SARS-CoV-2基因组测序帮助研究人员跟踪病毒是如何进化的，但许多国家并没有分享所有的数据。
根据对基因组监测的全球分析，许多国家对SARS-CoV-2基因组进行测序，其中只有一小部分在公共存储库中共享，而许多序列缺失了重要的信息。但研究也发现，尽管面临这些挑战，各国在大流行过程中分享序列的速度越来越快。
公开分享来自SARS-CoV-2样本的基因组测序数据，使研究人员能够跟踪病毒是如何进化的，并已成为大流行的一个标志。但研究人员担心，数据缺口可能会使人们更难发现下一个令人担忧的新冠肺炎变体，并可能阻碍人们迅速做出反应的努力。
“分享数据对每个人的生存都是绝对重要的，”科伦坡斯里·贾耶瓦德内普拉大学的免疫学家Neelika Malavige说。
本周发表在《Nature》的研究文章表明，研究人员收集了从大流行开始到2021年10月31日期间上传到包括GISAID在内的公共存储库的基因组数据，其中包括来自169个国家的大约490万个基因组。
他们将这些序列与来自个别国家的官方报告进行了比较，发现在62个报告这些数据的国家中，23个-超过三分之一-上传的关注α、Beta、Gamma和Delta变体的序列不到50%(见隐藏变量)。大约四分之一的国家上传的序列不到25%。马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学传染病流行病学家安德鲁阿兹曼(Andrew Azman)说，“缺乏分享是一个全球性问题。跟这个国家的贫穷富裕无关。”
不透明化的危险
作者提出了几个原因，一些国家可能没有分享他们的所有序列在公共存储库。Azman说，有些样本可能一开始就没有进行测序，因为有一些方法可以在不对全基因组进行测序的情况下识别相关变异体。奎松市菲律宾Diliman大学的分子生物学家辛西娅·萨洛马(Cynthia Saloma)解释说，取决于研究人员使用的测序技术，一些样本可能没有足够的质量上传。
但是，由于政治原因，包括成为第一个报告一种新的关切变体的国家的影响，一大部分未共享的序列可能会受到阻碍。尼日利亚疾病控制中心的分子生物工程师Nnaemeka Ndodo说：“大多数分享这些数据的国家通常都会因此而受苦。”例如，去年11月，当南非和博茨瓦纳的研究人员提醒全世界注意欧米克龙变体时，许多国家的反应是：关闭边界去那个地区。
在一些国家，政府需要在上传之前审查和批准序列。马拉维奇说，依赖旅游业的国家的政府“可能会要求他们的实验室不要分享这些数据，因为它会产生影响”。
但阿兹曼说，数据共享只是故事的一部分。他说，有些国家拥有很高比例的样本，但只对少数几个基因组进行了测序。
研究人员发现，87个国家定期对样本进行测序，但31个国家没有，研究小组无法找到另外76个国家基因组监测策略的信息。在全球范围内，从2020年9月起，每周不超过4.5%的确诊新冠肺炎病例进行测序，各区域之间存在很大差异，从研究期间欧洲的3.4%的基因组测序到地中海东部的0.1%。有些国家，包括挪威、英国和加拿大，已对其累积病例进行了至少10%的排序。
关键还是数据
这项研究还评估了169个国家上传到GISAID的元数据的质量。结果发现，63%的序列不包括被抽样人的年龄和性别信息，95%以上的患者缺乏症状严重程度和接种情况等临床信息。高收入国家提供的元数据往往比低收入地区少。
研究人员说，当新变种出现时，元数据尤其重要，以评估谁处于最危险之中，现有疫苗和药物的效果如何，以及可能导致其出现的条件。
同样，造成信息空白的原因可能有很多，比如数据隐私问题，以及元数据的收集无法跟上样本排序的速度。雅加达新冠肺炎实验室GSI实验室的负责人Nino Susanto说，有时样本可能缺少元数据，但却来自一个偏远省份，这使得它过于珍贵，无法分享。
尽管数据共享面临挑战，但研究还发现，各国在大流行期间分享数据的速度越来越快。到2020年，大多数国家的研究人员平均需要近三个月的时间才能收集、整理基因组数据并将其上传到公共存储库(见加速)。然而，到2021年三角洲变体出现时，这一数字降至20天。阿兹曼说：“这种流行病已经实现了正常的共享。”
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