回交育种是培育新品种的一种常见方法，这种方法也是属于杂交育种。那么，为什么要进行回交育种呢？
为了培育出更加优良的品种，往往需要通过杂交的方法。例如，在普通的小麦中，有的是矮杆、抗倒伏能力强、但产量不高，有的是高杆、抗倒伏能力差、但产量高，为了结合小麦的优良性状，需要对不同性状的小麦进行杂交，以选育出高产抗倒伏的优良品种。
如果有一个品种拥有多种优良性状，只是有一两种性状还有缺陷，可以通过回交来快速改进该品种。回交是让子一代与具有多种优良性状的亲本进行杂交，这样的亲本被称为轮回亲本。回交所得到的后代还可以继续与轮回亲本进行回交，这样的过程可以一直持续下去。经过多次回交，可以快速去掉轮回亲本的个别缺陷，所以回交育种更容易改良品种性状。
回交育种在农作物培育方面应用较广，小麦、棉花、大豆、玉米等农作物都有通过这样的方法来培育出优良品种。同样地，回交育种也能应用于动物，由此可以选育出具有多种优良性状的品种。
不过，与植物相比，动物的回交会有所区别。在生物学中，近亲繁殖容易产生不良后代，因为很多遗传病是隐性基因控制的，只有一个隐性基因并不会发作。但如果近亲繁殖，更有可能出现纯合型的致病隐性基因，从而导致发病，这就是所谓的近交衰退。
由于植物更加容易适应基因缺陷，即便出现染色体异常也不会有影响，所以植物的近亲繁殖更容易得到优良品种后代，回交育种更容易成功。然而，动物的近亲繁殖生出畸形后代的可能性更高，所以在回交时需要尽量避免近亲繁殖，可以让子一代与拥有亲本性状的品种进行回交，这不只是考虑伦理问题。
人类为了选育出讨人喜欢的宠物，往往会让宠物回交。通过不断回交，很容易诞生具有基因缺陷的品种，例如，折耳猫的耳朵折叠是因为先天软骨发育不全所致，这是一种基因缺陷。折耳猫不仅耳朵有缺陷，而且肋骨还出现了变形，导致呼吸道变窄，让它们无法顺畅呼吸。另外，它们的关节也存在异常，通常无法正常走路，但宠物的一些性状深受人们喜爱，所以宠物进行回交育种比较普遍。
另一方面，在自然界中，没有人为干预，动物也会出现近亲繁殖的现象。动物在繁殖时，主要通过分泌化学气味来互相吸引彼此，这就容易出现包括回交在内的近亲繁殖现象。例如，在一个小丑鱼种群中，都会有一只像蚁后那样的雌鱼。当雌鱼死亡之后，种群中的一只雄鱼会转变为雌鱼，并与种群中的其他雄鱼交配，这其中也包括它自己的后代。对于大部分动物而言，种族延续才是最重要的事情，更高层次的自我意识很难出现。
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