R语言画MEME motif

对于下图，很多人都不陌生。这是大家做家族分析时常用的MEME motif图。实话说，这图不（太）好（丑）看（了），所以我就想着R语言能不能重新做这个图呢，很早以前不太会用R的时候，就想做，无奈的是，基于自己的水平而放弃了。

借着知识的不断积累，现在觉得是时候重新拾起来了。

（1）上传我们的蛋白质序列到MEME网站（http://meme-suite.org/tools/meme）

（2）下载MAST.xml文件

（3）对文件解析得到两个文件

一是每一个motif在每一条蛋白上的位置文件，二是每一条蛋白的长度

（这一步在linux中处理）

文件一：

文件二：

（4）再准备一个蛋白ID顺序文件（目的是让结果中蛋白的顺序按照你的想法输出）

文件为单列。

（5）主要使用的R包：ggplot2、gggenes、RColorBrewer

第三个包可要可不要，是为了颜色设置，如果不用这个包，默认颜色可能不太好看。

后期会整合到BItools中，本文主要为了学习而用。

有需要代码的，可以与我联系。