根据税法规定，农产品收购企业向农业生产者收购的农产品可以自行开具农产品收购凭证，以收购凭证上注明的价款*13%计算扣税。农产品收购凭证是由农产品收购企业向农业生产者个人收购免税农产品时使用的。这里的农产品收购企业，应是经工商部门批准，专门从事农产品收购或以农产品为主要生产原料的单位和个体工商户，且在申请领购收购凭证前，须向主管税务机关办理使用收购凭证的资格认定登记；这里的农业生产者个人不包括从事农产品生产或收购的个体工商户，个体工商户销售农产品应自行开具或向税务机关申请代开发票。
根据《国家税务总局关于增值税若干征收问题的通知》（国税发[1994]122号）中对于计算外购农业产品的进项税额问题进一步明确；根据中华人民共和国增值税暂行条例实施细则第十七条的规定，购进免税农业产品的买价，仅限于经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的价款。各地反映，一些农业生产单位销售自产农产品，可以开具普通发票，为了简化手续，对一般纳税人购进农业产品取得的普通发票，可以按普通发票上注明的价款计算进项税额。
根据《财政部、国家税务总局关于提高农产品进项税抵扣率的通知》（财税[2002]12号）规定：经国务院批准，自2002年1月1日起，增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农产品的进项税额扣除率由10%提高到13%.根据《财政部、国家税务总局关于增值税一般纳税人向小规模纳税人购进农产品进项税抵扣率的通知》（财税[2002]105号）规定：增值税一般纳税人向小规模纳税人购买农产品，可比照财税[2002]12号文的规定依13%的抵扣率抵扣进项税额。因此，一般纳税人取得的普通发票可以申报抵扣进项税额。
依据上述规定，如果您公司超市是独立核算的，那么建议将超市向工商部门批准变更为农产品收购企业，这样，可以向税务机关领购农产品专用收购凭证，在向零散的农户收购农产品时可以自行开据农产品专用收购凭证以计算扣税。向小经销商购进时，可以按普通发票上的金额*13%计算扣税。从批发商购入的，应当要求批发商开具增值税专用发票以抵扣进项税额。
对于农产品收购企业的认定各地的操作没有统一的规定，这是一个地方文件的规定，提供给您做参考：绍兴市国家税务局关于加强农副产品收购业务增值税管理的通知绍市国税流[2004]513号
（一）、加强收购发票使用资格的管理。农副产品收购单位（以下简称收购单位）使用收购发票必须同时具有以下条件：（一）经国家工商行政管理部门批准，准予从事农副产品收购业务。
（二）财务会计核算健全，能够按照国家统一的会计制度规定，根据真实的交易事项完整、准确地记录农副产品购销业务，并设置完整的农副产品仓库台账、农副产品购销资金台账。根据实际发生的购销业务，保管出入库原始凭证、收付款原始凭证、计量原始凭证，逐笔登记有关台账（附件一）、账簿，做到账实相符、账账相符、账证相符。
（三）有固定的经营场所及仓储场地，并持有有效的产权证明或租赁协议，经营场所和仓储场地必须与其经营业务相适应。
（四）拥有健全的管理机构，设置行政、仓库、统计、计量、财务等工作岗位，并配备固定的专业工作人员，具备准确的计量设备。
（五）具有增值税一般纳税人资格。
如果超市是非独立核算的，可以考虑将公司认定为农产品收购企业，以实现上述扣税方式。但这要将企业的生产经营方向和规划综合考虑。
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