阿莱克修斯37年的统治生涯充满了一个个必须面对的困难。刚即位后他便面对着罗伯特·吉斯卡尔和他的儿子博希蒙德领导的难以对付的诺曼人的入侵，罗姆苏丹苏莱曼仍在比提尼亚劫掠并有等待机会渡过博斯普鲁斯海峡进一步西进的势头。阿莱克修斯计划先解除突厥人对君士坦丁堡的威胁，于是在首都训练新兵，同时任命在篡位行动中支持他的格里高利·帕库里亚努斯将军为西方野战军总指挥、乔治·巴列奥略为都拉斯总督以暂时稳定住西部，并守卫即将遭到诺曼人围攻的交通要地都拉斯以延缓吉斯卡尔的进攻步伐。随着格里高利·帕库里亚努斯稳定巴尔干西部城镇及对罗姆苏丹的小规模胜利，君士坦丁堡的紧张局面得以暂时解除，帝国的税收及财政的紧张及面得到了一定程度上的缓和，使得阿莱克修斯得以把全部精力用于对付诺曼人。此时吉斯卡尔已经占领了科孚岛，并正在围困乔治·巴列奥略守卫的都拉斯。
在都拉斯打败阿莱克修斯后，第二年，诺曼人已经在围攻色萨利的拉里萨。[6][10]阿莱克修斯在成功把他们打回去之前遭受了多次失败，在这同时他用36000金币说服神圣罗马帝国皇帝亨利四世进攻诺曼人的大本营南意大利来减轻他的压力，这使得诺曼人不得不在1083年-1084年把军队转移回意大利用于防御。阿莱克修斯与掌控着加尔加诺半岛的蒙泰圣安杰洛的伯爵亨利结盟并使其宣誓效忠，这是拜占庭最后一次对意大利半岛土地的实际控制。诺曼人对帝国的威胁在1085年由于罗伯特·吉斯卡尔去世而结束了，帝国成功收复了大部分先前被诺曼人控制的领土。
在这之后阿莱克修斯又不得不处理异端波格米勒派与保罗派在色雷斯发动的叛乱，与反叛者联盟的佩切涅格人在此时则越过多瑙河南下。很多信奉保罗派的帝国士兵在阿莱克修斯对抗诺曼人的战争中成为了逃兵。当诺曼人对帝国的威胁结束后，阿莱克修斯开始惩罚反叛者与逃兵并没收了他们的土地。这导致了后来菲利波波利附近的一次叛乱，并且西方野战军总指挥格里高利·帕库里亚努斯在接下来的战争中战败被杀。1087年佩切涅格人侵入色雷斯，阿莱克修斯率军穿越莫西亚反击，但没能夺取被占领的多罗斯托隆（今锡利斯特拉）。在撤退时，阿莱克修斯被佩切涅格人包围，不得不签署停战并支付一笔保护金。1090年佩切涅格人入侵色雷斯，同时罗姆苏丹基利杰阿尔斯兰一世和他的岳父札卡斯组织了一支舰队并试图与佩切涅格人组成联军一同围攻君士坦丁堡。阿莱克修斯与有约40000骑兵的库曼人结盟并于1091年4月29日在拉维尼欧战役彻底击败了佩切涅格人从而克这个威胁。
这彻底击败了佩切涅格人，帝国巩固了巴尔干边境。但在佩切涅格人的威胁逐渐消失后，1094年库曼人开始入侵帝国的巴尔干领土。库曼人由一个觊觎拜占庭皇位并声称自己是被认为很久之前已经去世的君士坦丁·狄奥吉尼斯也就是罗曼努斯四世的儿子的人领导，他们穿越巴尔干的山脉并长驱直入东色雷斯直到他们的首领在阿德里安堡被杀。在巴尔干平定下来之后，阿莱克修斯把注意力转移到了几乎完全被塞尔柱突厥人占领的安纳托利亚。
当阿莱克修斯于1081年登基时，塞尔柱突厥人已经从帝国夺取了几乎整个安纳托利亚。阿莱克修斯派遣经过在首都附近训练并积累了一定经验的新军渡过博斯普鲁斯海峡夜袭劫掠比提尼亚的罗姆苏丹军队，突厥人很快便放弃沿海地区向内陆撤退。得胜的军队又得到了阿莱克修斯的赏赐从而军心高涨，不断大胆地发动进攻，打的突厥军队节节败退。最终罗姆苏丹苏莱曼只得退回尼西亚并求和，阿莱克修斯从而得以保全安纳托利亚西北部的沿海地区，但这些小规模胜利未能阻止塞尔柱突厥人在横行于被他们占领的内陆地区。1090年初阿莱克修斯对教宗表现出和解意图，目的是为对抗塞尔柱突厥人寻求西方的支援。1095年阿莱克修斯的使者在皮亚琴察会议之前面见了教宗乌尔班二世，乌尔班二世同年稍后便在克莱芒会议上发动了第一次十字军东征，但这却令阿莱克修斯感到惊愕与尴尬，因为他希望并且计划从西方得到的支持仅仅是一些雇佣兵，而不是大量难以控制的十字军。
很快第一批由修士彼得领导的大部分是农民的“平民十字军”进入了帝国领土，由于阿莱克修斯没有足够的时间准备好为经过他领土的大量十字军提供给养并且也来不及调动自己的军队监督十字军，他只能眼睁睁地看着帝国的巴尔干领土遭到盟友十字军的劫掠。阿莱克修斯很快把这群乌合之众送到了安纳托利亚，这支十字军在1096年便被突厥军队击溃。
不久后第二支十字军逐渐抵达了君士坦丁堡，他们分别由布永的戈弗雷、图卢兹的雷蒙德四世和其他一些西方的大贵族领导，甚至还包括阿莱克修斯的老对手博希蒙德。比起平民十字军这支正规军队组成的十字军装备更加精良但更难对付。阿莱克修斯在他们刚刚抵达时抓住机会分别与十字军的各个领导人会面，使他们立下誓言保证把征服的土地移交给帝国；而作为回报，阿莱克修斯会给十字军在亚洲的行动提供给养及一些海上支持。随后阿莱克修斯就把十字军送到了安纳托利亚。1097年，十字军组织了围攻尼西亚并迫使尼西亚的突厥人向阿莱克修斯投降，随后十字军在多利留姆战役的胜利使得帝国完全收复了黑海海峡对面的安纳托利亚西北角与安纳托利亚西部的部分地区。同时阿莱克修斯手下的约翰·杜卡斯在1097年至1099年在希俄斯、罗得岛、士麦那、以弗所、和非拉铁非恢复了帝国的统治，这些成功归功于长公主安娜·科穆宁娜提出的计策。但在拉丁裔历史学家的眼中这是阿莱克修斯对十字军的背叛与欺骗。1099年一支十艘船组成的拜占庭舰队协助十字军攻打了塔拉基亚与的黎波里等城市，但十字军认为1年之前在塔第吉欧斯领导的拜占庭军队在阿莱克修斯的命令下背弃承诺没有援助十字军围攻安条克时他们与阿莱克修斯的誓约便已宣告解除。博希蒙德自立为安条克亲王并挥师登陆希腊与阿莱克修斯交战，但后来他被拜占庭军队包围并在1108年的迪沃尔条约中同意成为帝国的附庸。阿莱克修斯并没有参与或协助十字军接下来进军巴勒斯坦的行动。
尽管十字军已经获得了胜利，但阿莱克修斯仍在1110年到1117年仍不得不多次出兵驱逐再次入侵帝国已经收复的领土的突厥人。1116年染上重病的阿莱克修斯仍在指挥比提尼亚和密细亚的对抗罗姆苏丹马立克沙入侵的防御战以保护他所收复的安纳托利亚领土。1117年他转向进攻，带领军队深入安纳托利亚高原被突厥人控制的地区并在菲罗梅隆战役打败了苏丹。
刚即位的一段时间内有传闻认为阿莱克修斯成了前皇后玛利亚的情人。由于她的美貌，她的丈夫米海尔七世被废黜后又被强嫁给尼基弗鲁斯三世。[51]阿莱克修斯计划让玛利亚继续留在皇宫，这可能仅是为了方便玛利亚在权力交接时帮助从中协调斡旋，但这被许多人，包括贵族和君士坦丁堡的市民，认为他有意与玛利亚成婚。尽管阿莱克修斯名义上是玛利亚的义子，但二人年龄相差不大，并且丧偶女子第三次结婚并不违反当时的正教教义与社会道德。但他的母亲安娜希望他能继续与伊琳娜·杜卡伊娜的婚姻以加强与杜卡斯家族的关系，从而使得伊琳娜·杜卡伊娜的祖父即凯撒约翰·杜卡斯继续支持他。同时听到传闻的约翰·杜卡斯也展开行动以防止杜卡斯家族被阿莱克修斯边缘化，他说服了普世宗主教科斯玛斯一世宣布伊琳娜·杜卡伊娜仍为阿莱克修斯的合法妻子，并要求玛利亚搬出大皇宫。为了保持杜卡斯家族的支持，伊琳娜·杜卡伊娜被加冕为皇后，随后阿莱克修斯恢复了君士坦丁·杜卡斯的权力及继承人身份并加冕他为共治皇帝。同时阿莱克修斯也给予玛利亚安全保证。阿莱克修斯结婚后不久便有了长女安娜·科穆宁娜，他让公主与君士坦丁·杜卡斯定下婚约，并让他们和玛利亚一同迁居到Mangana宫。
尼基弗鲁斯·梅里森诺斯于1081年4月8日，阿莱克修斯进城一周后进入君士坦丁堡。阿莱克修斯遵守了先前的许诺，授予了姐夫凯撒头衔与塞萨诺尼基的统治权及该城的税收收入，这使得尼基弗鲁斯·梅里森诺斯最终打消了夺取拜占庭皇位的想法并在余生一直维持对阿莱克修斯的忠诚。在阿莱克修斯获得权力后，作为为他套上紫靴后作为对他最忠诚、坚定与热心的支持者之一的，他的长兄伊萨克得到了阿莱克修斯创立的新头衔，“至尊者（希腊语：σεβαστοκράτωρ）”，即“奥古斯都那般最尊贵的统治者”，后来阿莱克修斯的长女安娜·科穆宁娜描述拥有这一头衔的人为“没有紫色的皇帝（emperor without the purple）”，从而使得伊萨克成为名副其实的帝国二把手。权力交接及人事安排基本完毕后，阿莱克修斯率领全家族及亲戚进行斋戒，为篡位行动导致首都生灵涂炭进行忏悔。
但当阿莱克修斯的长子约翰·科穆宁于1087年出生后，他对待玛利亚及君士坦丁·杜卡斯的态度发生了巨大转变。长公主安娜与君士坦丁·杜卡斯的婚约被取消，并且她被接回大皇宫与皇后伊琳娜·杜卡伊娜和已经成为太后的安娜·达拉瑟娜处居住。阿莱克修斯也逐渐疏远了玛利亚并逐渐剥夺了她的权力，玛利亚后来退隐到修道院。君士坦丁·杜卡斯也被剥夺了共治皇帝的地位。尽管如此，君士坦丁·杜卡斯依然与科穆宁家族维系着友好的关系并不久由于身体虚弱而去世。
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