说起慈禧怀孕之事，晚清文廷式的《闻尘偶记》上有记载，事情大致是这样的：
光绪六年（1880年），慈禧46岁，此时的她守寡已经20多年，她平时十分注重自己的身体，可是有一天她突然感觉浑身疲惫、四肢无力，不仅吃不下东西，还感到一阵一阵的恶心，于是叫来太医诊断。
第一位太医诊断过后，发现是喜脉，自知不对劲的太医，变得吞吞吐吐，实在不敢说出实情，只是告诉太后，她过于劳累，多加休息便好了，慈禧听后也没有当回事，但慈禧身体并没有好转，反而越发得厉害，于是便又叫来一位太医，这个太医诊断过后，脱口而出：“恭喜太后，是喜脉”。
慈禧当时脸便青了起来，怒骂起第二位太医：“庸医，本宫守寡二十年，何来有喜？拖出去斩了！”此时慈禧也明白为什么第一位太医吞吞吐吐了，于是便将第一位太医也杀了。
可两位太医都被杀了，问题并没有得到解决，慈禧太后的“病”还需要治，总不能真的将孩子生下来吧，事情传到光绪帝耳中，他也关心慈禧的病情，于是广招天下名医为太后看病，直隶总督李鸿章举荐无锡名医薛福辰为太后医治，光绪帝便下旨召薛福辰进京。
薛福辰进京后，光绪帝亲自陪同前往为慈禧诊脉，薛福辰摸出了慈禧的喜脉，但是他知道咸丰帝早已去世多年，如果说出来是“喜脉”自己必死，经过思考之后他说出：“太后为国操劳，心力交瘁，气血阻滞，积于腹中，治宜行气通络，清瘀活血。气血一旦通顺，凤体自然会康健无恙。”
这话一出，慈禧自然高兴，旁边的光绪帝还一头雾水，此时薛福辰再次下跪，说到：“启禀皇上、太后，臣有个不情之请。薛家祖上曾传下规矩，凡为王公大臣诊病，一律只配药不留方。太后老佛爷当然例外，但药方也只能太后亲览。太后此病当用臣祖传秘方，待臣回去亲自配药煎熬，六六三十六个时辰之后再亲自奉上。”
经慈禧同意之后，薛福辰写下方子，慈禧看到方子心中大悦，她明白薛福辰开的是打胎药，光绪帝还一头雾水时，慈禧就匆匆下旨让薛福辰去准备，薛福辰回去之后，第三天才将备好的药带进宫中，慈禧喝下之后，虽然身体不适，但心情却很好，心中的石头也落下了，赏赐过薛福辰后，就让他出宫了。
出宫后的薛福辰借了一匹快马，一路赶回老家，回到家中就装“死”，让家人给他办丧事，为什么会这么做？因为他刚出宫门，慈禧便下密旨，让人除掉薛福辰，可结果却是薛福辰已“死”了，慈禧只好作罢。
前两位傻傻的太医，不仅问题没解决，自己还丢了性命，而薛福辰的老谋深算，让自己最终逃过一劫。
怀孕之事起因
根据书中所说，这件事起因是琉璃厂来了一个姓白的师傅，白某经过李莲英的引荐，来到了后宫，慈禧见后甚是喜欢，二人发生关系，但不久之后，慈禧就发现身体不适，经过太医诊断才知道是怀孕了。
此事还被东太后慈安知道，慈安太后为此动怒，认为自己死后都没脸向先帝交代，可慈禧得知慈安生气后，便与人密谈，不久就毒死了东太后慈安。
这本《闻尘偶记》是一本野史书籍，可信度不高，但是“苍蝇不叮无缝的蛋”，真假已经没法验证了。
慈禧生子的野史
有一些野史甚至记载，慈禧不但怀过孕，还生过孩子，这个孩子便是光绪。
事情是这样记载的，据说慈禧喜欢吃汤卧果（北京的一个小吃），而且每天都要吃，这道小吃由金华饭店的伙计送进宫中，后来金华饭店来一个姓史的年轻伙计，他皮肤白皙，仪容俊美，时间长了，与李莲英都混熟了，有一次来找李莲英，被慈禧撞见，要知道后宫是不允许外人进入的，李莲英无奈只好说出实情。
慈禧听后，不仅没有怪罪李莲英，反而十分高兴，将史某留在了宫中，二人之间发生了不可告人的秘密，后来慈禧怀孕，生下一子，但慈禧不能养在宫中，只好由自己妹夫醇亲王奕譞赡养，对外宣称为奕譞之子，与此同时不得不将史某除掉，以绝后患。
很多人进行过推测，因为清朝有规定，皇位继承上“立子不立弟”，而同治帝去世之后，身为西太后的慈禧不顾祖训，坚持立光绪帝为皇上，从这可以看出他对光绪“特殊”情感，再有一点就是光绪对慈禧的称呼为“亲爸爸”。
不过这件事也是一个野史，没有任何证据证明。
不过，慈禧一生十分荒淫，传出来的情人除以上二人之外，还有恭亲王奕訢、荣禄、僧格林沁之孙那尔苏等等，英国人埃蒙德·特拉内·巴格思自己宣称与慈禧有秘密恋情，并写成了一本书，名叫《太后与我》。
但慈禧怀孕之事，没有任何文献能够证实，不过从野史中和传闻中可以看出，慈禧不是一个省油的灯，即便是真的有怀孕之事，也不会出现在史书之上，因为慈禧会将一切知道此事的人“抹掉”，此事会影响到她执掌政权，再者说很可能是有人故意诋毁慈禧，毕竟很多大臣想让她交出权力，借怀孕之事，可以让她身败名裂，自己乖乖交出大权，所以很可能是假的。
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