说起明朝首都，我们第一时间想到的就是南京和北京。众所周知明太祖朱元璋还在当吴王时府邸就设在应天（今南京），登基称帝建立大明后应天府也随之成为明朝首都。建文帝时期燕王朱棣于北平起兵靖难，靖难成功后朱棣就顺理成章的登上帝位，着手准备迁都北平事宜，并将北平府改为顺天府。但迁都不久后朱棣就驾崩了，明仁宗朱高炽登基后又想迁都回南京，可惜还没等到付诸行动自己就先驾崩了，直到明英宗时期，才正式确定将顺天府作为明朝首都，直至明末再无争议。
实际上朱元璋称帝前也十分纠结定都的问题。表面上看朱元璋是在应天府统筹全局，定都应天府是天经地义的，实际上应天府并不是首都的最佳选择。毕竟朱元璋称帝时全国还没有统一，当时的局势是南方明朝与北方元朝对峙，在只有半壁江山时，应天府作为首都问题不大，可以辐射整个南方。然而统一天下后，应天府的位置对于全国来讲就比较偏东南了，尤其是军队征战西北时，从京城到前线的通讯条件十分困难。朱元璋当然也看出了应天府作为首都的劣势，为了应对西北战事，朱元璋便将汴梁（今开封）也设为都城，效仿古代的两京制。
朱元璋对迁都的事一直心心念念，《皇明宝训·定都》中有这样的记载：“帝召元朝诸老臣问以建都之所。或对以关中险固，金城天府，可都；或对以洛阳地中四方，贡赋道里均平，可都；或对以北京，赵宋故都，可都；或对以北平宫室完全，就之以省民力，可都；或对以建业六朝旧都，可都......”。可见朱元璋心中首都选址优先度是长安（今西安）高于洛阳高于汴梁（今开封）高于北平（今北京）高于建业（今南京）。
洪武二十四年（1391年），朱元璋派遣太子朱标考察陕西，计划为新都选址。朱标重点考察了长安和洛阳两地，这两地也是自古以来最为王朝定都所青睐的。可惜的是洪武二十五年（1392年）朱标考察归来不久后就去世了，此后朱元璋再无心思进行迁都，只能将问题抛给子孙后代了。
到了朱棣登基称帝后，迁都的事又被摆到台面上了。朱棣的根基本来就在北平，迁都北平不仅能够稳固自己的统治，还能抗击北方游牧民族的入侵，进一步控制东北地区，一举两得。永乐元年（1403年）朱棣下诏以北平为北京，改北平府为顺天府，永乐四年（1406年）朱棣开始营建北京，永乐九年（1411年）朱棣命工部尚书宋礼等修会通河，永乐十三年（1415年）久废的大运河重新畅通，永乐十八年（14220年）北京宫殿终于落成，同年九月朱棣下令次年以北京为京师，正式迁都北京。永乐十九年（1421年）正月，朱棣在北京御奉天殿，朝百官，大祀南郊，迁都大政至此基本完成。
虽然朱棣在位期间将迁都事宜办完了，但定都北京有一个最大的劣势，就是京城粮食补给成本太高，大部分粮食需要南方调配供应，通过漕运运到京城，若遇到干旱之年，那漕运更是困难。明仁宗上台后自然是看到了北京作为首都的不足之处，便想着迁都回南京。洪熙元年（1425年）三月朱高炽正式宣布“将还都南京，诏北京诸司悉称行在，复北京行部及行后军都督府”，四月“命皇太子谒孝陵，遂居守南京。”但五月朱高炽就突然驾崩了，牵挂迁都的他只得在遗诏中留下“南北供亿之劳，军民俱困。四方向仰咸南京，斯亦吾之素心”的话语，寄希望后世之君完成还都之事。
明宣宗朱瞻基继位后自然不敢违背父亲的遗诏，便将南京重新定为“京师”。但此时蒙古威胁颇大，还不是还都的时候，所有得到政府机构便都还留在北京办公，这就导致了北京有首都之实而无京师之名，南京则有名无实。可惜雄才大略的朱瞻基在位仅十年便驾崩了，还都之事又不了了之。
到了明英宗朱祁镇时期局势又发生了变化，从永乐十九年算起，北京作为明朝的政治中心已经长达二十年时间，朝廷重臣以及皇亲国戚都在北京扎根了，此时再还都南京不仅劳民伤财，还会动摇统治。正统六年（1441）八月，宁波知府郑恪请定都京师，改号南京。英宗同意了郑恪的请求，于同年十一月初一正式定北京为京师，罢北京行在之称，在南京的府、部、司、寺、院、局悉冠以南京，改其官印。就这样，让明朝纠结七十多年的首都选址问题终于尘埃落定。
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