明王朝建立后，朱元璋开始统一全国。当时明政府仍面临十分严峻的形势，大量元朝残余势力仍活跃在北方，而南方则有广东的何真、四川的夏政权和云南的蒙古贵族梁王把匝刺瓦尔密等割据势力。朱元璋为统一全国，派出重兵，同时进行北伐南征。
在北方，北伐军仍按原定计划进取河南，元河南王扩廓帖木儿因为遭李思齐所部进攻，由泽州撤退到了晋宁。三月，徐达军抵汴梁，元守将左君弼降，此时是洪武元年（1368年）三月。四月，常遇春攻下洛阳，并乘胜进取潼关，李思齐退守凤翔。朱元璋亲临汴梁，指挥进兵元都。
闰七月，徐达接连攻下卫辉、彰德、广平。攻克临清后，徐达命诸将“各率马步舟师大会于临清”，而后沿运河长驱直上，破德州、长芦、直沽（天津），进据通州。元顺帝得知，魂飞魄散，于七月二十八日逃往上都。元顺帝虽已离开大都，但仍有大量的军队。
徐达取元大都时，冯宗异已攻下了潼关，朱元璋命冯宗异不要乘胜西进，只宜把守潼关，遏其援兵。攻下元大都后，徐达、常遇春向西进军，攻陷秦晋。
洪武二年（1369年），明军打到大同。二月，进兵陕西，张思道闻风而逃，元军进入奉元路，从此改名为西安府。
常遇春、冯宗异等进克凤翔，李思齐率部逃往临洮。此时张思道在庆阳，诸将认为张的实力不如李，主张先攻庆阳。徐达认为不然，临洮西通番戎，北界河湟，今以大军压境，李思齐假如不向西逃走，则必死无疑。于是冯宗异攻临洮，顾时克兰州，临洮降。临洮既克，旁郡自下。朱元璋传令速取庆阳、宁夏。五月，徐达攻下平凉、延安，庆阳降而复叛，徐达派兵四面围住庆阳，庆阳城险兵悍，久围不下，至八月，城中无粮，开门投降。秦晋地区基本平定。洪武二年（1369年）四月，明置陕西、山西行省。
明军攻占元都后，南方两广地区仍属于元朝管辖。广州军阀何真，在红巾军刚兴起的时候，组织“义兵”镇压起义有功，元朝提升他为广东道宣慰司都元帅。元至正二十三年（1363年）升任广东行省参知政事，成为割据一方的军阀。攻占福建延平后，朱元璋即令廖永忠和朱亮祖等率水军自海道攻广东。
三月，明军于潮州登陆，何真“籍所部郡县户口、甲兵、钱谷”，奉表请降。四月，廖军至东莞受降。明军占领了广东全境。
元顺帝逃亡后，命扩廓帖木儿兵出雁门关，由保安州经居庸关攻北平，徐达侦察后得知，料北平之兵完全可以防守，遂趁扩廓率师远出、太原空虚之机，直捣其巢。
扩廓已至保安州，闻徐达不救北平，直捣太原，匆忙间又领军队打回太原，前锋万骑与明军相遇，傅友德、薛显率敢死士卒数十骑冲向敌阵，敌军稍退。此时明军兵力远逊于扩廓，只能智取，遂趁夜劫营，扩廓无备，跣足跃马，仅有十八骑相从，逃出阵外，亡命甘肃，其兵四万人归降。
之后，北伐军又打回上都，元顺帝再次被迫向北逃亡，洪武三年（1370年）四月在应昌（内蒙古达里诺尔西南）死去。洪武八年（1375年），扩廓帖木儿病死。洪武二十年（1387年），辽东纳哈出归降。
当时广西地区仍在元行省平章也儿吉忍统治之下。朱元璋在平定福建后，即命湖广行省平章杨、左丞周德兴等率师自湖广进兵广西。洪武元年正月，杨部进抵永州，久攻不下，直到四月，才攻克了永州，进围静江。朱亮祖平广东后，也带领军队进入广东，经梧州、郁林到达静江，与杨部队汇合联手攻城。经两月激战，破静江城，也儿吉忍被俘，南宁、梧州望风而降，平定广西。
明洪武五年（1372年），徐达、李文忠、冯胜分三路出击，进入沙漠，明军数万人阵亡，损失较大，洪武六年以后，明朝北边以战略防御为主，腾出兵力平定四川、云南。四川明玉珍自从建立夏国后，出于保境安民的需要，不过问境外事。元至正二十六年（1366年）明玉珍死，年仅十岁的儿子明升继位，夏国官员相互攻讦倾轧，政治混乱不堪。洪武四年（1371年）正月，朱元璋以汤和为征西将军，率廖永忠、杨等从湖广出发，由瞿塘逆长江而上，直取重庆，傅友德部从秦陇陆路进攻成都。傅友德部进展顺利，四月，连克阶州（甘肃武都）、文州（甘肃文县）、江油及绵州。六月，占领了汉州。
汤和部却费了很大气力，先是攻打瞿塘未果，被迫屯兵在大溪口，后来在朱元璋催逼下，廖永忠选精兵抬舟翻山，再顺流而下，上下夹击，才通过瞿塘，攻入夔州。汤和率部六月二十二日到达重庆，明升见势而降。七月，傅友德破成都，夏丞相戴寿降。四川平定。
梁王及大理段氏分别把持云南。洪武十四年（1381年），朱元璋命傅友德、蓝玉、沐英进攻云南，并亲自制订进军云南的战略部署，从永宁出兵乌撤（云南镇雄县），大军随之从辰、沅进入普定，分别据守要害地形，然后进兵曲靖，阻其关口。下曲靖后，分兵应援乌撤，大军直捣云南，使敌互相牵制，疲于奔命。云南既克，再分兵大理，派人诏谕，可不战而下。众将得令后由东北向云南进攻。郭英、胡海洋率五万明军从四川南下趋乌撤，这里是云贵川三省交界处，地理位置极为重要。
主将傅友德、蓝玉等进攻普定。在曲靖，梁王布下十万精兵抵挡明军。傅友德、郭英等日夜兼程，乘浓雾趋曲靖，进至白石江边。曲靖守将达里麻忙将精锐部署在江边，准备决战。明军假装退兵渡江，暗中派数十人从下游渡江，绕到敌军阵后，鸣金鼓，树战旗，迷惑敌军。果然达里麻中计，撤兵御背后之敌，明军趁其阵乱渡江，矢石如雨下，生擒达里麻，元军横尸十余里，曲靖平。兵败的消息传到梁王耳中，他弃昆明城逃走，不久自杀。明军出师仅百余日就拿下昆明。
蓝玉、沐英等于洪武十五年（1382年）进兵大理。
由于大理有苍山为屏，西面又临海，易守而难攻。段氏闻明大军逼境，聚众死守下关。下关十分险要，主攻的重任落在蓝玉军的肩上，他分兵成犄角之势，一路从洱海东趋上关，一路直抵下关。夜半，蓝玉派胡海洋绕到点苍山后，在山上遍树旗帜，天亮时，明军军心备受鼓舞，段氏见腹背受敌，惶恐不安。沐英一马当先，首先渡河，山上军士亦下山迎击，大理军溃散，云南平定，段氏束手就擒。洪武十五年（1382年），于云南设三司，并屯驻重兵，留西平侯沐英世代镇守。
明王朝统一大业的最后一部分是东北地区。洪武四年，辽东元平章刘益降，明设辽东都司。但元将纳哈出盘踞金山地区，拥众二十万，不时与明王朝发生武装冲突，东北问题并未解决。傅友德、蓝玉于洪武二十年（1387年）正月率兵二十万北伐纳哈出，包围了金山地区，纳哈出投降，东北平定。
朱元璋经历了15年风雨，削平群雄，推翻了元朝；又用了20年的时间，完成了全国的统一。
节选《明朝十六帝》
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