当前，一些地方审计机关政府投资项目审计只注重项目工程造价真实性审计，对项目绩效评价还暂时停留在表面上，审计评价意见千篇一律，言之无物，缺乏针对性、有效性和可操作性，进而造成审计监督职能履行不到位，审计建设性作用得不到充分发挥。如何做好政府投资项目的绩效评价，应在工程项目目标、工程项目实施过程、工程项目效益、工程项目影响等四个方面着力。
一、工程项目目标评价
一是要评定项目立项时原来预定的目的和目标的实现程度。项目目标的相应指标在项目立项时已经确定，一般包括宏观目标，即对地区、行业或国家经济、社会发展的总体影响和作用。建设项目的直接目的可能是解决特定供需平衡，向社会提供某种产品或公共服务，指标一般可以量化，如工程总投资、竣工时间、净收益、税收收入、就业人数、受益人数等。二是要对项目原定决策目标的正确性、合理性和实践性进行分析评价。有些项目原定的目标不明确或不符合实际情况，项目实施过程中可能发生重大变化，如政策性因素调整或市场因素变化等，这时审计机关要重新分析和评价，正确判断建设单位管理控制是否到位，若没有完成预期目标，就要重点分析完不成目标的原因。
二、工程项目实施过程评价
项目实施过程评价主要是对照立项评估或可行性研究报告预计的情况和实际执行的过程进行分析和比较，找出差异，分析原因。应重点分析以下六个方面：一是项目的立项、准备、评估和实施。看建设单位是否执行国家规定的建设程序，立项是否正确，可行性研究报告是否客观、准确；规划设计是否合理；招投标是否公开、公平、公正；施工现场管理是否有效等。二是项目内容和建设规模。是否存在随意增减单项工程项目，是否擅自提高或降低建设标准。三是工程进度和实施情况。工程项目是否按期竣工，工程实施过程是否存在重大失误，对质量、进度、造价控制是否到位。四是配套设施和服务条件。配套设施是否完备，服务功能是否齐全，如修建大型市内广场，看是否修建公共厕所，有没有安排专职人员进行管理和日常维护，防止出现“脏、乱、差”现象，有碍市容市貌，降低广场的利用价值。五是受益者范围及其社会反映。通过社会调查受益者的人数和意见，判断工程项目管理使用中是否存在缺陷，通过修正，充分发挥其效益。六是财务计划执行情况。通过查看会计资料，揭露和查处建设单位是否存在挤占挪用专项资金、套取国家建设资金现象。
三、工程项目效益评价
工程项目效益评价主要是对财务和国民经济的评价，分析指标主要有财务净现值、内部收益率和贷款偿还期等项目盈利能力以及偿债能力指标。通过测算，对比实际指标与预期指标差额，分析产生的原因。
四、工程项目影响评价
项目影响评价主要包括社会影响、环境影响和经济影响。社会影响评价是对项目在促进社会进步、经济发展方面的有形和无形效益的一种分析评价，重点评价项目对所在地区和社会的影响。主要分析项目建成后对居民生产生活环境的改善、区域经济的发展、城市功能的提升、社区的社会安定、社会福利的影响等等。
环境影响评价是对照项目前期评价时批准的环境影响评价指标，重新审视环境影响的实际结果，审核项目环境管理的决策、规定、参数的可靠性和实际效果。一般包括项目的污染控制、地区环境质量的影响、自然资源的利用和保护、区域生态平衡和环境管理等方面。如工程项目严重破坏生态自然环境，又没有办法进行有效治理，应建议有关部门进行处理。经济影响评价，主要分析评价项目对所在地区、所属行业所产生的实际经济方面的影响，评价内容主要包括收入分配、就业、税收、国内资源成本、技术进步等。对经济影响评价的部分因素难以量化的，可做定性分析。
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