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Science 一周论文导读 | 2019 年 12 月 13 日

DNA loop extrusion by human cohesin

人类黏连蛋白挤压形成DNA环

图片来源:phys.org


(导读 阿金)真核基因组折叠成环和TADs形成染色质结构调节基因表达和重组。本研究通过生化重建发现单个人类黏连蛋白复合物(cohesin)以每秒2100对碱基的速度对称形成DNA环。环的形成和维持需要cohesin的ATP酶活性和NIPBL-MAU2,但不依赖cohesin的拓扑捕获。环形成时cohesin和NIPBL-MAU2位于环基底部,提示其通过挤压形成。结果表明cohesin和NIPBL-MAU2形成一种活性全酶与DNA互作,将间期基因组DNA挤压成环。[论文详细信息]




Human cohesin compacts DNA by loop extrusion

人类黏连蛋白通过挤压环来压缩DNA


(导读 阿金)黏连蛋白(cohesin)是一种染色体结合多亚基ATP酶复合物,作用机制尚不明确。本研究使用单分子成像发现重组人cohesin-NIPBL复合物通过挤压形成DNA环来压缩裸露和核小体结合的DNA。该过程需要ATP水解且对力敏感,DNA压缩以每秒500碱基的平均速率在数万碱基上前进。双结合DNA压缩结果表明cohesin二聚体可双向挤压DNA成环。该结果证明cohesin-NIPBL是由ATP驱动能够进行环挤压的分子机器。[论文详细信息]




Depletion of microbiome-derived molecules in the host using Clostridium genetics

使用梭状芽胞杆菌遗传学消除宿主中微生物组衍生的分子


(导读 王思菲)肠道菌群产生数百种以高浓度存在于宿主外周血的分子,阐明每个分子对宿主的个别影响仍很困难。本研究开发了在梭状芽胞杆菌中彻底敲除基因的系统。利用这个模型敲除了10个梭状芽胞杆菌衍生分子的合成基因。通过小鼠定植支链短链脂肪酸合成基因缺失的梭状芽胞杆菌,发现该产物具有免疫球蛋白A调节活性。[论文详细信息]




p27 allosterically activates cyclin-dependent kinase 4 and antagonizes palbociclib inhibition

p27变构激活细胞周期蛋白依赖性激酶4,并拮抗palbociclib抑制


(导读 阿金)p27蛋白是细胞增殖的典型负调节因子,在某些情况下,p27与活性CDK4相关,但尚未发现激活机制。本研究发现当p27被酪氨酸激酶磷酸化时,变构激活与细胞周期蛋白D1形成复合物的CDK4。磷酸化的p27与CDK4的结合改变了三磷酸腺苷激酶位点,从而促进了视网膜母细胞瘤抑癌蛋白和其他底物的磷酸化。该结果确认phosp27-CDK4-CycD1对临床相关的CDK4/6抑制剂具有耐药性。[论文详细信息]




A metagenomic strategy for harnessing the chemical repertoire of the human microbiome

使用人类微生物组化学库的宏基因组学策略


(导读 阿金)微生物组对人生理和疾病的影响已取得显著进展,但调控的分子机制仍不明确。本研究结合新的算法与合成生物学来探究人微生物组来源的宏基因组测序数据中编码具生物活性的小分子。发现临床上的某些分子普遍编码于人类微生物组中,具有对抗周围微生物的抗菌活性,可能和竞争及宿主防御有关。该方法为系统揭示人类微生物组编码的化学成分铺平道路。[论文详细信息]




Cryo–electron microscopy structures of human oligosaccharyltransferase complexes OST-A and OST-B

人类寡糖基转移酶复合物OST-A和OST-B的冷冻电镜结构


(导读 阿金)寡糖转移酶(OST)催化高甘露糖聚糖转移到内质网的分泌蛋白上。本研究解析出人寡糖转移酶复合物OST-A和OST-B的冷冻电镜结构,两者具有相似的总体架构,但催化亚基STT3A和STT3B的结构差异促进了与不同OST亚基——OST-A中的DC2和OST-B中的MAGT1的接触。研究观察到一个受体肽和磷酸二氢磷酸酯与STT3B结合,但在STT3A中只有磷酸二氢磷酸酯,揭示这两种复合物对蛋白质底物的选择性。[论文详细信息]




Sensory coding mechanisms revealed by optical tagging of physiologically defined neuronal types

通过对生理学定义的神经元类型进行光学标记揭示感知编码机制


(导读 刘奇)神经回路分析依赖于特定细胞类型的分子标记。本研究开发出基于细胞功能特性来标记和进行基因表达表征的生理光学标记测序(PhOTseq)技术。该方法可选择稀有细胞并将其富集近100倍。将该技术应用于发现小鼠信息素敏感神经元间受体-配体配对,结合犁鼻器化学受体体内异位表达找到了一组特定配体的完整组合受体密码。[论文详细信息]

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