RNA-seq数据| edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较

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文章目录

• 1. 加载R包和输入数据

• 2. 表达数据整理

• 3.edgeR包做差异表达

• 4.limma包做差异表达

• 5.DESeq2包做差异表达

• 6.比较三种包差异表达基因筛选结果

• 总结：

01

加载R包和输入数据 

02

表达数据整理

• 对重复基因名取平均表达量，然后将基因名作为行名

• 去除低表达的基因

• 表达矩阵分组(癌症组织和癌旁组织）

03

edgeR包做差异表达

• 表达矩阵

• 分组矩阵

• 差异表达矩阵

• 提取基因差异显著的差异矩阵

04

limma包做差异表达

• 表达矩阵

• 分组矩阵

• 差异表达矩阵

• 提取基因差异显著的差异矩阵

05

DESeq2包做差异表达

• 表达矩阵

• 分组矩阵

• 差异表达矩阵

• 提取基因差异显著的差异矩阵

06

比较三种包差异表达基因筛选结果

总结：

三种包共同筛选出的差异表达基因有1989个，总体来说筛选效果相差不是很大。

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