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在土地征收过程中，不乏一些客观存在的违法建筑，不过，这样的房屋好多都是因历史遗留问题造成的，且这样的房屋也不宜直接认定成违法建筑，并且在拆迁时还要给予合理的补偿。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》中的第二十四条规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
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对于违法建筑，应该怎么拆，行政机关一般通过立案、实地调查、作出限期拆除决定、履行告知义务、依法进行催告、强制拆除这一程序进行，实践中涉及告知环节的争议日益剧增，从笔者代理过的类似案件来看，一般从两个方面进行认定：
一是责令限期拆除通知是否具有可诉性；二是责令限期拆除通知是否合法。
关于责令限期拆除通知是否具有可诉性的问题。一般从责令限期拆除通知的内容来看，责令限期拆除通知确定了自行拆除的内容和期限及不拆除的法律后果，直接为行政相对人设定了义务，对行政相对人的权利义务产生了实质影响，属于独立的行政行为，行政相对人不服此责令限期拆除通知提起行政诉讼，应当给予其提起诉讼的权利，属于行政相对人提起行政诉讼的受案范围。
关于责令限期拆除通知是否合法的问题。首先，关于责令限期拆除通知认定事实是否清楚、证据是否充分的问题。《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定：“对于未取得建设工程规划许可证或者未按照建筑工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款”。
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从事实认定的角度来看，根据《行政处罚法》中的规定，在调查或者进行检查时，执法人员不得少于2人，并且还要向当事人出示相关的证件。如果在调查取证阶段，相关部门人员没有入户调查，也没有出示相关证件，那么这是不合法的，当事人可以要求他们出示并记录下相关的信息。另外，相关人员在调查时还要记录下违法建筑的详细地理位置、面积、结构和修建时间等。调查中，一是建筑物设立时，看是否经过住房和城乡规划建设局的规划批复、或某项专题会议纪要等等政府性文件，若有不应认定为违法建筑。二是对于在后续使用过程中，是否存在违法情形、能否拆除，不仅要考虑行政审批程序，还应考量该建筑物设立的原因、规划是否合法、能否限期改正、能否消除影响等因素。
从证据是否充分的角度来看，执法部门一般主张其作出责令限期拆除通知书的法律依据系本省、市城镇容貌和环境卫生管理办法或城乡规划等法律法规。从依据的法律法规来看，违法建筑应达到法律法规明确阐述的情况，否则在没有充分的证据证明建筑物应当予以拆除的情形下，在能够通过限期改正的情况下，根据行政法的信赖保护原则和行政比例原则，不宜直接责令行政相对人限期拆除。
其次，责令限期拆除通知书作出程序是否合法的问题。行政程序的基本要求是除遵循合法原则外，还应当遵循正当程序原则，即行政机关在对当事人作出不利决定前，应当将不利决定所依据的事实、理由和根据告知当事人，并给予当事人陈述、申辩的机会。行政机关在做出责令限期拆除通知时亦应遵循正当程序原则。根据《中华人民共和国行政强制法》第三十五条、第三十六条、第三十七条、第三十八条、第四十四条的规定，责令限期拆除通知作出前需履行法定程序。有关行政机关应首先作出行政处罚决定，行政相对人在法定期限内既不诉讼又不复议，且不履行行政处罚决定的，县级以上人民政府应责成相关部门予以强制执行，但有权行政机关应书面催告义务人履行义务，义务人收到催告书后有权进行陈述和申辩；经催告，义务人逾期仍不履行行政决定，且无正当理由的，有权行政机关可以作出强制执行决定，行政强制执行决定书送达义务人后，行政机关应予以公告，限期义务人自行拆除。
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现阶段，随着城市化进程的不断加快和加深，城市管理中的各种矛盾非常突出，如何才能在提高行政效能和依法行政保护行政相对人的利益之间找到很好的平衡点。若未经法定程序直接实施了相应的行政行为，看似提高了行政效能，但实际上严重违反了法律规定，严重违反了依法行政的原则，对政府公信力产生严重的影响。职权法定原则是依法行政的重要前提，只有通过合法合规的程序，政府职能部门才能在法律授权范围内作出一定的行政行为。
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