上周我们推广过一个免疫治疗会一直火的文章,后台很多粉丝留言,这个思路太复杂,学都学不会,烦死了。 于是今天我们直接整理成生信可执行方案,bia给你们。 有兴趣找我们做分析的,定制更为详尽执行方案 零、下载TCGA、GEO相关数据集,选择TCGA数据做为训练集数据一、对训练集数据非负矩阵拆分(NMF),提取 agene factor matrix W of (n genes × k factors)。二、ssGSEA筛选免疫相关的NMF factors。三、选择top150基因进行 NMFConsensus聚类 分组为immune and non-immune类。四、利用NTP对immune-group二次聚类分为 immune-suppressed and immune-activated subtypes。免疫相关分为:免疫激活,免疫抑制两个亚型。(分析中聚类情况会进行调整)