者--年仅十二岁的少年洛特·克莱(lott·klein)与洛特的妹妹--莉莉·克莱(lily klein)1998年11月25日宾赛德唤醒'超级暴君’企图将亚克灭口，却反被'超级暴君’所杀。亚克成功地将'超级暴君’打倒，带著洛特与莉莉从席那岛逃出，席那岛上的研究设施也因为宾赛德启动自爆装置而全数毁灭。
事件后里昂加入反安布雷拉地下组织，不久便前往欧洲进行独立调查，吉尔和克莱尔也各自前往欧洲寻找克里斯。雪利尔原为政府有关机构收养，现下落不明。
1998年12月12日为了寻找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克莱尔遭到逮捕并送往位于南太平洋的rockfort（洛克福特岛）军事训练所监禁 。
1998年12月22日克莱尔被移送rockfort岛刑务所。
1998年12月27日，谜之组织h.c.f得知阿莱西亚与“t-veronica”病毒出现在rockfort岛，派遣威斯克率领特殊部队轰炸该岛，以夺取“t-veronica”。轰炸过程中病毒泄漏造成rockfort生化危机事件"。
克莱尔借机逃出监狱，并与年轻犯人史帝夫（steve）相遇。史帝夫是个不太相信，更不愿与人合作人，即使救了他，他也显得很冷淡，仍然一个人行动。在大厅里，亚力山大.亚西福特之子阿尔弗雷得.亚西福特扮成妹妹阿莱西亚.亚西福特的模样开枪射击克莱尔，阿尔弗雷得误以为克莱尔是袭击他的基地的人。在另一个地方，史帝夫突然出现投桃报李，救了克莱尔一回，还和克莱尔开着玩笑，现出他可爱的一面。史帝夫更为救克莱尔忍痛杀死了因感染病毒而变成丧尸的父亲。克莱尔由此得知，史帝夫之父原为安布雷拉成员，因泄露公司机密而举家被捕，母亲也被杀死。在大堂里，克莱尔听见阿莱西亚和哥哥在谈话，其实这是典型的阿尔弗雷得人格分裂，一个人假扮两个人。阿尔弗雷得的寝室里，阿尔弗雷得又扮成妹妹阿莱西亚的模样向克莱尔开枪，这时又是史帝夫突然出现解了围。而且还查出这是阿尔弗雷得的双重人格在做怪。阿尔弗雷得气急败坏，启动自暴装置，要炸掉基地。同时，他放出汉克早先运送过来的“tyrant”，去杀死克莱尔和史帝夫。克莱尔和史帝夫乘坐水上飞机离开rockfort岛，却被随后驾驶鹞式战斗机离岛的阿尔弗雷得遥控操纵水上飞机飞向南极。此时tyrant出现在飞机货舱内。克莱尔将tyrant打下飞机，却因为无法改变航向而与史帝夫双双来到南极。这里正是亚力山大.亚西福特1970年建造的南极研究所。随后，史帝夫打伤了阿尔弗雷得，阿尔弗雷得离死也不远了。克莱尔和史帝夫试图坐雪车逃走，却看见一个紫色的背后长着触手的可怕的怪物。阿尔弗雷得换醒了在容器里沉睡的阿莱西亚，随后也死去了。克莱尔和史帝夫消灭了那个怪物后，在坐货车时，被一只大触手掀翻，失去知觉。
在收到了里昂的通知后，克里斯则为了救出克莱尔，也前往洛克福特岛。威斯克正在寻找阿莱西亚与“t-veronica”，正碰见克里斯，克里斯惊异于威斯克的复生，也发现他有了超越人的力量和速度。威斯克正要报仇，在监视器里看到阿莱西亚的讲话，丢下克里斯便去找她了。克里斯也跟着来到南极，救了克莱尔。克莱尔得救后去寻找史帝夫，却想不到史帝夫被注射了病毒，他变成了怪物，疯狂的攻击克莱尔，在关键时刻，凭着对克莱尔的爱，使自己恢复了理智，变回原形，死在克莱尔的怀里。
威斯克找到阿莱西亚，要她交出她体内的“t病毒”，阿莱西亚冷笑着，变成个美貌与力量并存的人，只一手，就能把威斯克打败。威斯克见无取胜的机会，逃跑了，阿莱西亚接着要取克里斯的姓名，但没能成功。克里斯和克莱尔逃到出口处，正要离开，阿莱西亚又拦住去路，这回变成个丑陋的飞行怪物，克里斯用线性炮将她消灭。克里斯引爆了南极研究所，兄妹俩驾机离开，威斯克则带走了感染“t-veronica”病毒的史帝夫的遗体。以h.c.f的实力，让死人复活应该不是问题。
安布雷拉在世界各地的分支机构。目前可以确认的有，raccoon市分部（已毁），法国巴黎分部，欧洲席那岛分部，南美洲洛克福特岛“rockfort”分部
附“丧尸育成手册”
地点：1998年5月，安布雷拉公司位于美国浣熊市(raccoon)附近阿克雷山区的研究所（arklay mountains）。
第一阶段 初级感染
研究所饲养员珍妮的日记：
1998年5月10日
今天实在是很倒霉。我今天的任务是负责喂养一个新的实验品，它被关在一个铁笼子里，我是第一次看到这样的家伙，它长得实在太丑了，活像是一只被剥了皮的大猩猩，全身只有一层红色的薄膜覆盖着，而血管又像长在了薄膜外面。它在铁笼里跳来跳去，显得很狂暴。我看得有点发呆，不禁站得距铁笼又靠近了一点……这时它突然向我扑了过来，好在有铁笼挡着，它的手臂从铁笼的缝隙里伸了出来，尽管我迅速向后躲开，但还是被它锐利的爪子划过了我的肩膀，形成了一道几厘米长的伤口。我一边咒骂着，一边按照研究员的要求将一口活猪从特殊的入口放进去，那家伙将猪的内脏掏得一塌糊涂，我又看呆了。
1998年5月11日
今天凌晨五点，我被一个同事叫醒，她穿着一件厚厚的像是太空服一样的东西，并把一件相同的衣服扔到我身上。据说实验室那边出了什么问题，所有员工都必须马上穿上这件防护外套。天哪！那些家伙难道要我穿着这样的衣服睡觉？
1998年5月12日
今天我感到有些不舒服，不记得已打了多少个喷嚏了，而且感到皮肤有些发痒。这两天无法使用护肤品肯定让我的皮肤很难受，还有这该死的防护服。今天晚上男朋友凯文来看我，他说我的脸色看起来很不好，我看他也好不到哪儿去，隔着防护服他也在不停地挠着痒，真好笑。看来皮肤过敏也成流行病了。今天晚上我还是吃一点药片吧。
第一阶段附注：安布雷拉公司的“t病毒”研究计划是为了制造生物兵器。“t病毒”的基本原理在于加快病毒宿主细胞的新陈代谢，这代表着宿主如果在受到伤害后伤口将会用惊人的速度愈合，对于生物兵器来说，这是极为有利的条件。“t病毒”在注入生物体内后，此生物便成了一个危险的病毒携带体。“t病毒”的传播方式为通过血液传播，由于感染病毒的宿主充满了攻击性，所以在漫长的研究实验过程中，难免有研究员会因为狂暴的“实验体”而受到伤害，哪怕一道小小的伤口，也会导致病毒的传染。而在《生化危机》的电影版中，那位大反派斯宾思将装有“t病毒”的仪器摔破，导致了几乎整幢大楼的员工都变成了丧尸。从影片中超级计算机的解释来看：“t病毒拥有很强的自我进化能力，当仪器摔破后病毒从液体变为气体弥散在空气中，受到感染的可能性大到几乎不可避免。”另外，由于几乎所有生物都具有成为“t病毒”宿主的可能，如果一些老鼠、蟑螂、昆虫等小动物也受到感染的话，那就更加危险了。所以，当一名研究员走入实验室大门的那一刻开始，就几乎注定了他将随时与死亡为伴。
在受到感染的初期阶段，症状和一般的伤风感冒相比并没有多大区别，皮肤会感到有些发痒，不过这跟皮肤过敏比起来也很类似，被感染者并不会过于放在心上，最多会找些药品来服用。但是，当感染进入第二阶段后，那就让人感到惊恐了……
第二阶段 严重感染
研究所饲养员珍妮的日记：
1998年5月13日
今天我仍然又去喂养那个怪物，它变得更加难看了，不过好像更加强壮和敏捷了。而我今天的感觉仍然不好，我的背上从来没有像这么痒过，那件衣服也简直要把我给憋死，隔着厚厚的一层让我挠不到痒处。今天傍晚凯文又来看我，他擅自脱下了防护服，我发现他的皮肤颜色变得有些惨白，他以前可不是这样。难道穿了两天防护服就会变成这样不成？
1998年5月14日
今天我终于忍不住去看医生了，医护室前居然有好多同事，大家的脸色都不大好。医生叫我脱掉防护服，我这才发现我的皮肤竟然变得和凯文的一样糟糕，颜色惨白，摸上去软软的但没有弹性，有些地方还有红红的肿块，而很痒的背上居然有一个比巴掌还大的水泡，我的天哪！到实验室里去喂养怪物时发现有些不对劲，仔细一查才发觉有两只不见了，真是可怕，这件事情千万不能让威廉·伯肯所长知道，不过幸好他只顾自己的研究，对下面具体的事情并不大操心。
1998年5月16日
今天整个研究所都被封闭起来了，警卫们把守住了各个出口，甚至连通往外面的电话线都被掐掉了。而我的皮肤变得愈加糟糕，有些原来红肿的地方现在经常渗出血水来，我简直不敢照镜子了。
1998年5月18日
听说有企图逃离研究所的同事被警卫处决了，反正我也不想离开这里，现在的我走出去肯定会被人当作丑八怪。这两天我一直感到全身发热，身上有好多地方痒得要命，刚才我在用力挠手臂上一处很痒的地方时，一大块腐烂的肌肉随着我手的运动掉了下来，但我竟然不感到疼痛，这究竟是怎么回事？
1998年5月20日
我的思维越来越迟钝了，唯一感到正常的是食欲，但这几天已没有正常的送餐了，我和一些其他同事将储存的狗粮几乎吃了个精光。身体不再热了，但还是痒，我挠！凯文又来看我了，他真是好丑！我看见他似乎看着我在流泪，滚开！我很痒，很饿，我要去找美味的东西了……
第二阶段附注：在这一阶段，正是“t病毒”在人体内正式起作用的时候。“t病毒”开始促使病毒宿主的细胞加快新陈代谢，这个变化首先在皮肤上表现出来。由于新陈代谢的速度过快，大量死亡的表皮细胞开始堆积，皮肤变成了惨白色，而且触觉开始变得迟钝。随着新陈代谢的速度越来越快，皮肤细胞开始无法承受越来越多坏死细胞的冲击，开始变得软化，直至变得腐烂，这时如果稍微用力扰动皮肤，大块已腐坏的皮肤随着血肉就几乎是自动地脱落下来。接下来情况会越来越严重，当宿主脸上的皮肉开始脱落时，五官也会随着变形，眼组织细胞甚至会控制不住眼珠，让它自行掉下来……这时候，“丧尸”的初级形态已完全形成。
第三阶段：脑组织坏死
在这一阶段，宿主已没有正常的思维能力了，珍妮的日记也自然不可能再继续下去。病毒开始破坏脑组织，宿主的智力急剧下降，神经的坏死导致全身的触觉迟钝到几乎完全麻木，智力下降到一定程度，判断能力也完全丧失。这时全身的新陈代谢还在快速进行着，身体完全是超负荷地运转。进行这样的新陈代谢是需要消耗大量能源的，于是丧尸开始了最本能的需求——那就是满足食欲，从外界摄取能源来弥补自身的快速消耗。在失去了智力和判断能力的前提下，丧尸的食欲变得异常旺盛，只要见到生物就会扑上去作为自己的食物。幸好由于身体组织的不正常，它们的行动变得非常迟缓，可灵活地躲避过去，千万不要被它们抓住，一旦被抓住的话，要摆脱可是要耗费很大气力的。最糟糕的是一旦不幸被它们咬上一口，病毒就会通过伤口的血液传播过去，浣熊市之所以“全民皆丧尸”，病毒正是通过这样途径传播开的。
第四阶段：感染末期
由于全身组织的溃烂，丧尸们全身都会散发出恶心的臭味，虽然行动缓慢，但当它们行走时如果撞到什么坚硬的东西，甚至有可能把身体的一部分撞得掉下来。这时维持丧尸们行动的是最基本的一点神经元，头发和指甲还在漠然地自行生长着，虽然脑的容积已变得几乎只剩下零了，但是头部的大小并没有改变，而且骨骼也因为身体的巨变而变得脆化，所以这时只需要一枪就可将丧尸的头打成粉末或在胸膛上打开一个不成比例的大洞。
尾声 珍妮的结局
1998年7月2日
今天研究所里有外来人闯入。在走廊上，我看见了倒在地上的凯文，他的头被打得只剩下了半个，那一定是一支威力很大的手枪打的。转过走廊，我看见了前面有一个持枪的短发女郎，她穿着露肩的小背心和短皮裙，她的皮肤光滑而且细腻，真是好漂亮，和我原来一样漂亮。啊！我好想咬她美丽的脖子……那里一定无比的美味……“砰！”子弹打中了我，我的一条腿不翼而飞，我倒在了地上。女郎灵巧地从我身边跑过，我猛地拉住了她的腿，狠狠咬了下去……那条曲线优美的腿用力地挣开我，然后猛地向我头上跺了下来……
“吧唧！”一切归复黑暗。
