水果和蔬菜中，大多含有一些对人体有益的特殊营养物质。经过糖渍萃取再由益生菌厌氧发酵，可以将这些营养物质调整得更有利人体吸收，并产生更多的活性酶（港台日翻译为酵素），从而使服用者获得一定的养生保健功效。
目前，制作食用果蔬酵素的方法主要有4种，各有优劣，比较如下：
【红糖果蔬酵素】
将红糖与水果按1：1混合铺陈，装入嫌气容器中，3个月即可得到发酵好的果蔬酵素。
这种方法非常古老。比较适合生涩青绿的水果，如刺梨、桑椹和无花果。红糖中的杂质具有辅助益生菌发酵的作用，但是较多的蔗糖抑制有害菌的同时，提供给益生菌的营养并不优质。益生菌成长仍然较慢，其活性和产酶能力都非常一般。就口感而言，果蔬的本味被红糖抢得太多，食用起来像中药多过像饮品。
红糖水果酵素制作步骤详见
【冰糖果醋酵素】
将冰糖与水果按1：1交替铺放，全部溶化后厌氧发酵3个月后，将按水果和冰糖的总重量的20%兑入醋，继续厌氧发酵1个月以上。
这是由传统的果醋发展而来。历史也相当久远。纯粹的蔗糖，缺少红糖中辅助发酵的杂质。益生菌生长最慢，活性很低，产酶能力最差。加入醋以后，益生菌和酶的活性还会会进一步下降。原则上讲，是最不该叫酵素的酵素。最让人纠结的是，真正没有勾兑化学品和防腐剂的好醋并不容易买到。好在酸酸甜甜的口感，味道还是有点特色的。
冰糖果醋酵素制作步骤详见
【蜂蜜果蔬酵素】
将水果切开，加入蜂蜜和水，搅拌后厌氧发酵1个月以上即可。这也是一种非常传统的做法，中国、欧洲的大部分地区都有制作。蜂蜜酵素所用原料大多采用柠檬、橄榄、枇杷，功效常常以止咳见长。
蜂蜜与蔗糖相比，相同重量的蜜糖能产生数倍的渗透压。蜂蜜抑制有害菌的能力相对比红糖和冰糖都强很多。因此，制作蜂蜜酵素时加入水是可以的。
好的蜂蜜制作的酵素，益生菌活力相对较高。不过好的蜂蜜全世界都不太容易买到了。
据说美国的蜜蜂大量死亡，现在大部分蜂蜜都是源于天朝。前段时间好像还有一些机构追查这个事情，结果如何还没有公布。众所周知的原因，天朝的蜂蜜含水量不一，而且很可能加入蔗糖。大多还含有讨厌的抗生素和农药残留。
抗生素和农药残留过量不仅对人体有极大害处，也非常不利于益生菌的生长。因此这种蜂蜜酵素理论上比前两种好，不过前提是你能获得真正好的蜂蜜，实际上用蜂蜜制作酵素是极易发酵失败的。
使用高果糖浆其实相对比使用不靠谱的蜂蜜要稳妥一些。
蜂蜜果蔬酵素制作步骤详见
【益生元果蔬酵素】
益生元是现代功能性食品中研究非常深入的营养素，包括多种低聚糖。与红糖、冰糖、蜂蜜相比，益生元能够更好抑制有害菌，同时大力辅助双歧杆菌等益生菌的生长并提高其生物活性。
水果（或蔬菜）、益生元酵素糖、水，三者按正确比例，装入嫌气容器中厌氧发酵，14天即可食用。
益生元本身就是公认的保健物质。再加上以下五个优势，益生元果蔬酵素具有完美的三重保健功效。相对于其他3种方法，蕴含高科技元素的益生元酵素是当之无愧的酵素之王：
a.不惧致病菌污染，更加安全；
b.益生菌发酵速度更快；
c.益生菌产生的酵素（酶），活性更高；
d.萃取、调整果蔬有益营养物的效率更高；
e.升糖作用最小，没有高糖食品通常的副作用。
遗憾的是，这种最好的酵素制作起来难度也是最高。
为了达到最优的发酵效果，需要不同属性的多种益生元和单糖相互配合。复合益生元酵素糖的配比在4种制作方法中显然最为复杂。——渗透压和保水比率的精确计算，普通人掌握起来难度不是一般化的大。
好消息是当量配比技术已经被开发出来，应用在酵素制作上也大获成功。很快就会有成品益生元酵素糖的当量料包面市。
益生元果蔬酵素制作步骤详见
