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Cell | 吴皓团队揭示NLRP3的笼型结构是其活化的关键

炎症小体是在机体应对感染和危险信号时,活化炎性半胱氨酸蛋白酶caspase,启动下游应答的一类多聚蛋白复合物【1】。活化的caspase-1可以切割细胞因子pro-IL-1b 和pro- IL-18为其成熟状态IL-1b和 IL-18 ,而所有caspase均可以切割GSDMD,最终导致细胞形成孔洞,细胞因子释放,以及细胞胶亡【2】。NLRP3可以感应多种刺激信号,从细菌毒素到胞外ATP,再到尿酸结晶和淀粉肽等颗粒物质【3】,但是这些信号分子都不直接和NLRP3发生相互作用。

NLRP3含有NACHT、LRR和PYD三个结构域,核苷酸结合结构域是NACHT中的一部分,含有螺旋结构域1(helical domain 1,简称HD1)、翼螺旋结构域(winged helical domain,简称WHD)和螺旋结构域2(helical domain 2,简称HD2)三部分【4】。而且,活化状的NLRP3很有可能像其家族成员NLRC4一样形成一个飞碟状的结构。之前作者通过蛋白质工程的方法解析了缺失PYD结构域的NLRP3蛋白【5】,并确定这一结构可以和丝苏氨酸激酶NEK7相结合,而NEK7是NLRP3活化的结构条件之一【6】。当然了,NLRP3全长的结构仍然有待解析。

2021年12月2日,来自美国哈佛大学的吴皓研究组在Cell上发表题为NLRP3 cages revealed by full-length mouse NLRP3 structure control pathway activation 的文章,确定了在静息状态下,NLRP3定位于膜上并形成一个双环笼状结构。

为了获得生理状态下NLRP3的结构,作者选取HEK293T细胞系表达并提取纯化NLRP3,因为这一细胞系不表达炎症小体其它组份。作者通过电子显微镜确定了20-25nm尺度的静息状态NLRP3单体【7】。随后,作者通过三维立体成像技术发现了NLRP3的双环笼状结构。其中,通过dATP稳定NLRP3的样本在4.2 Å分辨率下解析出六重双环笼状结构用来建立模型。

值得注意的是,最终的原子模型含有NACHT和LRR结构域,在NACHT-LRR笼中的PYD结构域存在相对较弱。NACHT结构域基本上不与其它部分发生相互作用;整个复合物是通过LRR“脸挨脸”和“背靠背”两种方式结合,且缺一不可;另外,缺失PYD结构域后,NLRP3结构也不复存在,这表示PYD结构域同样和NLRP3其它组份相互作用,并起到维持其稳定性的作用。另外,作者还确定,NEK7与NLRP3双环笼状结构的形成存在竞争关系,并在一定程度上可以起到打开笼状结构的作用。

PYD结构域可以有效促进ASC链条形成,从而进行炎症小体装配。作者发现,NACHT—LRR所形成的双环笼状结构将包裹其中的PYD结构域与外界ASC隔离开,从而将NLRP3稳定在静息状态,这很可能是调节炎症小体活化的机制之一。

另外,作者在纯化NLRP3过程中发现,NLRP3基本上都定位于膜结构细胞器上【8】,比如内质网、高尔基体等。并且通过突变膜结合核苷酸确定,与膜结构结合,可以促进NLRP3双环笼状结构的形成。当然,作者并没有将结合部位细化,但是指出,膜结构很可能为NLRP3双环笼状结构的形成提供框架支撑条件。

最后,作者选取缺失NLRP3的骨髓来源的巨噬细胞,表达双环笼状结构形成异常的NLRP3突变体,并通过LPS和尼日利亚菌素活化炎症小体。作者确定,NLRP3双环笼状结构的形成,是尼日利亚菌素活化炎症小体的必要条件。

综上所述,作者报道了小鼠NLRP3的结构,即通过LRR-LRR相互作用连接形成了NACHT-LRR双环笼状结构,并将PYD结构域包裹其中,从而避免了炎症小体的异常活化。值得注意的是,这一结构的形成是需要膜结构参与的,这也与NLRP3多定位于膜结构细胞器上相一致。另外,双环笼状结构如果不能正确形成,则炎症小体无法正常装配和活化。

原文链接:
https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.11.011

制版人:十一

参考文献


【1】Collison, J. (2019). Oncogenes and inflammasomes in lupus nephritis. Nat. Rev. Rheumatol. 15, 190.

【2】Broz, P., and Dixit, V.M. (2016). Inflammasomes: mechanism of assembly, regulation and signalling. Nat. Rev. Immunol. 16, 407–420.

【3】Liu, Y., Dai, Y., Li, Q., Chen, C., Chen, H., Song, Y., Hua, F., and Zhang, Z. (2020). Beta-amyloid activates NLRP3 inflammasome via TLR4 in mouse mi- croglia. Neurosci. Lett. 736, 135279.

【4】Wang, L., Sharif, H., Vora, S.M., Zheng, Y., and Wu, H. (2021). Structures and functions of the inflammasome engine. J. Allergy Clin. Immunol. 147, 2021–2029.

【5】Sharif, H., Wang, L., Wang, W.L., Magupalli, V.G., Andreeva, L., Qiao, Q., Hauenstein, A.V., Wu, Z., Nu ́ n ̃ ez, G., Mao, Y., and Wu, H. (2019). Structural mechanism for NEK7-licensed activation of NLRP3 inflammasome. Nature 570, 338–343.

【6】He, Y., Zeng, M.Y., Yang, D., Motro, B., and Nu ́ n ̃ ez, G. (2016). NEK7 is an essential mediator of NLRP3 activation downstream of potassium efflux. Nature 530, 354–357.

【7】Zhou, M., Li, Y., Hu, Q., Bai, X.C., Huang, W., Yan, C., Scheres, S.H., and Shi, Y. (2015). Atomic structure of the apoptosome: mechanism of cytochrome c- and dATP-mediated activation of Apaf-1. Genes Dev. 29, 2349–2361.

【8】Chen, J., and Chen, Z.J. (2018). PtdIns4P on dispersed trans-Golgi network mediates NLRP3 inflammasome activation. Nature 564, 71–76.

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