瓦解拿破仑远征埃及大战略因素除纳尔逊消灭法国地中海舰队之外，还有就是俄国从海陆两方面加入反法同盟，形成第二次反法同盟。
在拿破仑横扫意大利，瓦解第一次反法同盟后，沙皇叶卡特琳娜二世提名苏沃洛夫为俄国远征军统帅，进入奥地利。不久，女沙皇去世，其子保罗一世欲静观。当看到拿破仑欲染指东方，俄国与英国又串联起第二次反法同盟。俄国海军，由乌沙科夫中将率队进入地中海；陆军初战失利。1799年4月15日，苏沃洛夫应奥地利的强烈要求，就任北意大利联军总司令。他首先训练盟军部队的协调作战能力，并重视对士兵掌握冷兵器、进行夜行军和以纵队实施冲击的训练。这些作法，苏沃洛夫早有思考，并在法国革命战争中得到验证。他运用《制胜科学》的原则，制定出一系列守则和条令。为了提高部队的机动能力，他压缩了辎重，并创立了流动弹药给养仓库；同时还创建了炮兵预备队。这使盟军的进攻作战准备加快，一般在10天之内就可以投入战斗，并能先发制人，夺取战略主动。其军事思想的特点是，相信人在战争中的决定作用。这不同于同时代的其他王朝的军事思想，而与革命的法国相似。
苏沃洛夫统辖盟军，在意大利北部连胜法军。乌沙科夫率俄国舰队也几乎消除了法国在地中海地区的统治。
而法国方面，拿破仑从埃及返回法国后，督政府对于国内的经济、政治危机，尤其是对几乎攻入法境的同盟军一筹莫展。于是1799年11月9日，拿破仑发动了一次政变，成为三人执政的首席执政。其后，他又亲率大军，再次越过阿尔卑斯山天险，与该地区的奥军激战。1800年6月12日双方在马伦哥决战。最初，法军几乎是败局已定，奥军已在起奏捷报。就在法军濒临最后崩溃的千钧一发之际，以强行军赶来的狄赛克斯师，以惊人的忍耐力和凶悍，扭转了战局。狄赛克斯身先士卒，战死沙场。这更激起其部下的愤怒，愈加凶狠进击，竟以寡胜众，奥军大败而退。6月15日，奥军求和。12月莱茵方面的法军，连破奥军，威胁维也纳，奥国求和。1801年2月9日，法奥签订《吕内维尔和约》，结束了第二次反法同盟战争。从此，人们认真地看待"预备队"的价值，以及"轻敌必受挫"的教训。
在第二次联盟战争之后，欧洲人民享受了一段和平时光，拿破仑也开始在此期间，以其在战场上的魄力，重建法兰西。他修筑公路，挖运河，建造伟大的公共工程，修订法典，巩固工业繁荣、整顿财政，调整政教关系，改革教育制度，巴黎成为"新恺撒的新罗马"。拿破仑在国内的成功，终于获得人民的普遍爱戴和崇拜。经公民投票，1804年12月，他当上了法兰西第一帝国的皇帝。此刻拿破仑的大军也达到了最佳状态，几乎所有军官都经历了战争，20万人的常备军中半数是久经沙场、忠诚的老兵，新兵在和平时期也受到良好的训练。军民都充满热情和勇气。
目睹这一切，似乎可以认为拿破仑已功德圆满了，然而，他却是一个不甘寂寞、不断进取的人。其所为一切，恰好成为他进行下一场战争的基础。
拿破仑的宏图大业，每每受挫于英国的阻挠，因此，他总是念念不忘要最终制服英国。可这一念头，终随1805年的"特拉法加"大海战中法国舰队的覆灭而打消了，又回到他驾轻就熟的陆上来。当拿破仑得知俄、普、奥等国已经秘密协定再结反法同盟时，便决定要以迅雷不及掩耳之势，将同盟各国各个击破。他亲自制定作战计划，对于行军、休息、机动等各个细节都倾注了心血。
当奥军统帅马克将军到达巴伐利亚首府慕尼黑西面的乌尔姆，等待与来自东方的俄军会合时，1805年8月31日，拿破仑挥动20多万大军，分为10个军团，由其英气勃发的众年轻(3O多岁）元帅们统领，首先对奥军发起攻势。不到一个月，于9月26日，包围了在乌尔姆的马克。经过20多天的战斗，法军粉粹了奥军的突围，阻断了俄军的增援，终于在10月17日迫使马克开城投降。拿破仑乘胜夺取维也纳，库图佐夫将军所统俄国远征军主力已退据今捷克中部及南部地区。至11月底，俄奥联军在此地已有兵力6.3万人，并且，将在12月中旬再增加一倍。拿破仑也在此地集结了6.8万兵力，并决定在联军方面得到增援之前，击溃敌军。
自马伦哥战役中大难不死之后，拿破仑进行深刻反省，对战争艺术作了深入的思考。其中一点，他认为在那次濒临绝境之时，全靠的是忠勇士兵的苦战，方迟滞了敌军，才能等到援军来救；同样狄赛克斯的增援部队，以顽强的意志和毅力，坚持了难以忍受的强行军；到达战场后，又不顾疲劳，拼命进攻，才转败为胜，保有他的今日。所以，拿破仑总结道："敌人被征服的是心，而不是身体；胜敌之处也是将士的心；在千钩一发的相持时，精神是决胜的力量，因此，要凭艺术弥补环境的不足。
12月1日，在奥斯特里茨，俄奥联军已严阵以待，两国皇帝也随军在此。
在与法军阵地之间，是一片结冰的沼泽和池塘。拿破仑断定敌军是要迂回法军的右翼，以切断后援交通线。于是他将计就计，在那一天中，装出迟疑不决状，并向联军展示自己薄弱的右翼——靠沼泽的一边。果然，是夜联军移军主力于这个方面，试图从沼泽地和池塘这一不宜通过和作战的地区，发起出其不意的攻击。
拿破仑见状，兴奋地向全军官兵宣布了自己的意图和敌人所犯的错误：以右翼引诱敌主力来攻，法军主力在中后方伺机而动，从敌中部突破，后分兵席卷两翼，将被分割的敌军歼灭。因此，拿破仑的军队每一个二等兵都变成了"胸有成竹"的"将军"，他们将用统一的思想指令自己去战斗。当夜，拿破仑头戴战斗帽，身着灰色的骑兵服，来到士兵宿营地访问他们。士兵们热情洋溢，对未来的战斗信心十足，他们把露营地的干草点成许多火把，向他们的皇帝致敬。就是这无意之举，也使已上了当的联军误以为，是法军为掩饰退却而使的狡计，更肯定了错误的作战方针。
翌日凌晨(12月2日），大雾弥漫，法军按计划完成部署；联军也趁机开始了进攻运动。8点，突然雾散日出，一片阳光普照。法军每个士兵都知道自己的作用，于是人人沉着而坚决，信心十足地出色地完成自己的职责。
因此，战局自始至终都是按着拿破仑的计划进行。不到24小时，联军大败，逃出战场，伤亡1.32万人，被俘1.5万人，损失大炮123门。而法军伤亡6800人。奥皇乞和，沙皇领着破碎的俄军回国。12月26日(圣诞节的第二天），《普勒斯堡条约》签字，奥国退出战争，割让日耳曼和意大利的领土，取消了神圣罗马帝国。第三次反法联盟战争瓦解。
奥斯特里茨大会战，由于俄、奥、法三国皇帝都在军中，指挥和决断战事，故又称"三皇会战"。它使军事发展史出现了一个关键问题：如何有效地运用庞大规模军队作战，进行有效的指挥？此战中，双方都调动了规模异常庞大的部队参与会战，并按战前作战方案计划部署和作战，丝毫不容改变。
看来，也只有这样才能使庞大的部队有序和便于指挥。但是这就使战争的胜负取决于对敌情的了解和判断及作战方案的制定。拿破仑的胜利，多半取决于此。然而，另一方面，正是这种"井然有序"，统一安排，使下属军官丧失了局部主动性以外的一切主动性，不许将军们发挥独立性，联军方面正吃此苦头。当战区将领发觉上当时，也不得不硬着头皮执行既定方针，直至惨败，而无法挽回计划的失误。同时，这种情况也为拿破仑战争最终失败埋下种子。
不过，一些"隐患"还要等许多年才无情地袭扰并毁掉法兰西皇帝，而他的敌人则渐渐地从他那里学会了许多可贵的军事原则和战术，放弃旧的方式及其桎梏。也可以说，正是拿破仑以自己事业的命运，推动了欧洲军事的进步，以暴力摧毁着旧欧洲。
欧洲旧式军事的最后一个代表是普鲁士。他们的军队仍保持着腓特烈大帝的传统，以贵族为领导，以训练严格为自豪，一直看不起革命后的法国军队。普军的士兵，仍需用鞭子抽打，以养成服从的习惯；训练时，军官用仪器来检查士兵们的动作和装束；步兵的射击训练很快，其装弹速度和准确性要强于其他欧洲国家的军队；但仍坚持依照命令齐射，而不是自由射击；步兵营在战场上的运动，仍象机器那样准确，但却比任何一国的军队走得都慢；行军、作战要受仓库体系的限制，很难适应庞大军队的大迂回作战；军队装备低劣，军官很少有战斗经验。拥有这样一支军队的尚未领教过拿破仑大军的普鲁士国王腓特烈.威廉三世(1797—1840年）于1806年10月7日向法国宣战，于是拿破仑再次挥动15万气势正盛的大军，经耶拿、瑙堡和奥尔斯泰几次会战，在普鲁士的土地上，将曾为欧洲典范的普鲁士13万大军彻底击溃，直取柏林。仅一个月，普皇带着1万军队逃亡俄国。在其后的追击作战中，进行了艾劳和弗里德兰等战役，再次使沙皇屈服、求和。1807年7月9日，两皇帝签署《提尔西特和约》，瓜分了普鲁士、波兰及至欧洲。只有英国拒绝了拿破仑。
拿破仑在这一系列的征战中，使自己的权力达到了顶峰，也使整个欧洲对他的军队感到畏惧。被征服者发现，自己不仅仅败于拿破仑，而且还败于他手下的一大群才华横溢的将帅，这足以使抵抗者气馁了。不过，拿破仑大军也第一次尝到东北欧严寒和泥泞道路的苦头。而且，下次在这一地带的战斗将葬送这支登峰造极的大军。还有，这时拿破仑的军事行动已经离开其"革命原则"和传统很远了。在革命初期，加尔诺征集的军队、是受革命精神和爱国心的感召，同仇敌忾，保卫革命，并传播革命。而此时的拿破仑大军则成为一支为他们所崇拜的伟大皇帝而服役的、狂热的职业军队。由于革命的军队在各地得人心，故能顺利地在各地得到给养和补充，进而成为一种后勤制度，并且成为克敌制胜的关键因素之一。而当拿破仑继承这支军队，并把它演化成在国外到处征服的大军时，情况逐渐发生变化。这支军队最初在推翻旧封建专制统治方面一般是受欢迎的，可是当他们在境外劫掠时，则又渐渐激起别国民族的自尊心，进而反抗。这又是一个葬送其事业的隐患。
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