佩里率领的四艘舰船——密西西比号巡洋舰、萨斯喀那号巡洋舰、萨拉托加号炮舰和普利茅斯号炮舰——一共载炮六十三门，1852年11月24日由美国东岸诺福克出发，横渡大西洋，绕过非洲好望角北上进入印度洋，1853年5月4日到上海，5月26日到琉球国，7月8日（嘉永6年6月3日）到浦贺。这些船只由于船体被涂上有防止生锈的黑色柏油，而被日本人称为“黑船”。佩里要求将美国总统的国书递交日本官方。黑船的出现给日本带来莫大的骚动，当晚江户城一片混乱。
黑船图
德川幕府不敢拒绝美国的要求，时值幕府将军德川家庆重病，幕府老中医阿部正弘以此为由称需要更多时间做决定。由于佩里还有其他要事而没有轻易动武，但佩里预告他一年后还会再来，随后率舰绕航江户湾；7月17日（嘉永6年6月12日），舰队离开江户，返回英国殖民地香港岛。十天后，德川家庆病逝。
萨斯奎哈纳号
萨拉托加号
1854年2月13日（嘉永7年1月16日），佩里率领九艘军舰驶入江户湾；这一次幕府诸臣无计可施，被迫与美国缔结《神奈川条约》，打开国门。佩里舰队于1854年6月25日（嘉永7年6月1日）离开下田。
马休·佩里
江户时代末期，黑船来航之后，围绕与外国缔结通商条约等事，朝廷开始恢复其传统权威。既出现了倡导幕府和朝廷协作的公武合体派，又出现了反对幕府、甚至主张武力推翻幕府的尊王攘夷派。
基于土佐藩的建议，江户幕府第15代将军德川庆喜根据公议政体论，于庆应3年10月14日（1867年11月9日）上奏明治天皇，提出大政奉还，翌日获得敕许，将260年来由德川幕府掌握的政权返还朝廷。其目的被认为是使讨幕失去名分，而德川家将作为政治中枢继续掌握实权。
朝廷为了创设新的公议政体，下令德川家一门的德川庆胜和松平庆永，萨摩藩的岛津久光，土佐藩的山内丰信，宇和岛藩的伊达宗城，广岛藩（安艺藩）的浅野长训，肥前藩的锅岛直正，冈山藩的池田茂政（德川庆喜的亲弟弟）上洛（去京都）。公家的岩仓具视和萨摩藩的大久保利通等讨幕派准备通过政变，阻止亲德川派的摄政二条齐敬和贺阳宫朝彦亲王建立德川中心的政府。大久保利通等人决定不理睬萨摩长州两藩10月21日下达之延期执行讨幕密敕的命令，缔结了萨摩、长州、安艺三藩出兵同盟。实行王政复古的日期原定于12月8日（1868年1月2日），由于土佐藩后藤象二郎的要求而延期一日。
12月8日（1868年1月2日）夜，岩仓具视在自宅召集萨摩、土佐、安艺、尾张、越前等藩重臣，宣言断然实行王政复古。翌日，召开了旧体制下的最后一次朝议，决议：恢复长州藩主毛利敬亲、毛利定广父子的官位，允许其进京；解除岩仓具视的蛰居和出家处分；赦免八月十八日政变后逃往九州的五卿（原七卿中，锦小路赖德已病故，泽宣嘉逃亡）。众朝臣退出之后，正在待机的萨摩等5藩军队控制了京都御所的九门并严格限制通行，禁止摄政二条齐敬和贺阳宫朝彦亲王进宫，刚刚被赦免的岩仓具视进宫参见。随后，天皇在京都御所内学问所发布了“王政复古的大号令”。当天，在京都御所内的小御所进行了第一次总裁、议定、参与三职会议，称为小御所会议，要求德川庆喜辞去内大臣官职并削封德川家领地。
江户幕府建立者：德川家康
戊辰战争中萨摩藩之藩士
1867年11月9日至1868年1月3日（庆应3年12月9日），倒幕派在朝廷发起宣告将政权交归天皇（大政奉还）。新政府于小御所会议上要求征夷大将军德川庆喜向朝廷返还官位和领地（辞官纳地）。
此事刺激了幕府，更激化了双方的对立。会津藩、桑名藩的藩兵以谒见天皇为名从大坂向京都进军，同时，以萨摩和长州两藩军队为主力的政府军亦重兵集结，1868年1月27日双方在京都南郊的鸟羽、伏见爆发武装冲突，即鸟羽伏见之战。萨长军获得压倒性军事胜利，倒幕派掌握了新政府的实权，并宣布德川庆喜为朝敌。
1868年1月30日（庆应4年1月6日），德川庆喜放弃大阪城，由海路逃往江户，失去指挥官的幕府军随即溃散，鸟羽伏见之战结束。
伏见、鸟羽之战
1868年1月19日，经过西乡隆盛的策划下，200多名庄内藩兵在江户城针对萨摩藩的藩邸放火，伺机制造骚乱。之后引发江户城警卫展开了火攻。一周后，德川庆喜向京都进兵，1月27日与新政府军在鸟羽・伏见（现京都市南区・伏见区）遭遇展开战斗。
在现代武器的使用上，当时幕府军共配备了94门大炮，比新政府军的583门大炮少了很多。双方各向美国购买了一门加特林机枪。但由于武器的数量差异，幕府军最终战败。
1月31日，朝廷发布讨伐德川庆喜的命令。2月3日，剥夺了庆喜的官职；9日，由西乡隆盛担任总参谋的东征军以萨摩、长州等藩兵为主力，相继从京都出发。3月12－13日，东征军诸路接近江户，决定3月15日发起总攻。幕府主战派要求决一死战，但幕府重臣胜海舟看到了民心向背的严重形势，与萨长军统帅西乡隆盛谈判成功，劝说德川庆喜投降。4月21日，新政府军和平接收江户，软禁德川庆喜，但德川家得以延续。
此后内战扩大到东北地方。政府军先后平定了彰义队、奥羽越列藩同盟、虾夷共和国等旧幕府残余势力。
8月的会津战役是戊辰战争中的一场关键战役。政府军3000人迂回突袭会津藩的若松城，战斗历经1个多月；9月22日，松平容保率会津藩开城投降。会津藩战死3000人。战后会津藩被迁移到斗南藩（今青森县）。
小日子过得不错的军队进攻会津若松城
2月15日，原幕府海军奉行榎本武扬在北海道成立虾夷共和国政权，与明治政府军交战。之后旧幕府军战败，土方岁三战死。明治二年5月17日（阳历1869年6月26日），榎本决定五棱郭开城投降，并于5月18日转交给政府军陆军参谋黑田清隆，成立一百多天的虾夷共和国宣告结束。至此，幕末内战“戊辰战争”在德川幕府及其残余势力的失败、新政府军的胜利之下告终。
《箱馆大战争之图》
五条御誓文是日本明治天皇于庆应4年阴历3月14日（1868年4月6日）发表的誓文。明治天皇亲率文武百官在京都御所的正殿紫宸殿向天地、人民宣誓，揭示国是方针，堂堂开启了明治维新的历史序幕。
誓文由福井藩的由利公正起草宗旨大意，土佐藩的福冈孝悌初修，木户孝允、岩仓具视、三条实美续修加订，最后呈付明治天皇裁决定案。木户孝允并提议由天皇亲率百官在神前宣誓。
誓文正本由明治天皇的书道师范有栖宫帜仁亲王撰写，三条实美代表天皇宣读，之后文武百官一一于奉答书上签名。誓文及奉答书皆记载于太政官日志。
维新政府是萨摩、长州、土佐与肥前四藩（一般称为“萨长土肥”）藩士和尊皇派公家等实力者主导，融入大量前幕府（包含幕府解散后改组成的骏府藩）的中阶官僚（通称为幕臣）所形成的政权。名义上政府是以天皇为首，太政大臣宣政的亲政公议政权，但真正的实权则是“萨长土肥”的藩士们掌握，其中萨摩的大久保利通与长州的木户孝允这两位萨长领袖的影响力特别大。但各藩士之间的理念不同，政府的体制也未成熟，因此政府内部经常出现政治冲突，连带影响到政府的组织改革。
维新政府组织可以明治六年政变做为分水岭。在此之前新政府的组织以镇压叛乱、稳定税收和建制为主，加上公议的主张影响，因此主要实权集中在大藏省和兵部省，政府组织变动激烈。但明治六年政变后，以大久保利通和木户孝允为首的内治派见识到西方工业革命的富强，创立了内务省和工部省，和大藏省构成核心的行政体系，政府组织趋于稳定。政策也转向投入大量工业与交通建设，以及强化国家动员与监控能力。
睦仁天皇取《易经》中的“圣人南面而听天下，向明而治”为年号“明治”。维新是来自《诗经》（《诗·大雅·文王》）的“周虽旧邦，其命维新”
维新政府为提高天皇的威信，改变了宫廷的制度。先是选出皇后，解散宫女。其次为了摆脱旧势力干政的现象，大久保利通提出迁都大阪的构想，但消息传出后遭到京都民众激烈反对，因此仅安排大阪行幸。之后接受大木乔任和江藤新平建议，决定迁都到原幕府所在地江户。于是1869年明治天皇行幸江户，隔年正式迁都，改江户为东京。
1868年4月7日，天皇公布《五榜禁令》，改革身份制度，废除四民制度，将过去的公家、大名等贵族改称为“华族”，武士改为“士族”；为减轻因“版籍奉还”而连带的财政负担，逐步废除封建俸禄；此外，颁布了武士“废刀令”，以及建立户籍制度基础的“户籍法”。
帝国政府主要人物包括原宫廷贵族的岩仓具视、三条实美；掌握实权的伊藤博文、山县有朋；以及土佐藩的板垣退助及肥前藩的大隈重信等。
戊辰战争期间，维新政府将占领的幕领和朝敌藩领地划为最初的直辖地（也称天领）。直辖地中京都、大坂和江户设立府，其他则设立县。此时各藩则持续推动改革，强化财政体制，以应付战事所造成的负债。对于体制上，各藩分成郡县和封建两派，双方势均力敌而毫无结论。之后在藩阀指导下，1869年6月“萨长土肥”四藩联合上书朝廷，要求将领地还给朝廷，随后其他藩纷纷上书支持，于是推动版籍奉还。维新政府将各藩主任命为藩知事，代为管理，因此其直辖领大体没变。
“废藩置县”政策，将日本划分为1都3府1道72县。
明治政府为进一步吸收西方文化，提升在技术、指导、教育、军事制度、整备等领域的水平，而聘用了不少被称为“御雇外国人”的外籍人士，成为日本建设近代国家的一股强大力量。新成立的中央和各县政府聘用了为数众多的外籍人士，包括有采矿、航海、铸币、医学、运输、银行业、法律、政治学、农业、教育、军事等方面的专才。
在司法方面，仿效当时先进国家的制度，分别于1882年订立法式刑法；1898年订立法、德混合式民法；1899年订立美式商法
日本于1871年废除原有的禁止土地买卖的法律，并于1874年颁布新法律承认土地的私人所有权。由此土地可用于买卖和担保，私有产权受到法律保护，资本主义制度的基础得以巩固。
日本工部省实行官办产业制度，建立富冈制纱厂等工厂，引入新式工业技术。
兴筑新式铁路、公路。1872年，第一条铁路—东京（新桥）至横滨（樱木町）间铁路通车；到了1914年，日本全国铁路总里程已经超过七千公里。
明治4年开始实施新的货币制度，开始使用日元为新货币。并于明治15年（1882年）成立了唯一具有货币发行权的中央银行日本银行，建立起一系列的资本主义银行制度。
1871年，前岛密创立日本的邮政制度。日本开始大力建设电信网，整备船舶运输业。民间企业邮便汽船三菱会社和官办企业共同运输会社合资成立了日本邮船公司。在改革中失去特权的华族，转而投身于各种投资活动。
日本自明治3年起开始制定征兵细则，并于次年废藩置县，成立兵部省统领全国军力。
明治5年起正式实施征兵制，设立海军省，陆军省，建立新式海、陆军。陆军聘请德国教官训练，海军则学习英国，并灌输武士道精神和忠君爱国思想。
由此，日本正式建立起近代化的军队。
对明治新政府来说，改革最大的目标就是要跻身列强之列，于是重新修订幕府时期签订的各项不平等条约成为当务之急，然而由于改革初期日本的国力仍然不足，在废除和列强的不平等条约方面，还是拖延了近半个多世纪（条约改正）。
1883年设立鹿鸣馆，由外务卿井上馨与妻子主持盛大的鹿鸣馆开业典礼，广邀先进国家的外交使节与名流，开始所谓的“鹿鸣馆外交”。
同时，日本与清朝在1871年签订了中日修好条规。
1873年，在明治政府中兴起了征服李氏朝鲜的论调（征韩论）。1875年，以江华岛事件为契机，日本和朝鲜签订江华岛条约，承认朝鲜为独立自主的国家。
1874年出兵台湾。并与清廷就台湾、琉球的归属问题达成协议。
1879年并吞琉球国，把琉球国降格为琉球藩。
明治8年，日本政府同俄国签订库页岛千岛群岛交换条约，确立了两国在库页岛和千岛群岛的国界线。
1871年成立的东京炮兵工厂。
明治政府废除了江户幕府时期的等级制度，提倡四民（士农工商）平等。
明治4年制定了户籍法，规定旧武士阶级为士族，此外皆为平民。同时还规定公家大名为日本的华族,隶属于宫内省。
明治9年颁布废刀令，剥夺武士阶级的特权。引起一部分武士的不满，并由此引发一连串的叛乱。但这些叛乱都被新政府镇压。其中最为有名的是1877年由维新元勋西乡隆盛发动的叛乱，史称西南战争。西乡隆盛的叛乱被镇压之后，各地的反叛逐渐平息下来。
日本政府为了区分神道教与佛教（在明治时代之前，两者非常相似及接近），政府下达了“神佛分离令”。并于1873年取消基督教在日本传教的禁令。明治天皇不再住京都，而改住位于东京的皇居
历制上则停用阴历（最后使用的天保历），改用太阳历计日（年号除外）。改变夫妇别姓的传统，规定夫妇同姓，一般为妻从夫姓（入赘丈夫改妻姓）。
明治维新之前，日本各藩实施各不相同的教育制度。各藩之间的教育水准，教学内容也有很大差异。
明治维新以后，日本政府开始在全国普及义务教育，将全国划分为8个大学区，各设1所大学，大学区下设32个中学区，各有1间中学，中学区下设210个小学区，每个小学区设8所小学。总计全国有8所公立大学，256所中学，430080所小学。教育机关颁布“教育敕语”，灌输孝道、忠君爱国等思想。
成立岩仓使节团，选派留学生到英、美、法、德等当时第一流的先进国家留学，并成立了西式学校。
同时，女性教育的重要性也开始得到认识。到海外参观访问过的涩泽荣一，伊藤博文等人，深感女性教育的必要性，成立了女子教育奖励会。在岩仓使节团中，还有一部分学生为女生。
1879年6月7日的朝野新闻
随着留学归国的知识分子（伊藤博文、大隈重信、新渡户稻造等），将其掌握的先进国家的典章制度带入日本，促使了日本“文明开化”的风潮形成，对于以往保守的日本社会造成了很大的影响。
虽然明治政府锐意改革，但整体而言较为偏重促使国家强盛的结果，也遗留了许多问题：如出身藩地的有权有势者长期掌控国政，形成势力庞大的“藩阀政治”体系、土地兼并依然严重、新兴财阀垄断市场经济等现象。这些负面问题与日后发生并累积的一些难以解决的社会问题相互影响。迫德川幕府家族与亲族搬迁至北海道开垦。
维新后日本政府积极推行“欧化主义”政策，学习西方、推动社会近代化，成为日本思想和学术界的主流；而对于中华文化的态度就由仰慕转向鄙夷：由于经历甲午战争、日俄战争的系列胜果，令日本一跃变成当时亚洲最强大的新兴帝国，证明到输入西洋文明的正面作用，脱亚入欧就变作日本思想学术等的关注方向。而另一方面，在日本具备了“东洋盟主”和“东洋指导者”的角色后，“重新认识中国”也成为一股潮流，研究“中国问题”在思想学术界就蔚然成风。
东京日日新闻关于佐贺之乱的报导
明治政府采取四民平等政策，废止大名・武士阶级，创设华族・士族。秩禄处分后，撤废俸禄（家禄）制度。施行废刀令等，废除身份的特权。此外，文明开化、殖产兴业政策和征韩论所引发的政争，演变成明治六年政变，导致西乡隆盛、江藤新平、板垣退助等人下野，都对士族阶级带来影响，这些反对明治政府的士族被称为“不平士族”。
明治7年（1874年）江藤新平、岛义勇在故乡佐贺县领导的佐贺之乱，明治9年（1876年）熊本县的神风连之乱，与神风连相呼应的福冈县秋月藩士宫崎车之助为首的秋月之乱，同年10月山口县前原一诚等人的萩之乱等反乱相继发生，但皆被政府军镇压。明治10年（1877年）鹿儿岛县萨摩士族拥立西乡，爆发最大规模的士族反乱西南战争，也以失败告终。
西南战争之后，不平士族的反对运动转变为主张国会开设、宪法制定的自由民权运动。
日本汉诗诗人大沼枕山《春恨》：“化政极盛日，才俊各驰声。果然文章贵，奎光太照明。上下财足用，交际心存诚。宇内如圆月，十分善持盈。耳只听歌声，目不见甲兵。余泽及花木，各墅争春荣。人非城郭是，我亦老丁令。”
清朝诗人黄遵宪：“日本明治维新以来，尤注意于求富，繁殖物产、保护本国物产为先务，观其学校，分门别类，亦骎骎乎有富强之势。”，《日本杂事诗》：“玉墙旧国纪维新，万法随风倏转轮。杼轴虽空衣服粲，东人赢得似西人。”
集中在几个面向上：
爱知县立大学教授与那霸润认为，现代日本的原型在相当程度上从日本战国时代就形成了，江户时代是把那些特征全部继承、深化、定型的时代，明治维新没有改变这些特征。而自由民主党与民主党“都是战国大名的后裔”，战国大名的使命不是统一天下，而是保卫领地、保护把自身安危“委托给上面”的民众；战国大名的城堡是“公共建筑”，一旦大名之间发生战争，城堡是大名子民的避难所。至今，日本政治人物为自己的选区建设公共设施是理所当然的事，属于社会共识。福岛核灾后，灾民乖乖到“现代城堡”（小学、体育馆之类）等待救援，井然有序，其中包括侵略、不正视负面历史观、破坏他人良好民族这其实是大名传统的遗传。
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