免疫接种是传染病预防控制策略中最经济、最有效、最方便的手段。北京早在1978年就在全国率先按照国家提出的免疫规划方针，将卡介苗、脊髓灰质炎疫苗（糖丸），百白破三联疫苗、麻疹疫苗纳入到了免疫规划。并在此基础上还把流脑疫苗、乙脑疫苗纳入到了免疫规划，成为当时全国免疫规划疫苗种类最多的省市。之后的三十多年中，市委市政府又不断加大免疫规划工作的力度，截至2007年底，北京市又成为全国第一个全面落实国家扩大免疫规划的省市。
据统计，北京每年接受预防接种的人数已超过1000万人次以上。预防接种工作的开展，不仅有效地保护了市民的健康，也大大地降低我市传染病的发病率，提高了本市居民的期望寿命。至2010年，北京市已连续26年无脊髓灰质炎野毒病例发生，连续16年无白喉发生。麻疹、百日咳、新生儿破伤风、乙脑、流脑等疾病的发病率、死亡率均已降到历史最低水平。特别是上世纪80年代末随着乙肝疫苗逐步纳入免疫规划，我市乙肝表面抗原流行率和乙肝发病率都呈现出了明显下降；2006年的最新调查显示，我市人群中乙肝表面抗原流行率已经有1992年的5.76%下降到了3.02%。15岁以下儿童的乙肝表面抗原流行率已达到1%以下。提前达到了卫生部在《2006-2010年全国乙型病毒性肝炎防治规划》中提出的：到2010年全国5岁以下儿童乙肝表面抗原携带率降至1%以下的远景目标。依此推算，自1993年至今，北京市至少有约45万人因接种乙肝疫苗而免于乙肝病毒的感染，有约11万人避免成为乙型肝炎患者，由此所节约的直接医疗费用大约在14亿人民币左右。与此同时，我市死因顺位统计资料也显示，目前我市传染病的死因顺位已有解放初的第一位，下降到了现在的第10位，死因构成也原来的30%左右下降到了1%以下。
此外，为了充分体现大首都，大北京的意识，北京市市委市政府还专门针对流动人口提出了“同样权利，同样的健康，提供更多的免疫服务”服务宗旨，大力推动流动人群免疫预防接种工作。自2001年以来，我市已连续10年开展大规模学龄前流动儿童强化查漏补种工作，累计调查2394915名外来儿童，补种292232名脊灰漏种儿童、19892名乙肝疫苗零剂次儿童、27956名白百破疫苗零剂次儿童、44088名麻疹疫苗儿童、39248名乙脑疫苗零剂次儿童、50211名流脑疫苗零剂次儿童。2004年至2010年，累计为外来务工人员接种流脑疫苗1945163人次，麻疹疫苗2006936人次。这些工作不仅有力的保障了外来务工人员的身体健康，还及时地把市委市政府的关爱传递给了这些外来务工人员，对有效维护首都公共卫生安全，起到了极大的推动作用
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