基于BSR-seq来研究茶树叶色变异

Repressed Gene Expression of Photosynthetic Antenna ProteinsAssociated with Yellow Leaf Variation as Revealed by BulkedSegregant RNA-seq in Tea Plant Camellia sinensis

材料：

父本：龙井43；母本：白鸡冠；绿色F1；黄色F1

取材部位：一芽二叶

方法：

（1）Bulked Segregant RNA-seq （BSR-seq）：

将转录组测序与集群分离分析相结合，在转录组范围内开发SNPs，筛选与性状紧密连锁的SNPs，进行功能基因的定位，同时进行基因差异表达分析等转录组常规分析的技术。

每个类别混合建库，转录组测序

（2）叶绿素和类胡萝卜素的测定，表皮蜡质的测定

（3）qRT-PCR

结论：在杂交种群上使用BSR-seq消除了遗传背景和个体差异的某些干扰作用，从而帮助本研究集中研究了控制黄叶茶树叶片颜色变化的关键基因。

注：算是BSR-seq在茶学研究中的第一次尝试。从BSR-seq的定义中可以看出，本研究只做了后半部分，而对于SNP和基因定位是没有分析的。另外没看到本研究的原始测序数据在NCBI SRA数据库中的编号。

doi：https://doi.org/10.1021/acs.jafc.0c01883