续接上次的剧情，灵儿来到女娲神殿后，见到了她母亲的灵魂，巫后本身是个可怜的女人，因为是女娲后裔，被自己丈夫误认为是妖怪，为了换来和平，牺牲自己封印水魔兽，但换来的不是感激，反而让黑苗族人误会更深。虽说其中有很大的原因是拜月教主搞的鬼，但身为丈夫的巫王在里面也起到很大的作用，如果巫王信任巫后，拜月教主就是想搞鬼也不见得能成功。正是巫王默许拜月教主的所作所为，才导致了一系列的悲剧发生。
可能有玩家说真正的巫王实际上早就挂了，但在十年前的剧情中出现的巫王应该是没挂的，那时正是他下令没收了天蛇杖关押了巫后，又让拜月教主施展法术让巫后显出真身。当时的巫后应该很绝望吧，被自己所爱的人这样对待。
巫后祝福灵儿后，给她留下了几件装备就消失了，这时灵儿的外形会发生变化，外形是自动拿上了天蛇杖穿上了圣灵披风，但实际上真正的装备还需玩家自己穿戴。
因为得到了传承，灵儿来到偏殿利用五颗灵珠祈雨，当灵儿流下泪水后，大雨磅礴，干枯的大地重新焕发生机，正在拼死拼活的黑苗族人看到了这景象，纷纷以为是女娲显灵，大叫着逃走了，任凭拜月教主如何阻拦也没用。两族人的争斗在这里告一段落。
回到主殿，白苗族人载歌载舞的感谢灵儿，南蛮王也邀请灵儿继承祭司之位，正在这时，地魔兽出现，自然不用多说直接开打。地魔兽和水魔兽在名字上只差一个字，应该属于同一级别的，但地魔兽可比水魔兽简单多了，主要是没有无限复活的能力。
进入地魔兽出现的那个洞中，穿过很大的一个迷宫，迷宫并不难，并且还有装备可以搜刮。最终来到了南绍王宫，在这里见到了巫王，巫王十分悔恨，准备传位给灵儿。
正在这时，拜月教主带着两个侍卫赶来，他反对灵儿继位，然后和两个侍卫开打。不得不说，拜月教主演得一手好戏。
打败侍卫后，正和拜月教主对峙，突然巫王从后面捅了灵儿一下，原来真正的巫王早就被拜月教主干掉了，现在的巫王是食人树变的。
这里只能说三人还是太年轻了，就算面对的是真正的巫王， 那也应该有一点防范吧，从之前他对巫后的态度来看，巫王本身就不是值得信任的人，虽说虎毒不食子，但这句话其实并不适用于皇室，并且这里还是一个假的。
打败食人树后，阿奴救治灵儿，但无论怎么救治，灵儿已经没有心跳了，李逍遥气不过，出去找拜月教主报仇，这时拜月也说出了自己的野心，没有女娲后裔，他的魔兽就可以称霸了。
这时灵儿出现，拜月以为她还没死，但从灵儿忽隐忽现的身体来看，还真的不好区分她是不是真的活着。说她已经牺牲了，但之后在水里水魔兽又吸收了她的血，说她还活着，这身体看着也不像。
打败拜月教主后，他跳入水中，以为他自杀了，实际上却是跳进去和水魔兽合体。为了阻止水魔兽再次作乱，3人先后跳入水中。这里灵儿先跳，所以会暂时离队。
这水底迷宫就是十年前和巫后一起逃跑的那里。
游戏的最后一战就是打败拜月教主和水魔兽的合体身。
虽然说打败了拜月教主和水魔兽的合体身，但灵儿背上的伤口崩开，导致血被拜月教主吸收，这时拜月教主变成一个肌肉猛男再次出现，没有办法之下，灵儿只能和拜月教主同归于尽。
如果是灵儿结局的话，那之后还会出现这样一副画面。但这里先不说灵儿结局。说说正统结局。
阿奴在悬崖边缘吹笛子的画面相当凄美。从游戏中的种种迹象来看，阿奴喜欢李逍遥，但最后两人还是没在一起，或许是阿奴没敢表白，也或许李逍遥因为灵儿和月如的原因已经封心锁爱了。
当李逍遥一个人走在回程的路上，远方出现了林月如的身影，打着伞抱着李忆如的画面给玩家一种十分温馨的感觉。但这里我还是忍不住地想吐槽一下，这远远看去，忆如的脑袋是真的大。
还好后面有拉近的画面，而这一副画面，深深地刻在了玩家的心里！
到这里，新仙剑1的剧情就算说完了。下次再说说别的
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