微生物菌肥，亦称生物肥、生物菌肥，包括微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥三种。菌肥，形象说来就是“菌+肥”，因为菌肥一方面含有“有机质、氮、磷、钾”等作物生长所必需的营养成分，同时产品中还含有大量的有益微生物菌，是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品。有益微生物菌在土壤中繁殖，起到改良土壤、防治病害等功能，是肥料的一种，其在我国已有近50年的历史。长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放，氮素的固定，被土壤固化的磷及钾的释放等一系列土壤肥力形成和发育过程。采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量（使用菌肥），就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。
1、菌肥的特殊作用（1）提高化肥利用率随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善作物品质，减少污染。（2）符合绿色食品生产的需要生产绿色食品过程中要求不用或尽量少用化学肥料、化学农药和其它化学物质。它要求肥料必须首先保护和促进作物生长和提高品质；其次不造成农作物产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。（3）有效改良土壤微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。（4）抑制土传病害菌肥中的有益菌在植物根系周围大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，这样就抑制和减少了有害病原菌及其他土传病害的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物根部病害的功效。2、菌肥的使用方法建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里；如果是单一的微生物菌肥，建议将菌肥埋在作物根系附近，以增加肥效；此外，不建议冲施微生物菌肥。3、菌肥使用中的注意事项（1）湿度：要求土壤墒情适宜。土壤太干或太湿都不利于有益菌的繁殖和肥效的发挥，适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度。（2）温度：菌肥的施用要求土壤要有适宜的温度。菌肥的使用效果与温度有关，目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，最利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。低于5℃，高于45℃，施用效果较差。同时，菌肥必须保存在低温（最适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。（3）光照：生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或施用菌肥时尽量避免强光直接照射，生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天、清晨或傍晚施用。（4）氧气：生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让一部分菌悬浮到水中，被冲掉，从而影响菌肥的效果。（5）菌种：现阶段在农业部获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。不同品种具有的功能不同。微生物肥料的作用会体现在六个方面：提供或活化养分功能；产生促进作物生长活性物质能力；促进有机物料腐熟功能；改善农产品品质功能；增强作物抗逆性功能；改良和修复土壤功能。生产中要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
（6）保质期：菌肥是有生命的，必须在有效期内使用。菌肥中常用的为芽孢杆菌，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以应谨慎选择大企业，大品牌菌肥产品，不可以贪图便宜选择过期产品，这样的肥料有益菌含量很少，失去功效，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。（7）安全使用：不能与杀菌剂，碱性化学物质混用不能将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂以及草木灰等混合用，因为这些药、肥很容易杀死有益菌。治疗土传病害或根系病害时，在用杀菌剂对土壤消毒后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再进行土壤消毒。生物菌肥可以单独使用，但最好是与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥或生物菌肥。与化肥配合施用，要注意高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸盐等生理碱性肥料直接混合使用，中间应该用土层隔开，避免与未腐熟的农家肥混用。
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