作者：子非鱼（转载请注：解螺旋·医生科研助手）
自Cell Systems的第一期于2015年7月出版后，就曾阐述过该杂志的愿景，即为一些科学探索者提供一个通过综合性方法来理解复杂性科学问题的平台。时至今日，该杂志已收录了众多科学前沿性研究（每篇文章均可于Pubmed进行查阅），并将这些文章分成了近18种类别，如Aging、Cell biology&physical biology、Genome analysis等。
衰老
（Aging）
1、Longitudinal RNA-seq Analysis of Vertebrate Aging Identifies Mitochondrial Complex I as a Small-Molecule-Sensitive Modifier of Lifespan
Cellerino的研究小组认为个体年轻时的基因表达模式预示着个体长寿情况，并发现若在年轻时线粒体部分功能被抑制，则会产生较少的自由基，进而可延长个体的寿命。
2、Deep Proteome Analysis Identifies Age-Related Processes in C. elegans
Kenyon等研究者通过对蛋白质组深度分析，对线虫中近6000种蛋白进行亚细胞定位，并确定了老化的蛋白质“印迹”以及全面覆盖了随年龄变化的相关蛋白。
3、Extended Twilight among Isogenic C. elegans Causes a Disproportionate Scaling between Lifespan and Health
在这项研究中，个体的日常健康与寿命之间的基本关系第一次被定义。显然，个体从出生到死亡无不受到遗传和环境之间的相互影响。
细胞物理生物学
（Cell biology and physical biology）
1、Vimentin Intermediate Filaments Template Microtubule Networks to Enhance Persistence in Cell Polarity and Directed Migration
Danuser及其同事通过研究发现，在细胞定向迁移期间，具有强稳定性的中间丝会组装成不稳定的微管网络的超微拷贝，可为将来微管的装配和极化记忆提供一个有力的支撑。
2、A Portrait of the Human Organelle Proteome In Space and Time during Cytomegalovirus Infection
Cirstea等研究者利用蛋白质组学为巨细胞病毒在感染过程中如何破坏、利用和扭曲宿主细胞器过程提供了一份准确客观的依据。
基因组分析领域 （Experimental platforms）
1、Systems-wide Identification of cis-Regulatory Elements in Proteins
本文作者为众多实验者提供了第一个可预测蛋白质中顺式调控元件的生物信息学软件。
2、Shotgun Metagenomics of 250 Adult Twins Reveals Genetic and Environmental Impacts on the Gut Microbiome
本文通过鸟枪宏基因组测序法对250对成人双胞胎的遗传物质进行调查，阐述了遗传学和环境对肠道微生物之间的联系。
3、DNA Shape Features Improve Transcription Factor Binding Site Predictions In Vivo
这项研究则是对体内ChiP-seq数据库中最大且最全面的证明，其中DNA的形状也可用于改善转录因子结合位点的预测。
4、RNA Structural Determinants of Optimal Codons Revealed by MAGE-Seq
Kishony等研究者从单个基因的饱和性诱变和全基因组的RNA结构预测这两个角度阐明了RNA的结构可决定细胞对密码子的偏好性。
5、The Genomic Landscape of Position Effects on Protein Expression Level and Noise in Yeast
本文揭示了基因的染色体位置不仅以不依赖于启动子的方式影响基因的mRNA表达水平，还会影响基因的蛋白质翻译，而且其在细胞群体表达水平对细胞间变异性也有影响。
多组学研究
（Metabolic modeling &analysis）
1、Multi-omics Quantification of Species Variation of Escherichia coli Links Molecular Features with Strain Phenotypes
为什么大肠杆菌（E.coli）的某些菌株更适用于不同用途的研究？本文作者使用多种组学检测方法将大肠杆菌的菌株特异性基因型与其表型进行相应的对应链接。
2、Global Rebalancing of Cellular Resources by Pleiotropic Point Mutations Illustrates a Multi-scale Mechanism of Adaptive Evolution
这项研究则对DNA序列变化与分子、网络、系统和生物体水平之间的相互影响进行了整合分析。
网络结构和功能
（Network structure&function）
1、Distinct NF-kB and MAPK Activation Thresholds Uncouple Steady-State Microbe Sensing from Anti-pathogen Inflammatory Responses
该研究通过对NF-KB和MAPK信号分子的定量分析显示了巨噬细胞是如何根据刺激的强度对相同刺激分子产生不同的应答反应。
2、Defective Signaling in the JAK-STAT Pathway Tracks with Chronic Inflammation and Cardiovascular Risk in Aging Humans
这项研究揭示了年老人群中JAK-STAT信号通路的信号缺失与慢性炎症和心血管疾病等紧密相关，这也是第一个在健康成人的背景下进行磷酸化测定的临床应用的实例。
3、Elucidation of Signaling Pathways from Large-Scale Phosphoproteomic Data Using Protein Interaction Networks
Sharan等人通过蛋白质间互作网络进行大规模磷酸酶基因组数据分析，并对该酶参与的信号途径进行详细的阐明。
蛋白质组学研究
（Proteomics）
1、System-wide Clinical Proteomics of Breast Cancer Reveals Global Remodeling of Tissue Homeostasis
该研究对人类组织的蛋白质组学深度挖掘，提供了人乳腺癌进展期间蛋白质变化的基因组图谱。
2、Deep Proteomics of Breast Cancer Cells Reveals that Metformin Rewires Signaling Networks Away from a Pro-growth State
研究者通过整体蛋白质组学和磷酸化蛋白质组数据的系统比较来证明二甲双胍治疗使癌细胞对凋亡刺激更敏感，而对促生长刺激较不敏感。
单细胞RNA测序研究
（Single-cell RNA-seq）
1、Single-Cell Transcriptomics Reveals that Differentiation and Spatial Signatures Shape Epidermal and Hair Follicle Heterogeneity
这份研究证明了单细胞RNA-seq对组织的生长发育过程起着重要的作用，尤其是促进了人们对小鼠表皮组织的发育生长过程的理解。
2、A Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse Pancreas Reveals Inter- and Intra-cell Population Structure
这项工作揭示了人类和小鼠胰腺在以前未检测到的异质性，并强调了单细胞RNA测序可加深人们对细胞类型的理解。
合成生物学
（Synthetic biology）
1、A Two-Layer Gene Circuit for Decoupling Cell Growth from Metabolite Production
研究者研发了一种新的生物控制器，包含了营养物传感器和底物传感器，能有效的在不使用外部诱导物的情况下攻击细菌，并允许细胞充分利用营养物来产生外源代谢物。
2、Genomic Recoding Broadly Obstructs the Propagation of Horizontally Transferred Genetic Elements
研究者改造一种工程细菌来清除释放因子1，同时也将其终止密码子UAG改变为UAA以阻止多种类型的基因水平转移，为应用和基础研究开辟了新的途径。
系统遗传学
（Systems genetics）
1、Cross-Tissue Regulatory Gene Networks in Coronary Artery Disease
本文作者通过单个疾病相关的单核苷酸多态性来了解与冠状动脉疾病终点相关的基因表达网络。
2、Genetic and Proteomic Interrogation of Lower Confidence Candidate Genes Reveals Signaling Networks in Catenin-Active Cancers
Hahn等研究者将遗传学方法和一些互补实验相结合，如RNAi和单敲除CRISPR筛选癌症候选基因，并通过蛋白质组学及CRISPR双敲除法来表征蛋白质之间和遗传物质间的相互作用。
参考文献：Cell Systems editors reflect on 2016
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