在反渗透实际清洗中，应注意流速（流量〉的实际值不要超过单只膜元件的规定值。对于在线清洗，不分段清洗是常用的方式。在不分段清洗过程中，最后端处于高速清洗，前段则处于低速，盲目提高前段流速，会使后端处于过高速状态，极易造成膜元件的损坏，主要原因在于:最后端的浓水通过浓水管直接循环至清洗药箱，与大气连同，造成后端膜元件压差陡变，流量剧增。对于分段清洗，不同段的流速显然不同，尤其3∶2∶1排列装置,流速值相差3倍，因此，注意及时正确调整循环清洗泵的出流量。
清洗药剂选择应注重实际性，最实用有效的方法:取一些污垢物放入清洗剂中，间歇轻轻晃动液体，时间30~60min，若污垢被完全溶解，说明清洗剂非常有效，宜采用不分段清洗的方式，其效果与分段清洗相同;
若污垢被部分溶解，并且残留物呈松软悬浮性，说明清洗剂仍有效，分段清洗或不分段清洗均可;若部分溶解，但残留物比较坚硬性。污垢物应是RO外壳压力容器内的不同部位处的物质，保安过滤器内部的污垢，可以作为参考。总之，这种工作，结果直接明了，说服性极强，并且简单便捷，极容易重复进行。
清洗药剂首先要排除它不能具有氧化性能，并注意在清洗过程中，pH值的高低对RO膜的分解作用。pH值在实际往往疏于严格测试、控制，造成清洗后膜性能下降，尤其脱盐率极易下降，从而置疑清洗药剂的性能。除氧化性、pH值以外，一般不呈现纯溶剂或纯试剂的化学清洗药品，通常对膜的性能不会造成损害，因此，药品种类的选择范围应是很大的，并不局限于膜商的推荐，以及专业清洗商制定的产品，而无谓增加清洗成本。
清洗药剂的重要性能在于它对污垢较强的溶解性。强调高速清洗，其实在强调它的高速冲洗作用，但应该明白一个事实:压力容器内膜元件是串联形式，两膜之间的空间处直径约200mm，流速无法与膜表面上的清洗流速相比。如果清洗剂对污垢溶解性不强，仅靠高速水力，冲刷剥离的污垢，会聚集在两膜之空间处。待正常开机后，这些污垢会腾起进入下游膜元件内，造成某一膜元件压差增高。其结果造成该压差值远离平均值，膜元件性能损耗极快。因此可以说，一味追求和强调高速清洗并不全面，清洗药剂溶垢性的好坏，才是本质上的内容。当然，针对单只膜元件的离线清洗，高速清洗另当别论。
在清洗过程中，为保证清洗效果，保证膜表面上的横扫流速，建议关闭产水阀门的做法，特别要慎重。以一级两段RO装置为例，说明这种做法的不妥之处。图8-47所示在关闭产水阀门的清洗过程中，水压与水头损失变化趋势。
下图，折线α代表膜浓水侧的水压变化线，水平线b为清洗进液压力线，水平
在清洗过程中，提高膜上横扫流速，浓水阀门全开，保证浓水尽快泄流到清洗水箱内，因此,在二段出口处的浓水压力将被泄至大气压为止。
针对RO装置，一、二段产水的连接管道是相互连接的，产水管作为连通容器，使一、二段内任何处的产水压力均相等。正常清洗的实际压力300kPa，清洗液的渗透压一般较低，小于100kPa，故产水是必然的。关闭产水阀，造成产水压力上升至100kPa以上，形成二段膜元件的背压超限。其结果，很容易损害膜元件。
一些清洗程序与要求不可简单化，不可省略。譬如，拆开压力容器的前后端板，或选取一支容器，循环推出一支膜元件，刮去污染物，以断定污染物种类与污染量多少，是极其有意义的。当污染物较多时，首先依次推出膜元件，利用RO产水着重对膜两端的污物进行体外冲洗，并同时冲洗压力容器和端板，然后复位，进行正常的在线清洗程序。
在清洗过程中，坚持观察清洗液的pH值以及颜色的变化。pH值的高低对清洗效果和膜的性能非常重要，应及时利用酸或碱，调整pH至目标值。
在清洗现场，迅速检测清洗液中的物质成分，一般是无法及时实现的，但是，清洗液的颜色会随着循环过程发生一定变化，这为确定清洗效果以及其中的物质成分多少提供了一定参考作用。由于清洗微孔过滤器的作用，当清洗液颜色变化至恒定，且呈透明状态时，说明清洗接近终点﹔否则，应重复配制清洗药剂，再次实施清洗过程，无嫌麻烦。
针对微生物污染，当RO膜上的生物薄膜层、凝胶层和固化层完全形成后，清洗效果较难预计。为使污染的影响减至最小，实施定期清洗与杀菌，例如温度较高季节，每3～6d 1次，采取在线冲击式杀菌措施，温度较低季节，每30d 1次，是最好的方式。
在线冲击式杀菌方式:杀菌剂2，2一双溴代一3一次氮基丙酰胺，液体，有效成分20%，投加标准50~100mg/L，即每1L水50~100mg有效成分浓度，低压冲洗过程，以计量泵注入，杀菌时间30min左右。
循环杀菌清洗方式:内容同化学清洗方式，先后次序:首先采用循环杀菌，杀菌剂同上，然后采用化学碱性循环清洗。高速清洗，增强横扫流速所具有的剪切力，通常能取得较满意的效果。因此，循环杀菌清洗应采用分段清洗的方式。
对于不同性质的循环清洗，在每次结束后，应将RO装置以及清洗装置残液排放，并利用RO产水漂洗至排水无色透明、pH值不变为止。其原因在于:酸洗后，RO装置内存在酸洗的溶解物质，在碱性条件下，将产生沉积的可能，同时，残留的酸性物质会降低碱性清洗药剂的性能，从而降低整个清洗效果。反之亦然。
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