1840-1911年有57年因黄河、运河决口发生洪灾。其中受灾40县以上的特大洪灾年3年，受灾25县至39县的大洪灾年14年，10县至24县的中涝灾年23年，10县以下的小洪灾年17年。旱、涝灾并发的有66年，旱、涝、洪灾并发的有55年。
1840年-1850年(道光年间)
1840年(道光二十年)
6月 中英鸦片战争爆发。8月15日，英侵略军的舰队从浙江北上经过山东海面，山东巡抚托浑布奉命带兵赴登州督防。
9月17日 清廷命沿海督抚，洋船经过不必开放枪炮。18日，托浑布遣人馈赠英军牛羊蔬菜。
本年 藏书家杨以增在聊城光岳楼南建藏书楼“海源阁”。历经多数，收藏宋元版珍本秘籍20余万卷，为晚清四大私人藏书楼之一。
本年 临清哈达生产达到鼎盛，有机房七百余处，浆房七八处，收庄十余家，织工五千余人。
本年 德州、聊城、鱼台、汶上等62州县夏秋受涝灾。另有20县受旱灾。粮食减产五成以上。
本年 全省政区分为3道，10府，2直隶州，9属州，96县。
1841年(道光二十一年)
6月19日 清廷拨山东海防经费10万两。10月11日，准托浑布请求，续拨15万两。1842年5月，再拨15万两。
9月13日 清廷命沿海各省严整兵备。饬托浑布对山东各海口要严密防范，要亲赴海口防堵，如兵力不敷，可酌量调拨。
9月14日 清廷再谕托浑布， 不可以堵御口岸即为无患，尤当考虑英军登陆后如何设伏夹击兜剿。“有能团练乡勇，堪助军威者”，令其协同官兵拒敌。
9月20日 托浑布带兵再次赴登州督防。
本月前任河督文冲因黄河决口被革职，在河岸“枷号”示众。
10月19日 清廷为防河南、山东两省灾民与捻军联合起事，命托浑布严饬所属地方文武官员密切注视，如有滋事者，即稽查镇压。
11月13日 济南城守营参将托金泰在登州创造三轮车炮。清廷令托浑布派托金泰带领熟习工匠，火速去浙江军营帮助铸造火炮。
1842年(道光二十二年)
1月5日 托浑布上奏所拟《严禁私硝章程》，清廷批准实行。
1月9日 清廷令盛京将军耆英、山东巡抚托浑布加强对各海口商、渔船只进出口的稽查，以防“英人汉奸”混入。
1月21日 清廷据托浑布所奏，就现有兵额择近调拨，分年换防。劝谕沿海零散村庄适当归并，各村围筑土堡。选择团练乡勇年轻力壮者进行训练，骁勇健捷者可“临时官为募用”，以助官兵。
6月 托浑布病假，吏部左侍郎麟魁署山东巡抚。
7月上旬 青州八旗驻防营奉清廷之命，选派500战骑兵去镇江，反击英军侵略。
9月27日 麟魁等上奏，山东兖、沂等州府多“刀匪”。清廷命麟魁缉捕，对不尽职的州县官吏严加惩办。
12月27日 清廷命托浑布派委兖沂、济东两道共同督办疏通运河山东段。
本年 传教士包志理在定陶引种保加利亚玫瑰。
本年 61州县受灾，其中涝灾30县，旱灾23县，其他灾害8县。
1843年(道光二十三年)
1月21日 托浑布因病免职。 江苏巡抚程采调任山东巡抚。25日，程采改任广东巡抚，广东巡抚梁宝常调任山东巡抚，梁到任前由布政使王笃代理。
8月18日 山东巡抚梁宝常上奏清廷， 在登州府所属的荣成、文登、福山沿海一带， 有2只双桅洋船停泊，要求与商民进行贸易。清廷以与英通商只议定五口码头，山东并非通商地，命梁宝常严禁山东各海口商贩与洋船私相交易，同时查明洋船去向。
8月31日 清廷批准直隶总督讷尔经额、河南巡抚鄂顺安、山东巡抚梁宝常会拟的《三省会哨章程》。
10月3日 道光帝诏示内阁和山东巡抚：告诫地方官员，对曲阜孔林孔庙，要敬谨察看，致诚尽敬，每届祭祀务须恪恭将事，不可懈怠。
1844年(道光二十四年)
1月25日 梁宝常调任浙江巡抚。江宁布政使崇恩任山东巡抚，4月到任。
4月 捻党、私盐贩在山东、江苏、河南交界处联合起事，清廷令三省督抚严密缉捕。
12月 崇恩被召进京，由布政使王笃署山东巡抚。
本年 朝城(今属莘县等县)郭庄一带农民，在申来玉带领下进行抗粮斗争，迫使知县董坤答应缓征郭庄等150个村庄的钱粮。
本年 甲辰科会试和殿试，录取山东进士19名，济宁人孙毓考中状元。
本年 惠民、德州、临清、济宁等55州县遭受特大涝灾，秋粮减产五成以上。另有7县受旱灾。
1845年(道光二十五年)
1月3日 清廷令挑挖山东段运河，竣工后河督要亲临现场查验。
4月5日 海丰(今无棣)、阳信、沾化、利津、博兴、乐安(今广饶)、寿光、昌邑、潍县等9县遭特大海潮灾，海潮内侵达百余里，仅海丰、沾化、利津3县即碱废土地6.5万亩。
5月 直隶、山东、河南接壤处农民起义接连不断，清廷命三省督抚联合镇压。
7月上旬 郓城、濮州(今河南范县境) 、巨野、定陶、成武、曹州等县捻军聚众起义， 崇恩命曹州镇总兵派官兵分两路前往濮州、郓城镇压。7月10日，清廷复命直隶、山东派兵联合镇压，捻军首领刘详等40余人被捕，11人牺牲。
8月23日 清廷令山东、直隶清查黄莲教活动。
本日 清廷谕令崇恩查禁曹州府一带捻军活动。
本年 82州县受灾，其中旱灾42县，涝灾28县，其他灾害12县。
1846年(道光二十六年)
秋 鲁南、鲁西一带众多农民，以接济行旅为名，运送粮食支援捻军。幅军、私盐贩等随之起事。集兵器，树旗帜，立名号，对抗官府。翌年10月，捻军活跃于山东、河南、直隶三省交界地区，三省奉命“会剿”。11月，兖州、沂州、曹州、东昌、泰安五府及济宁、临清等州的捻军、幅军大小数十股相继举事，劫富济贫，散发钱货米粮给农民，官府大震。
10月30日 历城等30州县小麦歉收，清廷命改征粟米。
11月24日 清廷令缓征遭受水、雹、风、旱灾害的济宁、章丘等66州县和德州、东昌等4卫村庄的新旧额赋。
本年 受灾州县达89个，其中旱灾41县，涝灾42县，风灾、雹灾6县。
1847年(道光二十七年)
3月14日 清廷令缓征山东盐商未完之正杂课银。
11月19日 清廷以山东地方官对起义民众镇压不力，派柏、陈孚恩严行查办。
11月28日 清廷下令将畏惧捻军镇压不力的崇恩、王笃、徐经、王懿德、英桂、岳龄交部议处，将山东按察使徐思庄革职。
12月23日 清廷以“捕务废弛”，将山东巡抚崇恩革职。命刑部右侍郎张澧中任山东巡抚。
本年 春夏秋大旱，鲁北、鲁西、鲁中及鲁南西部66州县夏秋两季粮食作物近绝产。饿死民众十之有三。另有18县受涝、风、雹、虫灾。
1848年(道光二十八年)
1月 山东各地农民起义接连不断，清廷命山东巡抚张澧中“严密访查缉捕”。
7月1日 张澧中死，山东布政使徐泽醇接任山东巡抚。
9月 徐泽醇受命搜捕捻军、幅军。
10月1日 清廷下令： 将盗伐孔林树木的百户刘永振发配新疆，遇赦不赦；曲阜衍圣公孔繁灏“交部严加议处”；并命地方官对所伐树株进行补种，严禁砍伐。
12月6日 山东盐商列出帐本，上告历任巡抚、署巡抚、盐运使、署盐运使收受程仪、 节寿银。清廷命大学士耆英、侍郎朱凤标查明上奏。翌年1月，耆英等奏：自道光二十年后历任山东盐运司出借银73930多两。清廷将前任盐运使文纶等交部议处。其中宝清等照部议革职。对收受程仪的前任巡抚经额布、麟魁、崇恩等分别降三级调用，不准抵销；王笃、梁宝常革职。其收受银两加倍罚赔或如数追还。
本年 阳信、 惠民、临清等63州县受涝灾，另有16县受旱灾，4县受雹灾。秋粮减产五成以上。
1849年(道光二十九年)
4月29日 山东沿海屡遭“洋盗抢掠” ，清廷命徐泽醇严密搜查沿海僻远山坞乡村。
5月9日徐泽醇奏请将捕获的沂州府幅军郭乔、解安儿等人，按“聚众抗官拒捕”治罪。
10月30日 徐泽醇调任四川总督，福建布政使陈庆偕任山东巡抚。
11月11日 新漕停运，清廷将兖沂及徐州一带的游民、纤夫遣回原籍。
12月 清廷命直隶、山东、河南漕河各督抚，对遣散的水手妥为资遣安插，不得酿成事端。
本年 德州、冠县、日照、沂水、利津、潍县、昌乐等州县卫的食盐销售改归官办。
1850年(道光三十年)
5月16日 御史李潍翰上奏： 山东官吏苛征钱粮日益增加，海防透漏日甚一日，河工劣员借报险情贪污漕粮。
本月 陈庆偕赴沿海一带查勘海防情况后上奏，鉴于东省洋面甚长，水师分散巡查，习成怯惰，以致船炮废弃，“劫掠横行”的状况屡次发生，决意大加整顿。拟将三汛师船及登、莱等四县水勇合而为一，专派统带、协带等官往来策应，并在要隘岛屿安设大炮予以支援。
6月 清廷同意陈庆偕调整水师部署的举措，以新旧水师三营分辖山东洋面。
8月27日 陈庆偕奏， 水师兵勇击沉“盗船”10只，擒获“洋盗”多名，并赴登州审办。清廷下令嘉奖。
12月12日 户部列具山东历任藩司借支各款，未完银894400余两。清廷命陈庆偕责成支借人员核实追还。
本年 有73州县受灾，其中旱灾42县，涝灾24县，其他灾害7县。
1851年-1861年(咸丰年间)
1851年(咸丰元年)
6月6日 清廷准陈庆偕关于修葺孔庙和书院的奏章。
8月21日 “盗船” 10余只与清兵在荣成石岛海面接战。次日，副将郑连登督兵进击失利， 官兵全部落水，被夺去新旧战船9只，关防文卷尽失。10月，清廷将郑连登革职，发往新疆效力赎罪。
本月 兖、曹、沂三府民众接连起义，清廷命陈庆偕严密搜捕起义民众。
9月7日 清廷命盛京和直隶、江南等省，与山东协同堵剿海面洋盗。并命陈庆偕派登州镇总兵陈世忠、登莱青道英桂等，调集三营水师，招募沿海水勇，分海巡击。
秋黄河在江苏丰县丰北等地决口，济宁、临清、单县等州县遭水淹。
本年 东阿邓氏“树德堂”向咸丰皇帝进贡阿胶，咸丰帝奕赐黄马褂和手折。从此，“树德堂”阿胶有“贡胶”之称。
本年 文登人吕体复在家乡设局种牛痘，为山东以西法预防天花之始。
本年 60多州县卫遭水、旱、雹、风、虫等灾，秋粮歉收。
1852年(咸丰二年)
3月8日 清廷批准安徽巡抚蒋文庆所奏，将山东省审办地方民众结捻、结幅起义抗官案件的量刑办法，作为山东、安徽两省的通例实行。该办法以起事人数多寡、情节定罪量刑。如：聚众40人以上带有军器的，首犯拟绞立决；40人以下10人以上的，首犯拟绞监候；5人以上的，首犯发配新疆，从犯发配边远地区充军。
3月26日 陈庆偕因病离任，河南巡抚李调任山东巡抚。
7月 清廷谕令山东等地渔民禁止到朝鲜海面捕鱼。
10月 兖、沂、曹等府不时有捻军、幅军活动，李派官兵四路堵击。
12月29日 捻军首领张乐行在安徽亳州率众起义。 清廷调山东兵2000名赴安徽“防剿”。30日，又调1000名赴河南“防剿”。
12月31日 江苏巡抚陆建瀛奏称，山东捻军靳豹等在邳州境内活动。清廷命李缉捕。31日，靳豹率部转入郯城县境。
本月 为镇压太平天国起义军，孔府向清廷捐助剿银3000两。
本月 济宁地震，次年4月复震。
本年 60个州县遭水旱等灾。
1853年(咸丰三年)
1月 捻军首领陈四、 陈二、耿金豹、邓七等在山东进行反清斗争，并与江苏丰县皇甫棠联合，控制水陆要道。清廷命江苏、河南、山东等省督抚严密查捕。
3月10日 为阻止太平军北上， 山东巡抚李奏准将黄河各渡口船只归并到曹县刘家口、单县董家口两处，不准别口私渡。
3月16日 清廷为镇压太平军和捻军， 先后命在京官绅梁萼涵、李璋煜、王简等回山东督办团练。礼科掌印给事中毛鸿宾也奉命回山东办团练。
3月19日 太平军攻入南京。29日，洪秀全进驻南京，正式建都，改南京为天京。冬，颁布《天朝田亩制度》。
3月30日 山东捻军活跃。 清廷命李查捕兖、沂、曹三府捻军，以防捻军与太平军结合。命内阁学士胜保帮办江北防务。
4月8日 皇甫棠聚集千人在微山湖起义。清廷命李前往镇压。
4月13-19日 为防范太平军北上，清廷先后调山西兵3000人、陕甘兵4000人到山东堵防。13日，命李将路经山东的黑龙江马队官兵酌留若干协同防守；调归化、绥远及热河兵赴山东、江苏交界地带备用。并命李迅速将已调之兵飞催驰往；19日，又派扬威将军奕经带驻密云兵丁1000名赴山东，会同李防守。
4月20日 李 奏：山东在兖州、沂州、曹州、济宁、济南、东昌、泰安、临清、登州、莱州、青州、武定等府州办团练。
4月23日 拨山东司库银50万两，备作山东省军费。
本月 蓬莱知县刘扬廷用严刑逼征钱粮，激起民愤，群众二三千人将刘包围，砸其坐轿，被登州总兵解救，民众遭镇压。
5月19日 侍郎罗衍奏：山东滕县、鱼台、嘉祥等地“民多饿殍，尸骸遍野”。
本月 菏泽、濮州、观城(今属莘县等县) 三州县起义军四出活动。邳县(今属江苏省)曹八集的张二红、侯凤等，率领1000多人进入成武县白浮图。
本月 太平天国北伐军逼近山东南部边境。李命左江道达镛扼守曹县刘家口河岸，以防太平军渡河。
6月21日 太平军逼近曹州， 李请求清廷增调直隶官兵2000名救援。北伐军因渡河受阻，遂沿黄河西进，绕道北上。
本月 各地群众抗清起义蜂起。费县仲村集、仙姑庙一带，陈更池、薛德志等数十人聚众起义。黄县东乡张九子等联合80余人与团练对抗。蓬莱县3000余人反抗知县逼征钱粮。峄县靳豹等数百人与江苏宿迁、海州等地起义者互为接应。郯城谢齐柱联合捻军，与清廷对抗。
9月13日 李病死， 署湖广总督张亮基任山东巡抚，未到任前由布政使崇恩署理。
本月 太平天国天官副丞相林凤祥、地官正丞相李开芳与吉文元等率太平天国北伐军先后攻克河北赵州、栾城、深州等地，逼近德州。署山东巡抚崇恩赶至德州堵截。
12月 山东重设宝济局，铸“咸丰重宝”、“咸丰元宝”钱币。
本年 鲁南、鲁西、鲁北民众揭竿而起。濮州周金标、吴奎，菏泽沙土集周大中、德平肖克振等分别率数百人或千余人在当地活动。邹县宋继鹏、郭凤冈、李八、李九等组织文贤教(又称习文教，白莲教支派)，借办团为名置备武器，以“天纵”为年号，在邹县东部白莲池一带丛山中秘密活动。附近群众从教入山者甚多。茌平、东阿、阳谷、曹县、郓城等县，聚众起义者接连不断，其中以聊城的陈员、程道所部为最强。金乡起义首领陶三相率众一度占领县城。
本年 癸丑科会试和殿试，录取山东进士16名，济宁人孙如仪考中状元。
1854年(咸丰四年)
3月 中下旬太平天国将领黄生才率北伐援军经皖北北上，联合捻军首领张乐行、李三闹等，进入山东南部。月底，连克金乡、巨野、郓城、寿张、张秋、阳谷、莘县、冠县等城镇。 4月初包围临清州城。布政使崇恩派济南城守营参将吉兴等率兵分路迎击，派署临清营副将庆顺等出城接应，钦差大臣胜保、绥远城将军善禄等军亦分头追击。接仗后，官军略得势。
本月 在太平天国北伐援军威势的影响下，樊考得、王三托盘嘴等率六七百人，在郓城、濮州等地活动；朝城李朝燕、李兆庚等所部500多人，假扮太平军攻入县城，杀死知县，烧毁衙署，释放囚犯。巨野、东阿、阳谷、金乡等地农民起义军与之呼应。
4月5日 张亮基奏报在临清“攻剿”太平军获胜。10日，钦差大臣胜保参张亮基“欺饰冒功”。清廷将张亮基革职，发配新疆，命布政使崇恩任山东巡抚，并调胜保所部清军赴临清共同防守。
4月12日 太平天国北伐援军攻克临清城继续北上，为清军所阻，转而南撤。23日，临清复为清军胜保部所占，北伐援军退至冠县。28日，北伐援军首领黄生才在观城下孔家集被清军俘虏，后被崇恩杀害。
5月上旬 太平天国北伐援军退入江苏丰县，又分路攻单县，遭黄良楷所部团练阻击，伤亡惨重，继又被胜保、德勒克色楞、善禄等部清军追击，在化山河岸及蟠龙集一带全军覆没，首领黄逸云、朱希琨等牺牲。
本月末 太平天国北伐军李开芳率兵南下接应援军，5月30日占领高唐，遭清军胜保部围困。
8月 清廷以胜保“师劳无功”将其革职留用，督令其继续围攻高唐。
本年 宁海州(今牟平县)乡民曲狮、赵虬等300人借办团练起义。长山县(今属邹平县)东乡群众抗粮攻入县署。平度县监生陈上锦借办团练之机聚众起义。
1855年(咸丰五年)
2月 胜保因久攻高唐不下，被逮京问罪。清廷命参赞大臣僧格林沁进军高唐。3月17日，高唐为清军所破，北伐军李开芳率余部800余人自高唐突围，进入茌平冯官屯，以水为障，与僧格林沁所部清军对峙两月有余。5月，僧格林沁掘引徒骇河水灌淹冯官屯，北伐军陷入绝境。李开芳率部突围未成，5月31日被俘。太平天国北伐军在山东转战鲁西南及鲁西北地区，历时一年多，至此失败。6月11日，李开芳等8人在北京就义。
本月 金乡起义军首领陶三相杀死济宁知州陈应元，后被捕牺牲。
7月31日 河南铜瓦厢黄河大堤决口，黄河改道向北流经大清河入海，曹州、济宁、东昌、临清等府州县皆被淹。京杭运河航运中断。此后，黄河决溢频繁。
8月22日 崇恩奏报山东洋面先后有4只洋船驶至芝罘岛海口。清廷“分饬沿海各口岸严密防范”。
10月 孙九翱上奏清廷，在平度州雕化涧、金山、三座山等处发现金矿，愿自备资金试采。崇恩以“得不偿失，请仍封禁”奏闻。
12月 王三托盘嘴等在兖、曹等处聚集饥民数千人，抗拒官府，由水路至濮州、巨野一带，与捻军相呼应，先后遭清军镇压。翌年1月，王三托盘嘴在金乡被杀害。
本年 济阳知县逮捕欠粮乡民，陈、王文训率2000余乡民进城劫狱。
本年 张乐行在雉河集会盟，订《行军条例》，组成捻军。
本年 87州县遭水、旱、虫等灾，其中64县遭受特大黄河、运河洪灾。
1856年(咸丰六年)
2月 捻军一部在宋喜元、张中元率领下，自安徽蒙城出发，分路进入山东曹县、单县等地， 是捻军进入山东作战的开始。崇恩调德州、高唐营兵650名赴金乡扼守黄河。另调兖州兵300名作河防策应。3月25日，清廷又调绥远兵1000名，吉林、黑龙江兵各500名，赴曹州堵阻捻军。
6月 濮州富春集张殿乙、段武魁等聚众400余人起义，崇恩命游击王殿元率兵镇压。
8月18日 清廷命崇恩在张秋镇东北官渡口， 齐河、东阿之大河口，平阴的滑口筑炮台设防，防堵捻军。
本月 刘朝中、李廷中率领的幅军5月失败后，又组织运河沿岸船夫聚众起义，遭江苏、山东两省清军“围剿”而失败。
11月 山东义军大小数十股，会师于梁山张飞垓、韩家海等地，重创清军。崇恩悬赏捉拿义军首领。
冬幅军首领李希孟、翟三秃等与其他幅军联合在鲁西南起义，形成一股强大的抗清力量。
本年 108县受灾。全年大旱，邹平、利津、新城(今桓台县) 、长山等58个州县受旱灾；泰安、兖州、沂州、济宁、济南、东昌受蝗灾；黄河洪水四处漫溢，惠民、阳信、沾化、滨州等32个州县受洪灾；其余18县受风、雹、虫灾。麦秋两季均近绝产。沿黄河各州、县开始筑民埝。
1857年(咸丰七年)
3月 邳州幅军首领马汶标联合潜伏幅军阎三虎等， 在兰陵镇与清军交战，夺得大批武器。4月6日，阎三虎率领所部幅军潜入邳州、滕县、兰山(今临沂市)一带，遭清军袭击，阎三虎被捕，马汶标率众进入梁丘、蒙山。
春济宁、单县、馆陶、曲阜等县严重饥荒，出现“人相食”惨状。
8月 兰山县卞庄南幅军杨芒、 张成等，滕县东乡幅军萧沅、王存等，聚众起事。10月，崇恩往沂州督军“进剿”。
12月 丁书堂、白法兴等联合菏泽、郓城、濮州义军千余人，在箕山歃血联盟，大败民团。后为沂州协副将郝上庠所败。
本年 胶县灵山卫出土子禾子釜、左关，与“陈纯釜”统称“田氏三量”。
本年 41州县受旱灾，35州县受洪涝灾，22州县受蝗灾。据清史稿载：“肥城、东平大饥，死者枕籍；鱼台、日照、临朐亦饥，人相食”。
1858年(咸丰八年)
3月24日 幅军首领李希孟、李希孔被叛徒出卖，在济南惨遭杀害。马汶标被叛徒所杀，陈玉标率部并入捻军。
4月 任乾、 张隆率领捻军由铜山进入山东。捻军陈玉标等率领所部积极响应，兖州、济宁、峄县、邹县、滕县官府震惊。
5月 刘二老渊率兰旗捻军于月底进入单县马良集， 遭曹州镇总兵多隆武、沂州协副将郝上庠阻击，捻军奔徐州，返蒙城。
6月26-27日 《中英天津条约》、《中法天津条约》签订，将登州等辟为通商口岸。
7月 幅军贾玖、于洛、邱春等率部与翟三秃会合，进入峄县、兰山等地，大败清军。打死峄县县丞姚凤长等数十人，俘兰山知县刘锦堂。8月12日，贾玖、于洛等又在车辋崮重创清军。
8月30日 清廷命太仆寺卿袁甲三督办鲁、豫、皖三省剿捻事宜。
9月 为打通进入山东的道路， 由孙葵心等率领的一支捻军从江苏大规模进入山东，相继攻占成武、单县、曹县，杀死曹县知县彭凤、典史及曹县教谕等官员。
10月 捻军一部渡运河进入峄县周家营、利国驿等地，在韩庄大败台儿庄营参将闪福及守备龚铄所部清军。
11月5日 张乐行、刘天福率捻军数万人，攻克台儿庄。次年5月16日，攻打峄县城，未克。
本月 曹县、 单县、定陶、巨野等县知县与民团季锡鲁、赵康侯等合谋，集中4县民团数万人合击驻扎在商丘的捻军李大喜、刘二老渊部。月底，捻军南走。12月14日，捻军在单县黄岗集大败民团，在巨野打死民团团总姚体休、王乃常。
12月 崇恩率兵勇亲赴郓城、巨野、济宁一带督剿捻军，而捻军照常往来于河南、山东之间。袁甲三奏准命河南、山东两省全力会剿。
1859年(咸丰九年)
5月 刘天福、 刘大老渊等率捻军大部，先后由萧、砀进攻单县、金乡，由丰县攻打峄县，后由峄而滕，大战清军徐州镇总兵傅振邦部。
7月16日 费县幅军3000余人攻克平邑集，逼近县城。德楞额带领清军骑兵阻击。
8月5日 因有外国船只不断到烟台海口停泊，清廷命崇恩对登莱一带海口严加防范，禁止外国商船到登州口岸进行贸易。
8月28日 清廷以崇恩镇压幅军不力，召其进京，直隶布政使文煜接任山东巡抚。
秋 山东火药局爆炸，周围10余里房屋震塌很多，死伤4000余人。
10月 赵浩然、李大喜等所部捻军分道进入菏泽金堤、定陶马家集，打死民团团总孔继圣。在曹县打死民团团总袁，进逼曹县城。后为郝上庠所败，退走河南兰仪。
11月9日 清廷在烟台设立税厘局，征收商船税。
本月 外国商船在烟台停泊者与日俱增，清廷再次谕示文煜，严禁中国商民与之私相贸易。
本月 清廷命山东巡抚文煜派人对平度金矿进行勘察。
12月中旬 捻军进入峄县柳泉、毛村等地，击败清军德楞额部。
本年-1861年 基督教英国浸礼会， 美国北长老会、南浸信会，苏格兰圣经会等教派传教士先后进入登州(今蓬莱)、烟台，进行传教活动。
本年 英国舰船侵入威海港湾，搜集港口资料。
本年 惠民、海丰(今无棣)、阳信、沾化等55州县受旱灾，11州县遭黄河、运河洪灾。
1860年(咸丰十年)
2月 捻军打死单县民团团总刘凝时、峄县民团团总刘永锡等。清廷命文煜整顿峄、单民团，修筑黄河北堤，阻止捻军行动。
3月 幅军万甲申、赵二麻等率数百人于兰山、费县交界处起义。在兰山新庄大败清军，击毙千总王寿春、外委段继先。兰山、蒙阴、费县同时向省城告急。
本月 外国轮船1只、甲板船3只停泊芝罘岛，探闻其有拦截漕船的企图。清廷命文煜通知有关文武官员布告沿海居民，严禁与之贸易，对进入山东各海口的漕船要妥善保护，以免被外国船只抢掠。
5月 英、法侵略军的船只由定海向北行驶，侵扰登莱一带，拦截抢掠漕船。清廷命文煜严加防范，不准接济食物。
6月8日 法国兵船由福山县开至烟台山下，数千法军登岸扎营，福山海口每日有侵略军马队3000人上岸操练。大型商船全部被掠去，当地居民、商人迁徙一空，地方官闻风逃遁。 法军连日在庙岛、长山岛修筑炮台，设置大小洋炮100余尊。清廷晓谕山东团练此时以防海为第一要事，文煜奉命赴登、莱、青一带筹办防务。
7月 幅军洪佃一所部兵马由邳州进入峄县， 文煜派兰山、费县兵勇及青州马队前往镇压。8月，车辋崮圩幅军宋斌、杨元等投降清军。周春、邵利等26人被出卖，为清军所俘。9月4日，洪佃一、车光亮等24人在邳州高板桥被俘，余部走散。
10月中旬 安徽捻军万余人进逼鱼台，并在金乡、巨野、嘉祥一带活动。26日，捻军向济宁安居、长沟进攻，打死守备马万春。30日，攻克宁阳城。31日，经大汶口进逼兖州，取曲阜未成。另一路捻军由汶上走东平戴庙、梁山，与驻郓城、巨野捻军会合，在巨野打死团总季锡鲁和知县赵允安，攻克县城。捻军此次入鲁，转战26州县，历时两月。11月底，清廷命钦差大臣僧格林沁、大学士瑞麟带兵赴山东进剿北路捻军。
10月24-25日 中英、中法续订条约，规定待清廷付清800万两赔款后，英法联军方从登州等地撤兵。12月，清廷以“英法各国和约业已通行各省”，命文煜前往登州筹办对外通商事宜。
本月 邹县白莲池文贤教因秘密活动泄露，遂在宋继鹏领导下举行起义，进攻邹县城。1861年9月，出白莲池，到泗水茅山一带活动。10月，在泗水黄岭一带大败民团。
12月26日 捻军首领刘玉渊集合五旗捻军4万余人，由丰县进入鱼台、金乡，是日在羊山大败清军，打死僧格林沁骑兵数百人。
本年 修省城土圩，周40里。1865年改建石圩，周长3670丈，设炮台14座。
1861年(咸丰十一年)
1月 僧格林沁为阻挡捻军， 巡视黄河旧堤，布置挖壕筑垒，防线自河南考城至鱼台南阳湖，长达230余公里。令沿河堤的曹县、单县、菏泽、成武4县民团分段防守。
2月26日 文煜调任直隶总督。代理陕西巡抚谭廷襄任山东巡抚。
3月11日 捻军赵浩然部进入山东境内， 自东平之戴庙、安山渡过黄河。随后，进入寿张、东平，打死东平州判吴琦。17日，捻军在汶上北面的杨柳集伏击清军，副都统伊兴额和徐州镇总兵滕家胜等毙命。
本月 白莲教在抗粮斗争的基础上，以东昌府所属之丘县(今属河北省)、冠县、堂邑(今属聊城市、冠县)、莘县为中心，发动了规模巨大的农民起义，以白、黄、绿、红、蓝、黑、花旗为帜，组成起义军。21日，黄旗孙全仁等首举义旗，攻入丘县城，揭开了起义序幕；28日，蓝旗左临明、绿旗杨泰率部攻占冠县；4月1日，黑旗宋景诗率部直逼东昌；4月8日，花旗杨朋龄(岭)率部攻入馆陶。不到两个月，起义军发展到5000余人。5月，各路义军会攻东昌府城，一度突入双关庙，后因清援军至，起义军撤退。
本月 捻军由金岭镇淄河店逼近青州，昌乐、临朐震动。后攻打潍县，打死在籍知府陈介眉等地方官吏数人，毙伤团丁数百人。后进据安丘城，打死知县陈用衡。
春菏泽、濮州、范县等地的长枪会，在郭秉钧、王来凤、刘占考、倪广和等领导下起义，攻占范县，很快发展到鲁西南广大地区。
4月29日 鲁西北农民在丘莘教(因起于丘县及莘县得名，属白莲教) 领导下劫牢反狱举行起义。尔后，接连攻克丘县、冠县、馆陶、堂邑、朝城、观城等县。范县长枪会王来凤以办团为名起而响应，与近。谭廷襄派游击玉秀带领清军去寿张镇压，被丘莘教军击溃。继而由长枪会倪广和、高丕根等联合鲁西南十数县起义农民五六万人向民团进攻，打死团总、守备以及团丁1000余人，连克郓城、巨野等县数百村庄。清廷命钦差大臣胜保由直隶向山东进兵。谭廷襄带领山东清军配合西凌阿骑兵，进攻丘莘教军。僧格林沁移营曹州进攻长枪会。
5月 费县耿家寨进士刘淑愈参加幅军。6月，僧格林沁派德楞额“进剿”幅军。费县知县王成谦攻破耿家寨，刘淑愈等弃圩出走，投岐山区幅军孙化祥部。
本月 因登州口岸滩薄水浅，清廷批准将通商口岸由登州移至烟台。
6月 胜保带领清军进攻馆陶丘莘教军， 教军败走。后胜保攻占冠县，丘莘教军撤回莘县。 7月12日，胜保率清兵由冠县进入莘县马桥，分路包围丘莘教军，攻占莘县。 丘莘教首领杨泰在战斗中牺牲。8月，张善继及其弟张善正在直隶沙河被胜保捕杀。但丘莘教余部在杨朋龄、张玉怀、郜老文等领导下，仍在莘县一带坚持斗争。
7月16日 白莲教黑旗军首领宋景诗鉴于清军重兵压境，起义军屡战失利，率部暂降胜保，被编为靖东、诚顺等营，自此，各色旗帜的义军均改为黑旗。清廷恐宋景诗留在鲁西东山再起，决计让其随胜保一起赴皖与太平军作战。12月，宋景诗所部骑兵、步兵近2000人从陕西、山西分两路渡黄河抵山东临清。次年5月11日突袭柳林、范寨，击败当地民团柳林团，击杀团首杨鸣谦。1863年6、7月间，清廷派直隶提督恒龄、山东按察使丁宝桢，分三路合击宋军于甘官屯一带，均被宋军击败。9月，清廷复派钦差大臣僧格林沁回军东昌，会同丁宝桢镇压黑旗军，经反复厮杀，宋军终归失败。义军及其家属2000余人被杀于临清。宋景诗的母亲、妻子亦惨遭杀害。宋景诗南奔开州加入捻军。1871年4月，在亳州界沟集被安徽巡抚英翰俘杀。
8月22日 直隶候补知府王启曾主持烟台正式对外开放仪式，宣布筹设东海关监督衙门。
9月 捻军张敏行、赵浩然部由东平渡运河，深入沂蒙山区。刘天福自郯城、峄县北走与张敏行合军进逼济南。僧格林沁由济宁赶赴阻截，激战数日，捻军分路东走。赵浩然所部经博山、益都、沂水、邳县返皖北；原在胶东地区活动的李诚联合张敏行所部捻军与英法侵略军战于烟台。美国教士华慕滋到捻军驻地阻止捻军前进，被捻军杀死。10月8日，盘踞烟台的法国水师提督卜罗德率军截击，捻军出山东进入江苏。
本月 长枪会王来凤明降胜保，暗中联合捻军抢渡黄河，打死范县守城团总丁双建，攻占范县。捻军随同渡河者达1万余人，在濮州、范县、观城、朝城一带与清军作战。
11月 刘天祥率领捻军1万多人， 由砀山进入单县、金乡、成武等地。僧格林沁派富和、常山保骑兵增援该地民团。
本月 谭廷襄命乌尔贡扎布回军东昌，与郝上庠军合攻丘莘教，在堂邑城北丁家庙被绿旗、蓝旗教军四面包围，郝上庠和莱州营守备、抚标营千总被打死，乌尔贡扎布逃回东昌府。14日，胜保至八里庄、兴旺集督战，丘莘教军损伤过半，余部走范县。12月4日， 清军步骑两路进攻驻延家营的丘莘教军，教军死伤惨重，首领延轮秀等被捕牺牲，张玉怀等向胜保投降，唯郜老文率部出走未降。丘莘教起义失败。
本年 因黄河南徙，河南山东河道总督专办河南工程并兼管黄河以南运河，设运河道，驻济宁。黄河以北运河归山东巡抚兼管。黄河下游修守工程，责成直隶总督、山东巡抚兼管。
本年 乐陵大旱歉收，官府横征暴敛，东乡郑庙村郑发动抗漕斗争，率百余村民众数千人持竹枪、刀斧进进城，迫使知县任天洪答应免粮、减税，并布告全县。后郑遇害。
本年 英国、法国相继在烟台设领事馆。
1862年-1874年(同治年间)
1862年(同治元年)
1月 清廷命僧格林沁专办山东军务，与胜保共同“剿办”曹州及水套起义军。
2月14日 设立东海关监督衙门，登莱青兵备道道台崇芳兼任第一任东海关监督。3月，东海关监督衙门正式办公。
本月 长枪会焦桂昌等率千余人加入捻军。僧格林沁由单县移军刘口防守，并与巨野地方官兵一起“围剿”长枪会，常连佩、刘永潮等27人被捕牺牲。
本月 清廷命副都统遮克敦布等人会办直隶、山东防务。
5月 长枪会董执信、李标等联合捻军，由曹县、考城过黄河，分别驻扎曹县魏湾、韩集，另一路奔兰山、郯城、滕县、峄县。谭廷襄急奏清廷调遮克敦布、西凌阿等支援， 同时要求命僧格林沁由河南回军山东。6月，长枪会董执信、李标等败于僧格林沁，先后投降，焦桂昌全家被杀。
7月14日 东海关建立。关址在烟台，直属东海关监督衙门。7月24日，正式对外办公。
9月11日 僧格林沁督率骑兵到金乡北纸房阻击南来捻军。
10月 淄川刘德培聚众起义，占据淄川县城，自称“大汉德主”，废除同治年号，使用干支纪年。谭廷襄派济南知府吴载勋“剿办”，吴畏惧不前，被革职留任。11月，另派道员陈显彝、范正坦等前往“围剿”。12月，刘德培起义军与围城清军激战，清军攻城不下。
12月12日 谭廷襄调任河南山东河道总督，阎敬铭署山东巡抚。1863年12月27日，清廷实授阎敬铭为山东巡抚。
本月 习文教联合幅军、长枪会在邹县白莲池大败清军。谭廷襄请求清廷派漕运总督吴棠增援。吴棠派总兵陈国瑞带领2000人到山东镇压，为习文教所败。次年5月，陈国瑞率清军攻陷幅军驻地云谷山。幅军首领刘双印率部千余人，会合各地零星幅军，退往邹县， 加入习文教军。1863年9月，白莲池被僧格林沁所部清军攻陷，教民万余人被杀，习文教首领宋继鹏牺牲，习文教起义军失败。
本年 章丘县旧军镇孟家在济南建瑞蚨祥绸布店。
本年 41州县受水旱灾害。
本年 美国传教士梅里士将大花生带到蓬莱，交教徒试种，后逐渐推广 (一说在1874年)。
1863年(同治二年)
2月4日 潘 接替崇芳职务，任东海关监督。
本月 陈国瑞联合德楞额、倭和等部清军，进攻苏鲁交界处幅军之长城圩，幅军刘兆清、捻军李成、长枪会张守义所部联合抗击。由于李成率捻军北撤，长城圩失守，幅军刘兆清以下千余人被杀。
3月23日 英国人汉南首任东海关税务司，并开始筹建东海关税务司署，从此东海关有洋关和常关之分 (洋关指雅片战争后通商口岸新设立的海关，亦称新关；常关系指清朝原有海关，亦称旧关)。
本月 原降清的丘莘教数千人再次起义，遍布于馆陶、莘县、朝城一带，进逼范县、 观城、寿张、濮州。谭廷襄率军镇压。4月，清廷调直隶、山东大批兵力追剿，丘莘教军张锡珠被直隶清军杀害，张玉怀合其余部渡卫河西走，杨朋山被叛徒董道平诱捕杀害。 5月，丘莘教首领杨朋龄投降清军，张玉怀被捕，后被杀害。再起的丘莘教起义又遭失败。
4月 清军进攻岐山区幅军。16日岐山失守，幅军约3000人被杀，余部500人出降，亦被清军全部屠杀。
本月 捻军逼近曲阜，谭廷襄调兖州知府孙家悫、守备郭大胜阻击。李成在泗水为军中奸细郜向魁所害，余部赴淄川支援刘德培。
本月 东海关税务司署(洋关)正式办公，关址在烟台滋大路。
5月 乐安知县严陈尧借征军费勒索百姓。张郭村武举李金鳌多次为民请命，均遭拒绝，遂秘密与淄川刘德培联系，组织五六百人冲进县衙，大闹公堂。清廷派兵镇压，李金鳌被叛徒出卖被捕，在青州遇害。
本月 僧格林沁在安徽杀害捻军领袖张乐行及其子张喜之后，北至淄川，命淄川知县张锡纶派民夫深挖濠沟，加筑高台，增设大炮，日夜向城内刘德培部轰击。
本月 署山东巡抚阎敬铭会同僧格林沁督师进攻淄川刘德培起义军。 6月，新任按察使丁宝桢率军协剿， 由于起义军联合民众坚守城池，久攻不下。至8月，刘德培起义军在粮食、火药殆尽的情况下弃城突围，所部200多人在益都太白山被清军包围杀害，刘德培在血战中拔剑自刎，起义失败。
9月12日 清廷据僧格林沁所奏， 对邹县农民军的地亩列入“逆产”，一律收归“官田”。后阎敬铭奏报：邹县白莲池“逆产”153顷70余亩，堂邑甘官屯、刘贯庄附近“逆产” 26顷80余亩，堂邑、莘、冠、馆、朝各县“逆产”62顷10亩，房屋995间，观城县“逆产”10亩，临清州“逆产”3顷9亩，均被入官。
本月 长枪会首领刘前等在宿州石弓山被僧格林沁军杀害。
本年 41州县遭水、旱、虫、雹、风灾。
1864年(同治三年)
2月 清廷命山东巡抚阎敬铭派人率东昌、台儿庄驻军两营赴山西镇压农民起义。
12月 清廷准阎敬铭奏：自道光二十七年(1847年)至咸丰五年(1855年)，除捐款、摊款不计外，益都等县知县欠交正粮、仓款银达60余万两，知县等51名官员被革职，任所资财和原籍家产查抄备抵，病故者由其子孙完缴。
本年 北美长老会传教士狄考文在登州创办蒙养学堂，1871年增加中学班，并设高等科。1876年定名为登州文会馆。1882年提高到大学程度，为国内最早的教会大学。
本年 36州县遭水、旱、虫等灾。
1865年(同治四年)
2月 清廷命刘长佑、 阎敬铭严守直、鲁两省交界及曹、单一带，阻挡宋景诗部渡黄河北上。
4月 赖文光、张宗禹所部捻军自考城进入山东，转战曹、菏、成、定、郓、巨、金、济等州县。清廷命僧格林沁由河南回山东，会合山东防兵进行截击。阎敬铭、丁宝桢派曹州镇总兵保德、护兖州镇总兵范正坦部与僧军会合“追剿”捻军。捻军在宁阳大败范正坦部。
5月中旬 赖文光、 张宗禹、任化邦率领捻军两万多人由郯城转战滕县、峄县、临城，大败清军，击毙都司杨西林、守备郭龄鳌等。5月18日，捻军乘胜转战鲁西南，在菏泽高楼寨全歼僧格林沁军1.1万余人， 僧格林沁及内阁学士全顺、总兵何建鳌、额尔经厄均被击毙。 清廷惊恐。5月23日，清廷继命大学士、两江总督曾国藩为钦差大臣，督办山东、河南军务，率湘、淮军镇压山东捻军。阎敬铭因救援不力被革职留任。布政使丁宝桢被降为四品留任。
6月 清廷陆续派总兵刘棋、 春霖等带领天津绿营兵驻齐河、茌平，与山东地方军联合“围剿”捻军。派三口通商大臣崇厚驻东昌。崇厚调洋枪队驻阿城。命英国天津税务司贝格为教官。直隶提督刘铭传率淮军至济宁。并命李鸿章增派洋枪洋炮赴直隶、山东一带“防剿”捻军。
7月 曾国藩为防捻军北上，命淮军潘鼎新部驻济宁，刘铭传部驻徐州。阎敬铭派总兵杨飞熊带领5个营守定陶冉集，王心安带领8个营守菏泽皇镇集，与济宁淮军互为犄角。
本年 济南成立“全胜班”，班主为河北人刘和坤。此系济南最早的京剧科班。
本年 东平、长清、历城、濮州等25州县受黄河、运河洪灾，莱阳、黄县、即墨、诸城等16州县受涝灾，8县受旱灾。
1866年(同治五年)
1月 阎敬铭为对付捻军骑兵， 奏准清廷组编骑兵队，由杨飞熊和王心安统带。同时筹购洋枪洋炮，更新装备。
4月 张宗禹率捻军1万多人由河南考城进入曹县、定陶、菏泽、郓城、巨野等县境内，在巨野、安兴寨、沙土集大败清军。赖文光、牛老洪率领捻军自湖北经河南进入山东相会合， 与清军战于黄河、运河两岸。6月，曾国藩、刘长佑、阎敬铭于运河东岸派兵设防，分段扼守黄河，防堵捻军。
10月5-8日 捻军从郓城东北逼近运河，与清军激战四昼夜后，沿老黄河南走，进入河南。其时牛老洪已死，其子牛喜带领所部捻军与任柱(任化邦)、赖文光合为东捻。张宗禹率领所部捻军由扶沟、许昌奔湖北、陕西为西捻。
11月 扬州人张积中定居于黄崖山(位于长清、肥城之间)聚徒讲学，被阎敬铭以“聚众起事，暗通捻军”为名派兵镇压，1000余人被杀，张积中一家举火自焚，坠岩落沟者无算，史称“黄崖山事件”。
12月7日 清廷授李鸿章为钦差大臣，节制湘淮各军，专办“剿捻”事宜。
12月9日 阎敬铭因病离任，丁宝桢署山东巡抚，1867年3月，阎免职，丁宝桢任山东巡抚。
本年 英国圣道公会传入山东，先在乐陵县朱家寨传教，后发展到惠民、阳信、无棣、沾化、商河、德平(今属乐陵、临邑等县)。
本年 65州县受旱、涝等灾害。
1867年(同治六年)
3月 原长枪会首领王来凤及其弟王来湖被清军杀害于石家庄。
6月上旬 赖文光、任柱所部东捻军由河南进入山东，在郓城、梁山会合水套地区的农民武装。13日，从沈口、戴庙过河，突破清军运河长墙，杀东阿知县周毓南，进屯东平， 攻打泰安，“图扑省城”，济南戒严。此后捻军奔驰东进。6月30日，东捻军逼近烟台，登莱青道潘尉勾结英法侵略军防堵。崇厚由天津派洋枪队前往烟台支援。捻军遇阻，转向即墨一带。丁宝桢自平度移军胶州，沿胶莱河分段筑墙，派兵把守。
8月19日 赖文光、 任柱率领东捻军自海神庙突围，越过河墙，突破胶莱防线，西走潍县。8月26日，捻军围攻莒州。清廷下令，因阻防不力，丁宝桢革职留任，曾国荃革职。9月11日，清廷派钦差大臣李鸿章抵沂州督攻捻军。
11月19日 东捻军在赣榆与清军作战失利，任柱被叛徒暗杀。余部由赖文光带领复奔山东。12月，东捻军在北洋河、弥河间陷入重围，受到刘铭传等部清军围击，突围中2万余人牺牲， 近万人被俘，首领范汝曾、徐昌先、任定、任三厌战死，赖文光和李允等南去，经昌乐去诸城，强渡六溏河入江苏。1868年1月5日，赖文光在江苏扬州瓦窑铺被俘，10日就义。东捻军失败。
本年 英国福开森公司与烟台直接贸易，烟台进口英货主要有布匹、煤、铁等，此系英国与烟台直接贸易之始。
本年 烟台美国商人山福尔(化名德爱礼) 、花马太招募100多人，私自开采平度州东涧金矿，被清廷禁止。
本年 58州县受旱、涝、洪等灾。
1868年(同治七年)
1月 张宗禹率西捻军回援东捻军，向京畿地区进军。丁宝桢率清军北上阻挡。
4月22日 西捻军进入山东，清廷命李鸿章统一指挥山东各路清军阻挡。
5月上旬 西捻军进攻天津失利， 返回山东武定府。21日，李鸿章、左宗棠在德州密谋进攻西捻军。
本月 李鸿章、丁宝桢等会筹直隶、山东运河防务，两面修筑河墙，“围剿”捻军。
7月 张宗禹所部西捻军在临清遭潘鼎新部清军袭击， 被迫东走。月底，在蒲台(今属博兴等县)、利津之间抢渡黄河失败，张宗禹负伤。
8月14日 淮军刘铭传、郭松林等分路围攻西捻军于茌平县南镇(今属高唐县) 一带。捻军被困于徒骇河、黄河、运河之间狭窄地带陷入绝境。16日，南镇一战，西捻全军覆没，张宗禹率18骑冲出重围。一说张宗禹“穿秫凫水，不知所终”，一说“投河死难”。历时16年的捻军反清斗争失败。
9月 李鸿章奏请拨款修葺曲阜孔庙， 清廷准奏，所需经费由两江、湖广总督各拨银2万两，山东筹集2万两。
本年 英国驻烟台领事阿查理勾结美、法、意等国领事和商人潜往平度、宁海、栖霞等地寻挖金矿，地方政府劝阻无效，清廷调兵巡防，方见收敛。
本年 菏泽、郓城、长清、平阴等33个州县受黄河、运河洪灾，另有12个州县受涝灾，8个县受旱灾。
1869年(同治八年)
5月 德国地质学家李希霍芬来山东，探查博山、潍县、章丘、新泰、沂州(临沂)等地地矿。德国侵占胶州湾，掠夺山东路矿权利曾利用其调查资料。
9月16日慈禧太后宠信的太监安得海到苏州“采办龙袍” 路经山东，谎称钦差招摇。丁宝桢直奏同治帝将其在泰安拿获，押至济南处决。
12月11日 丁宝桢下令将茌平县原丘莘教军首领孙上汶抓获杀害。
1870年(同治九年)
6月20日 英国人马克德珂闯进博山县署， 对县令王维鹤称：“已于夏家庄杭子岭一带，购得土地，开采煤井”，要在该地悬挂英国国旗，遭拒绝。
本年 济南建立近代营业性戏院“大舞台”，地址在汇波寺阁子。1920年停业。
本年 72州县遭水、旱等灾。
1871年(同治十年)
1-2月 清廷拨司库银6万两作为运河工需。
3月 原捻军首领燕化堂在山东、河南交界处聚众起事。
9月 丁宝桢奏请清廷整顿山东水师， 派人到广州制造战船，并随船配置炮位军械；裁减水师兵丁，酌留守兵，仍由文登协副将带领；改文登协副将为登州荣成水师营副将；不准水师官兵离船上陆居住。
秋郓城侯家林黄河决口，河水由沮河漫入南旺湖，又由汶上、嘉祥、济宁之赵王河、牛头河直入南阳湖。次年1月，清廷筹银30万两，交漕运总督会同地方官员购买器材运往工地。次年3月，侯家林堵口工程合龙。
本年 美国传教士倪维思由美国带来苹果、梨、葡萄、樱桃等树苗，在烟台建果园40亩。
本年 61州县受灾，其中39个州县受黄、运洪灾，10个县受涝灾，余受旱、虫等灾。
1872年(同治十一年)
4月26日 河督乔松年上奏筹办银两， 修筑山东运河、河厅属堤埝。清廷命丁宝桢饬山东藩司拨银5万两交运河道作为工程经费。
5月17日 山东巡抚丁宝桢奏请调拨福建省大号轮船来烟台担负海上巡缉， 将山东所收鸦片厘金作为轮船经费，此议获准。
9月 抗击僧格林沁的捻军首领张凌云被杀害。
本年 德商在烟台办蛋粉厂，当年出口蛋粉46.76担。
1873年(同治十二年)
1月 德平县李家楼绅民张贴反洋教揭帖，英使威妥玛照会总理衙门要求禁止。
8月 东明石庄户黄河决口。1874年底，清廷饬户部拨银150万两，在菏泽贾庄建坝堵复。1875年4月堵合。
11月26日 丁宝桢请假，清廷命漕运总督文彬暂代山东巡抚。
本年 据户部则例载：山东耕地面积为984728顷(包括民田及部分官田)。
本年 46州县遭受水、旱等灾害。
1874年(同治十三年)
本年 英国圣公会在山东的传教点发展到文登、福山、泰安、肥城、莱芜、聊城、东阿、平阴、滋阳(今兖州市)、曲阜等州县。美以美会也传入山东，在泰安、肥城、济宁、曲阜等13州县设立传教点。
本年 山东草帽辫已闻名中外，主要产于诸城、观城、聊城、莱州等地。
本年 烟台口岸进口鸦片达4476担。
1875年-1895年(光绪年间)
1875年(光绪元年)
5月 丁宝桢上奏， 为加强山东海防，拟派总兵陈择辅往广东雇用制造军火的工匠，并派人出国购买机器设备，兼雇外国技术人员。清廷命李鸿章与丁宝桢具体商办，并由李鸿章从直隶选派熟悉洋务的人员，随陈择辅前往。
11月8日 清廷准丁宝桢所奏，于烟台、威海卫、登州府筑炮台。
本月 清廷准在济南泺口以东兴建山东机器局，制造枪炮、弹药。1876年11月建成投产，1912年改名兵工厂。此系山东创办最早的近代机器工业。
本年 78州县遭受水、旱、风、沙灾害，其中38县受旱灾，15县遭黄河、运河洪灾。
1876年(光绪二年)
3月9日 山东官府在烟台筹办海防，令沿海居民植树。
6月5日 因山东大旱，清廷准丁宝桢所奏，山东商贩赴奉天、江南等省贩运米麦杂粮，“沿途关卡应完厘税，均著暂予停免”。
6月30日 丁宝桢上奏：山东省被参革职人员恋踞省城，造言生事，请饬令回籍。清廷准奏，饬令各省督抚查办此类事件。
7月 海州西乡赵庆安到郯城奶奶庙密谋起事，被镇压。成武良王庙3000人起事，在金乡、鱼台一带活动。
9月13日 马嘉理事件后，在英、美、法等国的胁迫下，清廷派北洋大臣李鸿章与英国公使威妥玛在烟台签订《芝罘条约》(又称《烟台条约》)。《条约》规定，增开宜昌、芜湖、温州、北海为通商口岸；在通商口岸界内，外国进口货免征厘金；内陆及通商口岸有关英国人的案件，由英国派员“观审”；英国得派员调查滇缅边境外贸情况等。
10月27日 丁宝桢调任四川总督。布政使李元华署山东巡抚，云南巡抚文格调任山东巡抚(未到任)。1877年7月，署理山东巡抚李元华卸职，文格到任。
本年 美国长老会传教士郭显德在烟台创办“博物院福音堂”，通称“烟台博物院”。此系山东第一个博物馆，也是中国早期博物馆之一。
本年 丙子恩科会试和殿试录取山东进士21名，潍县人曹鸿勋考中状元。
本年 莱阳、潍县、惠民、聊城、菏泽、泰安、莒州(今莒县)等97州县遭特大旱灾。 6月，沿湖河地区发生蝗灾。粮价猛增，发生严重饥荒。加上其他灭害，年内有100多个州县受灾。
1877年(光绪三年)
3-7月 山东挑挖北运河竣工。
本年 德国哈根洋行在烟台创办缫丝局，初有织机200台。1882年改为中德合办。因经营亏损，1886年由盛宣怀以银2万两收买。1892年开始用蒸汽机生产。
本年 美国公理会由天津派传教士山嘉利、明恩溥、博恒理、谢卫楼等人相继来山东，假“救灾”之名发展教徒。英国传教士李提摩太也趁机将浸礼会势力扩展到山东中部的益都、邹平、长山、临淄、博山、博兴、蒲台、寿光、昌乐一带。
本年 全省大旱，鲁北、鲁中、鲁南一带麦秋两季均近绝产，滨州、德州、聊城、阳谷、郓城、曲阜、蒙阴等63州县受旱灾。加上其他灾害，受灾州县达75个。饥饿而死者甚多。
1878年(光绪四年)
3月23日 清廷在东海关设书信馆， 收寄公众信函。此系山东第一个国办邮政机构。8月9日，开始出售中国发行的第一套5分银大龙邮票。1880年1月11日，改称拨思达局(海关邮政局)。
7月 东海关税务司署在烟台开设华洋书信馆分馆。1879年11月关闭。
8月 山东等省设黔捐分局，救助贵州灾荒。
12月 陵县马希固等20余人无力交粮，以“抗粮”罪名被官府杀害。
本年 美国北长老会在济南东关建华美医院(初为门诊，1890年建成医院)。
本年 直隶总督兼北洋大臣李鸿章上奏清廷，委派米协麟和戴华藻等招集商股银2万两 (一说为5万元) ，筹办官督商办性质的山东峄县中兴矿局。1880年正式创立。1882年1月出煤。 至9月，日产煤120吨。 因资金不足，经营不善，地方势力反对，1896年被山东巡抚李秉衡封禁。
1879年(光绪五年)
2月17日 清廷命山东将上年征集的库仓漕米8万余石、豆子2700余石尽数拨解山西济赈。
4月30日 山东巡抚文格、布政使余思枢因收受下级节、寿礼物，被降三级调用。直隶布政使周恒祺调任山东巡抚。
本年 梵蒂冈教廷任命意大利籍天主教传教士顾立爵为山东教区主教。
本年 栖霞人郝懿行所著《记海错》刊行。该书撰于嘉庆十三年(1808年)，系最早记述山东登莱二府近海水产资源的专著。
本年 英国传教士怀恩光在青州布道堂创办博物堂。1904年博物堂的设备、藏品运往济南广智院。
本年 83州县遭水、旱、风、虫灾害，其中67县遭受涝灾及黄河、运河洪灾。
1880年(光绪六年)
10月 清廷命浙江提督吴长庆带兵赴山东，协助周恒祺办理山东海防防务。
本月 长枪会在菏泽、濮州、郓城、巨野等地频繁活动。
本年 东海关税务司署在芝罘、成山卫猴矶岛设立海关测候所，开始用近代科学仪器进行气象观测。
1881年(光绪七年)
2月 山东疏通运河，改运河口于陶城埠，并开挖新河以达阿城闸。
5月5日 清廷命烟台防务归北洋大臣节制。
6月11日 周恒祺调任漕运总督，直隶布政使任道调任山东巡抚。
7月13日 美国传教士在济南强买民房，拆毁房屋，改建教堂，激起民众义愤，引发民教纠纷，中美之间交涉数年，史称“济南教案”。
12月 津沪电报线路建成，设电报总局于天津，山东济宁设分局。
本年 英国浸礼会教士怀恩光在青州创办中等学校，培养小学教员与传道员。1887年增设师范科。1902年得英人爱德华·罗伯森及其妻郭氏捐款建造校舍，定名为郭罗培真书院，亦称神道学堂。
本年 78州县及德州、临清、济宁、东昌四卫，并东平所、永阜、永利二场遭受水、旱、虫、碱、沙等灾害。
1882年(光绪八年)
9月 黄河在历城桃园决口， 河水由济阳入徒骇河，经商河、惠民、滨州、沾化入海。徒骇河北岸洪水漫溢，侵及阳信、海丰等县，利津沿河村庄皆被水淹，死者难以统计。任道奏准由地方筹措工款，组织人力堵筑河堤，疏通马颊、徒骇、钩盘等河，用以分疏黄河水。12月底，堵筑决口工程合龙。
本年 山东手工制铁作坊和工场逐渐发展， 仅烟台一地从业人数即达500人。博山“采石黑山，铸而为铁”，已具相当规模。
本年 烟台与朝鲜建立贸易关系。开始有定期班轮来往。
本年 罗马教廷将山东曹州府、兖州府、沂州府和济宁州划为德国天主教圣言会的传教区。年内，德国传教士安治泰在阳谷县坡里村传教，此为德国圣言会正式在山东传教之始。
1883年(光绪九年)
1月17日 任道 调任浙江巡抚，浙江巡抚陈士杰调任山东巡抚。
4月27日 徒骇河、马颊河疏挖工程动工。
5月 德国传教士安治泰由汶上县教堂到菏泽县传教，引起群众反对，遭到殴打并被赶出县城。菏泽县知县护其进衙内调养，并派人送回汶上。
6-7月 黄河水涨溢，历城、齐东(今属邹平、博兴等县) 、济阳、惠民等县皆被淹。清廷命截留漕粮5万石、山东解京饷银16万两救济灾民。9月，陈士杰与游百川筹议分减黄流，修治黄河与赈济灾民事宜。
本年 美国北长老会在潍县建立乐道院医院。
本年 前济东道员李宗岱等成立山东平度招远金矿局。探栖霞金矿未成。1885年又在平度用外国矿师开采金矿，因亏损倒闭。1887年在招远用手工开采，又因产量少而停工。1890年在宁海州(今牟平县)勘探亦遭失败。1896年拟再开采，被山东巡抚奏准封禁。
本年 全省黄河决口50余处，43县被淹，“淹死人口不可胜计”，灾民百十成群流落北京等地。18县受涝灾。
1884年(光绪十年)
7月 中法战争爆发后，清廷命加强山东沿海海防。陈士杰赴烟台、黄县督办招募兵勇事宜。
8月1日 御史吴寿龄奏，齐河县黄河堤决口，60多村庄被淹，直至青城 (今高青县)县境，死伤千余人。利津亦有决口，侵及武定城外。
11月16日 张人骏等参奏：山东巡抚陈士杰督修运河草率从事，土方地价多克扣勒索。
本月 清廷命截留山东本年新征漕粮10万石，以备冬季赈济齐河、齐东、历城等处受水害的灾民。
本年 英国浸礼会教士库寿宁在青州办中学，招收学生16名。1886年扩建，定名为广德书院。次年，设大学班。
本年 德国天主教神甫福若瑟在济宁城开办若瑟医院，在城北岱庄开办天主教堂医院。
本年 77州县遭受水、旱、雹、风、虫等灾。
1885年(光绪十一年)
4月29日 陈士杰因连年水灾， 河防工程险象迭生，托病辞职。清廷不准，命赏假一月，继续督办各堵口工程。
7月 下旬直、 鲁、豫三省沿边地区灾民连续发生小规模反清斗争，清廷命广西巡抚张曜率兵前往直、鲁交界处驻扎“弹压”。
12月16日 曲阜衍圣公府发生火灾，内宅前区建筑被焚毁。次年募款重修，1898年10月重修完毕。
本年 自济宁经济南、青州、莱州、登州至芝罘的电报线架设完工。继而建立由芝罘经上海与国外连接的电报线路。次年又从济宁南延，与河南省开封相接。
本年 黄河在历城、长清、齐河、济阳、章丘、邹平、高青、利津等县决口20余处，全省有35州县受洪灾。清廷发内帑银5万两，拨京饷银5万两，又由北海工程项下拨银5万两赈济。 山东巡抚陈士杰降三级留任。次年初，以骚沟决口合龙，撤销对陈士杰处分。
本年 张曜到威海卫考察后，奏准在刘公岛设北洋海军提督署。
1886年(光绪十二年)
4月 黄河在东阿、 历城、济阳、齐河、章丘、惠民等县决口10多处，清廷命截留漕粟米赈济。5月1日，将陈士杰革职留任。
5月 齐东、青城、滨县、蒲台、利津5州县发生水灾。
5月21日 总理海军衙门事务大臣奕等到威海巡察北洋水陆操防。
6月2日 陈士杰免职，广西巡抚张曜任山东巡抚。
本月 出使法、俄、奥大臣许景澄得知西方列强垂涎胶澳阴谋，上疏清廷建议开辟胶澳为军港，以杜外患而固国防。清廷命海军衙门核议。李鸿章派水师统领丁汝昌等到当地勘察，计划设防，但因挪用海军经费修筑颐和园，设防计划未能实现。
本年 李鸿章奏请清廷在威海卫沿岸及岛屿修筑炮台。1887年北洋海军威海基地动工修建，至1890年建成炮台13座。
本年 军机大臣兼总理各国事务大臣孙毓汶(济宁人)，将济宁玉堂酱园的精制酱菜进贡慈禧太后，慈禧赞誉“味压江南”。
本年 47州县遭受水、旱、雹、风、虫等灾害。
1887年(光绪十三年)
2-8月 黄河在开州(今濮阳) 、东明、寿张、东阿、历城、齐河、济阳、惠民等县决口10余处。淹及鄄城、禹城等8县。
4月 平度金矿投资40万两白银，添设采矿机器，开始用机械开采。
本月 山东巡抚张曜奏请清廷，准在烟台设宝东局开炉铸钱。后因故未施行。
9月 河南郑州黄河决口，山东河道断流。11月，张曜奏请清廷拨银187万两挑挖因断流而造成淤垫的黄河河道。清廷准从治理郑州黄河河工捐款内先拨60万两应用。
本年 山东电话线从莱州延长到胶州，计160里。
本年 美国传教士梅里士在蓬莱县创办聋哑学校“启学馆”，此系中国最早的聋哑学校。1898年迁往烟台。
本年 堂邑县柳林镇(今属冠县)武训倾行乞、劳动所积，在柳林镇创办第一处义学“崇贤义塾”，次年初义塾开课招生，分经蒙两科，学生50余人。1890年，捐其乞募得来的300吊钱， 协助僧人了证建成馆陶“杨二庄义塾”。1896年，武训创建第三处义学临清“御史巷义塾”。1896年4月，武训卒于临清义塾。武训以终生创办义学，被誉为“千古奇丐”。
1888年(光绪十四年)
6月9日 慈禧太后命山东巡抚张曜帮办海军事务。
6月13日 渤海湾发生7.5级地震， 震中在北纬38.5°，东经119.0°，山东海丰等8个县受到不同程度的破坏，福山、蓬莱、烟台等36县有震感。
12月17日 北洋海军正式成立，在威海刘公岛设立提督府，丁汝昌为北洋海军提督。
12月29日 潍县傅戈庄盐店巡役以巡缉私盐为名，榨取民财，侮辱妇女，激起民愤。北眉村等8村民众赴盐店评理，巡役开枪，打死村民辛小五，打伤3人。民众怒烧盐店，烧死缉私委员刘世贤及巡役15人，淹死巡役4人。清廷慑于民愤，将知县沈宝琼革职，并于1892年以“缉私过严，民怨积久莫伸，巡役缉私肇衅至被烧杀”定案。
本年 90州县遭受水、旱、雹、风、虫灾。
1889年(光绪十五年)
3月10日 清廷批准黄河河督吴大用新法测绘黄河河道的奏折。
本月-5月 因连年水灾，清廷命截拨南漕粮10万石，并先后拨内帑银20万两，给山东赈灾。
8月12日 因连年受灾，民食维艰，山东巡抚张曜下令各州县禁止酿酒。
本年 平度金矿局出口金矿砂183.8吨，约值银16400两。
本年 清廷于烟台东山建立海军练营，训练水兵。
1890年(光绪十六年)
3月5日 张曜奏准整修山东黄河需用银288.5万余两。清廷令户部分次陆续拨解。
4月 北洋海军在威海刘公岛开办水师学堂，丁汝昌兼总办，教授算法、天文、海图、测量等课程。
本月 张曜向德华银行借款银40万两，作为山东河工用款，购置挖泥船。
春乐安北部沿海大海潮进入盐区80余里。潮水深达六七米，持续四五天始退，盐滩池堰被荡为平地。
7月7-8日 正在修建中的齐河县高家套堤埝，突遭河水冲刷，塌方30余丈，张曜奏请处分当事官员并自请处分。清廷命对督工官员撤职查办，给张曜降三级留任处分。9月22日，工程峻工，对张曜的处分撤销。
7月19日 张曜奏：濒河村庄300余处，终年遭受水灾，宜劝令迁移大堤外，酌给搬迁费。徙齐东各州县濒河村民3000余户。
11月23日 登州、莱州、青州3府所属18州县因地近盐滩，盐价低贱，将课款归入地丁征收，听民自运自销。
本年 美国北长老会医生聂会东在济南华美医院设立医校。同期，英国基督教浸礼会武成献和巴德顿在青州教会医院设医学堂。1906年，两校联合在济南成立共合医道学堂，后并入齐鲁大学。
本年 据统计，山东22州县154村23454户中，长短工之家及佃农各约占18％，自耕农和半自耕农占64％。
本年 70州县遭受水、旱等灾害。其中，涝灾40县，黄河洪灾22县，其他灾害8县。清廷命截漕粮25万石，并拨粮道库银10万两备赈。
1891年(光绪十七年)
6月1日 李鸿章和北洋海军帮办大臣山东巡抚张曜在刘公岛校阅北洋海军。5日，到胶澳察看港湾，甚感形势重要。6月14日，清廷批准在胶澳驻兵设防。登州镇总兵章高元率嵩武军四营驻防胶澳，并建衙门，修筑南海栈桥及团岛、青岛等处旧式土垒炮台。
7月1日 德国驻中国公使巴兰德照会总署称：兖州知府穆特亨额“屡有苛待洋人之事”，不宜升迁。清廷命出使大臣许景澄就德使干预中国内政事向德外交部提出抗议，而德外交部竟称，巴兰德干预兖州知府穆特亨额升迁一事系份内之举。
8月23日 张曜病逝，布政使福润暂署山东巡抚，29日实授。
12月9日 清廷免征、缓征青城、滨县等80州县及济宁、东昌等卫、所、场各受灾地方的新旧粮赋并盐芦杂课。
1892年(光绪十八年)
7-8月 黄河在鄄城、 章丘、济阳、惠民等县决口10余处，尤以章丘决口灾情为重。章丘决口后，“迁出历城、章丘、济阳、齐东、青城、滨州、蒲台、利津八县灾民三万三千二百九十七户，计三百五十村”。山东巡抚福润上奏处分未能及时抢护的官员。清廷将一批督工官员革职或摘去顶戴，责福润督率无方，交部议处，命其继续督办堵口工程。
9月 潍县农民李明书(李二)领导农民100余人在潍县一带进行反清斗争。遭安丘、昌邑清兵镇压，李明书等21人就义。
10月5日 昌潍北部沿海，东北风10至12级，持续两昼夜，潮水位达7.19米，潍县、昌邑、寿光盐场被冲，王家冈盐场所属八面河盐田淤平，运盐船10余艘失踪。
本年 山东大药房在烟台朝阳街北首开业，经营西药。
本年 洋纱充斥山东各地， 如济宁有进口洋纱31.7万担， 兖州3600余担，沂州1000担，新老黄河之间各州县亦多见。
本年 广东籍菲律宾棉兰华侨张弼士(即张振勋)在烟台筹建葡萄酒厂，1894年经直隶总督北洋大臣批准，正式开办烟台张裕葡萄酿酒公司。此为国内首家大型葡萄酒酿造企业。
本年 82州县、德州等4卫、东平所及永利等4场因灾害歉收，清廷令分别缓减其新旧钱粮杂课。
1893年(光绪十九年)
7月26日 枣庄中兴矿局的半筒子小煤窑发生透水事故，淹死150余人。激起众愤，矿局以每人200吊钱抚恤了事。
7月31日 福润奏准由山东粮道库拨银订购德国挖泥船疏浚黄河。
本年 大海潮，利津、乐安、寿光、昌邑、潍县、平度、掖县等7县受灾。
本年 黄河、卫河溃决为灾，黄河在阳谷、东阿、长清、章丘、济阳、高青、惠民等县决口10余处。
1894年(光绪二十年)
7月25日 日军在朝鲜牙山口外丰岛海面偷袭中国军舰和运输船。 8月1日，中国对日宣战。8月3日，北洋海军提督丁汝昌派定远、镇远、致远、靖远、来远等舰追逐日舰，寻求决战。8月6日，清廷命丁汝昌：北洋舰队宜始终取守势，切勿轻举妄动袭击日舰。8月10日，日本军舰21艘入侵威海海面，炮击刘公岛和南帮、北帮炮台。9月15日，日军进攻平壤，清军将领左宝贵(费县地方村人，现属平邑县)在抗击战中英勇牺牲。平壤前线清军统帅叶志超临阵退却，平壤失守，战火烧到中国领土。9月17日，日本舰队在黄海海面炮击北洋舰队，北洋舰队奋起迎击，定远舰击中日军旗舰，日军死伤100余名； 清军致远舰与日舰“吉野”号相遇，舰长邓世昌指挥全舰官兵向“吉野” 号猛冲，不幸中敌鱼雷，全舰250人大部壮烈牺牲。双方激战五六小时，日舰退去。李鸿章以北海舰队“仅足守口，实难纵令海战”为口实，不准舰队出海作战，北洋舰队退往旅顺休整。李鸿章以“保船制敌”为借口，又令北洋舰队全部集中到威海港口。因是年为甲午年，史称“中日甲午战争”。
8月16日 福润调任安徽巡抚，安徽巡抚李秉衡调任山东巡抚。
10月-11月 10月17日， 日舰9艘侵泊石岛海面。同月，青州驻防旗兵500人奉命赴威海协守刘公岛。11月，章高元之嵩武军八营奉命抵御日军。30日，日舰20艘入侵威海卫被击退。
12月 山东巡抚李秉衡抵烟台一带筹办海防，筹款12万元扩充山东机器局，并在兰山县设转运局，雇备骡车驮马转运军旅。
本年 罗马教廷把山东登州府、莱州府及胶州直隶州划为法国天主教方济各会的传教区，称为山东东界教区，总堂设于烟台。
本年 美国基督教长老会女教士乔治·海一(George Hayes)夫人在烟台向中国妇女传授镂花技艺。次年，英商“仁德洋行”的创办人基督教牧师詹姆士·马茂兰的夫人在烟台开办一教会手工学校(后改称培真女校)，传授制作抽纱技艺。从此，花边业渐盛。
本年 宁波人在龙口倡设粉庄，从此龙口粉丝销路日畅。
本年 《大清会典舆图》 山东部分测绘完成，计省图1幅，府、直隶州图12幅，州县图105幅。
1895年(光绪二十一年)
1月16日 清廷探闻日军将由荣成成山角登陆， 命李鸿章、李秉衡加意严防，遇敌即击。
1月20日 日军第二军第二师团约1.5万人在荣成龙须岛西海滩登陆，并侵占荣成县城。第二军司令官大山岩在城内设司令部。
1月24日 总兵孙万林率嵩武军左营及福字3队在荣成白马河西岸抗击日军，歼敌10余名。
1月28日 清廷准翰林院侍读王懿荣回山东助办团练。
1月30日 日本侵略军进攻威海。 清军在威海卫南帮炮台进行保卫战。清军在摩天岭、杨枫岭、龙庙嘴、鹿角嘴、百尺崖所、赵北嘴等地英勇抗击，重创日军，守军多壮烈牺牲，有的转移。是日下午，在赵北嘴战斗中，日军海陆夹击，丁汝昌组织敢死队与日军展开肉搏，最后将炮台炸毁，乘鱼雷艇与敌战斗，敢死队人亡艇碎，南帮炮台失陷。
2月1日 日军第二师团主力第四混成旅团向威海西路阵地进犯。孙万林率军设伏，以树丛作掩护打击敌人。从凌晨始，激战7小时，击退日军数次进攻，杀伤敌人40余名。因候补副将阎得胜率部临阵撤退，大部阵地落于敌手，陷孙万林部于孤军奋战之境地， 威海西路阵地失陷。2日，孙万林遵旨将阎得胜斩首。同日，丁汝昌鉴于北帮炮台兵力单薄， 难以固守，派人炸毁3座炮台及弹药库，以防为敌利用，北帮炮台失陷。
2月3-12日 威海卫决战。 3日，日军占领威海卫。4日，日军15艘鱼雷艇偷袭南口，被击退；5日，日军22艘战舰炮击威海南北两口，又被击退；6日，日军5艘鱼雷艇再次偷袭刘公岛，再次被击退；10日晚，定远舰弹药耗尽、士兵伤亡巨大，无可再战，为免巨舰资敌，刘步蟾炸沉定远舰后愤然自尽；9日，靖远舰被日军陆上炮火击中搁浅；11日，丁汝昌得知鱼雷艇管带王平率13艘鱼雷艇逃到烟台后，捏报“刘公岛已失”，李秉衡的援军转调另地，待援无望，12日晨自尽殉国。
2月8日 日本侵略军侵入文登城，入城后大肆抢掠。21日，清廷以文登城失陷将知县倪观澜、千总王殿选革职留任。
2月14日 威海卫水陆营务处候补道员牛昶与日本联合舰队司令伊东亨签订威海降约11条。规定将镇远等4艘战舰和镇东等6艘炮舰，以及刘公岛各炮台和岛上军资器械全交给日本。
2月17日 日军占领刘公岛，北洋舰队全军覆没。
3月 清军陆续收复宁海州、文登、荣成县城。李秉衡奉命严密布置海防，并处理威海之战善后事宜。
4月17日 清廷派李鸿章与日本国总理大臣伊藤博文在日本马关(今下关) 签订丧权辱国的《马关条约》。主要条款：割辽东半岛、台湾省给日本；赔偿日本军费银二万万两(接近当时清政府年收入的三倍)；允许日本资本家在通商口岸设工厂；开放沙市、重庆、苏州、杭州为商埠。其所附之《另约》和《议定专条》中规定，入侵威海卫的日军“须待赔款交清，通商章约获准，及确定抵押办法后方撤”。5月8日，在烟台换约。
6月 北魏高庆碑两块在德州城北第三屯出土。
11月22日 清廷电李秉衡：俄使喀西尼要求借胶州湾停泊俄舰过冬。清廷“允借暂泊，一俟春融，务即驶去”。
本年 黄河在寿张、济阳、齐东、高青、利津等县决口50余处。卫、运两河涨溢，沿河村庄多受淹。
1896年-1900年(光绪年间)
1896年(光绪二十二年)
1月8日 清廷批准李秉衡所奏，暂行封禁登莱等府矿务。
2月7日 清廷对李秉衡封禁宁海金矿发出谕旨：山东开矿不宜停止，令督饬登莱青道李兴锐详细查勘，择要兴办。至1897年5月，原参与矿务的李宗岱之子李家恺(李道元)重开金矿，1897年至1898年，每年赢利金1300余两。
6月12日 据奏，掖县等州县粮银折收过多，掖县、平度每两银折收5600文，胶州、高密、即墨每两银折收5800文至5900文，均系同治年间所加，当时银价每两易钱三千八、九百文，现时库平足色银，每两京制钱2600余文。清廷命李秉衡确查，各州县浮收的部分一律核减。
本月 江苏砀山县刘堤头教民抢割大刀会会众地里的麦子，激起大刀会会众的强烈反抗。 庞三杰率江苏、山东两省大刀会500人掀起反教活动，至单县焚烧薛孔楼教堂。25日，至江苏丰县戴套楼焚烧教堂。28日，反教会众在江苏、山东交界的马良集驻扎，29日，冲击该处江南裁缺外委衙门。清廷总理衙门在德国公使要挟下，下令李秉衡与江、皖两省筹划“会剿”大刀会。李秉衡派新任臬司毓贤率队“往剿”。30日，大刀会彭桂林部与清军战于马良集，大刀会失败。庞三杰从单县赶来救应，又败，大刀会首领及骨干被俘杀30多人。 后由山东地方官府 “抚恤” 168家教民银1016两，“赔偿”德国天主教会钱1万吊。7月，大刀会首领刘士端、曹得礼先后被毓贤和兖沂曹济道锡良捕杀。
8月 曹州府大刀会聚众千余人，冲击天主教堂30余处。
10月 清廷批准山东在济南设立通济官钱局。1901年改为山东官银号。
12月14日 德国驻华公使海靖向总理衙门提出“租借”胶州湾50年。清廷以“恐各国援照，事实难行”相拒绝。
1897年(光绪二十三年)
1月 平度县英雄会宣传反洋教，不许耶稣教民欺压平民。
2月13日 清廷批准在山东胶州海口， 建设船坞，屯扎兵轮，“以资扼守而杜觊觎”。
2月20日 由海关兼办的大清帝国邮政成立，东海关邮政改为大清邮政烟台总局，由东海关税务司兼邮政司，并在青岛设邮局。翌年7月，烟台邮政总局开始办公。
2月23日 黄河凌汛，历城、章丘冰凌拥塞，水势陡涨，民埝冲决。
本月 德国政府派土木及筑港工程专家佛朗求斯来山东，对胶澳的形势、面积、气候、潮流、水土性质、人民风俗、工商渔牧、农林路矿、经济状况作了详细调查，为其入侵以后开商埠、通铁路、筑码头、设船坞等工程做准备。8月作出报告。
3-4月 冠县梨园屯阎书勤等十八魁因外国传教士改庙建教堂，率梅花拳众攻打教堂，打死教民一人，驱逐教民二十四五家，并拆毁教堂，重新盖起玉皇庙宇。东昌知府洪用舟前往查办，以庙基为始祸根由，断令将庙基充公，归官经理，作为义学，另为教士觅地建堂。同时缉拿反教群众，赔偿教民损失京钱2000串。继因该县觅地未就，久未议结。至冬，在法国公使和清廷催促下，巡抚张汝梅再派洪用舟前往查办，并派勇队缉拿十八魁。同时将冠县知县何式箴撤任，委曹倜接署。阎书勤等撤至河北省，继续斗争。史称“梨园屯教案”。
6月12日 英使窦纳乐照会总理衙门， 声称文登县令李祖年无故梗阻教士在威海租房，竟要求将该县令及威海洋务委员王沛撤职。
8月7-11日 德皇威廉二世与俄沙皇尼古拉二世就德国侵占胶州湾和俄拟侵占旅顺、大连问题进行密谋勾结。
9月27日 山东巡抚李秉衡升任四川总督(未离任) ，陕西布政使张汝梅调任山东巡抚。
11月1日 大刀会众在巨野县张家庄教堂杀死德国传教士韩·理加略和能方济。11日，李秉衡奉命派臬司毓贤、兖沂曹济道锡良前往查处。约50名无辜群众被抓，雷协身、惠二哑巴被杀害。史称“巨野教案”。
11月7日 德皇威廉二世对巨野教案的发生， 表示“华人终究给我们提供了好久期待的理由”，“决定立刻动手”。是日深夜，电令德国在上海的舰队作好准备。10日，德舰启航向胶州湾进发。13日，到达胶州湾。14日，德军在青岛登陆，守将章高元率军退至沧口。15日，德远东舰队司令底尔匹兹发布布告，宣称占领胶州湾及附近一切海岛与陆地，并声称倘有中国人敢滋事端，定加严惩。
11月15日 李秉衡电奏清廷，谴责德国侵略胶州湾的无理行径，拟调登州镇总兵夏辛酉所带各营开赴胶州，并电曹州镇总兵万本华赶紧招募五营兵力，如德兵不退，即与其决战。次日，清廷电示李秉衡：“德国图占海口，蓄谋已久，此时将借巨野一案而起，度其情势，万无遽行开仗之理。惟有镇静严扎，任其恫喝，不为之动。断不可先行开炮，至衅自我开。”17日，清廷又电李秉衡：“敌情虽迫，朝廷断不动兵。此时办法，总以杜后患为主。”令章高元、夏辛酉于胶澳附近屯扎，非奉旨不准妄动。18日，李秉衡再次要求决战，并严厉弹劾章高元的退兵行为，要求清廷对章加以惩办。18日清廷复电称：“事定再议，不必渎陈”。
11月20日 德国驻华公使海靖照会清廷，提出6条要求：1、将李秉衡革职，永不叙用。2、天主教在济宁建教堂已经开工，中国应许赔银盖造，并赐立匾额。3、严惩凶犯，赔偿教士损失。4、中国应保证嗣后永无此等事件。5、山东省修建铁路和铁路就近开矿之事，应先准德国商人承办。6、德国办理此案所费之银由中国赔偿。清廷与德使海靖就此6条开始谈判。
11月30日 李鸿章和山东巡抚张汝梅分别奉命电章高元部撤离胶澳调往烟台。次日，德军乘清军准备拔营之机来犯，打死清军千总1人，伤勇丁4人，伤亡百姓2人，清军仓惶逃离。
12月23日 巨野教案谈判告一段落， 中德双方达成如下协议：1、对李秉衡的处分删去“永不叙用” 四字，改为不可再任大官之意。2、中国答应给济宁教堂工料银6.6万两，匾用“敕建天主堂”五字，并将结案奏牍立碑于教堂门外，以为保护之据。3、在曹州城内及巨野县张家庄各建教堂一所(张家庄教堂后改建在兖州) ，每堂中国至少拨地10亩，其余均照济宁教堂办法。赔偿教士失物银3000两。中国给银2.4万两，在巨野、菏泽、郓城、单县、成武、曹县、鱼台7处，各为教士盖造2层住房一所。4、由中国皇帝明发谕旨，饬地方官照约保护教堂教士，将曹州府等处未能用力保护德教士的地方官6人调赴他省，巨野知县从重参处。5、胶澳至济南铁路，由德商华商集股领办。6、赔款改为另案商办，与教案绝不相涉。双方订明29日正式互换照会，作为先结教案之据。
12月29日 德使海靖未交换先结教案照会，而突然变卦，送来“租地照会五条”，并另发照会一件，声称曹州镇总兵万本华扬言驱逐教民，要求将万革职。30日，海靖又向总署连发照会，要求将万本华立即革职，并再次要求将李秉衡革职，永不叙用。
12月31日 清廷谴责张汝梅“一味颟顸，于朝廷现办情形，全未体会”，若再不保护教士，定严惩不贷。
本年 黄河在历城、鄄城、东阿、利津等县决口10余处，沿河州县受灾。
1898年(光绪二十四年)
1月5日 关于德国租借胶州湾的谈判大致完成，中德双方将条约草案照会互送待批。
1月15日 清廷处理与巨野教案有牵连的地方官员。 前山东巡抚李秉衡和兖沂曹济道锡良、曹州镇总兵万本华、曹州府知府邵承照，一并交部议处，寿张知县庄洪烈因该县有教堂被劫之案被查参，巨野县知县许廷瑞即行革职，济宁、菏泽、单县、成武等州县官吏分别撤调。2月1日，又令将李秉衡降二级调用，锡良、万本华、邵承照革职留任。
本月 即墨县一德国士兵夜间闯入百姓李象凤家图奸，被李象凤打死。清廷电令张汝梅将李逮捕处死。
本月 胶州200余人，乘德人不备，夜间乘风纵火，焚烧德军营房两所，伤德兵一人。
2月12日 清廷议准在济南设立山东省洋务局， 隶属北洋大臣管辖，负责山东各地外交、 对外贸易、外人游历、外侨寄居及其他涉外事务。9月16日，洋务局正式开局办公。
3月6日 李鸿章、翁同与德使海靖签订《胶澳租界条约》：中国政府允许将胶州湾包括南北两岸陆地租与德国，租期99年；允许德国修建自青岛至济南直至山东西部边界以及自青岛经沂州、莱芜到济南的两条铁路，并允许其在铁路两旁30里以内开矿；山东省内无论开办何项事业，德国有优先承办权。
3月14日 德兵在即墨强换银元，枪杀平民仇维礼。
3月28日 英国驻华公使窦纳乐同中国总理衙门交涉， 声称俄国已占领旅大，英国“非租借山东之威海不足以资抵制”。
春德国允许中国在其租借区内设立海关，但提出3项先决条件：1、应派德人为海关税务司。2、所有海口之各项货物一律归税务司办理。3、税则一律照通商税则无异。
4月18日 德教士声称大刀会近又滋事，清廷电令张汝梅遣臬司毓贤驰赴曹州查办。
4月20日 英国与德国换文， 就英国租借威海卫问题达成协议，英国表示不将势力伸入山东内陆。
4月27日 德皇威廉二世宣布：“胶州湾领土，归德意志帝国之所占有”。任命海军大佐罗绅达为第一任胶澳总督(简称胶督)，对胶澳地区进行殖民统治。
5月30日 法国公使以上年发生的梨园屯教案阎书勤等18人(号十八魁) 未拿获，教案未结为借口，又提出4项无理要求：1、将十八魁3日内全行拿获惩办。2、赔偿教堂损失银2万两。3、将东昌府知府洪用舟撤任。4、将现任济东泰武临道吉灿升调换，由前道张上达复任。
6月11日 光绪帝宣布变法，史称“戊戌变法”。7月，山东奉行新政。山东巡抚张汝梅办理保甲，劝导乡民发展农政工艺，废祠庙，办学堂等。9月21日，变法失败，山东新政流产。
6月30日 张汝梅奏 《查明义民会即义和团并未滋事及妥筹办法》 一折，建议“化私会为公举，改拳勇为民团”。
本月 泗水人朱红灯领导拳民在长清等地进行反教活动。
本月 德国礼和洋行商人斯美德带其司事、广东高要县人黄国香，在潍县东南乡宁家沟、俭疃庄购地40余亩，开挖煤井。
7月1日 英国迫使清廷签订《订租威海卫专条》，强取威海卫连同刘公岛及其附近海面和威海卫全湾沿岸10英里宽地段的“租借”权。
8月17日 清廷命张汝梅严禁济宁民众攻击德国教堂。
8月22日 山东兖沂曹济道彭虞孙、 登莱青道兼东海关监督李希杰，与德胶澳总督罗绅达等签订《胶澳租地合同》。10月6日，签订《胶澳潮平合同》和《胶澳边界合同》。
9月2日 德胶督罗绅达发布胶澳“租借”地内置买田地章程，规定了向私人出售土地的办法。
秋 山东遭受特大洪灾。农历六、七月间，黄河在东明、历城、利津等县决溢10余处，沿河州县受灾。
10月25日 直隶威县义和拳首领赵三多，统率各路拳民在冠县蒋家庄马场祭旗起事，提出“灭洋”口号，进行反帝爱国活动。
11月3日 冠县红桃园教民欺凌拳民，拳民焚毁红桃园、小李固等处教堂和教民房屋61间，杀教民2人，伤1人。
11月5日 清廷命以山东等3省为始，兴办保甲、团练。从省会办起，行之各邑。后张汝梅通饬各州县举办团练。
11月9日 日照县后街头村民众不堪教士教民欺凌，将凶横无理的德教士薛田资架至村外庙中评理，损及薛的须发。日照县令赶往“弹压”。史称“日照教案”。事后张汝梅令地方官员与之订立赔偿合同。12月，德国主教安治泰借口薛田资“受惊伤脑”，迫使山东当局订立第二个合同，以薛田资“终身养身费”的名义，强索白银2.5万两，择地盖教堂一所。
11月16日 清廷以本年山东黄河水灾甚重，拨内帑20万两，划拨昭信股票银 (即清廷为向日本赔款银2.3亿两而发行的内债1亿两) 20万两，复将山东运缴漕米悉数截留，交张汝梅办理赈务。
11月25日 清廷以山东举办保甲团练有成效，命张汝梅“推之通省，一律认真举办，以期民尽知兵，足备缓急之用”。
12月19日 清廷命李鸿章到山东察看张汝梅兴办地方事宜、河防赈务各节。张汝梅对李鸿章极力逢迎，仅历下亭接风筵宴即“费至万金”。29日，李鸿章奏陈清廷：张汝梅熟悉地方情形，河防、海防及赈务都能尽力整饬，尚可胜东抚之任。
本年 山东办理的“昭信股票”，各县多按地亩摊派，受到抵制而停止。
本年 中国通商银行在烟台开设分行。为山东境内开办最早的官商合办银行。
本年 德国商人朴尔斯曼在今青岛市河南路、天津路和山西路路口交叉处，装设德国“西门子”50马力柴油发电机两台，供德国军事设施及机关用电。是为山东电力装机开端。
本年 德人在青岛设立德国法院，采用两级审判制。华人普通诉讼案件由青岛、李村两区的地方官审理。
本年 英国人在威海卫以西40英里的狼虎山擅买民地40余亩，拟开金矿。1902年山东巡抚周馥加以制止。英驻威海大臣骆任廷(即骆璧)要求山东巡抚批准招集华商会办， 又遭拒绝，但采金未停止。1903年4月，英国提出：狼虎山在英租界之内，已在上海招齐商股(其中华股三成)，万无停止之理。1904年设立威海卫金矿有限公司。后德国提出英商在山东办金矿有违德商权利。1906年英矿停止开采。
本年 直隶候补道张连芬为首的部分官窑股东，经北洋大臣批准在枣庄与德人天津税务司德璀琳合股创办“华德中兴煤矿股份有限公司”。张连芬任华总办，德璀琳任洋总办。德国人以为无实质权力，一直未交纳所认80万两股金。1908年，在苏鲁冀三省商民发起收回路矿权斗争的影响下， 张连芬上奏清廷注销“华德” 字样，改为“商办山东峄县中兴煤矿股份有限公司”。这是山东最早的大型商办煤矿。
本年 德人开始修筑青岛港码头，投资5000万马克。1901年小港竣工。1904年3月大港第一码头对外开放。1906年先后建成二、五码头，第四码头建成于1908年。
本年 70州县遭受水、旱、风、虫、碱、沙等灾，其中44县遭受特大洪灾。
1899年(光绪二十五年)
1月23日 德使照会清廷要求镇压日照、莒州等处的反教活动，保护德人。
1月25日 南洋华侨李戴清等邀集侨商捐赠山东、江苏工赈银各20万两。清廷颁谕嘉奖。
本日 清廷命青州副都统锡光，从山东驻防的马甲幼丁中挑选18岁至25岁精壮人员500名，派协左防校等官带领去京，以备训练。
3月14日 清廷免张汝梅职， 以毓贤为山东巡抚。德使海靖提出任命毓贤“与交涉实情不合”。
3月22日 德胶督叶世克为出兵侵略内陆，派少尉韩耐曼、矿山工程师伏尔舒特和翻译莫茨组成先遣小组，以行商为名到沂州府进行侦察活动。行至兰山县黄谷村西住歇，乡民围观，德人开枪打死村民2人，重伤2人。
3月25日 清廷派李鸿章到山东，会同任道、张汝梅查勘黄河后，联名上奏黄河大治办法及急救治标办法。清廷以事关河防，工程巨大，命军机大臣、大学士、六部、九卿、翰詹科道一起会议。4月16日，会议后覆奏，同意该治河办法，清廷命户部按照所议需银300万两，依期筹拨。
3月29日 德胶督叶世克派军由青岛出发入侵内陆，一支由海军陆战队120人组成，是日晨在日照石臼所登陆， 占领日照县城，另一支由40人组成，3月下旬在日照安东卫登陆。4月2日，德兵焚毁韩家村民房300余间。
本月 德商天津瑞记洋行代德华采矿制造公司(后称德华采矿公司)，向清廷路矿总局呈请开办沂州、沂水、诸城、潍县、烟台5处矿务。总署以所指5处地段太广，有违奏定章程，准其先勘办一处，而后再逐处勘办。
4月5日 清廷就山东屡屡发生民教之争，电寄张汝梅晓谕士民，对入教的人不得故存疾恶之心， 遇有诉讼，地方官应一律持平办理。6日，张汝梅电奏德兵在兰山韩家村驱赶居民，焚烧房屋的暴行。9日，又奏德兵在日照踞守城门，情殊叵测。11日，清廷电示毓贤：“山东教案叠出，人心浮动，遇有交涉事件不可不慎。”此前，已命夏辛酉带兵往日照，“明示保护，暗为防范”。
4月17日 德使海靖与总税务司赫德订立《青岛设关征税办法》 和《胶州新关试行章程》规定青岛胶海关税务司须由德人充任，并对进出青岛的国货、洋货的征税做了规定。
4月18日 入侵日照的德兵6人在林家滩测绘地图时，闯入民家图奸，枪杀该村村民1人， 重伤1人。同日，德兵8人在即墨县将杨家庄矫扶相家的骡驴强行牵走。矫扶平等3人追索，遭德兵杀害。
4月22日 德使海靖照会清廷： 安治泰主教赴山东省会商沂州府所属各县教案，毓贤不予接见，山东巡抚仇恨德国之心，必于中国大局有损。
本月 义和拳在恩县(今属平原、武城等县)、平原一带进行反洋教活动。
本月 即墨县西乡大刀会首领王义训率众毁河流庄教堂， 被知县周永拘捕。6月22日，大刀会联合千余人进城闹堂劫差，又有20余人被捕入狱。
5月1日 因德军活动猖獗，清廷令毓贤通盘筹划水陆各军，选派得力将领严密布防。14日，清廷准毓贤所奏，调已派山西的前曹州镇总兵万本华和都司张奉先前来山东统兵。
5月4日 日照县十里铺、相家庄团练操演，鸣放鸟枪，德兵路过疑为挑衅，次日晨胁迫知县杨耀林到庄挨户搜查枪支，并将在籍翰林蔡增源和12名村民带至县衙押审。
5月25日 入侵日照德军撤退， 带走5名士绅以作人质。直到6月底沂州教案谈判结束，安治泰索银7.7万多两，德胶督叶世克才将人质释放。
6月1日 “德华山东铁路公司”在柏林成立。德国政府特许该公司修筑胶济铁路及其支线。14日，该公司向德国政府登记，资本5400万马克。当月开始勘探路线，9月23日动工修建。1904年6月1日全线通车。
6月4-6日 袁世凯奉旨率新军八营由天津小站赴德州“操演行军”，并藉以“弹压”拳民，保护教民。
6月18日 高密大吕庄村民因德铁路公司人员插标不公及污辱妇女， 群众拔标并打伤通事，迫使工程暂停。
6月24日 德胶督叶世克借口“保护路务” 派兵至高密，在堤东庄枪杀守圩村民15人。 25日，进入高密县城。27日，又在刘戈庄枪杀村民7人，并焚毁县城书院的书籍和桌凳。毓贤派员交涉，赔偿德人桩价、兵费银4500多两，德军于7月1日撤回青岛。
6月25日 陈兆举等率大刀会(亦称红拳会) 在嘉祥、汶上、济宁、滋阳、宁阳一带进行反洋教活动。7月6日，毓贤派马队镇压，并遍贴“惩首解从”告示。
7月1日 清廷在青岛德国租界内设立胶海关。德国人阿里文为首任税务司。胶海关设胶州邮界(总局)，开始筹办邮政业务。
7月4日 袁世凯上奏清廷，提出“慎选守令”、“讲求约章”、“分驻巡兵”、“遴员驻胶”4项解决山东问题的办法，以“导愚民而结邻好”。清廷命毓贤对“分驻巡兵”一条应即查照办理，以在胶州各邑及铁路经过处来往梭巡，“于保护之中寓钤制之意”。其余各条，与德方“商订妥洽，分别酌办”。
7月19日 峄县农民王统时(别号快马)、王统来(别号玉马)、李二天王、曹三、刘光道等，联络50多人，在县城西35里处的逍遥村，劫走由峄县解送济南府的皇银。
9月9日 汶上县教民聚众绑架平民，勒索赎款。
9月22日 法使毕盛以平原县等处教民被拳民“扰害” 甚重，照会清廷速饬地方官镇压。拳民6人被捕。朱红灯率拳民从茌平前往援救。
10月3日 德矿师福时岱带两名德兵， 在泰安县东向庄，驰车撞翻乡民粮车，乡民与之评理，1人被殴毙，1人负重伤。福时岱与德兵扬长而去。
10月10日 德华山东矿务公司在柏林成立，资本1200万马克，设总局于青岛，统管德国在山东矿务事宜。
10月 义和拳首领朱红灯率领平原、长清、高唐、茌平拳民千余人，在平原县苏集乡杠子李庄举行武装起义。改义和拳为义和团，树起“扶清灭洋”大旗。11日，平原县知县蒋楷率捕役前往杠子李庄缉拿拳民。18日，朱红灯部拳民与清军战于平原森罗殿，拳民败至高唐、茌平。后朱红灯及高唐拳民首领心诚和尚先后被清军逮捕。12月24日，均被毓贤杀害于济南。
11月28日 清廷命毓贤即刻查明各种会党名目，并严行禁止。
本月 济宁鲍庄义和团树起“奉旨灭教”旗帜。
本月 胶济铁路修至高密境内，德方恣意强占民田，挖掘坟墓，拆毁民房，阻塞河道，官亭村民孙文、绳家庄武生李金榜率领当地10余村民众阻路抗德，保护家园，使筑路工程多次停工。德国胶督叶世克以武力相威胁，迫使清廷悬赏通缉孙文、李金榜等。 翌年1月，新任山东巡抚袁世凯派兵镇压高密人民抗德斗争，李金榜被捕。翌年4月， 孙文率众在柳河堤设防迎战，大败清军。终因武器落后，寡不敌众，农民武装伤亡惨重，孙文被捕。在此事件中，高密县毛家庄、克兰庄、刘家苓芝、郭家南直、杜家沙窝等村庄的600多人惨遭杀害。孙文于翌年7月被杀害，李金榜被充军黑龙江。
12月5日 美使康格照会总署，要求撤换毓贤。6日，清廷屈从外国侵略者意旨，撤换毓贤，改派袁世凯署山东巡抚。26日，袁世凯率新建陆军抵济南。
12月30日 肥城农民孟光文、吴方成、吴经明等，因教民欺讹平民，疑系洋人主使，在肥城县张家店路遇英教士卜克斯，将其杀死。清廷判处2人死刑，1人徒刑。肥城县令被降职留用，赔偿英教士银9000两，拨地5亩，建教堂1座，给碑资500两。
本月 禹城县义和团攻打韩庄教堂，未克。
本月 英人在威海、文登、荣成等地圈占土地。
本年 福山人王懿荣(时任国子监祭酒)发现商代甲骨文。
1900年(光绪二十六年)
1月24日 德胶督叶世克在青岛发布《禁止居民藏匿军械章程》 。规定：“未有准照而有军械，或有执照于持器械时未佩在身，一经查明，即责打一百板及押作苦工三月。”
1月27日 英、 法、 美、 德、意等国公使照会清廷，以义和团、大刀会旗上书“灭洋”二字，要求剪除义和团、大刀会等。2月至3月，清廷命山东、直隶严禁私立会名，命地方官捕拿严办设厂练拳棒者。
3月14日 清廷实授袁世凯为山东巡抚。
3月21日 袁世凯和帮办山东交涉路矿事宜的荫昌， 分别与德华山东铁路公司总办锡乐巴签订《胶济铁路章程》 ， 与德国驻青岛矿务公司总办米海理及司米德订立《山东华德矿务公司章程》。
4月6日 英、美、德、法四国公使再次要求清廷两个月内“剿灭”义和团。袁世凯为扩大政治资本，乘机扩军，至19日，集成新兵20营，增立一军，名为武卫右军先锋队。
4月22日 袁世凯与德胶督叶世克订立《山东胶澳交涉简明章程》。
5月1日 清廷命袁世凯就拳民改为团练一事复奏。袁世凯旋奏称：“查明拳会实难改练乡团”。
5月20日 袁世凯在山东机器局内创办武备学堂。
本月 海丰县崔曰永等到罗苏庄组织义和团，8月上旬捣毁南岭等地教堂。
6月10日 英国海军中将西摩尔率英、 德、 俄、 法、美、日、意、奥八国联军2000余人由天津进犯北京。6月21日，清廷发布对外宣战谕旨，并令各省督抚招集义民成团， 借御外侮。山东义和团冲破袁世凯的压制复起响应。至8月，先后烧潍县美国教堂乐道院，拆毁曹州德国天主教堂，攻占阳信、沾化、阳谷、德州、临清、陵县、冠县、商河等地的外国教堂，并在阳谷、德州、陵县、冠县、蒲台、滨州、齐东、章丘等地抗击袁世凯派来镇压的清军。 义和团运动遍及鲁北，进而发展到京津地区。8月14日，侵略军侵占北京，北京失陷。义和团在中外反动势力残酷镇压下失败。
本月 袁世凯派兵将山东内陆的外国传教士护送到烟台、青岛躲避。
本月 清廷命袁世凯带队赴京勤王，袁以山东海防紧要，胶澳事务不可分身为由，拒绝赴京。
7月 清廷调驻青州满族旗兵500人到北京南苑抗击八国联军。
本年 袁世凯在济南设立教养局，收容难民，生产布匹、靴鞋、木器、绳经、席箔、毛巾等手工业产品。
本年 山东省抚部院官立中西医院在济南设立。
本年 德国人铺设自上海至青岛的海底电缆。
本年 英国大东、丹麦大北电报公司擅自铺设上海至烟台，烟台至大沽、旅大、威海海底电缆，并在烟台设电报局。经清廷交涉，中国电报总局与两公司于8月4日签订《沪沽水线合同》，1901年2月9日续订《烟沽副水线合同》。
本年 胶澳德国当局将德人奥师他所经营之造船所改为官办青岛造船厂 (又称船坞工艺厂或水师工务局)。
本年 德华山东铁路公司在青岛兴建胶济铁路四方工厂，1902年竣工，1903年投产。
本年 英国当局在威海卫租借地建立威海卫行政长官署。
本年 德人借义和团运动爆发之机，派兵占据胶州、高密。
1901年(光绪二十七年)
1月 德胶督叶世克病死，海军大佐罗尔曼代理胶督。5月，任命海军大佐托儿柏尔为胶督。
4月29日 清廷下诏惩办“不尽力保护教士、教民”的地方官员56人。其中前山东巡抚毓贤被杀，李秉衡(1900年在京津前线抗击八国联军中殉国)被革职，并撤销恤典。
7月 谭希麟等联合即墨东北乡民众万余人分两路进城，进行抗税斗争。
8月14日 德国胶澳总督府公布《关于律师费用的法令》。1903年2月，总督府发布《帝国首相关于胶州湾地区公证人职权范围的法令》。
9月7日 《辛丑条约》签订，清廷命各省筹摊赔款。山东每年筹摊赔款银90万两。另外山东赔偿教堂、 教民“损失”80万两。为筹措赔款，11月3日，袁世凯上奏盐务变通章程，以“整饬盐务”为名，每年加征银二十八九万两；以“清理漕费”为名，每年加征银30万两；以“地丁提盈”为名，每年加征银50万两。同时将烟、酒、糖、茶等税加抽三成。袁世凯的殃民措施受到清廷嘉赏。
10月 德华矿务公司在坊子煤田开挖第一竖井，次年9月出煤，当年产煤9178吨。
本月 袁世凯奏准在济南创设山东大学堂， 当年招生300人，唐绍仪任校长，美国人赫士任总教习。此系山东最早的官立大学。
11月7日 袁世凯奏准在山东设局铸造银元。
本日 清廷命袁世凯署直隶总督，漕运总督张人骏调任山东巡抚。
11月11日 烟台及其50里内常关由东海关监督衙门移交东海关税务司署管辖，东海关税务司署征收的税款不再由东海关监督上交，而作为战争赔款存于汇丰银行。
11月23日 德驻烟台领事连梓要求开办沂州、 沂水、烟台三处矿务。1902年1月11日， 山东巡抚张人骏咨外务部核准，允许德公司在以上三处先行查勘。5月，又准其查勘诸城矿区。1903年7月，再准其查勘潍县北矿区。
本年 英国强租威海卫后，规定该地司法归上海英租界高等法院兼理，按察司驻上海，民、刑事权由驻威海卫办事长官(大臣)判决执行。另设有看守所和刘公岛监狱，“重犯”送解香港执行。
本年 袁世凯奏设商务局，并拟定《试办商务局暂时章程》，鼓励创设公司，扩充商业，振兴工艺，兴办商务学堂及成立商会。
本年 69州县遭受旱、雹、虫灾。全省霍乱病流行，威海卫最重，死亡1000余人。
1902年(光绪二十八年)
5月28日 张人骏调任河南巡抚，直隶布政使周馥接任山东巡抚。
秋黄河在利津、惠民、阳谷、寿张、东阿等县决口。
10月30日 坊子煤矿150吨煤首次由火车运至青岛。
本月 周馥命山东大学堂暂设师范馆， 此为山东师范教育之始。该馆于1903年9月改为山东师范学堂。1909年改为优级师范学堂，1912年改为高等师范学校，1914年奉令结束，改设省立第一师范学校，1924年又改称省立济南师范学校。
本月 周馥奉命制定《裁汰山东制兵改练巡警缓急办法》，山东绿营兵全部改为地方巡警。委派臬司尚其亨总理警务，与道员杨晟、潘延祖、杨嘉辰等办巡警总局，主管省城警务，并监督各县筹办警察局。
本年 德国天主教在青岛设立女校，学生80余人。并附设蒙养学堂。
本年 周馥拨省库银12.5万两， 买德华铁路公司股票300股，每股1000马克，共计30万马克。
本年 潍县奉饬建立商会。此系山东建立最早的官督民办商会。
本年 官办工艺局在济南创立。 该局投资2万两，设铜铁、毛毯、织布、绣花、木器、人力车6厂，1905年改名工艺传习所。
本年 袁世凯在德州征地850亩，建立德州北洋机器制造局(简称德州机器局) ，生产武器弹药。1912年改名为陆军部德县兵工厂。
本年 商务局改为农工商务局，仍以“振兴实业为宗旨”，统一管理全省的商务、栽种、蚕桑、垦殖、工艺等实业。局内另设物产调查所，负责对各类资源分类调查注册，作为兴办的依据。
本年 德国德中蚕丝工业公司在青岛沧口设立大型蒸汽缫丝工厂德华缫丝厂。
本年 河南山东河道总督裁撤。河工事务归巡抚兼管。运河道裁撤，改设运河工程局。移兖沂曹济道驻济宁，兼办运河事宜。
1903年(光绪二十九年)
2月9日 外务部致周馥文称：应德使穆默之请，德商开办胶济铁路两侧30里内矿务，照章免纳出井税。
7月 烟台大水，冲倒民房3000余间，淹死150余人，知县李舒馨匿不禀报，仍行勒捐。
8月12日 德国在济南设领事馆。 除胶州及烟台领事管辖的登、莱两府外，其余山东境内德中交涉事宜均归济南领事办理。
11月3日 周馥因清廷停给世俸银两已届二年期满， 奏请清廷将满员世俸酌发一半，汉员各俸仍行暂缓，以充武备学堂经费。
本年 周馥奏请在济南开设铜元局。次年竣工开铸。
本年 设立垦务局和湖田局。1908年垦务局裁撤。
本年 清廷在烟台建水师学堂，1907年竣工开学，后改名为海军学校。
本年 山东省于济南设立农桑总会及农林试验场，场址在济南东郊七里堡以北。该场新办时用官商股银15000余两，购官地180余亩建场，定名为山东农事试验场，这是山东农业试验的开端。
本年 山东省创办青州中等蚕桑实验学堂，此系山东创办农业学堂之始。
本年 德国在青岛修建的台东镇至柳树台的公路开工，翌年修通，长30.3公里。此系山东省第一条公路。
本年 在癸卯科会试和殿试中，录取山东进士22名，潍县人王寿彭考中状元。
本年 山东新知识分子群体出现， 在潍县成立“智群学社” ，次年在济南建立“竞存学社”，在临淄建立“淄江学社”。
1904年(光绪三十年)
1月13日 清廷颁布张之洞、 张百熙、荣庆所奏《奏定学堂章程》。山东按规定于省城设立学务处，由布政使胡廷干、在籍翰林院编修孔祥霖等综理全省学务。
4月17日 清廷总税务司赫德与德使穆默订立《青岛设关征税办法续立附件》 ，允许德国轮船在中国内河航行。
4月20日 郓城县元庙集村人任青和发动郓城、 巨野、济宁等13州县的3000多屯民，向地方官府开展反对“卫地变价”斗争(变价即高征屯田赋)，迫使官府取消变价规定。后任青和被郓城知县诱捕杀害。
4月29日 道员顾恩远创办官商合办博山玻璃公司。 由巡抚周馥批准，山东商务局拨银5万两为官股，招商股10万两，专利10年。1905年春，开始建厂房、熔炉，1906年10月投产。清廷允许该公司的产品只纳正税，沿途概免重征，并免出口税。
5月1日 袁世凯、周馥奏请开济南、潍县、周村为商埠。15日，外务部奏请照准。1906年1月10日，举行开埠典礼。
6月4日 清廷改胶州为直隶州，领原属莱州府的高密、即墨二县；改登莱青道为登莱青胶道。
本日 清廷准周馥奏，将山东原有兵数改定常备、续备各军；添募新兵，暂照武卫右军先锋队章程办理。
本月 德华矿务公司在淄川大荒地建设煤井，名为淄川竖井，1909年完工。
8月10日 利津县薄庄黄河决口，水由徒骇河入海。
9月29日 直隶大名、 顺德，河南彰德等府，山东东阿县一带，会党聚集，酝酿反教，清廷命袁世凯、周馥、陈夔龙指令地方官严查。
10月31日 清廷任命周馥为两江总督，江宁布政使胡廷干调署山东巡抚。
11月 山东大学堂改称山东高等学堂，迁济南杆石桥西路北新址。1911年又改称山东高等学校。
本年 德人在青岛开始修建屠宰厂，1906年竣工开业，1908年又行扩建。该厂兼管检疫，为半行政性机构，故又称官宰局。
本年 德使穆默照会清廷外务部，指称峄县中兴煤矿系在津浦铁路30里以内，只准照原来办矿办法续办，该矿借款扩修路矿，必须与德华矿务公司商办，被清廷拒绝。
本年 南非德兰士瓦来山东烟台、威海一带招募华工。1904年到1906年共招华工5.5万人，绝大部分是山东人。
本年 以德人为主，集股30万元，在青岛建啤酒厂，每年输出3万加仑，时为国内规模最大的啤酒厂。
本年 根据1902年美国北长老会与英国浸礼会合办山东基督教共合大学的协议，登州文会馆与青州广德书院大学班合并，成立广文学堂(广文大学)，设文理两科，作为山东基督教大学的文理学院。校址设在潍县。
1905年(光绪三十一年)
1月8日 外务部致函总税务司：江宁、山东开商埠，应照天津、上海现行章程，凡应纳税50两者，加征1两，以充商埠经费。
1月10日 胡廷干调任江西巡抚。 直隶布政使杨士骧调署山东巡抚，次年9月2日实授。
2月22日 潍县群众反抗清廷加征烟税，捣毁税局。
3月 日俄战争日军攻陷旅顺后，清廷外务部以英租威海卫条约内有与俄借旅顺同其年限之说，向英国驻华公使提出归还威海卫问题，被英国拒绝。
本月 山东测绘局在济南成立。1911年改为山东制图所。
本月 英国在威海卫招募华兵千余名。
6月8日 外务部照会德使撤去驻高密德军，德使拒不撤军。
6月11日 署山东巡抚杨士骧电告外务部， 德胶督欲招募华人组编保卫矿山队。外务部予以拒绝。
夏 袁世凯以武卫右军先锋队为基础，编成北洋常备军第五镇，驻济南、潍县，统制官吴长纯。不久改称陆军第五镇，仍驻原防，直属陆军部管辖。1912年9月，改称中央陆军第五师。
8月20日 中国同盟会在日本东京正式成立，举孙中山为总理。山东留学会徐镜心、丁惟汾、谢鸿焘、彭占元等入会，成为第一批会员。孙中山委徐镜心为同盟会山东主盟人。
9月2日 清廷下诏废除科举，以推广学堂。山东学堂渐次普及。
9月27日 英、日商人在济宁自行开设行栈，被清廷制止。
本月 道员余恩诒由美国购到棉花种150磅， 经东昌知府魏家骅派人试种，洋棉发棵、结实均较本地棉花加倍。1907年，又经驻美人员代购60包，分发东昌、滨州、夏津、邹平等地和省城东郊试验场试种。
10月6日 江苏、直隶、山东三省京官举行会议，要求废除与英、德签订的津镇铁路借款合同，收回路权。同时，三省留日学生连续发出《为津镇铁路事上政府书》、《敬告三省父老请收回津镇路权书》、《为津镇铁路事再上政府及三省督抚书》等文告，揭露帝国主义国家掠夺中国路权阴谋，要求筹款自筑。
10月25日 杨士骧聘美国人丁格为矿务顾问，德人进行干预。
11月28日 杨士骧与德胶督汪然美隆订立《胶高撤兵善后条款》。德国将1900年侵占胶州、高密的军队撤回青岛，所有兵房由山东以40万银元赎回，并由山东组织警察分驻胶、高沿线保护铁路。
12月1日 中德会订《青岛设关征税修改办法》，规定缩小自由港区，德租界内所用各货一律征税，但中国海关需将进口货税二成拨交德国胶澳当局。
本月 济南广智院竣工，署山东巡抚杨士骧等主持落成典礼。怀恩光任院长。其设备、人员及藏品大部由青州博物堂迁来。展品万余件，常年开放。1912年观众23万人次，1914年增为28万人次，1930年达40万人次。
本年 沂水人刘恩柱(道台衔)在济南城内院后街创办电灯房，聘德国技术人员斯密特·哈姆指挥安装德国产42千瓦发电机两台，3吨/时低压蒸汽锅炉两台。此系山东最早的民营电力企业。
本年 山东矿政调查局成立。该局负责矿藏调查，经理官办矿务，协理民办矿务。
本年 济南济农公司仿美洲新法制造化肥。此系山东生产和使用化肥之始。
本年 东海关在胶州、济南分别设邮政总局，开办邮政业务。1910年，胶州、烟台邮政总局改为邮政副总局，归济南邮政总局管辖。
1906年(光绪三十二年)
3月25日 清廷命裁撤各省学政，改设提学使，统辖全省学务。5月13日，山东按察使连甲调任山东提学使。
3月29日 署山东巡抚杨士骧上奏：“兖、曹两府盗风未靖，拟严拿以治其标，兴教以利其本，在两府设随营巡警学堂各一所。”获准。
春 同盟会员徐镜心、谢鸿焘在烟台创办东牟公学，成为同盟会在胶东的联络中心。1909年春被迫停办。
春 同盟会员马秋仪(谢鸿焘的夫人)在烟台创办端本女校。
春 同盟会员刘冠三等在济南创办山左公学，成为同盟会的重要活动基地。次年初被迫停办。
4月 杨士骧选派孙锡纯(同知衔) 为山东渔业代表，随中国渔业代表团赴意大利米兰参加国际博览会渔业分会，并赴美国考察渔业。
本月 原礼部左侍郎王锡藩在烟台创办山东渔业公司，资本4万两(内官股1万两，商股3万两)，属官商合一的渔业机构。
7月 山东省官立法政学堂正式开学，招生114名。
8月 坊子煤矿洗煤厂建成投产。此系山东第一座洗煤厂。
9月16日 美国在青岛设领事馆。
秋 山东同盟会员在日本创办《晨钟》周刊。
12月30日 清廷免缓青城、利津、郓城等93州县受水、旱灾害地方的新旧额赋。
本年 济南总商会成立，会员875人。
本年 德商礼和洋行在济南设分行。
本年 德国德华银行在济南设分行。
本年 山东农事试验场从日本、美国购进新式农具30余件，为国内进口农具较多的省份。
本年 济南农桑总会以试验场房基地酌建讲堂、号舍，以已开之山为土壤森林学基地，筹款聘请日本教习，定名为济南农林学堂。农林试验场划归学堂兼管，以为学生实习地之用。次年，巡抚吴廷斌奏准，济南农林学堂改名为山东高等农业学堂。因初办无高等合格，先设中等农、林、蚕三科，三年毕业，升入高等。1913年又改名为山东公立农业专门学校。
1907年(光绪三十三年)
1月13日 清廷命袁世凯速令夏辛酉率军前往山东督办兖、 曹“剿匪”事宜，“所有在曹(州)先锋及巡防各营均归调遣”。
本月 户部银行济南分行开业， 1908年7月改称大清银行济南分行。主要业务为发行银两票、银元票，收解官款军饷。
3月4日 山东路矿局萧应椿、山东矿政调查局李德顺，与德华矿务公司毕斯议订《淄川附近土法采煤合同》，规定在德人划定矿区内，中国人除现有煤矿外，不得另开新矿；在德人划定的矿区外，中国可以开矿，但不得超过6处以上。
4月3日 杨士骧以“东省银价昂贵，财政艰窘，各国银元逐渐流入，利权外溢”，奏请试铸银元，以资补救。清廷命户部议行。
本月 俄国在青岛设领事。
6月14日 济宁州官吏征粮苛索，擅将铜元折价，乡民万余人起而反抗。
本月 德皇授予德华银行15年银行券的发行权，德华银行券开始在青岛、胶济路沿线、济南及胶东等地流通。
夏 山东绅民在济南倡立“保矿会”。7月13日，180余人在济南开会，要求废除与德人订立之沂州、沂水、诸城、潍县、烟台等5矿开采合同和铁路沿线30里以内的采矿权，得到全国各地的支持。清廷迫于山东民愤和全国舆论压力，于1909年12月31日着山东巡抚孙宝琦与德华矿务公司签订《山东收回德商五矿合同》，用银34万两收回5处矿权。1911年7月24日，与德国山东矿务公司签订《收回山东省各路矿权合同》，用鹰洋21万元赎回除坊子、淄川、金岭镇3矿区以外各铁路两侧30里以内之所有矿权。
7月 青岛德商向清廷外务部要求中德合办制盐所，被外务部拒绝。
8月19日 德华矿务公司坊子煤矿井下火药库爆炸，死亡170人，其中有德人2人。事故发生后，全矿4000余名工人自发罢工，要求增加抚恤金，改善劳动条件，罢工持续数星期之久。
8月22日 山东矿政局与德华矿务公司订立《山东采矿公司合同》，期限2年，规定该公司招集华德股本，按照寻常商务办法在原呈5处矿区择定7块地方勘办矿产。
本月 杨士骧将曹州贫民千余人迁移到黑龙江省垦荒。
9月5日 杨士骧调署直隶总督，山东布政使吴廷斌署山东巡抚。
9月27日 奉清廷农工商部令， 省农桑总会改为农务总会，各州县改为农务分会(简称农会)。至1928年9月决议取消，农会中一切资产，均归建设厅接管。
11月1日 清廷电报总局与德华山东铁路公司订立《山东路电交接办法合同》 ，对德人的电信特权加以限制。
本月 英国在青岛设领事馆。
本月 清廷免缓青城、东平、东阿等91州县及卫所盐场受灾地方的新旧钱漕银租杂课。
本月 德人要求承筑兖州至开封、德州至正定支线铁路。鲁、豫两省人士要求自筑。次年1月13日，清廷允许借德款，用德国工程师建筑。未果。
本年 全省已办中学堂19所，小学堂3424所，师范学堂73所，各种专业和实业学堂14所。另外，进步人士还创办了部分女子学堂。
本年 候补道、北京人乐镜宇筹资偿还山东官药局开办费2000元，取得承办权，在济南创办宏济堂药店。因经营有方，药材加工精细，声誉颇著。
1908年(光绪三十四年)
1月13日 清政府与英德两国正式签订《天津浦口铁路借款合同》，借款500万英镑，年息5厘。
1月18日 清廷准吴廷斌奏， 裁撤山东督粮道，改设巡警道、劝业道。巡警道掌管全省警务。 劝业道是全省最高实业管理机构，统管全省农工商业。2月，吴廷斌奏请潘延祖、萧应椿分任巡警道、巡业道道员。劝业道成立后，原农工商务局、垦务局、湖田局、矿务调查局等机构及业务相应裁归劝业道。
1月21日 清廷命吕海寰充任津浦铁路督办大臣， 直隶、山东、江苏三省督抚会同办理，并在北京设立总公所。
1月24日、 2月5日 清廷两次照会德使，要求德国归还由青岛经沂州、莱芜至济南的筑路权。德使表示同意归还胶沂路权，但提出保留该路30里内开矿权，受到山东绅民的抵制。1909年德使正式答复清廷，同意归还胶沂路权，但限中国在1915年1月1日前筑成。
3月5日 吴廷斌因病免署巡抚，由河南布政使袁大化署理山东巡抚(未到任) 。4月8日，民政部左侍郎袁树勋调署山东巡抚。7月实授。
3月20日 吴廷斌奏请设立省垦务局，清丈招租，并会同地方官兼理讼案。
春 同盟会员刘冠三、陈干等在青岛设立震旦公学，开展革命活动。12月，遭德人查封。
4月1日 山东设立调查局，考查官吏。前广东候补道员周学渊任山东调查局总办。
本月 德驻济领事麦令豪，代表德华矿务公司要求勘探大汶口煤矿，被劝业道道员萧应椿驳阻。此后德领事和公使多次干涉大汶口、沂州府一带华人开矿事，均被驳拒。
6月30日 津浦铁路北段(天津至山东峄县韩庄)开工。1910年施工进入山东境内。
本月 全省有76州县种植鸦片， 种植面积869顷37亩余。次年，种植面积减至不足200顷。
7月 济南青年知识分子陈翰、 周树标等发起创立山东矿山保存会，要求保存津浦铁路附近矿产，并废除德人要挟签订的五矿合同，参加者以各处学堂毕业生为多。8月，山东巡抚袁树勋下令查禁群众爱国活动。
本月 中德协定开设青岛特别高等学堂，德人与清廷学部合办。该校设法政、工、医、农林四科，于次年正式开学。
9月13日 中兴煤矿公司自筹资金修建的枣 (枣庄) 台(台儿庄) 铁路开工，全长41.5公里， 于1912年1月竣工通车。1912年与临城至枣庄的支线相接。自此，中兴煤矿的煤炭以依靠运河运销转以铁路运输为主。
10月12日 中日两国签定《中日电约》，议定于关东省某处安设水线一条，通至烟台。 至11月7日中日订立《烟台关东水线办法合同》，中日合办烟台至辽东半岛日租借地内水线。该合同于1909年1月6日在东京换文。
10月15日 津浦铁路泺口黄河大桥举行开工典礼， 由于设计一再变更，次年7月方正式施工。此桥由德国孟阿思桥梁公司设计并施工。
11月 山东成立咨议局筹办处。
年底 德人在青岛观象台设立地震台，开始以维歇尔特(Wｉｅｃｈｅｒｔ)式水平双分向地震仪记录地震。
本年 日本开辟直达青岛的航线。
1909年-1911年(宣统年间)
1909年(宣统元年)
1月18日 清廷颁布城镇乡地方自治章程。 27日，山东设立省自治研究所，每县派2人入所学习，以培养地方自治人材。
3月6日 山东选派学生赴英、美、德各国留学，专习工艺实业。
3月11日 山东巡抚袁树勋奏准创办山东图书馆并附设金石保存所。 5月9日破土动工，当年竣工，用银2万两。
3月下旬 省咨议局筹办处统核申报合格选举人为116351人。 后经更正添补，共得合格选举人119321人。6月咨议局议员选举结束，共选出各府、州议员100名，青州、德州驻防专额议员3名，所选议员多为举人和生员。
5月6日 德领事贝斯奉命照会山东巡抚袁树勋， 拟将茅山等5处矿区售与中国。袁树勋招集绅商筹款赎回，绅商一致要求废约，反对收赎。
6月28日 袁树勋调署两广总督，顺天府尹孙宝琦调署山东巡抚，11月23日实授。
7月 袁树勋就堂邑县武训30余年行乞办学之事奏请给予在国史馆立传。 清廷命学部核议。
8月19日 山东审判厅筹办处在济南成立， 负责筹办省城、商埠各级审判厅和检察厅。
本月 大清银行青岛分号设立(归济南分行管辖)。
本月 山东省颁布《山东筹设模范监狱大概办法》。
10月7日 济宁州绅商学界， 为使津浦铁路通过济宁，在咨议研究院召开特别会议，推举代表赴京力争。
10月14日 山东咨议局举行第一次会议， 宣告成立。11月8日，选举杨毓泗为议长。
10月17日 孙宝琦向省咨议局提出，拟筹借公债由官府修筑胶沂铁路。
本月 胶澳华商组织青岛商会，呈报北京农商部批准。
11月17日 直隶、奉天、山东等16省议员代表到沪，出席请愿国会代表团谈话会。并拟于月底集于北京，请愿速开国会。
本月 孙宝琦通饬全省一律禁种鸦片。1912年山东都督周自齐再次通令各属禁种鸦片。
本月 烟台绅商学界成立烟潍铁路招股公司，认股款540万元。因招股不足，翌年6月孙宝琦特请黄县、章丘富绅30余人帮助办理，并令济南、烟台、青岛、潍县、周村等地商会成立招股公司就近招股。
本年 登莱青胶道徐抚辰以烟台无租界，警务应由中国主管为由，将外国商团设立的巡捕房及巡捕收归烟台巡警总局。
本年 山东设沿海水上警察(亦称渔业警察)厅，负责保护渔航，进行渔业资源调查，禁止外国渔船违约在沿岸海域捕鱼及设航标等。
本年 长清人王兴实在济南设立国民毛巾厂，独资经营，资本3000元。
本年 华丰煤矿在宁阳县磁窑开办。
本年 欧洲市场上出现价廉物美的山东发网。至1921年，仅济南、青岛、烟台等地的发网厂就发展到70余家，全省从事发网编织的妇女达10万人。
1910年(宣统二年)
2月7日 德使雷克司照会清廷外务部，索要津浦铁路、胶沂铁路两旁30里内采矿权，并要求封禁华人已开采的宁阳县磁窑村和沂州府一带煤矿，被山东地方当局驳拒。26日，德驻济领事贝斯再次要求封禁磁窑村华人煤矿，又被拒绝。
4月3日 山东渔业公司总办王锡藩会见日本驻烟台领事，对日本渔船违约进入山东海域捕鱼提出抗议。
本月 交通银行在济南设立分行，略名鲁行。
5月10日 因德人在胶澳侵占界外盐滩多处， 山东巡抚孙宝琦抵青，与德胶督商议勘界事宜。
5月23日 莱阳县僧道数百人聚集县署， 要求免提庙捐，知县朱槐之被迫应允。24日，朱槐之邀巡防队到县防守。25日，拘捕僧道20余人，施以非刑。
本月-7月 莱阳县柏林庄农民曲诗文，率众抗拒地方官府苛捐杂税。本年春，莱阳多灾，农民缺食者十居八九。知县朱槐之以办理“新政”为名，巧立名目，强行勒索备荒积谷以抵捐。 四乡农民为求生路，公推曲诗文为代表赴县署交涉。5月21日，在数千人声讨下，朱槐之应允于10日内减捐还谷。乡民撤走后，朱槐之调集官兵企图镇压。 6月10日，曲诗文再次集合千余人冲进县署，朱槐之被迫清算积谷，应允免一切捐税，并发布曲诗文等无罪文告。7月2日，山东巡抚孙宝琦命候补道杨耀林率兵赴莱阳镇压，捉拿曲诗文，乡民大愤。7月10日，曲诗文指挥三四万人包围县城。7月13日，在登州总兵李安堂、协统叶长盛及城内杨耀林所率兵丁内外夹击下，乡民被击杀四五百人，伤千余人。曲诗文转匿东北，农民斗争遂告失败。朱槐之被革职。
6月27日 省咨议局议员孙洪伊等与各省商会、 教育会、华侨代表二次请求速开国会。清廷宣布“仍俟筹备完全，再定期召集议院，不得再行续请”。
6月28日 孙宝琦奏请裁并河防、筹款、善后、筹赈4局，悉归藩司管理；又筹设财政公所，分科治事，以统一财政。
7月23日 即墨民众掀起抗税斗争，万余人包围县城，俟知县答应减轻捐税，群众始散。
8月25日 山东按察使改称山东提法使，胡建枢为第一任提法使。
9月2日 山东籍京官派人调查莱阳抗捐实情， 回京向同乡汇报。9月15日，山东旅京官绅联合京内著名商号3000余家向都察院递呈，为莱阳乡民申冤，要求罢黜山东巡抚孙宝琦。10月3日，山东咨议局部分议员为曲诗文案与当局发生争论，愤而辞职。
9月4日 孙宝琦复奏莱阳“民变”情形，并自请罢黜，清廷未准。
9月28日 督办津浦铁路大臣徐世昌等与上海德华银行及伦敦华中铁路公司在北京签订《津浦铁路续借款合同》 。续借款480万英镑，英德各半，以直隶、山东、江苏、安徽4省厘税作押。
10月25日 东三省总督锡良、湖广总督瑞、山东巡抚孙宝琦等联合致电清廷，要求立即组织内阁，明年召开国会。
本月 青州北城满族农民韩大曾父子举行反清起义，“兵民从者近千人”，杀死协领广玉农与全俊古，发布文告，揭发清廷罪行。后起义失败，父子6人就义。
本年 东北鼠疫传入烟台。烟台闭港40天，交通禁绝。
本年 山东法律学堂开学。
本年 清廷决定裁撤驿站归并邮政，由劝业道接管。至1912年10月31日，山东省驿站全部撤销。
本年 交通部直辖津浦铁路局济南机器厂动工修建。厂址在济南大槐树庄，习称津浦大槐树机厂、津浦大厂、大槐树机厂，即今济南机车工厂。1913年4月1日建成投产。
本年 海阳县久旱不雨，鼠疫流行。知县方奎借口实施新政，横征暴敛，民怨沸腾起而抗捐。南泓村监生宋煊文，发动民众10次上书请求免税，被逮捕入狱。其子宋埙吉为父申冤，也被拘押入狱。宋氏父子被判刑10年。徽村高启旺等人于6月6日聚众万余人，冲入县城，救出宋氏父子。当地豪绅慑于民威，被迫开仓放粮。清廷以方奎“昏庸贪劣”罪革职，“永不叙用”。后高启旺等人被杀害, 部分群众潜入莱阳东南一带继续斗争。
本年 德国当局在青岛铸发镍辅币7万元。
1911年(宣统三年)
1月16日 清廷民政部奏报第二次调查人户总数， 山东省正户4143699户， 附户234173户。
1月24日 《民立报》 载：山东赴俄华工被驱回，山东巡抚以山东难以安排，咨东三省总督留奉天开垦荒地，实行移民殖边政策。
1月29日 因烟台鼠疫继续蔓延， 清廷命陆军第五镇在潍县一带阻截烟台与内陆的往来。 2月8日，命停止山东传递所有折奏，紧要事件改为电奏。2月20日，鼠疫蔓及直、鲁，清廷命民政部和东三省、直隶、山东各督抚迅速扑灭。
3月19日 山东呈报巡警设立完备。全省合计官警6168员。
春 日本渔轮船主田万吉中、濑光市北等侵入山东海域捕鱼，劫掠莱州湾真鲷渔场，渔业资源受到严重损害。
4月17日 共合医道学堂扩建完成， 举行庆祝典礼。山东巡抚孙宝琦出席，并赠白银1000两。该校时为全国4大医学堂之一。
4月19日 烟台沿海暴风骤起，崆峒岛附近50多艘渔船被风浪击沉，130多名渔民丧生；在砣矶岛作业的风网渔船14艘被吹翻，200多名渔民遇难。
5月28日 邮政改归邮传部。 北京设立邮政总局，各省会设邮政管理局，各府、州、县、镇、乡分设一、二、三等邮局、支局、邮寄代办处或信柜。邮传部直接管理船、路、邮、电四政。
6月1日 留日学生派颜仲文等抵济南，遍晤绅学各界，酝酿成立山东国民分会。30日，山东国民分会举行成立大会，到会者20余人。该会以提倡尚武精神、协助总会实行国民应尽义务为宗旨。选举张卓甫为会长，周建龙、刘东侯为副会长。
10月10日 武昌起义爆发。山东等省革命党人和爱国人士纷起响应。是年为农历辛亥年，史称“辛亥革命”。
本月 津浦铁路兖州至济宁支线开工，次年6月竣工，11月通车。
11月5日 济南同盟会员、学生、教员、工商业者和立宪派、官僚士绅1000多人在省咨议局开会，同盟会员徐镜心等草拟山东独立大纲7条，响应共和，宣布独立。立宪派将独立大纲改为劝告政府8条，提交孙宝琦。
11月7日 革命党人和绅商学界在济南集会， 宣布取消咨议局，成立山东各界联合会，作为全省立法和监督行政的最高机关。
11月12日 烟台起义成功，福山县知县悬白旗投降民军。13日，成立山东军政府。14日，改为烟台军政分府，推举清海军管带王传炯(舞凤舰舰长)为民军司令。
11月13日 山东各界联合会在济南召开独立大会，邀孙宝琦参加。革命党人在新军第五镇参谋黄治坤等人协助下，迫使孙宝琦宣告山东独立，并推孙宝琦为山东临时政府都督，第五镇协统贾宾卿为副都督。 17日，孙宝琦电青岛税务司，谓山东独立“譬之开店，换一招牌而已”，军政事务一切照旧。
11月15日 《齐鲁公报》在济南创刊，革命党人王墨仙任总经理，赵心如任总编辑。次年1月23日，因讽刺袁世凯等人被查封。
本日 美、俄、日等借口保护烟台领事馆，派水兵登陆。烟台军政府提出抗议。
11月20日 英国殖民部电驻威海卫大臣骆赫特，不要与军政府往来，并设法避免承认军政府。
11月24日 孙宝琦宣布取消山东独立。次日撤销临时政府，改都督为巡抚。26日至28日，孙宝琦三次电奏清廷，山东独立已取消，印信已移交布政使胡廷干暂护，并自恳罢黜治罪。29日，清廷命孙宝琦仍留任山东巡抚。
12月10日 济南革命党人武装起义计划泄露，革命党人遭镇压。蓝毓昌遇害，刘溥霖、萧兰池、孙绍周等10余人被捕。
12月17日 孙宝琦因病免职，山东提法使胡建枢署山东巡抚。
12月31日 根据孙中山的提议，决定改用公历，以1912年1月1日为中华民国元年1月1日。
本月 山东同盟会员赵魏、李曰秋等，在寿光吴家庙子村树起“独立之国”大旗。1912年1月7日，同盟会鲁东革命军千余人，由青岛潜入青州，赵魏任总司令，准备起义。18日赵魏被满人瑞增暗杀，革命军东去。22日至安丘，进驻县衙，计划宣布安丘独立。后参加诸城起义。
本年 宁津县刘子元等在城东北一带建立反清团体铁血会，欲刺县官未遂。
本年 山东红十字会成立。次年初，中国红十字会批准山东红十字会为中国红十字会山东分会。
本年 曲阜楷雕百子如意和群仙祝寿如意被德国人瓦根购去，在巴黎万国博览会上获金牌奖。
本年 济南工艺传习所生产的花素茧绸、花白台布、毛巾等，在南洋第一次劝业会上获奖。
本年 盐务各项课税、厘金、加价以及一切杂捐经费等名目，归并为一，统称盐税。此为山东省统一盐税之始。
本年 上海英商老公茂康记保险公司在济南设立分公司。
本年 烟台茂兰福面粉厂投产，日产面粉200袋。
本年 全省大水，黄河等河水涨溢，50余州县受洪涝灾害。黄河于鄄城、东明等县决口。
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