阿米巴经营的秘诀，也是最难点就在于：阿米巴经营方式基于经营哲学，是一套跟企业经营各个方面的制度息息相关的系统管理制度体系。那么我们要如何从企业运营的角度去理解“阿米巴经营”？
（一）经营哲学、经营理念和经营原则
经营哲学、经营理念与经营原则这些内容与企业创始人的经历直接相关。每个人的人生经历不一样，所形成的自我哲学认知和价值观的体验报告也是不相同的，所持的经营哲学也各有不同。
哲学判断和价值理念的不同，将直接影响到我们企业构筑的经营管理体系的不同。
（二）将企业划分成若干个“自主经营”的小集体
企业规模越来越大，为了让企业发挥出大企业的规模优势，同时又不失去小企业的经营灵活性，有效避免“大企业病”，那么将大企业化小经营是一种必然趋势。
正确划分阿米巴组织要以设计正确的企业组织结构为前提，而组织结构的设计又直接 体现了企业的经营策略。因此，组织划分并不是一件简单的事情，是决定阿米巴经营成败的关键环节。
（三）以年度计划为基础，运用经营会计实现“量化分权”，以达成经营权的下放而快速培养人才。
阿米巴经营模式以企业的经营计划为基础展开。计划水平的高低决定了一个企业经营水平的高低，是企业经营能力的整体体现。年度计划对于很多中国企业来讲是一道坎，大部分的企业在制订年度经营计划时，思想上难以达成统一。这样一来，直接导致每个阿米巴都想拿到最多的公司资源，于是在制订年度计划的时候就会为争取资源而争夺不休。
其根本原因，是我们没有运用一套良好的工具作为载体去和所有的员工达成“理念统一”，这个载体就是经营会计。只有灵活运用这个工具才能很好地将企业的经营权下放，以控制授权的风险。
（四）引入内部交易会计，实现内部交易，以内部市场化为运作机制来促进企业的外部竞争
需要明确的是，企业在内部展开市场化竞争，指的是手段而不是目的。真正的目的是为了更好地看透市场，看清系统的经营状况，以便经营者能够及时获得市场信息，以快速应对变化的市场，更好地协同满足顾客的需求而做出精准的决策。
（五）以独立核算为基础，将经营的实际状况看清、看透、看系统，同时用科学的组织管理业绩、评价衡量员工贡献，并实现循环改善
独立核算是体现每个阿米巴经营实践的必要手段。阿米巴经营通过科学的组织业绩分析和评价，客观准确地衡量员工贡献和能力成长，让员工感受到“每天都在成长”的乐趣和生命意义。
（六）促使员工从“被动执行”转变成“主动创造”的经营者，释放企业潜能
阿米巴经营的伟大之处就在于它彻底颠覆了西方管理理论体系从“人性本恶”的原点出发所建立的经营管理系统，它从“人心本善”出发，从东方企业的经营实践出发，将每一位员工 变成具有“老板思维”和行动力的经营者，构建释放每一位员工智慧的经营管理体系。
（七）阿米巴经营是一种从人心出发，追求经营艺术与经营科学的高度融合的现代经营模式。
如何做到现代经营呢？假如企业没有聘请职业经理人，那么解决方法就是：我们老板在上班的时候是经营者，站在职业经理人的角度思考问题；下班的时候，我们是股东，站在股东的立场来看待企业的所有问题。只要企业最高决策者能够站在客观、公正的立场上来处理经营的问题，阿米巴经营在我们企业的实践是完全可以实现的。
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