“我思，故我在”（ego cogito，ergo sum）这是笛卡尔用拉丁语写出的话，成为哲学里最著名的口号，成为一条不同寻常的第一原则。出自其著作《方法论》（《屈光学》、《气象学》和《几何学》）。它虽然看上去不容置疑，但还是过于简单，不能作为任何事情的基础。从它能引出多少有用的信息呢？我们将看到：笛卡尔从他自己的存在出发、进入一个全新知识体系的路线是一种间接的东西，并被普遍地误解了。但他坚信：有了“我思，故我在”这条原则，他已经找到了正确的起点。在此之前，还是“地心说”的天下。
1633年，笛卡尔听说了伽利略被定罪的消息后，更懂得自己作为革新者所面临的危险。（伽利略因其论文被宗教裁判加上了诸多罪名，其中之一就是重复了哥白尼的“大错”，即“日心说”。）教会仍然坚信太阳绕着地球运行，而不是相反。他有理由担心：事实将证明一些科学著作不会被教会和教育当局接受，便取消了他第一部重要科学专著《论世界》（The World）原定的出版计划。笛卡尔知道地球确实在运动。他给老友马林·梅森（Marin Mersenne，1588—1648年）（法国数学家、修道士，热心科学，在教会中为了捍卫科学事业做了很多有益的工作）写信说，这个观点若是错了，“我的哲学的全部基础也错了”。笛卡尔居住在荷兰的新教所在地区——要么就是居住在法国，那里没有宗教裁判所——并深深同情伽利略。虽然那部专著几乎不会给他造成伤害，但笛卡尔还是敏锐地躲避着教会的申斥。从此，他的科学研究便差不多完结了。
伽利略审判案的一个教训是：宗教和科学不能彼此无视。笛卡尔的著作若想作为新亚里士多德的著作得到承认（他热切渴望如此），他就必须找出一种平息信教者怒气的方法。笛卡尔最愿看到的，是他的科学著作像在拉·弗莱彻耶稣会学院那样被用作教材。这就是他后来决定把这些著作纳入一个更广泛的哲学计划的背景下的主要理由之一。若他能证明他的科学基于无可辩驳的原则，而且能证明他能用它以一种新的、更好的方式确证宗教真理，他便几乎不必害怕了。这就是他1637年想做的事，当时，他出版了那部包含四篇短论的著作：三篇科学论文和一篇作为“绪论”的《方法论》（Discourse on Method）。在给一位友人的信中，他自豪地说，那些论文将证明他的科学研究方法会获得成功——“堪比我发明的……关于视觉、盐、风、云、雪、雷和虹的演绎法……堪比其他人已找到的方法。”作为“绪论”的《方法论》表明：如果没有例外，只要宗教与科学携手，它们都会有最好的发展。
选入这个文集中的科学论文，显然避开了一些最具争议的话题。论文包括笛卡尔的一篇创新性的几何学论文、一篇气象学论文，还有一篇光学论文，其主要内容是论述何种形状的透镜最能提高新近发明的望远镜的性能。《方法论》还有选择地概述了他的物理学总论，谨慎地略去了所有容易造成冒犯或误解的东西，例如哥白尼的太阳系理论，以及人体是机器的观念。但《方法论》的主要任务却是以智力自传的形式完成的，这篇论文始于力图尽可能多地怀疑，接着报告了笛卡尔对随后所谓真理的发现：
“我（笛卡尔）能怀疑我身体的存在，但不能怀疑我自己的存在，因此结论就是：
我和我的身体不是同一个事物。我是一个能思考的心灵，不是一块物质，我对这个心灵及其思想的了解，超过了对任何物体的了解。我知道，我对某些事物的了解不如我对另一些事物的了解，因此我知道我不完美。”笛卡尔说，“我现在用‘完美’（perfection）对照我自己的不完美状态，‘完美’是一个值得关注的概念。我是怎样获得这个概念的？它不可能是我单凭自己碰巧想出来的，其实它只能是某个自身完美的存在（上帝）植入我头脑的。因此，上帝存在。”（笛卡尔也许会说，他也创造了第二个同样不能令人信服的对上帝存在的论证）笛卡尔接着说：“我所知的关于上帝的一个事实，就是他不是骗子，因为欺骗就是不完美，而上帝是完美的。如此便可以认为，他不会骗我，也不会让我在尽力寻求真理时受到其他人的欺骗。因此，我放心地确信，当我试图理解这个世界时，只要我小心谨慎，便不会犯什么大错。以上帝的善意为保障，我现在完全有理由抛弃我开始探索真理时的那些怀疑了；换句话说，我能忽略一种可能性了，那就是对物质世界一无所知，因为我可能正在做梦，或者正被一个强大的魔鬼欺骗。”
《方法论》就这样展示了笛卡尔的那些凭证。它表明：他力求先极度谨慎、负责地怀疑他可能怀疑的一切，再宣布自己获得了知识。它表明：笛卡尔在其“机械论的”哲学中有明显的唯物主义兴趣，他认为自己的心灵是与身体分开的，因此心灵有望在他的身体死后继续存活。它表明：上帝存在——的确，它两次表明了这个观点。最重要的是，它证明了一点：你若想了解自然界，就必先了解上帝。正是神学使笛卡尔确信科学知识是可以获得的，因为他若未找到理由、相信存在一位仁慈的上帝，他便不能排除一种可能性，即这个世界大大地迷惑了他。若不能排除这种可能性，那么，无论是他还是其他任何人，便都几乎不能确定任何事情了。因此，连志在从事科学的人都必须承认：神学是一门更高级的学科。没有理由怀疑这种真诚。的确，撰写《方法论》的部分目的就是宣传——向教会介绍笛卡尔及其工作，但又像是宣传众所周知的笛卡尔本人。不过，人们完全可能想知道：这种哲学论证到底真正揭示了多少他那些科学思想的基础。在《方法论》里，笛卡尔常常提到一种能使他获得新的、有用的科学知识的“方法”。遗憾的是，他所说的那种方法是什么，读者却并不清楚。在书中某处，他列出了4条基本规则，说那是他考察之后提出来的；但正如德国哲学家莱布尼茨后来指出的，这些规则太模糊，几乎是空洞的。第一条规则是：“若不确切地知道某个事物为真，我绝不承认它……使我的判断中除了如此清晰、明确地呈现给我头脑，使我绝不可能怀疑的东西，别无其他。”第二条规则是：“将我检验的每一个难题都分为尽可能多的部分。”第三条规则是：“为指导我的思想有序发展，我应该从最简单、最易了解的对象入手，一点一点地前进……到达最复杂的知识。”第四条规则是：“列举十分完整的例证，做出十分全面的评论，使我能确定毫无遗漏。”莱布尼茨认为，这些规则没有什么特别之处，理所当然。例如，我们若用它们指导烹饪完美的膳食，便很可能会得到如下忠告：关于笛卡尔的方法的特别之处，他自己也很难说出那究竟是什么。这4条规则，是从他的一本从没想要写完的书里摘选出来的。那本书即使在未完成状态下，也至少写出了21条“头脑思考的指导规则”。其中几条谈到了笛卡尔在数学里运用的技术，但没有一条能反映全书的特点。它们似乎并没揭示多少他的科学风格与他总体哲学之间的联系。不过，在《方法论》一书的其他地方，还是有一些线索反映了笛卡尔“机械论哲学”的信念，反映了他对上帝、心灵和确定性（certainty）的限度的思考。他说，一个根本性错误对人们的思考产生了不良影响，“他们从不把自己的思想上升到可被感知的事物之上”22。这就是笛卡尔的真正方法的标志，若它堪称“方法”的话。指导他全部论证的（包括他关于物理学的思想），就是他的那个决心，即避开他认为的种种感觉限制。他到底是怎么做的，这在他1641年的那部名作中渐渐呈现了出来。
《沉思录》 ，让笛卡尔成为欧洲最有影响力的哲学家之一。
我不会敦促任何人来读此书，除了那些能够并愿意与我一同认真沉思，将他们的头脑退出感觉、退出一切预想观点的人。这句话是笛卡尔在他的《沉思录》（Meditations）中写的。他把这本书作为6天沉思的日记发表。考虑到那些能够并愿意与他一同沉思的人可能发现自己不赞成他的观点，他把大量评论和反对意见收入了这本书（为了这本书，他的朋友梅森把那些材料整理成了草稿），再加上他的回答。那些评论来自：一位耶稣会修士；一位荷兰天主教神学家；托马斯·霍布斯；梅森本人；皮埃尔·伽桑狄（Pierre Gassendi,1592—1655年）（法国科学家、数学家、哲学家。他使伊壁鸠鲁主义复兴，以取代亚里士多德主义，宣传原子论思想，肯定感觉是知识的唯一来源），他是哲学—数学家，受古代怀疑论和伊壁鸠鲁(Epicurus，公元前341—前270年)原子论的影响；还有安托万·阿尔诺（Antoine Arnauld，1612—1694年）（法国神学家、逻辑学家、哲学家），他日后成了法国最著名的哲学—神学家；还有其他各种人，包括一些无名氏。这个附录由充满激情的争辩构成，其篇幅是《沉思录》本身的7倍。关于这些争论的争论，其很多篇幅甚至更长。事实表明，《沉思录》成了人们讨论最多的现代早期哲学著作。但是，它那些主题和定见，却惊人地古老。具体地说，它们是柏拉图的。笛卡尔敦促其读者首先关注那些“与物质彻底分开的、独立的智能对象”，这无疑就是柏拉图对其心向往之的哲学家—国王们提出的忠告（此处指柏拉图的《理想国》）的回声。笛卡尔就像柏拉图的真正追随者，反复强调我们必须让目光离开感官世界，通过观察我们自己的头脑去寻找真理。的确，他沉思开始时产生的一些极度怀疑之所以有用，不仅因为它们能使我们摆脱错误的定见，还因为它们提供了“一条最容易的路，能将思考从那些感觉引开”。古代许多柏拉图主义者都寻找过这条路，而柏拉图主义者圣·奥古斯丁（St.Augustinus,354—430年）（罗马帝国基督教思想家、早期基督教教父及哲学家，著有自传体作品《忏悔录》 ）其实也像笛卡尔一样，踏上过这条路。在圣·奥古斯丁的发表于公元4世纪末的《忏悔录》（Confessions）里，他检验了他自己头脑中的内容，想看看其中是否存在他能绝对确定的东西。他注意到（就他所知）他可能在做梦，但他不能怀疑自己的存在，“我若受骗了，我便存在！”内省也向他揭示了其他一些确定的知识，其中无一与感觉有丝毫关系。因此，奥古斯丁认为，这些知识的种子证明了上帝的存在，他把那些种子植入了我们的头脑。在他的至少6本书中，奥古斯丁引用了一个如今仍很有名的证据：一个人不可能怀疑自己的存在。笛卡尔知道了他那个最著名的思想并非创新后，颇为不快。他是个骄傲的人，毫无根据地谴责以前的合作者们偷窃了他的思想，更辱骂那些被他视为对手的同代人。例如，他不承认大数学家皮埃尔·德·费马（Pierre de Fermat，1601—1665年）（法国数学家）的著作，将它斥为“狗屎”26。笛卡尔知道，奥古斯丁根据一个事实，第一个谈到了他自己的存在，那个事实就是他在思考；但笛卡尔很快就加上了一句，即奥古斯丁谈到他自己的存在，其实既简单又自然，以至“任何作者都会遇到这种情况”［的确，在奥古斯丁之前的至少两个世纪中，一些思想家如塞克斯都·恩皮里柯（Sextus Empiricus,150?—210?年）（生活在亚历山大里亚、罗马或雅典的医生和哲学家，其著作是对古希腊和古罗马怀疑主义哲学的最完整描述）就想到了这一点］。笛卡尔认为，真正的新颖之处是他（也只有他）已着手证明了心灵的本质，“我……表明了这个正在思考的‘我’是一种非物质实体，不包含任何实体要素”。正如我们在他的《方法论》中所见，笛卡尔相信他的心灵或自我必定是非物质的，其理由如下：我不能怀疑我的存在，但能怀疑我有一个身体。因此，我就是与我身体分开的某种东西。遗憾的是，在笛卡尔宣布的这种新颖说法上，奥古斯丁也已再次领先，而其论证也与笛卡尔相同，“我们已说过的清楚地表明，头脑……确定了其自身的存在。但头脑根本无法确定它是不是气、火、实体或某个实体的任何部分。因此，它都不是这些东西”。不过，笛卡尔的研究课题的本质仍然不同于奥古斯丁的研究课题，即使其文字有时相同。奥古斯丁的沉思是对上帝真实性的消极欣赏：他思考的是头脑如何受到了上帝的启迪，如何因此储存了人类真正需要的大量知识。相反，笛卡尔意在积极开发人类理性的天然力量，不但为了证明古老的真理，而且为了发现新的真理。笛卡尔虽然认为一切知识最终来自上帝——因为正是一位仁慈上帝的存在，我们一些基本信念的正确性才得以保证——但他知道，这并不意味着我们可以把一切都归于上帝。例如，我们必须准确地弄清一点：上帝那个保障计划包含了我们的哪些信念。因此，奥古斯丁是沉思上帝为我们做了多少，笛卡尔则意在表明我们能够和需要为自己做多少智力工作。因此，笛卡尔的考察就比奥古斯丁的更具探索性，也更为复杂。笛卡尔的《沉思录》在讲述他那些发现的故事时，常常来回漫游，提出一些问题，却迟迟不答，直到后来突然有了某个相关思想时，才拾起那些线索。这种精心构思的非正式性增加了这部著作的魅力，但也可能使读者难以弄清一点：笛卡尔是怎样力图从论述他的存在扩大到论述一些重大问题的，例如，外在于他的事物的真实性，以及“机械论哲学”的真实性。19世纪初，黑格尔（G.W.F.Hegel）把“我思，故我在”这句话复杂化了。他抽掉它的内涵，用这个口号说明笛卡尔怎样提出了一种主观的世界观，其中的“我”是一切的基础。对笛卡尔的这种解读得到广泛传播，尤其是在天主教信徒当中。例如，教皇约翰·保罗二世（John Paul Ⅱ）在1994年写道，对笛卡尔来说，“唯有与人相关的思想才有意义。这种思想的客观真理性，并不像人的意识中存在某种事物这个事实那么重要”。在后来的一本书里，约翰·保罗二世进一步指出，笛卡尔掀起的哲学革命贬低了上帝，把人的头脑放在了上帝的位置上，“按照‘我思，故我在’的逻辑，上帝被贬成了人类意识中的一个元素”。换句话说，笛卡尔发起了向一种世界观（其中的“我”是一切的基础）的转变，以及向一些自私的畸形规则的转变。笛卡尔常对批评他的人发脾气。很难想象他（若活在今天）在心中会如何议论这位教皇，因为他已反复地阐释过他的存在（以及世界的存在）依赖于上帝，而不是相反。怀疑笛卡尔是激烈的主观论者的人，混淆了他的论证风格与论证的材料。他以自传的风格表述了他的哲学探询，并做了内省。但他的发现里绝无主观的东西：我产生了怀疑，我是个不完整、不独立的事物，当我思考这些事实时，心中便对一种完整、独立的存在产生了清晰、明确的概念，换言之，那就是关于上帝的概念。我心中存在这个概念（或曰存在怀有这个概念的我），根据这个事实本身，我做出了明确的推论：上帝也存在，我全部存在的每一个瞬间都依赖于他……现在，根据对这位真实的上帝（智慧和科学的全部宝藏都藏在他身上）的沉思，我认为我可以看到一条了解其他事物的路了。笛卡尔写道，他自己存在的确定性是其哲学的“第一原则”，但事实表明，这仅仅意味着这是他准备承认的第一种确定性，并非基于这种确定性的其他任何事物。准确地说，笛卡尔并没从他自己的存在推导出任何结论。相反，他追问自己是如何具有这种确定性的，因此他才能以同样的方式去发现其他一些确定性。那种确定性的奥秘，完全在于它涉及“对我断言之事的清晰、明确的概念”34。最重要的是，笛卡尔接着引进了上帝。他通过各种哲学论证得出了一个令他满意的结论，即必定存在一位上帝。于是，他推论说，这位仁慈的上帝绝不会允许自己创造的生灵大大受骗，只要他们学会克制，将自己的信仰限制在被他们清楚、明确地知觉为真的事物上。因此，笛卡尔的知识体系就不是基于他自己的存在，而是基于上帝的存在。在可靠地证明了上帝的存在之后，笛卡尔要做的便只是找出“智力清晰、明确地揭示的事物”的限度，并留在这个限度之内。35那么，关于物质，智力究竟揭示了多少呢？上帝的善足以保证某种物质的真实存在。笛卡尔说自己有一种强烈的倾向，即相信他的感官知觉是由外在于他的对象造成的，若并非如此，那就不得不把上帝看作一个大大的骗子。但笛卡尔提醒说，这些对象（的存在）“也许并不完全符合我对它们的感官了解，因为在很多情况下，感官了解都非常模糊和混乱”。尽管如此，“至少（外部对象）还是具备了我能清晰、明确地理解的一切特征”。事实表明，这些特征就是“数学的对象—材料构成的特征”。笛卡尔发现自己清楚地理解了空间中可度量的维度，理解了几何形体，理解了时间延续和运动；至于其余的一切，包括光、色彩、声音、气味、滋味、热、冷和其他可感知的性质，他只能以一种非常混乱和模糊的方式去思考。他看见了（或者说他因此相信）“重量和硬度，吸引之力或净化之力，以及我们体验到的实体的其他一切性质，都完全地包含在实体的运动（motion）中，也或包含在它的无运动（absence）中，包含在实体的局部构造和状态中”。因此，事实表明，此类被纳入了上帝那个保障计划的物理事实，恰恰就是“机械论哲学”中的那些特征。上帝的保障（我们不该受骗）仅仅适用于我们能清晰明确地形成的一些概念；笛卡尔认为，就物体而言，这意味着那些特征仅仅包括所谓“初级性质”（primary qualities）的概念，例如形状、大小、位置和运动状态，伽利略和古希腊原子论者认为它们是自然中唯一的客观性质。因此，笛卡尔从他的物理学中摒除了所有令人怀疑的、主观的“次级性质”（secondary qualities），例如颜色，因为颜色只是感觉所创，他认为应该用数学的方法解释颜色。他宣布，像力学一样，他的物理学其实大多集中在“形状、大小和运动”上，而这就是“它最堪称嘉许的特征”，他在致普莱皮乌斯（Plempius）的信中谈及弗罗芒都斯莱伯图斯·弗罗芒都斯（Libertus Fromondus，英文名Libert Froidmont，1587—1653年），法国天主教神学家，教授哲学，发表过物理学和数学方面的论文。笛卡尔将他视为权威导师，将自己的论文寄给他，但弗罗芒都斯并不赞同其中的观点）时说道，因为这意味着它使用的“无一不是数学的、可靠的推理论证”。笛卡尔宣布，这种研究自然的机械论方法的另一个长处就是其实用性。他还说：“无论我从我的哲学原则得出了什么结论，每当我将它们运用于恰当的材料，都确实有效……哲学的这个部分……产生了有用的实际结果，因此，其中任何错误都会造成经济损失。”这项课题在笛卡尔手中使头脑离开了感觉，因此造成了非柏拉图式的明确转变。普罗丁诺（Plotinus，204—270年）和其他柏拉图主义者曾否定感觉的可靠性，旨在鼓励从精神上脱离物质世界。而现在，笛卡尔却以同样的论证告诉人们怎样挣到更多的钱。他质疑了那些“混乱而模糊的”感觉证据，以倡导一种源于数学的物理学。除了其他特点之外，那种物理学还将是想象性的和技术性的，因此会产生能够获利的结果。
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