完整复现DAVID在线工具进行GO富集分析，我就差开个电脑了

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刚来的小伙伴不要慌了哈，小助理选的一直是同一篇论文

只不过用的是不同方法进行复现

一千种方法练一次

不如一种方法练一千次

进步的第一步就是敲下文章里面的代码

以下就是复现过程，跟着文章走，他山之石可以攻玉，没准儿一不小心你就会了呢?

论文：

文章目录：

• 1.DAVID官网

• 2.上调基因GO富集分析

• 2.1进入官网，点击“Function Annotation”选项

• 2.2富集分析

• 2.3选择背景基因

• 2.4选择GO富集分析结果

• 2.5下载富集分析结果

• 2.6保存文件，作为后续可视化的输入文件

• 2.7可视化富集分析结果

• 2.7.1bp,cc,mf分别提取counts数前5的term

• 2.7.2条形图

• 2.7.3圈圈图

• 3.下调基因GO富集分析

• 3.1可视化富集分析结果

• 3.1.1 bp,cc,mf分别提取counts数前5的term

• 3.1.2 条形图

• 3.1.3 圈图

1.DAVID官网 : https://david.ncifcrf.gov/

• 全称: 注释、可视化和综合发现数据库(DAVID，The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery )

• DAVID现在为研究人员提供了一套全面的功能注释工具，以了解大量基因背后的生物学意义。David Functional Annotation集群是David Functional Annotation工具的新增功能。新版本的工具保持了相同的丰富分析算法，但扩展了注释内容覆盖范围，从最初版本的David中只有GO增加到目前的40多个注释类别，包括GO术语、蛋白质相互作用、蛋白质功能域、疾病关联、生物途径、序列一般特征、同源性、基因功能摘要、基因组织表达、文献等。

2. 上调基因GO富集分析

  2.1 进入官网，点击“Function Annotation”选项

2.2 富集分析

1.“Enter Gene List”选项中，复制筛选过的111个上调基因的SYMBOL ID作为输入文件，
2.“Select Identifiter” 选项中，选择“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，作为输入基因ID名称
3.“List Type”选项中，选择“Gene List”
4.点击“Submit List”选项

2.3 选择背景基因

研究对象为人类癌症，所以选择“Homo sapiens”选项，点击“Use”,这时系统自动进行富集分析

2.4 选择GO富集分析结果

1.首先取消“Check Defaults”选项，点击“Gene_Ontology(3 select)”下拉选项

2.分别选择“GOTERM_BP_DIRECT”、“GOTERM_CC_DIRECT”、“GOTERM_MF_DIRECT”三个选项

3.最后点击“Function Annotation Chart”选项，得到最终富集分析结果

2.5 下载富集分析结果

点击“Download File”选项

2.6 保存文件，作为后续可视化的输入文件

复制所有富集分析结果，保存为“up_GO.txt”文件

2.7 可视化富集分析结果

  2.7.1 bp,cc,mf分别提取counts数前5的term

2.7.2 条形图

2.7.3 圈圈图

3.下调基因GO富集分析

与上调基因富集分析步骤一样，得到“down_GO.txt”文件，在这里只显示可视化结果

3.1 可视化富集分析结果

    3.1.1 bp,cc,mf分别提取counts数前5的term

    3.1.2 条形图

3.1.3 圈图

温馨提醒：想要代码的小伙伴记得联系小助理~

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