乙未事变的真相暴露以后，引起了朝鲜人民的无比愤慨，反日情绪陡然升级。特别是金弘集亲日内阁宣布实行太阳历，并建年号为“建阳”，同时还宣布了“断发令”，要求朝鲜人民断发易服，这一连串的改革措施表面上是推行近代化，实际上却被朝鲜人民普遍认为是日本指使下的同化政策，因此极大地刺激了朝鲜人的民族感情，甲午更张以来积累的社会矛盾如火山般喷发出来，人们高举“为国母报仇”和“头可断，发不可剪”的口号，掀起了第一次义兵运动（乙未义兵），引发社会空前的骚乱。日本人在朝鲜逐渐站不住脚，而金弘集内阁亦是摇摇欲坠。亲俄派李范晋、李完用等人抓住了这个机会，决定利用混乱的局势浑水摸鱼，将不满日本很久的高宗转移到俄国公使馆。他们收买宫女和宦官对高宗加以劝诱，高宗遂于建阳元年（1896）2月11日清晨和王太子乘坐宫女轿子偷偷逃出被日本人控制的景福宫，来到贞洞俄国驻朝公使馆，史称“俄馆播迁”。高宗下令将亲日内阁成员全部免职，并将其中5人定为“逆贼”。逆贼五大臣中总理大臣金弘集、农商工部大臣郑秉夏在押送途中被巡检打死，内部大臣俞吉濬、军部大臣赵羲渊、法部大臣张博逃亡日本。朝鲜建立了以金炳始为总理大臣的亲俄政权。至此，亲日政权垮台，日本在朝鲜的地位迅速下降，俄国及朝鲜亲俄派的势力膨胀。此后日本与俄国先后签署了小村-韦伯协定、山县-罗巴洛夫协定、西-罗仙协定，协调两国在朝鲜的势力范围和各种利益，日俄在朝势力达到相对平衡状态。这为后来高宗称帝创造了条件。
高宗“播迁”到俄国公使馆以后，实际上被俄国人控制，仍然是一个傀儡君主。后来俄国人迫于朝鲜国内外压力允许高宗还宫。高宗没有去景福宫，而是于建阳二年（1897）2月20日回到了贞洞庆运宫（今德寿宫），这是因为贞洞为各国使馆所在地，而高宗害怕再度发生类似“乙未事变”的事件，遂迁到庆运宫以寻求各国保护。高宗还宫后，亲俄派势力有所萎缩，而先前掣肘高宗的势力如兴宣大院君、闵妃、日本人亦消亡或削弱，所以此时的高宗终于摆脱了傀儡的地位，获得了实权。高宗不满于“大君主”的称号，决定采用“皇帝”之尊号，与中日两国分庭抗礼。建阳二年（1897）8月16日，高宗下诏改元“光武”。光武元年（1897）10月12日，高宗李熙穿上12章衮冕，在庆运宫之圜丘坛祭天，并即皇帝位，册封王后闵氏为皇后（谥号为“明成皇后”），王太子李坧为皇太子。次日颁诏书，改国号为“大韩帝国”，沿袭中国明朝的典章制度。高宗遂成为朝鲜半岛历史第一个正式称帝的君主。
随着大韩帝国的建立，韩国的各种政治力量重新改组。高宗废除了甲午更张时期引入的责任内阁制，恢复了议政府制度，着手恢复君主专制体制。高宗皇帝虽然重用沈舜泽、金炳始、尹容善、赵秉世这些元老大臣，但却对他们敬而远之，只奉尊位，不予实权。高宗倚靠的是当时以资本主义列强为背景的各种政治派别，包括赵秉式、闵种默为首的亲俄派，李址镕、俞箕焕为首的亲日派，闵商镐、闵泳焕为首的亲美派，另外还有李容翊、李根泽等人所组成的君王近侧派，君王近侧派里面也有区别，比如李容翊亲俄，李根泽亲日等等，只是他们相对其他派别而言与高宗关系更亲密而已。高宗利用这些派别对内相互牵制，以强化自己的专制皇权；对外让他们与不同国家打交道，以平衡各国（尤其是日俄）在韩势力，避免独大一方以威胁大韩帝国的独立地位。而高宗自己则大力加强专制主义中央集权。此时由于韩国的近代化不断深入，涌现了“独立协会”这种资产阶级性质的政治团体，他们举行“万民共同会”这样的大规模群众集会，要求对内实现政治民主和经济富强，对外不依靠外国，实现真正的独立自主。独立协会自然引起了高宗及守旧大臣的反感，光武二年（1898）12月，高宗出动军队镇压了独立协会的集会，数十人死亡，同时宣布取缔独立协会，独立协会领导人李承晚等被捕下狱。韩国历史上出现的第一次民主政治的道路就这样被高宗关闭了。随后，大韩帝国又于光武三年（1899）8月17日出台了所谓“大韩国国制”，名义上是宪法，实际上却明确规定了韩国实行“专制政治”、“无限君权”。高宗的权力至此达到顶峰。高宗也并非不改革，他称帝后实行了“光武改革”，在经济和军事上大规模推进近代化并取得一定成效，但这一切都是维护旧的封建专制制度为根本前提的，也就是所谓的“旧本新参”路线（以旧制为根本，参酌新事物）。高宗想以这种政经分离的方式实现大韩帝国的独立与富强，但后来的事实证明这是不可行的。
高宗称帝以后到日俄战争爆发的数年时间，朝鲜半岛又一次处于相对稳定的状态。然而此时韩国社会虽然没有出现1895、96年之间的大混乱，但仍动荡不安。东学党起义的部分残余以“英学党”的名义在全罗道一代不断举行农民暴动，光武二年（1898）济州岛又爆发了“南学党”领导的房星七之乱，活跃于南部的“活贫党”也不断进行“劫富济贫”的活动，令韩国政府十分头疼。光武二年（1898）9月又发生“茶毒事件”，亲俄派官员金鸿陆指使厨师孔洪植等人在高宗的咖啡中下毒，但没有成功，金鸿陆被处死；而亡命日本的朴泳孝、俞吉濬等亲日派也蠢蠢欲动，多次图谋潜回国内，发动政变废黜高宗，因此在日亡命的政治犯也是当时高宗面临的一个难题。除了韩国内部的暗潮涌动，外部日俄等国虽然暂时没有对韩国直接进行内政干涉，但却加紧了经济侵略，比如在马山浦租借权上的竞争、对韩借款竞争、铁路敷设权的竞争及俄国强占龙岩浦事件等等，在日俄角逐的情况下，高宗通过到处周旋来维持国运。然而，这种不靠自立自强而依靠外力来维持国家独立的政策虽然短期有效，注定撑不了多久。朴殷植对高宗的政策批评道：“不以厚我民力为自强之图，徒以庆运宫在各国使馆之侧为太平之基，竭吾国财谄事外人，朝秦暮楚，择强而交，实依赖以苟安，其能久乎？”终于，随着日俄矛盾的激化，两国终于爆发战争，而新生的大韩帝国也被迫卷入了日俄的争夺中，并走上殖民地的道路。
光武八年（1904）2月10日，日本对俄国宣战，日俄战争爆发，原本宣布中立的大韩帝国被迫签订《日韩议定书》，协助日本作战。至此，高宗第二次沦为了日本的傀儡。日俄战争以日本胜利告终，日本公使林权助又强迫韩国签署《日韩新协约》（第一次日韩协约），规定韩国雇用日本财政和外交顾问、与外国缔结条约前要与日本协商等等。光武九年（1905）11月9日，日本特使枢密院议长伊藤博文被派往韩国“慰问”韩国皇室，实则准备将一项保护条约强加在韩国身上。然而高宗皇帝却坚决反对缔约。11月15日，伊藤博文进宫谒见高宗，摊开早已炮制好的保护条约，屏退左右，反复威胁利诱高宗，高宗则坚持不允。
伊藤博文与日军驻韩司令长谷川好道合计，决定一方面收买韩国的内阁大臣，一方面派遣大批军队开入汉城，包围庆运宫，以武力强迫韩国缔约。光武九年（1905）11月17日夜晚，在大批日军的簇拥下，伊藤博文和长谷川好道携条约入宫，强迫韩国缔约。高宗见大势已去，称病不出，由内阁八大臣接待伊藤一行。李完用（此时由亲俄转向亲日）等5人同意缔约，反对缔约的参政大臣（总理大臣）韩圭卨被日军拘禁。外部大臣朴齐纯代表韩国政府签订了《日韩保护协约》（第二次日韩协约，又称“乙巳保护条约”），根据这个协约，日本在韩国设立统监，韩国撤消外交机关，并不设外务大臣职务，这样，韩国就失去外交权，变成日本的保护国，实际上已沦为日本的殖民地。《日韩保护协约》签订的消息传出后，立即激起韩国人民的强烈反对。此时主掌韩国国政的学部大臣李完用、军部大臣李根泽、内部大臣李址镕、外部大臣朴齐纯、农商工部大臣权重显被韩国人民骂为“乙巳五贼”。韩国各阶层人民一致要求“废除保护协约”、“驱逐倭寇、诛灭五贼”，闵泳焕、赵秉世等有民族气节的大臣殉国，在韩国全国形成了声势浩大的反抗运动和第二次反日义兵运动。日本政府根据《乙巳条约》，撤销驻韩公使职务，成立了统治韩国的新机关——韩国统监府，伊藤博文为第一任统监。
《乙巳条约》签订后，高宗从此被日本玩弄于股掌之上，没有丝毫权力。但他并不甘心做日本人的傀儡。光武十一年（1907）1月16日，《大韩每日申报》发表了高宗的声明，高宗称自己从未批准缔结《乙巳条约》，没有放弃外交权，也未同意日本统监常驻韩国，所谓“保护权”系日本单方面宣布的，不能成立，呼吁列强进行干预，共同保护韩国的独立。高宗此举极大震惊了日本人，同时，高宗也通过秘密援助国内义兵运动的方式来争取国家独立，韩国统监伊藤博文曾说：“（我）熟知宫中与暴徒（指抗日义兵）之间的关系，现有宫中供给暴徒资金的证据。不仅宫中与暴徒之间互相进行秘密联络，而且宫中与上海、浦潮（即海参崴）地方的韩人之间也互有密使与密电的来往”。为了限制高宗的独立运动，日本人以“改革”为借口，打着“宫府分离”的幌子，让日本警务顾问攫取了庆运宫的警卫指挥权，同年7月，根据伊藤博文“肃清宫禁”的要求，实行“门鉴”制度，无统监府颁发的门票者不得进宫，迫使高宗处于孤立无援的境地。尽管如此，高宗仍采取秘外交途径，争取恢复主权。光武十一年（1907），荷兰海牙召开第二届万国和平会议。高宗秘遣李相卨、李儁、李玮钟三人带着高宗的亲笔信和参加会议的委任状前往海牙，控诉日本对韩国的侵略，呼吁各国声援韩国，宣布《乙巳条约》无效。由于与会各国均承认日本对韩国的保护权，于是拍电报向高宗确认代表身份，此时韩国电信权落入日本手中，询问电被日方扣留，伊藤博文闻讯大怒，通知和会委任状系伪造。李儁愤死海牙，其他两人亡命天涯。“海牙密使事件”以失败告终。
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