在长达近十年的辅导过程中，李斯使嬴政接受了自己的思想，并与之建立起极为亲密的关系。公元前２３７年（秦王嬴政十年）是秦国历史上的多事之秋。当毒叛乱刚刚被镇压下去，吕不韦集团的势力尚未被触动之际，秦国又发现了奸细。奸细就是韩国来的负责策划兴修水利的水工郑国。最初，郑国被派来秦国本就是执行“疲秦”计划的，不过秦国君臣当时没有发觉。当一个巨大的水利工程即将竣工之时，秦王嬴政才得知郑国之入秦建水渠，乃是韩王的“疲秦”阴谋。将郑国捉来审问，他本人也供认不讳。这件事又在秦国朝廷内引起轩然大波，与刚刚发生过的嫪毒叛乱联系起来，激起了秦国的宗室大臣对外来宾客的极大愤恨。一些宗室大臣纷纷上书，要求驱逐外来的宾客。他们说，东方各国来秦的宾客都是为他们各自国家效力的，没有异人值得它能够相信的，必须将一切从秦国以外来的人全部赶出去！
在顽固守旧的宗室贵族煽动下，年轻的国王嬴政也异常激动以郑国的奸细事件为由，下令限期将秦国内的所有外来宾客，一律驱逐出境。不过几天，在秦国大小城的城门、市肆之旁，就挂出了秦国朝廷的“逐客令”。“逐客令”的公布，不免在秦的各位外来宾客中引起巨大的骚动。他们都人心惶惶，不知为什么秦国竟改变长期以来招揽外来宾客的传统，整理行装，准备离开秦国，各自投奔别的国家。但面对严厉的逐客令，她们也都无可奈何，这时，李斯站了出来，他不想再做厕所里的老鼠。秦王亲政后，李斯正欲施展才华，大干一场，但这“逐客令”击破了他的美梦，使他这九年白干了。更使他难以接受的是，根据他对形势的估计，他在六国无论如何努力，也阻挡不了秦国并吞六国，也挽救不了六国覆灭的命运。那么，他所学的帝王之术不就白学了么？他今生今世不就白活了么？李斯决心与命运进行抗争。哪怕只有一线希望，他也决不放弃。
此时，李斯已被司里驱逐出咸阳，便在城外，奋笔疾书，写下了《谏逐客书》 ，请求邮传亲送秦王。，由于此上书关系着自己的前途和命运，所以李斯写得特别卖力，使出全身力气，用尽了浑身之解数。这篇《谏逐客书》送到秦王手中后，赢政非常欣赏，认为他说得很有道理，便取消了“逐客令”，并立即派人把李斯追了回来，任命他为副相，开始用他来架空吕不韦。而李斯经此一事，更是下定决心要保住“粮仓之鼠”的地位，对于阻碍之人一定要根除。公元前２３７年１０月，即嫪毒被处死后一个月，在一次朝会上秦王赢政亲自宣布了一道诏令：，“丞相吕不韦欺上瞒下，举荐不当，但念及功勋卓著，现免去其丞相之职。丞相由副相李斯接任，立即执行。”吕不韦呆若木鸡，李斯冷眼将他逼视了一番，见他仍无动于衷，便动手迅速地拔下了吕不韦的相冠，给自己戴上了。吕不韦不禁深深地望了李斯一眼，叹了口气走出了大殿。
罢相后，秦王嬴政下诏，令吕不韦离开咸阳，去自己的封地洛阳居住。来到自己领地之后，吕不韦就像换了一个人。他精神焕发地接待、拜访当地豪杰、父老，兴致勃勃地研究政治、军事局势，热情洋溢地招纳外来的宾客，并且一直和其他国家保持联系，这些表象似乎让人觉得他根本未受影响，依然是国家高层，依然是一方霸主。以“养士”驰名的吕不韦又在极短的时间内招集了一批宾客，在他的领地里又出现了令人生疑的种种迹象。吕不韦想干什么？不久，一些消息陆续传到秦王嬴政的宫中，有人向秦王报告：“其他各国诸侯经常有宾客使者和吕不韦保持联系。”“吕不韦府中宾客不断，都是夸赞其功绩的，各诸侯与吕不韦信使相望于道，往来密切。”，开始，秦王赢政对这些消息没有做出任何反应，是因为没在意，还是故意装糊涂？不得而知。
但吕不韦却因此逐渐嚣张起来，这个饱经政治风云变幻的政客，在所有的反攻翻案准备中，处处周详，样样仔细，却唯独忘记“韬光养晦”这一重要策略。他不该在羽翼尚未丰满之际，任宾客颂扬之词流传，更不该毫不掩饰自己声望的一天天上升。也许是可怕的虚荣心，或是过高地估计了自己的力量。总之是不够谨慎，吕不韦终究给自己带来了杀身之祸。秦王嬴政早已探知，吕不韦确实是自己真正的父亲，因此，他对于吕不韦的举动无动于衷。但随着传闻的越来越多，他有些忍受不了了。这时，李斯又上书请秦王降诏进一步惩罚吕不韦，理由是他私通敌国。其实李斯是担心吕不韦会像当年齐国的孟尝君一样东山再起，重掌相印。
在李斯的再三游说下，秦王赢政终于下定决心，由李斯拟定了一份诏令：“君何功于秦？秦封君河南，食十万户。君何亲于秦？号称仲父！其与家属徙蜀！”吕不韦接到诏令后，面如死灰，知道嬴政已不再顾及父子关系。为了避免进一步的厄运，更为了其他家人着想，吕不韦被逼饮鸩自尽了。消息传到咸阳，李斯不禁大笑不已。吕不韦之所以成功地执掌秦国大权十年之久，就是因为他到处安插亲信，培植党羽。他之所以会被贬往洛阳，也正是因为其势力过大，功高震主。但他之所以被逼自尽，还是因为李斯。李斯以一小吏身份最终变身为秦国丞相，就是因为他立志要做粮仓之鼠”，为此他可以不择手段。吕不韦没有看清这一点，或者说是没有防备这一点，所以当他试图东山再起时会被李斯落井下石。
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