南京博物院为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构，其中文物保护研究所被称为“文物三甲医院”，是中国纸质文物保护国家文物局重点科研基地。
截至2018年，南京博物院拥有各类藏品432768件（套），珍贵文物371032件（套），珍贵文物数量居中国第二，仅次于故宫博物院。馆藏文物上至旧石器时代，下迄当代；既有全国性的，又有地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列，是数千年中华文明历史发展最为直接的见证。
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