通过微生物的自身代谢活动，将饲料中的大分子物质及部分抗营养生长因子进行分解转化的过程，这一过程分成液体发酵与固体发酵，通过发酵达到提高饲料适口性、改善鱼类及蓄禽对饲料的消化吸收率，将大分有机物转化成小分子有机物、有机酸和多肽等物质。
饲料中营养物质的利用率高低，与发酵水平的高低相关，而影响发酵效果最关键的就是发酵菌种的选择，一般的发酵剂发酵水平低，质量不稳定，这是影响饲料发酵效果的普遍问题。解决这一问题的源头办法，就是选择优良的发酵菌种，市场上的发酵菌种通常为乳酸菌、酵母菌、芽孢杆菌、霉菌等，如枯草芽孢杆菌、乳酸杆菌、双歧杆菌、乳酸球菌、光合细菌、酵母菌、霉菌、放线菌，担子菌和微型藻类，如水产上现在炒的比较热的小球藻、卵囊藻、硅藻、绿藻和螺旋藻等，一般的发酵剂都是沿用畜禽上的配方，而很少有专为水产开发，添加适合水产发酵的酶类及藻类等。
根据饲料发酵的方式不同，所选择的发酵菌种是有差异的。液体发酵速度快，生产周期相比于固体发酵时间短，杂菌染污小，操作方便，条件易控，对菌种的选择性限制小，可选择的发酵菌种多，且可以发酵菌种中添加小球藻及螺旋藻等有益藻类。只需一台塑料的叶轮式增氧机或是水泵就可以实现物料的搅动。生产中常将物料与水按一比一点五至一比四混合发酵。如鸡粪、猪粪、牛粪等均可以按法发酵，推荐使用成都鱼康饲料发酵剂二型，按两到三吨物料添加一公斤发酵剂。
固体发酵相对于液体发酵有许多优势，一是废渣少，发酵后处理方便，物料发酵后的转化率较高，发酵更加彻底，发酵后的酶活力高，酶系也相对更加丰富，微生物在基质中更易生长。固体发酵的水分通常占比在45-55%，只是在物料发酵过程需要更多的人力进行翻动，要求物料中基质中有气态、液态、和固态三种形态并存，且固态基质中还含有部分不溶于水的物质存在。
而固体发酵对菌种的选择性就相对较小，要通过不断的优选，才能选出活性更强的发酵菌种，以解决发酵速度慢，发酵周期长、分解不彻底的问题，同时还要根据不同的原料配比，做到尽量符合物料多样性，组成及结构复杂，成分多样的问题，以达到最佳的发酵质量。要做好固体发酵建议使用成都鱼康的饲料发酵剂，一公斤可以发酵一吨干物质，发酵后适口性强，物料醇香，消化吸收率高。
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