琼脂糖凝胶电泳是用琼脂或琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳最主要区别是：它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。对于分子量较大的样品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳分离。琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小，这就大大提高了分辨能力。但由于其孔径相比于蛋白质太大，对大多数蛋白质来说其分子筛效应微不足道，现广泛应用于核酸的研究中。
DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时有电荷效应和分子筛效应。DNA分子在高于等电点的pH溶液中带负电荷，在电场中向正极移动。由于糖-磷酸骨架在结构上的重复性质，相同数量的双链DNA几乎具有等量的净电荷，因此它们能以同样的速率向正极方向移动，一般琼脂糖凝胶电泳适用于大小在0.2kb~50kb范围内的DNA片段，三种不同构型分子进行电泳时的迁移速度大小顺序为：超螺旋DNA＞线型DNA＞开环DNA.
琼脂糖预制胶
一、选择适合的电泳缓冲液：
1、较高浓度的胶有利于提高小分子量核酸的分辨率，常规一般使用TBE缓冲液。（即Tris硼酸盐溶液）
2、电泳时使用新制的缓冲液可以明显提高电泳效果。注意电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，PH值上升，缓冲性能下降，可能使DNA电泳产生条带模糊和不规则的DNA带迁移的现象。
二、选择适合的Marker：
DNA电泳一定要使用DNA marker或已知大小的正对照DNA来估计DNA片段大小。Marker的选择要适中，Marker应该选择在目标片段大小附近ladder较密的，这样对目标片段大小的估计才比较准确。如果marker太大就可能跑不开，挤到一起，起不到marker的作用。
三、设备和耗材：移液器、电泳仪电源、水平式凝胶电泳槽、凝胶成像系统、样品、枪头。
四、试剂：10xTBE缓冲液（粉剂）、 DNA相对分子质量标准样品、上样缓冲液。
五、操作步骤：
1、准备：将琼脂糖预制胶去除置于电泳槽中，然后向槽内加入0.5xTBE稀释缓冲液只液面恰好没过凝胶表面；
2、加样：用移液器小心将样品加入点样孔中，上样时要小心不要将点样孔底部凝胶刺穿。
3、电泳：加完样后，连接好电线和电源，注意正负极，接通电源，恒压180V。
4、观察：戴好手套小心取出凝胶，放在干净的塑料膜或者托盘上，置于凝胶成像系统下拍照。
5、清洗：将实验过程中所用电泳设备清洗晾干并置于原位。
六、问题分析：
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