天命十年（1626年）九月，三十五岁的皇太极便成了“大金国”的第二代汗王。皇太极虽然正式继承了汗位，但却没能像他父亲老汗王那样，集大权于一身。由于四大贝勒的权力几乎一样大，而且其余的三大贝勒又都是兄长，皇太极还不敢一个人擅专。就是在每天临朝的礼仪上，皇太极也不能一个人在南面独坐，称孤道寡。
这样一来，在努尔哈赤死后，便出现了一个十分滑稽可笑的局面：每逢朝会，便在笃恭殿（大政殿）里，摆上四把椅子，除了新汗之外，大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰也和皇太极一起坐在殿内，成了一字并肩王，共同接受臣仆们的朝贺，本章奏议一起共览，有事一起裁夺。后世人称这种现象叫“四大贝勒共同执政”，也有的人管除了皇太极以外的三大贝勒叫做“三尊佛”，还有的人用蒙古话说这是“库里尔特”。
这种现象一直持续了五年，在这期间，皇太极为了加强中央集权，采取了一系列措施，逐个地将三大贝勒一一扳倒，最终集汗权于一身，才使这场大政殿里“三尊佛”的滑稽剧收了场。
皇太极经过深思熟虑之后，首先从三大贝勒中最软的一个大贝勒代善开刀。
这个借口可怎么找呢？唉，事有凑巧。有一天，皇太极率领贝勒大臣们去围猎，打了一天猎，获物颇不少，獐狍野猪样样俱全。晚上，各王公贝勒回到自己的帐篷中休息，代善也回到了自己的帐中，他独酌了一阵，微微的有些发醉，兴奋之下，便招呼人去请哈达公主过帐来共饮。这哈达公主与代善和皇太极是同父异母，是三贝勒莽古尔泰的同母妹，因为早年嫁给了海西的哈达部，所以人称哈达公主，或叫莽古济格格。莽古济死了夫婿之后，又回到了皇廷里，由于她平时与弟弟皇太极不睦，皇太极登上了汗位，她更是背后牢骚满腹。因此，皇太极更加憎恶她。
代善把莽古济召来，十分亲热，笑语盈帐，阵阵不绝。早有人把这事报告给了皇太极，皇太极一听，便气不打一处来。没想到，第二天，代善又给莽古济送去了一些礼物，这简直使皇太极气炸了肺。围猎未完，他就带上人气冲冲地回到了皇宫。进宫之后，又令人紧闭了宫门不朝见任何人。代善先不知道皇上为什么发了火，当知道这事与自己有关时，早已经吓得筛了糠。接着皇太极找了各种借口，议了代善四大“罪状”。因为是大贝勒，不好给他什么处分，但是“罪状”一公布，代善便在王公贝勒中歇菜了，大大地降低了威信。
从此，一连数日不敢露面。日后，也不再敢以“王兄”自居了。
扳倒了代善之后，皇太极在初战告捷的基础上，便乘胜进攻。这回，他选了一个资格最老功绩最大，也是对皇太极最傲慢的一个贝勒——二贝勒堂兄阿敏，作为第二个打击对象。
事情是这样开始的，天聪三年（1629年）年底，皇太极亲率八旗劲旅西出攻明。皇太极用反间计杀了明朝宁远守将袁崇焕，使明朝的辽东防线，已处于土崩瓦解的前夕。皇太极所率的八旗军已经打到了明朝的燕京附近，崇祯帝急令梁廷栋和满桂屯兵西直门、安定门，又命令大学孙承宗移镇山海关，这时，后金的军队已经占领了直隶的良乡，接着又由良乡回师到芦沟桥，打败了明将副总兵申甫，直抵永定门。满桂赶紧派人联络麻登云等人率兵抵挡，皇太极命令部队假扮明军，在天将麻麻亮时，出其不意突然进攻，杀了满桂等，麻登云也束手被擒。
明军的节节失利，使得朝野上下一片恐慌。可是，皇太极并没有进攻燕京，用他的话来说，明朝是一棵百年大树，要想推倒，必须把它的枝叶砍光，才能掘根。他绕过了燕京经过通州到蓟州，拿下了沙河，进永平，又攻下了滦州、遵化、迁安。
第二年（1630年）三月，皇太极率领八旗大军取道冷口关，回军沈阳。留下了贝勒阿敏和硕讬在永平镇守，并负责滦州、迁安、遵化等处的防务。可是当八旗军一撤出关外，明朝立刻派出二十万大军，跟在后金军队之后，并且遣马世龙、祖大寿等人收复了滦州。阿敏赶忙把迁安的军队和百姓移进了永平城，可是又碰上了明军的截杀，阿敏孤掌难鸣，力薄不支，连忙率军逃回了沈阳。后金军在皇太极指挥下，占领的直隶四城，又被明军恢复了去。
皇太极一听阿敏弃城逃回，十分震怒，他下令说：士卒可以入城，逃回的贝勒诸臣，包括贝勒阿敏在内，一律在城外十五里的地方，等候发落。
皇太极在盛怒之下，叫弘文院起草了手谕，命令岳讬拿到城外代为宣读。这个手谕，宣布阿敏有十六大罪状。令人奇怪的是，阿敏这一次，只是弃城逃回有罪，可是这十六大罪状却把一切事儿都勾了起来，可见皇太极急欲除掉阿敏之心是多么迫切了。在这十六大罪状中，只有一条与永平失守有关，其余的十五大罪状都十分牵强，甚至把阿敏之父，舒尔哈齐也挂上了。
上谕宣布之后，早已受了暗示的贝勒大臣们一齐上书说：阿敏辜负皇上的栽培早怀异意，又丢四城挫了金军锐气，理应当斩。上书到了皇太极手里，他滴下了几滴眼泪，说按律当斩，又说从宽处理，因有功在先，又是先帝的宠臣，结果判处了幽禁终生，抄了家，没收了他的全部财产。清崇德五年（1640年）冬十一月，阿敏终于忧忿而死。
除掉了阿敏之后，能与皇太极抗衡的，就只剩下了莽古尔泰一个人了。
莽古尔泰生性倔强，不易制服，这也是皇太极把他放在最后处置的原因。可巧，在幽禁了阿敏的第二年，也就是后金天聪五年（1631年）的明金大凌河战役之中，碰到了翦除莽古尔泰的时机。事情是这样发生的：
在后金军队攻打明朝辽西重镇大凌河城的战役中，一天晚上，皇太极率领随从巡察各处的营地。当走进岳岳讬的大营时，莽古尔泰和自己的亲弟弟德格类都在这里。酒宴之后，荞古尔泰正在高谈阔论，皇太极走进了大帐，大家见过了礼，便问起昨天的战事情况，部队的士气以及士卒的伤亡。听了皇太极的问讯，莽古尔泰一把无名的烈火便撞上了心头。再加上刚喝了点酒，就以酒盖脸，趁机发了牢骚。他越说越多，越说越来气，最后，他竟忘乎所以，质问起了皇太极：“昨天打仗，我这一旗人伤亡最大，出阵的次数也最多，尤其是将领的死伤比那一个旗都多。这还不算，我旗下的护卫兵被随随便便地调出去保护其他旗的官员和额驸，这是存心拆我的台，皇上得给我调回来！”
皇太极平时就对这位兄长的蛮横早已反感，今天一听，更是十分不悦，就说：“我听说，你旗下的士兵十分傲慢，别人不敢差遣，即或是不得已被派去当差，也每每行动迟误。”还没等皇太极把话说完，莽古尔泰就大吵起来：“我旗下的士卒从来不像你说的那个样子，你这是……”皇太极闻听嘿嘿一笑，讽刺地说：“这么说，是我听错了？还是告发你的人诬陷你了？”莽古尔泰一听，瞪着血红的醉眼，脖子上的青筋都突暴起来，他大喊着：“你，你当皇上的，办事可要公道！干什么老是与我为难！别认为我莽古尔泰好欺负，因为你是皇上，我事事让着你，可你，步步紧逼，你这不是存心要杀了我吗？”
莽古尔泰愤恨已极，他把平时积怨，一股脑地发泄出来。他把牙咬得咯咯作响，一回手，将佩刀拔出了鞘，用手摸着刀刃，眼睛死死地盯着皇太极，恨不得一刀把他挥成两段。德格类见自己的亲哥哥如此失礼，简直惊呆了，接着，他脑海里迅速闪出了一个念头：“不好！”便赶紧扑上去，一只手死命地抓住哥哥莽古尔泰握刀的手，喝令他放手，但莽古尔泰正怒不可遏，死死不放，且出声大骂不止。德格类急得浑身是汗，他使劲地痛打着哥哥的前胸，并且声泪俱下地吼着：“你敢对皇上这样，你这是犯上！还不赶快放手，你，你……”
皇太极愤怒地站起身来，一跺脚，拂袖而去。事后，莽古尔泰的酒也醒了，想起已经发生的事，追悔莫及。可是，错已铸成，无可挽回，只好硬着头皮，等待处罚了。
不久，出乎莽古尔泰的意料，皇太极并没有像对待二贝勒阿敏那样，也把他幽禁起来。只是把他从和硕贝勒的位置上，降了下来，成为一般的贝勒，既未抄家，也未罚银。
可是，第二年，有个叫李伯龙的汉官，上奏皇帝说：莽古尔泰犯了罪，不应当再与皇上同坐了。皇太极却假作推诿地说：“早先，几个兄长都与我同坐，现在撤掉，知道的还则罢了，不知道的，还以为我不敬兄长呢！”代善自从受贬之后，处处小心，一听这话，连忙讨好地说：“唉，本来皇上是应该一个人独坐的。父皇殡天之后，皇上过于谦逊，我等也不体察皇上的虚怀若谷之情，竟然也跟着混坐了好几年。现在，我与莽古尔泰都下去吧，这才合于国体，也像个君臣的样子。”
说完了这话，他起身离座，退下去了。莽古尔泰一见，心里虽不舒服，也只好跟着退了下去。
打这之后，皇太极才一个人南面独坐，真正成了后金国里一人说了算的汗王。可是莽古尔泰不除，终将为患。这时候，又有人传说，莽古尔泰与其弟德格类，妹妹莽古济，妹夫琐诺木等人秘密串通一气，行动诡秘。皇太极一面使人暗中监视这些人的活动，一面，又布置他的亲信对莽古尔泰兄弟，如此如此，这般这般。
就在这一年的年底，不知什么原因，莽古尔泰突然“暴死”在家中。又过了两年多，德格类也继卒。皇太极的肘腋之患，到此算是彻底翦除了。
天聪九年（1635年）十二月，原莽古尔泰的同党冷僧机，又告发莽古尔泰生前，有谋反行为。于是，皇太极又下令包抄了莽古尔泰的家，搜出了莽古尔泰私制的“金国汗印”等反上作乱的赃物，经刑部判决，又处决了莽古济，并且株连了亲友若干人。莽古尔泰这支最后的反对力量终于被肃清了。
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