研究发现，人体肠道菌群的构成主要由饮食和生活方式决定，遗传因素的影响很小。一些不良饮食和生活方式会危害肠道菌群的健康。
一、高脂肪低纤维饮食
St-Onge等发现，高纤维、低脂肪的饮食有利于肠道菌群的稳定，特别是摄入丰富的蔬果、谷物、不饱和脂肪酸的地中海饮食模式与高脂肪低纤维的膳食模式相比，有更高的肠道菌群多样性和稳定性，更有利于降低慢性疾病的发病率。
Feng等发现，造成肠道恶化的肠道微生物关联组与红肉的摄入量呈正相关，与蔬菜水果摄入量呈负相关。
另有研究表明，高脂饮食可通过影响肠道内菌群组成，影响肠道免疫功能，导致肿瘤的发生。
因此，多吃蔬菜、水果和全谷类食物，少吃高脂肪食物，有助于肠道菌群的多样性，而丰富多样的肠道菌群才是健康的菌群。
二、随意使用抗生素
抗生素会影响肠道中的所有细菌，包括益生菌和有害菌，导致肠道菌群的组成和多样性发生改变。
2016年6月在线发表在Nature期刊上的研究，首次证实使用抗生素治疗后，沙门氏菌（有害菌，往往引起腹泻）能够在肠道中茁壮成长。
抗生素不仅导致有益菌短期减少，有害菌暂时增加，而且也会导致肠道菌群的长期改变。经过一疗程的抗生素治疗，1～4周后大多数细菌都能恢复，但它们的数量通常很难恢复到最初水平，这些影响可持续长达两年。
三、久坐不动
动物实验早已证实运动多的小鼠肠道菌群更健康。
Jacob Allen博士更是对32名久坐不动的志愿者进行了研究。三阶段测量他们的肠道微生物，开始锻炼（每周三次，每次30～60分钟的有氧运动，连续六周），再回到原来久坐不动的生活状态6周。在整个研究过程中，受试者都保持着原来的饮食，结果显示，运动能改变肠道菌群，改善肠道健康。
一项研究比较了19位经常体育锻炼的女性和21位不经常锻炼的女性的肠道菌群，经常锻炼的女性肠道中有益菌丰度较高。
因此，经常体育锻炼，即使是低到中等强度，也有益于肠道菌群。
四、熬夜
一项发表在2017年12月Cell杂志上，来自以色列魏茨曼科学研究所的研究发现，肠道微生物群的组成和活性像生物钟一样有昼夜节律。
肠道微生物群在一天当中会随时间而变化。睡眠不足、轮班工作和进食太晚等都会扰乱肠道菌群的日常活动，对宿主造成危害。
2016年的一项研究首次探索了短期睡眠剥夺对肠道菌群组成的影响，研究在9位受试者中比较了两晚睡眠剥夺（每晚剥夺大约4小时）和两晚正常睡眠（8.5小时）之间的差异。两晚睡眠剥夺可引起肠道菌群的微妙变化，导致一些与体重增加、肥胖、2型糖尿病和脂肪代谢有关的细菌丰度增加。
警示：睡眠不足对肠道菌群有害，可引起肥胖！
五、压力过大
一项刊登在国际杂志Behavioural Brain Research上的研究报告中，来自乔治亚州立大学的研究人员发现，心理压力会改变叙利亚仓鼠的肠道菌群。
一项研究观察了压力对23个大学生的肠道菌群的影响，期末考试相关的压力可导致肠道中益生菌显著减少。
美国哥伦比亚大学发表的一项研究证实，患有慢性疲劳综合征的人同时也患有肠道菌群紊乱。
压力会导致肠道群的紊乱，使肠道有益菌减少。
作者：王伯军 来源：王伯军大夫谈消化
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