干货 | 寻觅基因启动子，UCSC&Ensembl来助威！

作者：解螺旋·子非鱼

如需转载请注明来源：解螺旋·医生科研助手

导语

解螺旋不久前推出一篇针对用NCBI数据库来查找基因的启动子的文章，不少读者表示很受益，并希望我们对Ensembl等其他数据库也能加以介绍。读者的需求就是我们的追求，今天就是来满足大家的期望的。（所以您对解螺旋还有什么内容上的需求和建议，尽管给我们留言吧。）

启动子一直都是基因的重要组成部分，它就像开关，决定着基因的活动，是区分基因与“垃圾DNA”的关键成分，因而，其异常性突变往往会导致基因表达的调节障碍，目前对启动子的研究仍旧是一个热门话题。今天小鱼就用UCSC数据库及Ensembl数据库查找基因启动子的方法介绍给大家。回复“promoter”可查看如何用NCBI数据库来查找基因的启动子。

用UCSC数据库查找基因序列的启动子

方法一：

 

1.打开UCSC数据库网址：http://genome.ucsc.edu/

 

2.选择Tools中的“Table Browser”则出现以下界面，以人的CCKBR基因为例。

 

首先，在clade中选择Mammal，genome中选择Human，assmebly中选择最新的数据库，track中选择RefSeq Genes，output format中选择sequence。

 

其次，在position后面的方框内输入待查的基因名称，如CCKBR。点击get output。

 

3.可出现以下界面，点击目的基因的第一个链接，可出现Select sequence type for RefSeq Genes界面，并在该界面中选择genomic选项。

4.点击submit后，因一般启动子的长度大约为2kb，可选择Promoter/Upstream by 2000 bases。

5.点击get sequence即可得到结果。

 

方法二：

1.在打开UCSC数据库后，点击Genome Browser，可出现以下界面。在species中选择Human，assmebly中选择最新的数据库，Position/search term中输入CCKBR基因。

 

2.点击GO, 可出现以下界面，点击目的基因的第一个链接。可出现这个序列的图解概要。

3.为了获得这个区域更清晰的图像，可以点击紧靠zoom out的1.5×按钮，如下图所示，一般高的块状表示外显子，短的块状表示5’端和3’端非翻译区，起连接作用的内含子则用细线条表示，翻译的方向由沿着细线的箭头表示。

 

4.点击上图中的RefSeq Genes中，任一个条形方块，可进入新的界面。在该界面的Links to sequence中，选择Genomic Sequence即查阅该基因的启动子序列。

用Ensembl 数据库查找基因的启动子序列

1.打开ensembl数据库的网址：http://asia.ensembl.org/index.html

2.以人的ANKH为例，在search中选择Human，for后面的方框中输入ANKH基因。

3.点击GO，在出现的新界面中，点击左侧的Gene。

4.点击第一个链接，可查看该基因的详细信息，点击左侧下端的export data。

5.在导出数据的界面中，将5’ Flanking sequence（upstream）后的方框里输入2000，即启动子一般长度。同时，将Genomic后的方框里选择5’ Flanking sequence，点击deselect all取消后续方框的对勾，再点击Next。

6.在新的界面里，点击text格式，即可获取启动子的序列。