在会计核算上，不仅要注意资金的来源，还需要关注资金来源的渠道。即使资金来源相同，也可能由于其来源渠道的不同，导致使用的会计科目的不同。
（一）专项资金的收入核算
在《政府会计制度》下，将从同级财政部门取得的各类财政拨款定义为“财政拨款预算收入”“财政拨款收入”，将本级横向转拨财政款和上级与下级政府财政部门及政府部门安排的财政款定义为“非同级财政拨款预算收入”“非同级财政拨款收入”。
某省属A高校每年向省财政部门上缴学费等收入、报送预决算，省级财政部门向此高校下达预算资金，则省级财政部门是其“同级政府财政部门”。
1、A高校收到所有省级财政拨款的高水平院校的建设资金，应计入“财政拨款预算收入”“财政拨款收入”；
2、在国库支付制度已至臻完善的今天，财政资金垂直下达，即使是中央财政资金也往往通过省本级国库直接下达，年末A高校向省级财政部门报送决算，那么收入则应确认为“财政拨款收入”“财政拨款预算收入”；
3、A高校收到省教育厅通过国库转拨的财政性资金，由于省教育厅已将此款列为“财政拨款收入”“财政拨款预算收入”，则拨入高校时则属于“本级横向转拨财政款”。高校收到此资金时应计入“非同级财政拨款预算收入”。
所以在资金来源一致，但是渠道不同，就导致了使用科目的不同。
除了财政部门拨款，学校收到的其他组织对项目的投入或者收到捐赠收入，应计入“其他收入”“其他预算收入”，“捐赠收入”，“捐赠预算收入（或其他预算收入）”；向银行申请贷款用于项目建设计入“长期借款”“债务预算收入”。这些则属于非财政性专项资金，由于其来源不同，其核算方式也不同。
在实际工作中，鉴于各类事业单位收到的专项资金性质多样，在进行专项资金收入账务处理时，还应结合资金性质及支出用途，按照《政府收支分类科目》中所列“支出功能分类科目”及具体的项目进行明细核算。
（二）专项资金的支出核算
各类事业单位的专项资金支出有别于日常性经费支出，其用于专项业务活动、基本建设工程、大型修缮和设备购置等有关事业发展的专项支出方面。专项资金的支出在财务会计体系中通过“业务活动费用”科目核算，在预算会计体系中则通过“事业支出- 项目支出”科目及以“财政拨款支出- 项目支出”“非财政专项资金支出- 项目支出”等科目进行明细核算。
在核算专项资金支出时，要注意区分本单位向对应单位转拨的专项资金与本单位向附属单位下拨的补助费用之间的差别，不能将各类具有转拨性质的专项资金纳入对附属单位补助费用的核算范围中，二者相互独立，不具有包含关系。
由于专项资金单独核算的要求，为了便捷核算，提高统计与应用的科学性，进行专项资金账务处理时，除按“支出功能分类科目”、具体项目及经济科目外，建议启用辅助账按专项要求的资金来源、支出方向等进行辅助核算。
（三）专项资金的期末结转
专项资金的期末余额结转，在财务会计体系中通过“本年盈余”科目核算，按照对应的二级科目明细将期末余额结转至本年盈余即可。在预算会计体系中应坚持两步法原则，
第一步：要区分资金来源性质，即财政性资金通过“财政拨款结转”科目核算，非财政性资金通过“非财政拨款结转”科目核算；
第二步：要明确结余资金是否上缴，对应上缴的财政性结余资金，首先将应上缴结余资金由“财政拨款结转”科目结转至“财政拨款结余”科目，其次再作借记“财政拨款结余”，贷记“资金结存”的账务处理，对于应上缴的非财政性资金，直接作借记“非财政拨款结转”，贷记“资金结存”的账务处理，最后将留存本单位的结余资金结转至“财政拨款结余”及“非财政拨款结余”科目。
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